袁世凯一向支持“保守”派，排斥“开化”派。政变发生后，他马上意识到了问题的严重性。因此，他极力主张用武力支持“保守派”复辟。他一面会同吴兆有上报李鸿章，要求派兵轮来朝，增加在朝鲜的兵力以解决事端；一面随机应变，发号施令，准备举兵。其时，保守派金允植、南廷哲（户曹参判）、沈舜泽（右议政）等也恳求清军援助。袁世凯当机立断，排斥其他军官的不同意见，独自决定派兵人宫，驱赶日本人，逮捕“开化党”，挽救朝王和王妃，恢复昔日秩序。
袁世凯先照会竹添，说明入宫理由。竹添置之不理。于是即和吴兆有、张光前等即率清军1000余人闯入王宫。日军开枪射击，双方战事遂起。日军寡不敌众，抵挡一阵之后，便撤出王宫。事后又自焚使馆，逃回日本。洪英植、朴泳孝挟持国王逃往关帝庙避难，被清军捕获。袁世凯护送国王回宫，“保守”派重新掌权。
袁世凯亲率一营清军驻守王宫，以“监国大臣”自居。12月15日，他直接给李鸿章写了一篇长达数千言的报告，很得意地详谈了镇压政变的细节，吹嘘自己的“功劳”，并大胆献计：“莫如趁此民心尚知感服中朝，即派大员，设主监国，统率重兵，内治外交，均代为理，则此机不可失也。”
由于中法战争正在进行，李鸿章不愿与日本失和，另起兵端，这一建议未获采纳，袁世凯不免大失所望。然而，他竟自作主张，搬进王宫，住在偏殿楼下，与李熙居室只有一墙之隔，对李熙进行直接监视；同时要求各部大臣每天向自己“白事，环绕左右听指挥”，以监国大员自居。
从当时清政府的立场出发，袁世凯在政变的关键时刻所采取的军事行动无疑是正确的，本应受到奖赏，可是另外一些事情却搞得他灰头土脸。首先是他在平定政变后，不经请示即挪用军饷，抚恤被亲日派杀害的朝鲜大臣的家属，要求李鸿章将这笔款项作为正当开支报销，遭到李鸿章严厉申斥，谓其“纯以银钱买结韩人之心，实属荒谬”！不准所请，并札饬吴兆有责令其赔偿。其堂叔袁保龄也去信痛训，令其悉数赔缴。其次是他权势欲极大，一心想独揽军权，排斥吴兆有等人，吴兆有等人心有不甘，与之闹翻，揭发他贪污军饷等问题，直气得他大叫“官运恶极”！
这时，日本政府又致函清政府，反咬一口，指控袁世凯妄启衅端，声称此次中日冲突，曲不在己。清政府不知真相如何，命李鸿章与会办北洋事宜的吴大激负责处理，但不得与日本开衅。经过会商，决定由吴大澂和续昌赴朝查办，袁世凯成为查办对象，吴大澂、续昌抵达朝鲜马山浦，袁世凯即派人将叙述事变经过的书面报告呈上，后在汉城又亲自遇见，当面辩解，并自劾擅自计衅之罪。吴大澂、续昌并未加以责备，反而说他劳苦功高，竭力安慰。但怕他的军队驻扎朝鲜王宫之内引起日本政府猜疑，令其撤出，回归本营。
日本政府此时也派井上馨同朝鲜政府谈判，并与之签订了《汉城条约》。这个条约解决了政变后朝日之间的善后问题，但未解决中日军队冲突的问题。清军是日本势力渗透朝鲜的巨大障碍，日本对在粉碎政变中发挥了重要作用的袁世凯尤为切齿痛恨，“憾之刺骨，百计排陷之”，因此，扬言还要同清政府谈判，要求清军退出朝鲜。
这一系列事情均使袁世凯极为愤慨而又心灰意冷。恰在此时，他的养母牛氏听说他身处危地，吓得旧疾复发，急函催其回籍。于是他便以母病为名，向吴大潋请假回国。
1885年1月30日，袁世凯离开汉城，次日夜乘超勇舰去旅顺，会见了袁保龄。过了两天，吴大潋、续昌处理完朝鲜问题亦回到旅顺。接着他们和随员乘轮前往秦皇岛，驶出不久，即遇到浮冰，不能前行，只得改赴烟台。到烟台一打听，由陆路回天津需要二十多天方能到达，经请示总理衙门和李鸿章，他们在烟台住下，待开冻后乘轮回津。3月中旬，他们一起返回天津。吴大澂见李鸿章时，盛称袁世凯有“奇才”；到京复命时，又屡言袁世凯才堪可用。由此，袁世凯的名望渐高。李鸿章召见了袁世凯，叫他仍回朝鲜供职。袁世凯坚持回家省亲，并于3月底动身，回到河南陈州（今周口市一带）。
改换门庭攀附大树好通天
袁世凯的政治投机可谓即准且毒，李鸿章失势之后，他想方设法结交荣禄、李莲英、李鸿藻等朝中大佬，千方百计地为掌握督练新军之权而奔走。
1894年7月22日，袁世凯回到天津后，在北洋散居闹曹，无所事事，经常对朝鲜问题指手划脚，遭到许多白眼，人们把他视为奸雄，戏呼之为“曹操”。他不以为怪，漫然应之，不以为耻，反觉其荣。
7月25日，日本海军在牙山口外海面突然袭击中国军舰和运兵船只，不宣而战，挑起侵略中国的战争。28日日本又向中国驻牙山的军队进攻。8月1日，清政府被迫对日宣战，中日甲午战争正式爆发。战争一开始，中国军队遭受严重损失。对此，袁世凯是负有一定责任的。因为他情报搞的不准，为日本所骗，曾电阻清军入朝，使日军在数量上占了优势。但李鸿章以其发过讨救急电，日本蓄意开战，未加归咎。
此时，战事已成当务之急，但是李鸿章主张投降妥协路线，与广大人民大唱反调。
在这种失败主义思想支配下，袁世凯不是积极筹办粮饷军械，而是消极应付，观察形势，准备逃跑。在清廷和李鸿章的投降路线指导下，中国的陆海军连连败北，日本军队很快渡过鸭绿江，侵人中国东北。袁世凯闻败讯即逃，由鸭绿江边的九连城而凤凰城，而辽阳，而新民厅，一直退到山海关。
日军的咄咄进逼，清军的全面溃败，迫使清廷要求停战议和。1895年2月，清廷免去李鸿章的直隶总督兼北洋大臣职务，命其为头等全权大臣，前去日本办理投降交涉。3月14日李启程去日本马关。对这个“闻败则喜，闻胜则怒”的卖国贼，全国人民无不切齿痛恨。袁世凯则倍加崇敬，一听到李在马关被刺的消息，心如刀绞，火急发电慰问，表现出无限的关切。
4月17日，李鸿章与日本签订了丧权辱国的《马关条约》。按照这个条约，中国要承认日本对朝鲜的控制权，割让辽东半岛、台湾、澎湖列岛给日本，赔偿日本军费白银二万万两，增设沙市、重庆、苏州、杭州四个通商口岸，日本船只可以沿内河驶入上述各口岸，日本在通商口岸设立工厂等等。它进一步加深了中国殖民地半殖民地化的程度，使帝国主义列强瓜分中国的民族危机空前加剧。消息传出，全国人民悲愤至极，纷纷要求拒和废约，坚决与日寇血战到底。正在北京应试的举人康有为等上书废除和约，发出改良政治、挽救民族危亡的强烈呼吁。清政府中的一部分官僚也大为不满，有的提出杀李鸿章以谢天下，废约再战。袁世凯也被人们当作引起战争的罪人加以斥责。李、袁二人同病相怜，感情更加融洽了。四月下旬李回到天津，因受舆论谴责，藏在家里不敢出来。袁不避嫌疑，当即向督办关外军事的刘坤一销差，赴津谒李。李大大夸奖了他一通。许以保荐他再高升一步。
甲午战争的失败，彻底暴露出中国旧有军队的腐败无能，显示了日本洋枪洋炮的厉害。清政府从陆军的惨败和水师的覆没看到，完全依赖原来的军队维护统治已无济于事，必须重新编练新的反动武装。各方面的人士都痛切地感到应速改革旧军队、建立新军队。
甲午战争后虽然人们认为李已是一只死老虎；但即使如此，李在清廷的余威仍在。李鸿章的爱护对袁世凯日后的发展当然不会无用，不过袁世凯这时认为自己的前途不能仅仅依靠一个垂暮之年的老头，还必须广结同党。
当时，北京有清流派，甲午战争以来，非常活跃，控制了当时舆论。北派清流首领以李鸿藻、张之洞、张佩纶为中坚；南派清流首领是光绪皇帝的师傅翁同龢。袁世凯结识李鸿藻，是他的老朋友徐世昌引荐的。
在甲午战争中李鸿藻曾多次接到袁报告战事的信札，对他十分赏识，现在又觉袁提出的整军计划有“可取之处”，于是在1895年6月将其调至北京，并得皇帝上谕：“交吏部带领引见”，派充督办军务处差遣，以备顾问。
督办军务处是1894年10月成立的中央军事机构。以恭亲王奕为督办，庆亲王奕劻为帮办，户部尚书翁同龢、礼部尚书李鸿藻、步军统领荣禄、右翼总兵礼部左侍郎长麟会同商办。这其中，奕新、奕劻是皇族，素不知兵；翁同龢、李鸿藻是文人，本无军事知识和经验；长麟亦无甚表现。惟荣禄自以为将门之子（荣禄祖父喀什噶尔帮办大臣塔斯塔、父总兵长寿），野心勃勃。加上是西太后的宠臣，所以督办军务处的核心，就在荣禄。
袁世凯不甘心在军务处做一个可有可无的差委，他一心向往文人知兵而出将人相。自诸葛亮以至曾国藩、李鸿章，莫不是以书生而统御雄兵。所以他积极促请清廷编练新军，后得知朝廷编练新军，从北洋试办人手，正在物色人物。便赶紧靠上有实力的荣禄，企图双管齐下，借以达到目的。
荣禄为人识见不高，爱金钱，好恭维，袁世凯投其所好大下功夫。荣禄有野心，想培植自己的势力，看到袁世凯还是有点才能，就毫不犹豫接纳了他。
至此，袁世凯在通往京师练军的人际公关方面，一切进展顺利。
练新军，必须有新军知识。于是，袁世凯邀集幕友，在他的“嵩云草堂”里译撰起兵书来。不久，即成书12卷，取名《观海楼谈兵》。袁世凯利用其叔祖父和堂叔在京的关系，遍送京城各大要员。
此举果然为袁世凯博得了“知兵”之美名。加上他在朝鲜督练新兵，安定朝鲜乱局的表现，他便俨然以“文武双全”而见重于那个时代了。
荣禄读了兵书，十分赏识，不但答应提携袁世凯，而且还收袁为自己的门生，命袁世凯拟出新建陆军的各种规章制度，准备推荐。于是，袁世凯参照曾国藩、李鸿章早期编练湘军、淮军的办法和德国的军制，拟定《练兵要则十三条》、《新建陆军营制饷章》和《募订洋员合同》，呈报军务处。
尽管如此，袁世凯却不是惟一的当然人选。
早在袁世凯之前，淮军官僚、长芦盐运使胡燏棻积极主张清廷重建陆军。胡曾将英使所交来的《应时练兵说帖》求宁波王修植编修代拟条陈。王文辞敏捷，对新政素有研究，遂成两稿，第一稿以英使说帖为蓝本，第二稿加以文字渲染。胡以第二稿送至京师督办军务五大臣和荣禄，并借此资本得以在1894年冬练定武军10营。
袁世凯闻知胡燏棻练兵经纬，遂又动了心思，天天去拜访王修植，并与王结成盟兄弟。为哄得王编修开心，袁不但常常宴请，而且请北京侯家巷的名妓来陪玩。过惯了清苦日子的穷书生编修猛然享受到花天酒地、日掷千金、天天有人奉承的奢侈生活，云里雾里，眉开眼笑起来。袁世凯看火候差不多，就求王代拟一练兵条陈。王这才发现天下没有白得的好处，吃人家的嘴软，于是把曾代胡拟的第一稿，即英使练兵说帖交给了袁世凯。
袁世凯得到“练洋操各种办法”，如获至宝，早晚朗诵，紧记要点，然后缮正，求荣禄代奏。荣向袁逐条详询，袁亦逐条对答如流。荣禄很高兴，带袁谒见醇亲王和庆亲王，袁亦能从容应对，并较胡燏棻能抓住要点，加以胡是绍兴人，官话不如袁流利，因此，军务处的亲王们对袁印象加深。
11月19日，督办军务处的奕劻、李鸿藻、长麟、翁同龢商议决定军务三条：一、胡燏棻改任津芦铁路督办；二、袁世凯练洋队；三、荫昌挑选旗兵入武备学堂。
12月初，军机处议论变通军制，讨论确定在天津创建新式陆军的合适人选时，袁世凯成了各方接纳的宠儿，最早赏识袁世凯的李鸿章自不必说，荣禄亦极力主张任用袁世凯。
李鸿藻认为袁“家世将才，姻熟兵略，如令特练一军，必能矫中国绿防各营之弊”。
翁同龢表示：“此人不滑，可任也。”醇亲王载沣、庆亲王奕劻有了荣禄引见时的一番应答，也甚满意，在奏折上说袁世凯“朴实勇敢，晓畅戎机，前驻朝鲜，长有声望；其所拟训练洋队办法及聘请洋员合同暨新建陆军营制饷章，均属周妥”。
为集中火力，袁又请出了对他有好感的地方总督张之洞、刘坤一、张、刘先后上奏折，说袁“年力正强”，“志气英锐”，“胆识优长”，“任事果断”，是少有的“知兵文臣”。
平日相互掣肘，纷争不息的各方各派大臣现在如此一致推荐同一个人，连光绪皇帝都感到诧异，心想既然袁世凯如此众望所归，定然不错，袁虽非满人，但汉人曾国藩、李鸿章、左宗棠曾一样使清室中兴，遂放心地将清室整军经武的工作交给这个袁世凯了。
驻节朝鲜
1885年3月，日本伊藤博文一行来华解决中日军队在朝鲜的冲突和撤兵问题。清政府派李鸿章为全权大臣与之谈判。4月，签订了《天津条约》，规定两国同时从朝鲜撤兵；两国均不派员教练朝鲜军队；今后朝鲜如有变乱等重大事件，派兵去朝鲜要互相照会，事定即撤，不再留防。伊藤博文还提出要惩办袁世凯。李鸿章拒不接受，最后答应以私人名义警告责备。同年夏天，驻朝清军依约撤回。
这时，闵妃集团的一部分人又转而倾向俄国，企图请求俄国保护与教练军队。针对这一情势，李鸿章准备把软禁在保定的大院君李昰应释放回国，利用其影响和力量，抵制闵妃集团依赖俄国的倾向，以加强对朝鲜的控制；并打算让袁世凯护送李昰应回国。
袁保龄对袁世凯能够“机警”地摆脱在朝鲜的困境极为满意，但又觉得他连个举人的资格也未取得，混迹官场未免“太贬声价”，将来高升很难；而如能应举考中之后，“则声价顿长，出路亦宽”；同时，驻朝军队业已撤回，中国在朝鲜的商务委员以后“不过受罪而已”，绝无可能有所作为。故而在李鸿章面前再三替袁世凯力辞，并函告袁世凯，仍应以科举为阶梯，努力学习，准备参加秋季考试
袁世凯厌恶读书，久荒诗文，即便考试，也不会榜上有名。对此，他心知肚明，早已绝了重进考场的念头，不愿再一次自找晦气，让人耻笑。袁保龄的告诫他当然听不进去，整日呼朋引类，花天酒地，虚掷光阴。
7月，李鸿章惟恐朝鲜局势发生剧变，急欲送李昰应回国。他认为袁世凯“有应变才”，“又与金允植、鱼允中等相熟，两边均可调停，于事有益”，是护送李昰应的最佳人选，又向袁保龄提出让袁世凯执行这一任务。袁保龄见此事涉及大局，只好答应，并遵嘱写信通知袁世凯做好准备。同月30日，李鸿章把李昰应从保定接到天津，进行了一番交谈之后，决定以袁世凯接替驻朝商务委员陈树棠，作为加强控制朝鲜的又一具体措施。一面催促袁世凯迅速回到天津，一面报告清政府，派袁世凯护送李星应回国。