不管是蒋介石的训示也好，还是面谕也好，或者是函示也好，二陈兄弟都惟命是从，坚决照办。他们遵照蒋介石的旨意，为了使中央政治学校像黄埔军校一样，成为培养国民党干部的基地，劳心费神，想了很多办法，出了很多主意，大从学校的培养目标、招生原则，小到科系设置、教学内容等方面都作了硬性规定。表面看起来，中央政治学校科系分明，章程俨然，实际上却是一个包罗万象，五花八门，不伦不类的大杂烩，与其说是个学校，不如说是个臃肿的机关。
在二陈的直接干预下，中央政治学校设置了许多大学所没有或少有的机构，如公务员训练部、专修科、附属学院、学校及研究部等，科系中还设置行政系、外交系等。学校对师生的管理十分严格，采取层层控制的办法。在教育长以下，分教育处、训导处、总务处、公务员训练部、研究部、毕业生指导部、军训总队部等等，各处都设有主任和副主任，处以下再设科，科有科长和副科长。各执其事，各负其责，完全是一个行政衙门的官僚组织，将一切权力都集中于教育长一人之手，即集中于陈果夫一人之手。
作为幕僚，无论怎样迎合，终不过是他人手中的一颗棋子。正是在这层层控制之下，学生像奴隶似地集中在学校，实行军事管理，一切言论行动都听从学校指挥，稍有越轨，即行处置，如有某种进步言行，则坚决开除。有一次，学校内有三名学生在闲谈时，对国民党“围剿”红军、压迫民众的政策略有微辞，很快被学生中的奸细告之学校，校方二话没说，即以“共产党”罪名宣布予以开除。有位具有正义感的教师觉得处理太重，便找到陈果夫，向他说情，希望校方能宽恕这三名学生，但陈果夫满脸冰霜，对此毫不通情，他眉头紧锁，一字一顿地说：“学生好比一筐广柑，这三个学生好比是三个烂广柑。烂广柑一定得拿掉，否则就会影响别的。”这位教师再二三恳求也无效，只好怏怏而退。
另外，对一些违反纪律的学生，校方也不问青红皂白，予以重罚。陈果夫常对学生讲：“学生在中央政校既是学生，也是士兵，谁要不守纪律，即按军法处置。”一些学生往往稍有不慎，就会糊里糊涂地受到学校“军训总队部”的惩罚。有一年夏天，天气十分炎热，校方要求中午睡午觉，一名学生在宿舍里难得人睡，便出来走走，他信步进入大礼堂，觉得里面十分凉爽，便在礼堂的长凳上睡着了，结果被校方发现，将这个学生叫到军训总队部，予以严厉斥责，说他在礼堂睡觉是违反纪律，有伤风化。这个学生不服气，认为仅在礼堂躺了一下，无伤大雅，便与该部负责人发生争论，结果，陈果夫知道后，大发雷霆，指示校方，以“目无长官”的罪名将这名学生开除。
陈果夫、陈立夫还深恐学生不能成为他们所希望的“人才”，除了加强对学生的控制外，还经常向学生发表演讲、训话，并将学生找到家中或办公室里，进行个别训示、引导，以笼络学生。当中央政治学校第一期开学时，陈果夫正发胃病，但他还是忍着疼痛向学生发表讲话，在讲话中，他特别强调蒋介石、国民党中央对学校十分重视，说什么：“中央对于这个学校，期望甚殷，希望诸位受到三民主义的高等教育，将来负担实践主义的责任。”这里，陈果夫所说的三民主义，实质上是蒋介石的新专制主义，负担实践主义的责任，即是说明中央政治学校要将学生培养成实施蒋介石新专制主义的骨干“人才”。
在陈果夫、陈立夫的惨淡经营下，中央政治学校的学生一届届毕业，走向了国民党各级党部和各级行政部门，成为蒋介石统治各地的基本力量。同时，二陈也通过这些学生将自己的势力渗透到国民党各级党部和政府机关。开始，他们以控制各级党部为重点，后来，在把持党务的同时，也向政府渗透。1932年，二陈曾向他们的亲信训示：“我们要设法转到各级省政府民政部门，因为民政厅管辖各县，既可以保荐县长，又可以直接指挥各县，使民政部门党化，把党融化于民政部门内。民政部门党化后，党部就可在背后发号施令，勿需正面出现。”于是，他们首先在浙江控制了民政厅，然后将120多名中央政治学校的学生派往那里，以佐治员的身分参加各县县政工作，实际上控制了浙江所有县的党政大权。在其他一些省，他们也采取了类似办法，达到了控制这些省党政大权的目的。中央政治学校的历届毕业生，便成为二陈在各地的基本力量，所以，当时社会上就普遍的说，“中央政治学校出来的学生，脑门上都刻着CC两个宇”。如果说，当年蒋介石通过办黄埔军校控制了国民党军队，那么陈果夫、陈立夫兄弟俩则通过办中央政治学校而控制了国民党，他们在国民党内的势力越来越大。
CC势力已过于庞大，蒋介石忧心忡忡，恐其势力的发展危及自身的安危，终要费尽心机，铲除祸源。看好三全大会
根据国民党二届四中全会决定，将于1929年初召开国民党第三次全国代表大会，蒋介石对这一次大会特别重视。因为蒋介石虽然通过二中全会复出，取得了党政军大权，但并没有在国民党统治上确立其政治领袖的地位。蒋希望通过这次会议打击反蒋派系，形成自己的一统天下。因此整个会议的筹备活动都在蒋的直接指导下进行，而具体担任筹备工作的则是陈果夫。蒋要求陈果夫结合各地整理党务、实行“清党”的情况，筹备好三全大会。
二陈兄弟对三全大会都抱有很大希望，但陈立夫认为自己太年轻，要在国民党中央获取权力还为时尚早，心情要坦然些。而陈果夫则不同，还在二全大会时，就靠蒋介石的全力提携，当上了国民党中央监察委员，现在考虑的是，在三全大会上怎样巩固已有地位，并得到进一步跃升。因此，陈果夫对蒋交给自己的筹备三全大会的任务，既感到荣幸，又感到艰巨，他必须抓住这一契机，通过三全大会的召开，既确立蒋介石的党统地位，又确立自己在国民党中央的特殊优势。
但要真正按蒋、陈的意愿开好三全大会，并非易事。陈果夫首先分析了国民党内各派势力此消彼长的大势，认为胡汉民、汪精卫、西山会议派、蒋介石这四大柱头中，西山会议派经二届四中全会的打击，已是锐气尽伤，已无与蒋争锋的能力；胡汉民虽在党内有很高的政治声望，深厚的革命资历，很强的理论水平，但自廖案后，长期远离政治中枢，势力已大不如前，尚不能对蒋构成威胁；只有汪精卫，自孙中山逝世后，一直以孙中山的继承人自居，而其资历、才干、声誉也非蒋所能比，特别是手下聚集着一批中央高层干部，如顾孟余、陈公博、王法勤、王乐平、郭春涛、白云梯等，形成人多势众、阵容强大的局面，不可小觑，这是三全大会上能够对蒋构成威胁的最大一支力量。
蒋介石、冯玉祥、阎锡山三方势力混战，最终归蒋。图为（左起）冯玉祥、蒋介石、阎锡山。根据以上分析，陈果夫向蒋介石提出了一个联合西山会议派、胡汉民派、孙科太子派等，组成一个联合的但以蒋为主体的政治中枢的方案，目的就是为了排斥汪精卫派。在将汪派人物挤出中央后，再对联合体中的各派采取各个击破的办法，以逐步形成蒋陈对国民党的完全控制。对陈果夫的这个方案，蒋介石正在酝酿时，便遭到了党内另一派系——丁惟汾系的反对，丁惟汾系在国民党中央并没多大力量，但在基层党部却有相当实力，他们本来就想借三全大会大举进军中央，占据中央高位，而陈果夫的方案断了他们的路，丁派当然要群起反对了。
丁派的反对反而引起了陈果夫的警惕，因为按国民党党章的规定，全国代表大会的代表是由各地基层党部选举产生，而各基层党部虽经“清党”，大部分还为丁派掌握，如果基层党部操纵选举，那么大量丁派人物会成为代表拥进三全大会，更不堪设想的是丁派与汪派联手，蒋陈将面临更大的威胁。
如何防止此种情况的发生呢？陈果夫不愧是政治老手，他认为，扬汤止沸，沸乃不止，干脆来个釜底抽薪。于是，陈果夫提出了一个党代表不依党章选举，由中央常务委员会指定的办法。
陈果夫的办法虽很荒谬，但却合蒋介石的口味，专断的蒋介石认为，不这么做，其在三全大会上的目的是很难达到的。蒋欣然同意，并由他以中央组织部长的名义，于1928年10月25日向国民党中常会第179次会议提出报告。由于报告提出很突然，中常会委员们都没有思想准备，竞获得了通过，并作出决议，通令各省、市党部遵照执行。
陈果夫的办法，即出席三全大会的代表，采取圈定与指派相结合。所谓圈定，即国民党地方党部按规定代表人数的一倍上报中央，再由中央圈定其中的一半作为代表；所谓指派，即由国民党中央直接指定某人为该地区的代表。这完全是独裁与专断，一方面违反和践踏了孙中山亲自主持制定的国民党章程，粗暴剥夺和侵犯了党员的基本权利；另一方面，使一些本来可以通过选举成为代表的党员顿时失去了希望。因此，当中常会179次会议的决议公布后，即受到国民党各基层党部的强烈反对，尤其是汪派与丁派，反对最强烈。因为他们中一些人物，在革命资历、政治声望、活动能力等方面，在国民党内都是一流的，但在二届四中全会时，受到蒋派的排挤，正希望通过三全大会东山再起，而按新的代表选举办法，他们恐怕连当个代表都很难，何谈在党内再度崛起呢？
以陈公博、唐生智为代表，策动汪派、丁派及其他一些反蒋派，率先掀起了反对三全大会代表指派与圈定办法的运动。1928年11月1日，在陈公博插手下，南京市党务指导委员会召集下面党部和分党部举行联席会议，一致反对新的选举法，并作出了反对第179次中常会产生三全大会代表办法的决议。当天，南京市党务指导委员会派丘河清等9名委员，携带联席会议决议到中常会陈述。结果，为陈果夫阻挡于大门之外。第二天，丘河清等9人宣布集体辞职，以示抗议。
11月8日，南京市各区党部代表30多人赴中央党部递交抗议书，并推谷正纲、吴健列席中常会，结果，陈果夫请出胡汉民，将谷、吴痛骂一顿，才平息此次抗议。与此同时，浙江、安徽、上海等国民党党部也纷纷发出通电，向国民党中央提出抗议。一些国民党左派人士如何香凝等，也发表声明和谈话，表示反对三全大会代表的指派圈定办法。有些地方还指名要求将胡汉民、戴季陶、陈果夫3人驱逐出中央。
就是蒋介石的一些亲信，也对此种办法不满，认为其有利于陈果夫培植党羽亲信，如贺衷寒、邓文仪等人策划发表文章，指责陈果夫。一时，陈果夫处于四面楚歌的境地。
陈果夫并不慌张，对蒋介石亲信的责难，他请出蒋介石，将贺衷寒、邓文仪劈头盖脑地骂了一通，这些人再也不敢随意动弹了。对反蒋派，陈果夫则采取以柔克刚的办法，一方面，通过蒋介石等将三全大会延期三天召开；另一方面，对选举办法稍作修改，即结束登记，建立党部的可以由自己选举。而当时符合这一条件的仅一个省（即广东省）三个市（即南京、广州、上海）有资格选举代表，而指派与圈定的代表仍占80％以上。但如此一来，确实平息了一些地方的反对情绪。
汪派人物仍不服输，1929年3月11日，汪精卫、陈公博、顾孟余等14名汪派的中央执监委联合发表《关于最近党务政治宣言》，反对圈定指派法，反对按此种办法选举代表召开的三全大会。该宣言一发表，各地汪派群起响应。
3月12日，国民党中常会批准南京市党部召开党员代表大会。汪派与丁派人物准备在会上掀起反对包办三全大会的运动。二陈预先得到情报，便调动特务军警，准备镇压。3月14日，大会开始，大会主席谷正纲在开幕词中迫不及待地喊出了“反独裁、反圈定代表”的口号。陈果夫、陈立夫事先布置在会场的亲信方觉慧等人当即群起闹事，陈立夫布置在会场外的打手乘机冲入会场大打出手，将谷正纲等人打伤，随后，二陈调集的军警包围会场，将谷正纲等汪派人物逮捕。这样，汪派反对三会大会的最后一次出击被镇压，为三全大会的召开铺平了道路。
3月15日，由陈果夫精心筹备，蒋胡合作的国民党第三次全国代表大会在南京召开。会议始终控制在蒋陈手中，并按陈果夫所设计的打击一批，拉拢一批，提拔一批的原则建立新的三届中央领导机构。所谓打击一批，即打击汪派与丁派人物；所谓拉拢一批，即拉拢西山会议派；所谓提拔一批，即提拔陈果夫的亲信人物。在三全大会上，陈果夫被选为中央执行委员，他的弟弟陈立夫也被选为中央执行委员，兄弟俩双双问鼎中央。这一年，陈立夫才29岁。
随后，在国民党三届一中全会上，陈果夫进入中央核心层，成为9名常委之一，并在蒋介石任部长的组织部担任副部长，代理部长主持部务工作，而弟弟陈立夫则更是一步登天，出人意料地被任命为中央秘书长。而且，二陈手下的一些骨干人物，如曾养甫、余井塘、张厉生、张道藩、程天放等也都进入中央，当上了中央执行委员。二陈已牢牢控制了国民党，势力也越来越大，以至1935年11月，国民党开第五次全国代表大会时，陈立夫操纵选举，他所得的选票竟比蒋介石多4票，陈立夫一时慌了神，他知道这样不好下台，便亲自抹去5票。蒋介石知道了，气得脸色发青，为此要扣留陈立夫。消息传到南京常府街18号陈氏兄弟居所时，陈立夫吓得彷徨失措，而陈果夫则冷静沉着。陈果夫深知蒋的为人，既猜疑心重，权势欲强，同时也很恋旧，对于亲信故旧，只要你剖明心迹，甘心臣服，蒋是能谅解的。为此，陈果夫设计了三步脱身之计，一是让陈立夫以“养病为由，躲入浙江天目山，使蒋不能有所举动；第二步，由陈果夫调动各方关系为陈立夫说情；第三步，使出杀手锏，星夜派人回老家，把陈其美遗孀，果夫、立夫的二婶姚文英接来南京向蒋求情，这一招果然十分厉害。陈其美的老婆直接找到蒋介石，向他哭诉：“我的儿子死了，立夫就是我的儿子，他有多大的胆敢不听委员长的话，你难道忍心叫英士绝后吗？”蒋介石碍于面子，没有扣留陈立夫。这一场狗打架的风波，说明了陈家的势力。因此，“蒋家天下陈家党”的说法也就不胫而走。在此情况下，蒋介石对二陈的工作一方面也予以赞赏，给予支持；另一方面，则时时予以防范。
政坛风云变幻莫测，为了一已之利，总会今日合作，明日相争。图为：孔祥熙。国民党的文化围剿
陈果夫与陈立夫在组织上整理党务，加紧“清党”的同时，在思想理论方面，也开展了大规模的宣传活动，以对共产党实行反革命的文化“围剿”。