袁世凯尽管遭到各方疑忌，仍然千方百计与满族亲贵争夺权力。1908年在苏杭甬路权问题上搞得声名狼藉以后，他又想通过奕劻，活动出任陆军部尚书，排斥铁良。但慈禧太后对之已不复如前之信任，他未能得逞。4月，他又向铁良提出：全国训练三十六镇新军的计划正在实行，统制、协统、标统和兵备、参谋、教练总办，非由武备学堂出身或久经训练新军者不能胜任。今后各省添练新军，自统制以下各官，均应从北洋军中咨商调派。显然，这是企图让自己的心腹爪牙去控制全国的新军，因而遭到更多人的疑忌和攻击。
1908年9月15日，即农历八月二十日，为袁世凯的五十大寿（虚龄）。慈禧太后为笼络其心，赏赐较多。京内外官员贺者盈门，献颂贡谀者以百千计。载振也送了寿品，并在一副对联的落款上书有“如弟”字样。
事为刚直不阿的御史江春霖知悉，10月3日，他毅然具疏，奏陈袁世凯“权势太重”，列举其十二大罪状：（一）奕劻为袁世凯祝寿，落款不称王而书写名字，载振自称“如弟”，有干禁例，系“交通亲贵”。（二）干涉都察院封进条陈，“把持台谏”。（三）保举民政部（巡警部改）侍郎赵秉钧，农工商部侍郎杨士琦，外务部侍郎梁敦彦和右丞梁如浩，大理院正卿定成，顺天府府尹凌福彭，直隶总督杨士骧，出使大臣唐绍仪，吉林巡抚陈昭常，安徽巡抚朱家宝，“引进私属”。（四）排挤巡抚冯煦、林绍年，代之以门下世交；东三省总督徐世昌、两江总督端方、江西巡抚冯汝骥、山东巡抚袁树勋，或其谱兄，或其契友，或其亲家，或其宗姓，联盟树党，“纠结疆臣”。（五）进入军机处后恐兵权削夺，引门生杨士骧代为直隶总督，“遥执兵柄”。（六）奏请科举递减，兴办学堂，保送举贡，加额优拔，“阴收士心”。（七）提议开国会，而又阻都察院代奏国民请开国会书，身为壅蔽，反诬朝廷愎谏之名，“归过圣朝”。（八）处理苏杭甬铁路借款问题，假借英国之威，压制江浙绅商，“潜市外国权势”。（九）保荐在日俄战争时期无功之人三百名有异常劳绩，“僭滥军赏”。（十）奏请州、县选缺概归外补，“破坏选法”。（十一）其子袁克定借势以候补道而任农工商部参议，旋署左右丞，“骤贵骄子”。（十二）同宗十馀人吸食鸦片，“远庇同宗”。此疏虽名为请求朝廷“鉴古来权臣祸败，为世凯善全始终”，实质上是把袁世凯视为权奸，要求查办其罪。
时刻想惩治袁世凯的光绪皇帝“见疏痛哭流涕”，但因畏惧老太婆慈禧太后而“留中不敢发”。慈禧太后虽然未给袁世凯处分，但在召见时却把他严厉地训斥了一顿。
在袁世凯五十大寿时，海外华侨拟了一副寿联赠给袁世凯，十分耐人寻味：上联为“戊戌八月，戊申八月”；下联为“我皇万年，我公万年”。上联上句指1898年（戊戌）袁世凯出卖维新志士，下句指1908年（戊申）袁世凯之五十寿期；下联上句是祝愿光绪皇帝万寿无疆，下旬明是贺袁世凯长寿，实暗咒其早死。
然而，人意终归是人意，它只能反映人们的愿望和心态，并不能把它变为现实。有时候，事情的发展还故意与人意作对，人们祝愿好人长寿，好人却英年早逝；人们诅咒坏人早死，坏人偏偏不去阎王爷那里签到。
1908年11月3日，慈禧在颐和园度过了七十四岁寿辰，患了痢疾，卧床不起。不知是谁告诉她一个惊人的消息：袁世凯要废掉光绪皇帝，拥立载振为帝。对这个未经证实的消息，她未必真的相信，但对袁世凯和奕劻勾结很紧还是不无戒备的。7日，她把奕劻打发到东陵去查看菩陀峪万年吉地（慈禧太后的陵墓）工程，然后命段祺瑞的第六镇士兵开往涞水，让第一镇控制了北京。
13目，奕助听说光绪皇帝病危的消息赶回北京后，慈禧太后降下懿旨，授载沣为摄政王，命将其三岁的儿子溥仪抱在宫内教养，在上书房读书。
14日，官方宣布年仅三十八岁的爱国皇帝光绪逝世于瀛台之涵元殿。慈禧太后当即召集摄政王载沣和军机大臣奕劻、世续、张之洞、鹿传霖、袁世凯于福昌殿，宣布：一、立溥仪为嗣皇帝，入承大统。二、以溥仪承继同治皇帝之嗣，兼承光绪皇帝之祧。三、溥仪正在冲龄，着摄政王监国，所有军国政事，悉秉承她的训示裁度施行。待溥仪年岁渐长，学业有成，再亲裁政事。
15日，慈禧太后又降懿旨说：“现予病势危笃，恐将不起，嗣后军国政事，均由摄政王裁定。遇有重大事件，必须请皇太后（指光绪帝皇后隆裕）懿旨者，由摄政王随时面请施行。”旋亦死去。
光绪皇帝和慈禧太后几乎同时“晏驾”，引起种种揣测。对于光绪皇帝辞世，有人说是慈禧太后不甘心死在其前派人毒死的，也有人说是吃了袁世凯送来的一剂药丧命的，还有其他一些说法（按：近年有学者和医学专家根据光绪皇帝的脉案，判断系病逝）。据传，光绪皇帝死前留下一道遗诏，写了一个“斩”字，“袁”字刚写了一半就不行了。还传说，光绪皇帝交给隆裕皇后一个纸片，并私对隆裕皇后言：“杀我的是袁世凯！”也有的说，光绪皇帝亲用朱笔写了“必杀袁世凯”的手谕，放在他的砚台盒内，后为隆裕皇后发现。这些说法均无从证实。
无论此事是否可信，光绪皇帝对袁世凯恨之人骨则是不容置疑的。自袁世凯出卖维新志士之后，光绪皇帝幽居瀛台，“恶袁甚”，“日书其姓名，粉碎之”。1900年逃到西安后，光绪皇帝经常“画成一龟，于背上填写项城（指袁世凯）姓名，粘之壁间，以小竹弓向之射击，既复取下剪碎之，令片片作蝴蝶飞，……几以此为常课。”
康有为于光绪皇帝死后，在海外发出《光绪帝上宾请讨贼哀启》和《讨袁檄文》，并上书摄政王，指出：“先帝之丧苟有可疑，袁世凯固贼也；既〔即〕无可疑，袁世凯亦贼也！”请求“为先帝复大仇，为国民除大蠹”。同时联络善耆、载泽等人倒袁。一些素与袁世凯有矛盾的亲贵、官僚，也无不主张迅速除袁。袁世凯整日提心吊胆，其党羽也为他捏着一把汗。
载沣认为1898年其兄光绪皇帝被幽禁瀛台，是袁世凯出卖维新运动造成的，因而对他深切痛恨，对其贪权、培植自己势力也极为疑忌，很想把他除掉，为兄报仇雪恨，杜绝后患，免使自己大权旁落。隆裕为光绪帝的皇后，自然赞成。但在“国丧”期内，他们没有立即采取行动。不过，他们一执政，就把袁世凯冷落在一旁了，颁布谕旨，批裁折件，载沣大都取决于张之洞和世续等人，不让袁世凯过问。
12月2日，溥仪即皇帝位，定明年为宣统元年。19日，为了表示新朝的“恩泽”，朝廷优赏奕劻“亲王世袭罔替”；赏加世续、鹿传霖太子少保衔，用紫缰；赏加张之洞、袁世凯太子太保衔，用紫缰。
御史江春霖以为事关重大，上疏摄政王说：“伏思庆王在庚子虽稍有微劳，而自当国以来，政以贿行，官以私进，如袁世凯、徐世昌、杨士骧、赵秉钧、冯汝骥、唐绍仪、袁树勋、增韫等，莫不以重贿破格擢用。而袁尤为其腹心，借新政为名，引用私党，遂令官场相习成风，以奔走为事，钻营为能。今者摄政王监国，此风少息，盖以我摄政王素有贤声，将退小人而用君子。今庆、袁等又邀巨宠矣，不知者以为庆王宠仍不替，宵小之徒且复弹冠相庆矣，袁等之门又如市矣。造端虽微，而关系于前途者甚巨。我摄政王其重思之。”借讲朝廷优赏之不当，参劾奕劻和袁世凯。
赵炳麟也乘机发动，上疏密陈用人大计。疏称：袁世凯当军机大臣最令人担心。理由有二：其一，袁世凯为人变诈多端，“善构骨肉”，光绪帝“以三十馀年之长君尚束手就箝，终身郁结，而世凯得以树植私党，挟制朝廷。方今主少国疑，似此包藏祸心、罔知大义者久在枢垣，他日必生意外之变”。其二，“今日袁世凯党羽虽多，幸皆富贵利达之人，世凯一出军机，必多解散。若待其党根深固结，谋定后动，他日监国摄政王虽欲去之，亦无可如何。至是时惟有敢怒不敢言，俯首听其所为而已”。因此，必须迅速将其罢斥，“以奠国本而杜后患”。
紧接着，御史陈田揭参袁世凯。袁世凯反对度支部尚书、镇国公载泽清理直隶财政，擅用军机处名义发电，企图要隆裕太后垂帘听政诸传闻，亦被人告知载沣。善耆和载泽同时秘密向载沣进言：“此时若不速作处置，则内外、军政方面皆是袁之党羽；从前袁所畏惧的是慈禧太后，太后一死，在袁心目中已无人可以钳制他了，异日势力养成，削除更为不易，且恐祸在不测。”主张非严办不可。
载沣决定惩治袁世凯，拟了一道将袁世凯革职、拿交法部治罪的谕旨。但在征求奕劻、张之洞的意见时，奕劻首先反对，威胁说：“杀袁世凯不难，不过北洋军造起反来怎么办？”
张之洞尽管与袁世凯矛盾不小，也不同意杀袁世凯，说：“主少国疑，不可轻于诛戮大臣。”
载沣一听便泄了气。这是因为：第一，袁世凯的势力的确很大，载沣不能不有所顾虑。袁世凯在政界的党羽不必论，仅北洋六镇军队就有五镇掌握在他的党羽手里。当然，杀了袁世凯，北洋军未必敢于造反，但对只知有袁世凯、不知有大清朝的北洋军来说，造反的可能性还是存在的，万一造起反来，以一镇而敌五镇，优劣之势显而易见；而且这样一来，势必牵动全国大局，如果革命党再乘虚而入，后果严重。他不敢去冒这么大的风险，对奕劻的威胁不能不认真考虑。第二，当时已经规定了谕旨必须经军机大臣副署的制度，除非载沣有勇气打破副署制度，敢于独断专行，不准军机大臣过问，否则，要想达到杀袁世凯的目的也不可能。可是，他为人优柔寡断，缺乏决断魄力，经奕劻、张之洞一讲，竟自无可如何，不得不将谕旨再三修改，最后终于接受张之洞的意见，改为“开缺回籍养疴”，于1909年1月2日发布。
这道上谕是：“军机大臣、外务部尚书袁世凯，夙承先朝屡加擢用，朕御极后复予懋赏，正以其才可用，俾效驰驱。不意袁世凯现患足疾，步履维艰，难胜职任，袁世凯著即开缺回籍养疴，以示体恤之至意。”借故强行将其罢官。但也不是完全事出无因，上年袁世凯搞祝寿被劾后，就是以“患足疾”为理由请假的。载沣执政后，袁世凯自知失势，也曾称患足疾，令人扶掖入朝。
奕劻最初听到载沣要严惩袁世凯的意见后，马上告知了袁世凯，劝其赶快躲避一下。袁世凯惊惧万状，立即换上普通服装，坐夜车去天津，住在英租界利顺德饭店，想通过直隶总督杨士骧搭船逃亡日本避祸。杨士骧避嫌没有出面，命其长子杨毓瑛向袁世凯说明利害，劝其回京。袁世凯复返北京。不久，即接到了“开缺回籍养疴”的谕旨。这时，他内心的恐惧才减少了一些，当即到摄政王面前“谢恩”。学部侍郎严修上折请朝廷收回将袁世凯开缺的成命，遭到申斥。
1909年1月6日，袁世凯仓惶登车前往河南，到车站送行的只有严修等三四人，专车更没有，昔日的威风排场一变而为冷冷清清、凄凄惨惨戚戚，其心情之悲凉可想而知；但能保得住一颗头颅，已是不幸中之万幸。
载沣罢斥袁世凯，与满汉问题毫不相涉，和实行宪政也无关系。但袁世凯的党羽为了蛊惑人心，制造混乱，挟制朝廷，重新起用袁世凯，竟大肆散布谣言，说什么袁世凯系“因首倡立宪获咎”，罢斥袁世凯是“实行排汉也，反对立宪也”；甚而对外国人说：“此外交之大变化，而拳祸之再作也”。一些不明真相的人听到这些流言蜚语，又“见袁氏曾主张立宪而今罢归也，以为吾国宪政前途或生障碍”。一股暗流在扩大。
为了击破袁党的阴谋诡计和无耻谰言，以正视听，推动宪政顺利进行，立宪派指出：袁世凯自人军机以后，从未“建一谋，行一政，促立宪之进步”。他所做的第一件“新政”就是强令苏杭甬铁路借款；他提倡立宪的真实动机，“非实见夫宪政之善，而以是救国利民也，欲藉宪政以自卫也”，不过想出面组阁，对宪政没有什么功劳。非但如此，他还最忌恨热心立宪的人，“认为大仇巨敌”，“若此等人果能盘踞政界耶，则内阁不知为何等责任，国会不知有何等权力，名为立宪，实则较之专制尤为惨酷”，“故曰袁氏开缺于立宪前途有益无损”。“其所深恶痛绝、除之惟恐不力者，则在民权”，“论者以为假文明之面具，而行其野蛮之手段者，恐不诬也。”有力地回击了这股暗流。
许多人主张应当将袁世凯的党羽一概罢免，以防其报复和死灰复燃。赵炳麟也上疏主张解散袁党，罢黜奕劻，调走直隶总督杨士骧，用人不分满、汉，以息谣言。载沣当即召见赵炳麟，询问如何布置。赵炳麟提出宣布袁世凯罪状；独任张之洞为相，表示重用汉人；起用岑春煊统率禁卫军，巩固朝廷；召立宪派康有为、郑孝胥、张謇、汤寿潜以及赵启霖等人进京，教授皇帝读书，并兼任摄政王顾问，以收海内人望；“实行立宪，大赦党人，示天下以为公”。可是，这个意见却受到与康有为、岑春煊有矛盾的张之洞的大力反对，张之洞认为奕劻老成持重，镇安皇室非他莫属，坚主仍用奕劻。优柔寡断的载沣终于听从了张之洞的意见，让奕劻继续把持朝政。
但袁世凯庞大的潜在势力及其散布的谣言终究不能让载沣放心，为预防不测，载沣将东三省总督徐世昌调任邮传部尚书；又借京察的机会，令民政部侍郎赵秉钧退休。同时接连发布上谕，宣布朝廷一定将预备立宪进行到底的决心。袁党的鬼蜮伎俩被粉碎，人心和政局也得到了稳定。
“垂钓”洹上
袁世凯居官期间，利用搜刮的巨款，在豫北的汲县、辉县、浚县和彰德（今安阳市）购置了大量田地山林，修建了数处房舍。罢官以后，他未回项城老家，带着两个姨太太到卫辉府的所在地汲县住下。
袁世凯之所以不回项城原籍，除了祖籍的房舍已给亲族外，主要是因为家庭矛盾所致，他不愿同其兄袁世敦往来。矛盾的产生起因于安葬袁世凯的生母刘氏。事情是这样的：袁世凯兄弟共六人，除袁世敦为父亲袁保中的元配夫人刘氏所生，系嫡出以外，其馀五人俱为袁保中的继室刘氏所生。对袁世敦来说，袁世凯的生母为庶母。1902年10月，袁世凯由直隶总督任上回祖籍项城安葬其生母的时候，因葬地与恪守封建伦理原则的袁世敦发生了剧烈冲突。袁世敦认为她不过是一位庶母，不准埋人祖坟正穴，只准拊葬于坟地的边角。袁世凯同他争执了很多次，他坚决不答应。在那个时代，有关家族中的大事，官高权重的袁世凯说了并不一定算数，最后要由袁世敦这个嫡长子决断。袁世凯没有办法，只得另外买了一块新坟地安葬了自己的母亲。从此以后，袁世凯就断绝了同袁世敦的往来；也由于这个原因，罢官后他没有回到项城的老家。
辉县城西北五里有河南著名的百泉、苏门胜景。百泉是卫水之源，泉流清澈，毛发可鉴，周围楼台亭阁或雄伟宏敞，或玲珑小巧，与嵯峨苍翠的苏门山交相辉映，风景极为秀美，自汉、晋以来，即成为名流隐士的游览栖迟之所。魏、晋时期的隐士孙登，竹林七贤之一的阮籍，宋以来的程颢、程颐、周敦颐、邵雍、耶律楚材、姚枢、许衡、孙奇逢等理学家、经学家、政治家，以及不食清粟而死的彭了凡，都曾来此游览、隐居或讲学。乾隆皇帝亦在此驻跸过。