袁世凯见屡遭攻击，深感不安；而清廷企图通过陆军部和度支部逐渐收回督抚军权和财权，以加强中央集权的做法，又使权势欲望很大的袁世凯无法忍受。7月25日，他上折密陈管见十条。关于“明党派”一条，他说什么党有公私之别，公党利国，私党病国。攻击瞿鸿禨“专务汲引私人，阿比亲旧”，“内外结引，排异联同”，搞的完全是私党。请求朝廷“严辨于君子小人之界”，“必察其所行所为，究竟为公为私，而因示以劝惩焉”。企图把他和奕劻的私党说成是公党、君子之党，以洗刷自己，蒙蔽朝廷，并落井下石，防止瞿鸿禨死灰复燃。
非但如此，袁世凯还主动挑起了一场同陆军部尚书铁良之间的斗争。在同一奏折“国势必须振兴”条下，他写道：“陆军部设立以来，已十阅月，观听所系，尚无振作之气象，兴革之举动，足餍众望而惬群情。凡兵法如何厘定，兵区如何规画，兵备如何筹计，兵数如何扩充，及何以作养兵才，何以增进兵格，何以侦察各国之兵势，何以会通东西之兵学，固皆未遑议及，即本部章制，亦迄未见实行。至近畿已成之四镇，举以委诸副都统凤山督练，查凤山初非出身学堂，又未一经战事，……才非出众，识非过人，无威望之可言，无功绩之足数，即论其军营阅历，亦甚浅鲜。……举四万众之重任，付诸谬妄人之手，中外腾笑，将士解体……似此非但武备决无起色，且恐愈趋愈下，久将杌陧不安。以我介乎日、俄两强之间，彼方扩张军权，各不下百万之数，我如仍此泄沓瞻徇，几视兵事为儿戏，欲厕于列强而幸免其祸，讵可冀也？……应请旨饬下庆亲王奕劻破除情面，慎选办理武备人才，……方可振兴军政，挽救时艰。”妄图把铁良、凤山扳倒，夺取陆军部的兵权和业已交出的四镇兵权。
铁良毫不示弱，声言“是非自有公论”，并乘机向慈禧太后进言：袁世凯“存心叵测，若不早为抑制，满人势力必不能保全”。后又奏保凤山“异常得力”，使其获赏一品顶戴。
斗争的结果与袁世凯的主观愿望相反，铁良没有被撼动，而自己却不免为慈禧太后所疑忌了。
奕劻、袁世凯对岑春煊仍不放手，立意把他彻底搞垮。但岑春煊虽被排挤出京，仍受到“宫人交口揄扬”，慈禧太后对他的眷宠“尚未全衰”，没有重炮弹，要把他扳倒也颇不易。他们知道慈禧太后最恨康有为、梁启超，要扳倒岑春煊，必须把岑春煊说成为康、梁同党。于是便从这里下手，“密奏春煊曾入保国会，为康、梁死党，不可信”。慈禧太后未加轻信，待之如初。这时又出来一个甘心为袁世凯效劳的蔡乃煌，蔡乃煌“侦得其情，思媚袁以求进，因入照相馆，觅得春煊及康有为影相各一，点景合成一片，若两人聚首密有所商者，献于袁世凯。世凯大喜，交奕劻密呈太后，证为交通乱党”。此时岑春煊在上海养病，尚未到两广总督之任。继之，御史陈庆桂又两次参劾岑春煊，于是慈禧太后对岑春煊的信任动摇了。
8月9日，奕劻、袁世凯的枪手恽毓鼎经过与蔡乃煌密谋，又缮写参折，于次日呈上，参劾岑春煊“不奉朝旨，逗留上海，勾结康有为、梁启超、麦孟华，留之寓中，密谋推翻朝局，情迹可疑”，并“借日本以倾朝局”。这些全属诬陷不实之词，但却深深触动了慈禧太后之忌。慈禧太后终为奕劻、袁世凯的谗言诬陷所打动，8月12日，将岑春煊开缺。林绍年也被赶出军机处，出任河南巡抚。奕劻、袁世凯在这次政潮中获得胜利，瞿鸿禨、岑春煊等人彻底失败，“丁未政潮”也至此结束。
但袁世凯肆无忌惮地与贪庸误国的奕劻紧密勾结，互相利用，互为奥援，互相包庇，无所不用其极地排斥打击政敌，未免把自己的政治野心和阴险奸诈的嘴脸暴露得过于昭然，以致招来更多的参劾。
8月15日，湖北按察使梁鼎芬又上折参劾奕劻贪私受贿，语极幽默讽刺，其附片则主要对准袁世凯。他说，袁世凯的许多心腹党羽之所以能够进入军机处或担任总督、巡抚、侍郎要职，皆由于“袁世凯言之，庆王行之”。袁世凯“自握北洋大臣、直隶总督重权，又使其党在奉天、吉林皆有兵权、财权”，思之令人寒心；且“其人权谋迈众，城府阻深，能谄人，又能用人”，完全是汉末曹操、晋末刘裕之流的人物。今“乃令狼抗朝列，虎步京师，臣实忧之”。提醒清廷对袁世凯、奕劻结党营私加倍警惕。同月24日，御史成昌又上封奏，指出袁世凯的门生故吏布满天下，甚非国家之福。
一个接着一个的弹劾警告，使得慈禧太后疑虑丛生，决心把袁世凯调离北洋。1907年8月24日，清廷电召袁世凯入京陛见。30日，袁世凯进京，慈禧太后赏假、赐食、召见后，9月4日即下令免去其直隶总督兼北洋大臣职务，调任为外务部尚书兼军机大臣。同时被任命为军机大臣的还有湖广总督张之洞。军机大臣的地位比总督高，然而却无总督那样的实权。慈禧太后如此安排，意在阳为尊崇，阴实裁抑，且使他们互相牵制，容易驾驭。袁世凯对明升暗降的奥妙了如指掌，故命下之日，再三力辞。清廷不允。君命难违，他最后无可奈何地告别了恋恋不舍的直隶总督衙门，进京当军机大臣、外务部尚书去了。
妥协媚外
袁世凯在列强面前从来不敢张牙舞爪，相反，倒像一只百依百顺的哈巴狗，时刻看着洋主子的眼色行事。
1905年5月，由于美帝国主义惨无人道地虐待华工，迫害华侨，不废除已经期满的限制华工条约，全国掀起了广泛的群众性的抵制美货运动。上海工商界召开大会，声讨美帝国主义的罪行，并以工商界负责人曾铸的名义致电南北洋大臣，恳切要求他们阻止外务部续订华工条约。天津商务总会和学界也召开大会，反对华工条约续订。在美帝国主义的压力下，清廷于8月21日发布谕旨，竟说抵制美货“有碍邦交”，命令各省督抚从严查究，以弭隐患。袁世凯对全国工商界的强烈呼吁无动于衷，对清廷的上谕则闻风而动，欲封禁极力主张拒约的天津《大公报》（未得逞），并通示全省说：“此次拒约之事，实系国家交涉事件，其关系甚大，倘播扬风潮，附和雷同，不但有误国计，且恐累及大局。务宜速止运动，安居乐业。”首先将天津人民的爱国运动压制下去。
袁世凯担任外务部尚书伊始，正值各省人民收回路矿权利的斗争方兴未艾之时。外务部的总理大臣是奕劻，会办大臣为那桐、袁世凯。他们控制下的外务部，用袁世凯的亲家、两广总督张人骏（1907年8月12日授）的话来说，“不过一卖国部而已，官大卖多的，官小卖少的”。因此，袁世凯根本不会支持人民的正义斗争，他在苏杭甬路权问题上的态度，就是一个最好的证明。
1905年，浙江绅商成立了商办铁路公司，奏准朝廷招股修筑全浙铁路。次年，江苏绅商亦成立商办铁路公司。浙江铁路的杭州至嘉兴段、江苏铁路的上海至嘉兴段先后动工兴建。
但英国以1898年曾订立借款代筑苏杭甬铁路草约为理由，要求清政府改订正约，不准江、浙人民商办。1907年10月，清廷在袁世凯策划下，颁发借款修筑苏杭甬铁路谕旨，把筑路权送给英国，只准两省绅商搭股。
两省人民痛路权之丧失，立即掀起一个坚拒借款、铁路商办的热潮。袁世凯竟以军机处的名义字寄江、浙两省督抚，叫嚷“外交首重大信，议约权在朝廷”，不准人民反对。浙江京官举行会议，推派代表见袁世凯，请其主持正义，袁世凯置之不理。载沣、张之洞见两省人民情绪极为激昂，主张废除与英国所订的草约，以固结民心。袁世凯则声言：外务部的事情一向完全独立，军机大臣不得干预。11月29日，袁世凯以外务部的名义上折奏称：“彼国（指英国）之力催订约既若此，两省商民之坚拒借款又若彼，中外争持，势甚急迫。现在既无确切作废之凭证足以应付外人，而延宕愈久，诚恐枝节愈多。倘江、浙绅民始终误会，一倡百和，激成事端，适足与外人攘夺之柄。……矧敢轻弃成议，自取纷扰？庚子之乱，足为殷鉴。”认为两省人民的斗争会引起八国联军那样的列强入侵，因此，原订草约万万不能废弃。慈禧太后感到他做得过分，当面警告他“勿以国家安危徇外人喜怒”。
两省人民为争回筑路权，各推代表数人进京，当面同外务部斗争。代表尚未到京，袁世凯就扬言：“拒款为江、浙二省少数人之意见，代表进京能听命解散最好，否则以兵力压制！”公然进行恐吓。12月代表到京，袁世凯在接见时，反复强调过去订有草约，目前英国催订正约甚急，万难中变，以昭大信，坚持借款；同时诡称，自己不过是照案执行，并非有意作梗，要代表“兼顾政府”，“顾全邦交”。代表响亮地回答：订草约是有的，但铁路商办系遵旨而行，亦属铁案。代表的责任是誓争“遵旨商办，不入外股”，予以有力的驳斥。
袁世凯的妥协媚外，激起绅民的强烈反抗。1908年1月11日，革命党人在上海创办的《神州日报》以东京来稿的名义，就袁世凯借款筑路一事，发表了一篇题为《拟国民递呈都察院请将袁世凯明正典刑恭请代奏折》。它首先总结了历史上赵高、董卓、曹操、杨国忠、蔡京、秦桧、贾似道、严嵩等权奸乱政亡国的经验教训，认为袁世凯和上述人物毫无二致，其所作为，“无非凭借威福，渎乱纲纪，甘心卖国，自速乱亡”。接着胪列了袁世凯自入宦途到出任直隶总督时的一系列罪状，然后指出，其进入军机处以后，“益得陵轹朝臣，操纵疆吏，以树威望”。他与奕劻“私交最呢”，“奕劻庸耄，借袁世凯为爪牙；袁世凯倚奕劻为护符。乃更遍引私人，位置中外”，“诸人皆知有袁世凯，不知有朝廷。袁世凯羽翼既成，意欲因事立威，乃径借苏杭甬铁路一事，以尝试朝廷，震慑海内”。“袁世凯所以敢于抹杀商办谕旨者，无非为结外援地步”，并“使海内臣民痛心疾目于朝廷之不可恃，揭竿揭木，相继而起，袁世凯乃得总揽兵柄，侥幸成功，因以蓄震主之威，而煽薰天之焰”。“袁世凯之枭雄几于操、莽，而其奸猾过于王伦、秦桧”。“朝廷若不早为之所，则刘豫、张邦昌借外援自立之事，不难复见于今日。”最后归纳了他在路权问题上有十大罪状，指出：“朝廷如不加大罚，则路权去，苏浙去，外侮、内讧同时并作，袁世凯非分之望旦夕可偿。神州陆沈，宗社颠陨，如大局何！伏乞皇太后、皇上奋施乾断，立将袁世凯明正典刑！”
这篇文章所列举的某些事实与实际情况未必符合，调门似也过高，但对袁世凯的罪恶和野心揭露得特别详细而深刻。慈禧太后是否看到此文不得而知，可是，由于公开发表在报纸上，它在全国所产生的巨大影响，则远非御史、官僚们的封奏所能及。袁世凯自知内为政府诸人疑忌，外为清议攻击，不安于位，要求开去外务部尚书缺。慈禧太后令其将路约问题办妥再说。
在处理二辰丸事件上，也充分表现出袁世凯妥协媚外的丑恶嘴脸。1908年2月5日，日本商船二辰丸装运军火，在澳门附近的九洲洋海面卸货，为中国海军巡逻船查获。经检查，该船没有运往中国军火的护照。遂将船械扣留，拖回黄埔，并将日本旗帜取下，代以中国旗帜。两广总督张人骏立即将事情发生的经过电告外务部，并提出将船械充公的处理办法。日本驻广东领事也将此事报告了本国政府。
14日，日本驻华公使林权助照会清政府外务部，提出抗议，声称军火系运往澳门，经葡萄牙官员允准，不是在中国领海走私，中国将二辰丸拘留显系违约。要求将船放回，交还国旗，惩办官员，赔礼谢罪。葡萄牙驻华公使亦照会外务部，要求释放二辰丸。
张人骏主张按照海关章程付诸会审，或请英国水师提督公断。均为日方拒绝。
袁世凯等人在咨询了海关总税务司赫德后，居然认为广东省所举出的证据不足，行动太过鲁莽，遂使日本人有所挟持。3月4日，林权助会见袁世凯等人，转达了日本政府“此事即宜速了，不然日本当行相当之手段”的意见，袁世凯等马上就妥协了。6日，外务部即照会林权助，对撤换日本国旗一事表示道歉。袁世凯等人的妥协退让，使中国在整个事件的处理上陷于被动理亏的地位。13日，林权助强硬地向外务部提出五项解决办法：一、中国政府对撤换国旗一事，应派兵舰开炮，以表歉忱；二、无条件释放二辰丸；三、二辰丸上军火由中国政府收买，付日本金两万一千四百元；四、处置扣船的有关官员；五、赔偿二辰丸被扣期间的损失。袁世凯立即全部答应，满足了日本的要求。
事发之后，广东以商人为主体的粤商自治会召开会议，斥责日本的无赖行径，致电外务部不要退让。得知袁世凯等接受日方五项条件，商民大愤，召开大会，议决实行文明抵制。粤商自治会会长陈基建、李戒欺率领群众前往督署请愿，要求设法挽救。3月19日为释放二辰丸的日子，总督张人骏遵照外务部所议各节办理。粤商自治会又刊布传单，号召不买日货。次日，自治会发起召开国耻大纪念大会，与会者达十万人。陈基建等人发表了沉痛至极的演说，一些人提出应罢斥袁世凯。接着，商民掀起了中国历史上第一次声势浩大的抵制日货运动，坚持半年以上，上海、广西首先响应，影响波及香港、南洋、澳洲等地，在经济上给予日本较大打击。
日本政府大为恐慌，林权助两次致函外务部，并派人面谈，要求弹压禁止抵制日货运动。袁世凯立即照办。3月21日，外务部致电两江总督端方，转饬上海道禁止商民排斥日货，胡说“此等举动，于自强事实上毫无关系”。“徒事叫嚣，予人借口”。4月2日又致电两广总督张人骏、广西巡抚张鸣岐，令其“严查解散，免启事端”。
对于坚决反对外务部妥协退让的爱国团体粤商自治会，袁世凯尤为痛恨，几次致电张人骏，加上一些莫须有的罪名，压迫张人骏查办会长陈基建、李戒欺等人，解散自治会。4月15日又借广东劣绅投函控告之名，以外务部名义致函张人骏，说什么“地方自治应由公正员绅妥为筹办，未便准令无籍之徒妄行开会。该商陈基建等以抵制日货为由，遍贴告条，大书扬旗，殊属狂谬。如果任其妄为，实于国际交涉、地方治安均有关碍。该商等聚众演说，近在督署，执事曾否知有此事？尚希饬属严查，分别究办，并晓谕商民人等立即解散，切勿受其煽惑，以靖人心，而弭隐患。”
张人骏令广州府查复。广州府报称：陈基建、李戒欺等十数年来，“凡地方公益，无事不挺身直赴”，近年所办各事，“皆为地方谋大利”。此次力争二辰丸案，“不过激于义愤，虽不无过激之处，要之皆爱国之士，朝廷尚须加以奖励，万不可误听谣言，以陷善类”。张人骏据此以复，袁世凯默然。
同年11月香港掀起抵制日货高潮时，袁世凯又旧事重提，欲置粤商自治会于死地。张人骏致电外务部说：“商会自治，功令所许，非等违禁私集，主持之人，均系殷实正商”。“若将首会之人惩办，在日人为以怨报德，在我为加罪无辜”。“若徇外人无据之言，归咎地方正当商首，适堕彼等计中。”此电无疑是在指斥袁世凯等人迫害爱国人士，讨好日本。由于张人骏尽力回护，袁世凯的毒计始终未能得逞。
伪倡立宪