袁世凯在八年之内，由捐纳的一个小小中书科中书爬到如此高位，速度之快，非一般人所能望其项背。他之所以能够如此，除了忠于职守，办事认真，手腕灵活，善于处理人际关系外，主要是遇到了一位很为赏识他的“伯乐”李鸿章，所以他对李鸿章的拔擢之恩感激涕零。就连他的三哥袁世廉也铭心刻骨，写信对家人言：“吾家世受国恩，傅相（指李鸿章）知遇之隆，虽肝脑图报，亦说不了。”
1892年8月，李鸿章又奏保袁世凯以海关道记名简放。次年5月，再奏补为浙江温处道员，仍留朝鲜。
袁世凯对朝鲜君臣厌恶自己的心情，对自己不能驾驭朝鲜局势，都是胸中有数的，所以他一方面为加官晋级而得意，一方面仍感到心劳力拙，头大如斗，无比苦恼，日夜思索如何摆脱困境。在一封致其二姊的信中，他忧郁地写道：“弟自思不能再久居外，自必极力设法脱此苦海，能早一日即早回一日。惟内外俱无替人，此间关系中国亚洲全局，大可闷耳。”然而，为了显示本领之大、才能之高，在李鸿章面前，他又极力往自己脸上贴金，极言朝鲜待他如何之好。1890年5月，他自吹自擂说：“某在此素得士民心”。1891年10月，他因母亲牛氏有病，请假回国。行前，电告李鸿章：“今午谒晤韩王及世子，均祝职母早愈，属凯速回，备极殷勤，婉若真情。妃亦遣闵泳骏谆属早回。”1893年2月，又向李鸿章吹嘘：“顷晤王及世子，情甚殷洽，属凯遇事指教，务期中东无稍芥蒂。现深知凯待韩甚厚，已往各事，请毋介意等语。近自贷款念万，韩君臣感悦，凯乘机联络开导，与权贵闵泳骏、泳达、郑秉夏等均善。骏等叠次谏王及妃诚事华、信待凯以自保，王、妃均渐感悟。倘能久定此见，东方事可望渐顺。”
仓皇逃归
朝鲜北与俄国毗邻，南与明治维新后逐渐崛起的日本仅有对马海峡一水之隔，俄国早就想蚕食朝鲜，日本则直欲鲸吞。日本的野心能否实现，直接关系到与朝鲜山水相连的清王朝的利害安危，也是对作为维护朝鲜属国地位和外交官员的袁世凯的严峻考验。
日本自1868年明治维新后便确定了霸占朝鲜、进而侵略中国的大陆政策。1875年9月，日本派军舰“云扬号”侵入朝鲜领海，制造事端，1876年2月，以武力强迫朝鲜政府签订《江华条约》（又名《朝日修好条规》），势力逐渐渗入朝鲜。袁世凯对此有一定的警惕。1884年11月，他就意识到朝鲜君臣被日本播弄的危险性，及时报告了李鸿章，并在当年12月率兵击败日军，粉碎了亲日派所发动的政变。此后，日本加紧扩军，准备侵略朝鲜和中国。但由于军事实力不足，朝鲜人民对日本的不满，同时为了阻止俄国势力在朝鲜扩张，日本不得不改变外交策略，表面上采取与中国合作的态度，而其大陆政策并未改变，唆使朝鲜背清依日的意图并未改变，不过暂时把强硬政策隐蔽下来，等待适当时机罢了。
袁世凯出任总理交涉通商大臣后，鉴于日本“专力于兴起商务，招集商民，盘根植固，倍蓰中国，其处心积虑，固不徒为今日计”，极力笼络朝鲜的亲清派，排斥打击亲日派，支持朝鲜派人到日本刺杀亲日派头子金玉均，挑唆朝鲜君臣对日本的恶感，防制日本甚力。
然而他又往往表现出对日本的轻蔑。1887年，日本制定了五年准备，抓住时机进攻中国的计划。到1890年，已完成军备改革，并着手进行发动侵略战争的宣传煽动。袁世凯对此懵无所知，断言“倭人方亟亟自谋，断不至败坏和局”，完全是一种盲目乐观、麻痹轻敌的思想。这种思想愈往后表现得愈明显。1893年1、2月，他几次向李鸿章报告：“揣倭时势，决不敢与华生衅，特知华志传和局，故为跳梁，冀售诡谋。倘华牢持定见，不稍假借，倭自必改图。”“顷闻日本新驻使大石谓，自可联合各国，扶韩自主，永不受华凌侮，……附倭群小顿增声势，恐自主议一将复炽。然前年韦贝、德尼等谋韩自主，迄无寸功。倭强不如俄，大石阴狡不如韦等，各国亦未必听其联合，庸人徒扰，似无能为。”“前得大石著韩论，颇訾韩人。曾录示韩君臣，并遇事挑唆。近闻韩王殊憎大石，附倭群小均屏息，不敢言倭事，渠自主邪说必无能为。”其产生妄自尊大、麻痹轻敌思想，主要由于主观臆断，对日本国势做出了错误的估计，迷信自己的挑拨手腕，把朝鲜政府的表面应付误认为亲华的表现，同时为日本制造的假象所迷惑。事实上，日本已经在寻找发动侵略战争的机会了。
1894年3月，朝鲜的东学党请愿遭到失败后，遍发排外传单，情势顿然紧张。此时日本发动战争的准备工作全部告竣，决心对中国开战。李鸿章闻日本有调兵赴朝之说，命袁世凯调查。袁世凯以主观臆测代替客观实际，复电说：“应不至遽有兵端，调兵来韩说或未必确。”次日派译员往探日本驻朝公使大鸟圭介后，又报告说，“毫无生事端倪”。
由于政治黑暗腐败，民不聊生，1894年4月26日，东学党率领农民在全罗道起义，提出“济世安民”、“逐灭夷倭”、“尽灭权贵”的口号。对这次起义，袁世凯始终主张坚决剿灭。
早在1893年3、4月起义酝酿时期，袁世凯就迭劝朝鲜政府“择诛其魁，毋怯懦”，“严缉惩”，电请清政府派水师入朝，“以尽弹压责”。5月，当朝鲜政府得知起义军将攻取汉城，请求清政府出兵时，袁世凯又毛遂自荐，表示愿亲自统军前往剿除，对朝鲜官员说：“邪教乌合，料必自散，倘突聚乱，不及调兵，王（指李熙）可选付凯（袁世凯自称）韩兵千名，以凯处华捕差丁分领，由凯亲率截剿，足可殄灭。”
1894年4月起义正式爆发后，朝鲜政府命洪启薰率兵讨平。袁世凯担心朝鲜政府无力平定，一旦义军逼进京城，引起外国人干涉，自己多年苦心维护的中国在朝鲜的地位发生动摇。为迅速扑灭起义烈火，迫不及待地为朝鲜统治者出谋划策，调平远舰代为运兵，派徐邦杰等随朝鲜军队侦察，且跃跃欲试，自告奋勇，向朝鲜大臣提出愿为代戡。5月26日，他对闵泳骏说：“方今东学跳梁，招讨重任而使孺子之洪启勋〔薰〕任之，国家不误而何？余近遣使至战地侦察，将无严威，军无纪律，官校终日不为一事，兵卒出入闾里，偷财贪色，为害居民。贼军在前，则远阵于数十里外，待其退却，然后追讨，是岂讨贼之本意？余谓朝鲜无人物以此。若使余划策，期以十日，必不难讨灭之。”
朝鲜政府尝够了袁世凯的苦头，害怕中国出兵平乱后，其气焰更加嚣张，无法忍受，又顾虑日本出兵，故未立即请求中国出兵。5月31日，起义军攻克全州，人数激增，声势浩大。朝鲜政府感到再不求援，危亡立至，始于6月1日派人向袁世凯乞求出兵助剿。
袁世凯闻之大喜，让写个正式呈文，以便转呈核准。同日，日本驻朝使馆翻译郑永邦面见袁世凯，说起义大损商务，朝鲜政府无力镇压，怂恿中国出兵，且云日本政府“必无他意”。袁世凯当即电告李鸿章：“韩归华保护，其内乱不能自了，求华代戡，自为上国体面，未便固却。”“如不允，他国人必有乐为之者，将置华于何地！自为必不可却之举。”请李鸿章答应出兵。日本的动向如何呢？他认为1885年的中日《天津条约》，并无中国出兵、日本也出兵的明文规定，而且起义军距汉城较远，加上朝鲜和各国的反对，日本肯定不会出兵，说：“倭如多事，似不过借保护使馆为名，调兵百馀名来汉。”在此之前，李鸿章担心中国出兵会引起日本出兵，主张持慎重态度；接袁世凯此电，他的疑虑解除了，决定待朝鲜请兵呈文到后，即派兵赴朝。
6月2日，日本内阁决定迅速做好出兵准备。3日，已经建议其政府出兵的日本驻朝代理公使杉村浚会晤袁世凯，询问中国是否出兵，力加敦劝。杉村此举，主要是刺探军事情报，催促、诱使中国早日出兵，尽快实现日本的侵略野心。袁世凯没有察觉，把即将出兵的计划告知对方，泄露了军机，致使日本在军事部署上抢先一步。他电告李鸿章“杉与凯旧好，察其语意，重在商民，似无他意”，更属荒谬。次日，李鸿章命水师提督丁汝昌派军舰两艘，直隶提督叶志超、太原镇总兵聂士成抽选淮军一千五百名，向朝鲜进发。
然而，事情远不如袁世凯想象的那样简单。6月5日，日本设立战时大本营，驻朝公使大鸟圭介以保护使馆为名率海军陆战队四百馀名回任。朝鲜政府闻大鸟带兵回任，非常害怕，立告袁世凯。袁世凯回答：大鸟不喜多事，带巡捕二十名（日使馆只通知他带巡捕），自无打仗的意思。6日，中国通知日本出兵。7日，日本答复，不承认朝鲜为中国属邦，并告知日军也开赴朝鲜。李熙闻知，惊惧万分，派人见袁世凯，要求清军到后不要登岸，更不要继续增加。袁世凯却回答说：日本出兵，朝鲜理应力加阻止；如不能阻止，中国也要调兵蹑防。至于中国进兵与否，“惟视全匪存亡，不能因倭调兵遽停进”。直到此时，他还一心想着镇压东学党起义，无视日本出兵的严酷现实，对形势的危机缺乏起码的认识。
8日，日本大批军队开进朝鲜。9日，朝鲜官员迎阻大鸟圭介带兵进入汉城，遭到拒绝。袁世凯开始感到问题的严重了，马上致电李鸿章说：“倭来甚锐，似非有得，不肯遽去。”为掩饰自己的无能，让日军退出朝鲜，他一面欺骗朝鲜政府，说日本出兵意在“与华争体面，兵来非战，且勿惊极”；一面仍认为“欲速退倭兵，惟有速图剿匪”，要叶志超和朝鲜政府加紧剿灭起义军。
此时东学党起义军已经退出全州，而日军陆续开进不止。6月12日，日本政府告知清政府：日军派多少，是否进入朝鲜内地，中国无权干涉。清政府为避免发生冲突，建议中日军队同时撤离朝鲜。日本置之不理。为阻止日军继进，袁世凯又敦促朝鲜政府与日本交涉，请各国公使出面干预，并准备直接与大鸟圭介进行谈判。大鸟在各国公使的质问下，不得不坐到谈判桌前。12日，双方约定不再增兵。大鸟佯为同意，实未执行。袁世凯则信之不疑，急电李鸿章。李鸿章本打算增派军队，接到袁世凯此电，当即停止；并命叶志超部勿再前进，整理归装，等待内渡。如此一来，日军在数量上便大大超过了清军，占有绝对优势。
东学党起义最后溃散。清政府以“乱事”已平，要求中日同时撤兵。日本不予理会，处心积虑挑起战争。袁世凯所做的努力完全失败，18日连电李鸿章请求增兵，谓：“倭势甚凶悍，各国员（指各国公使）殆亦无可如伺。再，华嘱毋多派兵，而竟派至五千；嘱不入内地，而反请会剿。凯迭与（大鸟圭介）商，均反复，极可恨，恐非口舌所能争”。“似应先调南北水师迅来严备，续备陆兵。”他对事态的严重性有了进一步认识。但他请兵的目的并非为了战胜日军，而是为了显示声威，吓唬一下对方。他在致叶志超电中说：“我如一振，日必自衰”，“麾下不妨先播进汉（城）声势，而不必遽进，看其如何变态。”就是这一思想的反映。李鸿章期待外国调和，坚主不再增兵。
日本并不因此停止进军，反而指令大鸟圭介制造开战口实。6月26日，大鸟向朝鲜政府提出改革内政要求。28日，又质问朝鲜是否中国属邦，加剧中日冲突。朝鲜政府不知所措，急找袁世凯商量。袁世凯马上电禀李鸿章请示。在日军压力下，朝鲜政府承认为独立国家。袁世凯对此除了背后骂一句“是无上国”外，再无其他能耐了。
袁世凯挽回颓势的一切努力均告失败。看到形势险恶，且听说大鸟圭介要派兵押送他出境，昔日在朝鲜君臣面前骄横至极的他，一下子变成了胆小如鼠的懦夫，急欲溜回国内。29日，给李鸿章连拍二电，其一云：“密。闻韩决意不认属，是无上国。凯华员，须诘劝韩，转告大鸟。闻鸟拟照公法作梗例，兵押凯出。果尔，辱甚。只可照万国使例，送文知照韩，回国禀商，请兵伐韩。”其二云：“闻倭兵八百今驻赴牙路，意叵测，倭、韩相结，我兵可危。又俄、法署使来称，韩廷犒赏倭兵米肉甚多，韩喜倭，殊不可解。华人在此甚辱，凯在此甚难见人，应下旗回，拟留唐守（唐绍仪）看馆探事。”李鸿章于7月1日电复袁世凯：朝鲜尚未承认不是中国属邦，应留下密劝朝鲜坚持；俄使已答应出面调处，必有收场。“倭允不先与华开衅，岂能拘送使臣？要坚贞，勿怯退！”。
7月2日，袁世凯又向李鸿章告急，并提出解决问题的办法，说：“倭兵万人，分守汉城四路各要害及我陆兵路，均置炮埋雷。……观其举动，不但无撤兵息事意，似将有大兵续至。倭蓄谋已久，志甚奢，倘俄、英以力勒令，或可听；如只调处，恐无益，徒误我戎机。……叶君（指叶志超）居牙，难接济，倭再加兵，显露无忌。应迅派兵商船全载往鸭绿或平壤下，以待大举。韩既报匪平，我先撤亦无损；且津约倭已违，我应自行。若以牙军与倭续来兵相持，衅端一成，即无归路。”
7月3日，大鸟圭介向朝鲜政府提出改革内政方案五条，包括制度、财政、法律、兵备、教育，妄图把朝鲜置于日本控制之下。
4日，清政府电告李鸿章：“袁道遽欲下旗回国，转似与国失和办法，殊觉匆遽失体。希速电止，万勿轻动。”李鸿章遂指示袁世凯依然留在朝鲜。
形势一天紧似一天，袁世凯越发恐惧，急于脱离险境，请求速回国内，说什么“某以一身报国，无所恇畏，惟惧辱使命、损国威。”“凯为使系一国体，坐视胁凌，具何面目？如大举，应调凯回，询情形，妥筹办；暂不举，亦应调回，派末员仅坐探，徐议后举，庶全国体。”
这样做了，他觉得还不一定被批准，又于5日连发两电，死皮赖脸继续请求。内称：“前以未认非属，故仍在差。惟倭胁韩欺华，韩情日变，消息常阻，凯坐视无益。韩、倭情形，惟凯深知，拟请调赴津、京，商和战各情，冀可速了，迟则枝节愈多，更难着手”。“倭昨又催韩派员议革政，限今午复，似非派不止，韩何能终持？且恐激生变。今又添兵至仁川千五百，决无和意。我欲和，应速以韩现情与倭商，冀可挽；欲战，应妥密筹。凯在此无办法，徒困辱，拟赴津面禀详悉，佐筹和战。”好像决定中日和战，万万不能离开他袁某“佐筹”。
李鸿章鉴于以唐绍仪代理与下旗回国有异，即请示清政府可否允袁世凯所请。清政府复以如留之无益，即可调回；旋又命暂勿调回，以便留下常通消息。