大力支抗战
1937年7月7日晚，在北平城西南15公里的卢沟桥畔，响起了日本帝国主义侵略的炮声。中国守军奋起抵抗，中华全民族的抗日战争正式爆发。
面对日军的疯狂挑衅，在全国抗日高潮的影响下，蒋介石在军事上作了紧急部署，并表示：
早已决心运用全力抗战；宁为玉碎，毋为瓦全。
民族的危机，全国抗战的兴起，蒋介石对日态度的变化，对二陈是有影响的。抗战爆发后，他们坚决主张抗战，反对汪精卫集团的投降主义论调，他们的民族热情进一步勃发。当汪精卫等人被日本帝国主义“三个月灭亡中国”嚣张气焰所吓倒，散布“战必大败，和未必大乱”的滥调时，陈立夫坚决反对这种投降主张。他说：“世界上任何民族，如未丧失其自信心，必能抗拒任何危难，保持其民族独立自由。”主张坚决抵抗。
七七事变第二天，十多名中外记者在国民党中央组织部采访陈立夫。一美国记者以十分轻视的态度问陈立夫：“中日强弱十分悬殊，你们如何能抗日？”
陈立夫正气凛然，从美国历史联系中国现实，侃侃而谈：“你们美国人，应谙美国历史，如果依照你们看法，则美国今日犹为英国的殖民地。华盛顿在起义时，仅凭几十支乱枪，与英国驻军之武器相比，有天壤之别，华盛顿所凭藉者为民意，民意是看不见的伟大力量，远胜于枪杆子，其所以最后胜利者，民意为之也。今日日本侵略中国，全国民意主张抵抗，蒋委员长顺从民意以抵抗之，故今日之问题不是‘能战不能战’而是‘应战不应战’，应战虽打到一兵一卒仍须顽抗，美国独立战争，最后得到法国之援助而成功，焉知我国之抗战，亦将获得他国之援助而战胜敌人乎？所谓‘得道者多助’是也。诸君之估计仅从物质一方面作比较，是错误的，须知精神道德之力量，实较物质的力量大得多，北伐战争，以少胜多，此乃一可证之近例也。”一席话，说得美国记者直点头，话毕，十多位中外记者鼓掌以示赞同。
正在江苏主政的陈果夫，在卢沟桥事变后，积极建议在上海设防，阻止日本军队从上海进攻。他说：“海陆争攻，不可不防也。”同时，他召集各县县长进行训示，要求各县“促速组织民众，为国防准备”。还在省府镇江召集各界领袖人物谈话，对敌我情形及如何准备防卫等，分别提出说明，以提高众人之警觉。他对山东韩复榘不作抗战准备十分不满，说：“想做英雄者自己不准备，且不许他们准备，致有事时毫无对外力量。”
战争开始后，陈立夫积极参与国民党中央决策工作。陈果夫也被推为国防最高委员会委员。蒋介石起先对列强各国抱很大希望，要求各国“主持以道”，认为：“现在局势只有各关系国尤其美、英二国之合作，挽危机。”但并没引起列强各国的积极响应。这时，陈立夫建议把目光转向苏联。因为卢沟桥事变发生后一个星期，苏联外长季维诺夫便接见中国大使蒋廷黻，表示：“苏联愿助中国。”
根据中苏双方商定，苏联将援助中国一批物资，关于运输路线，当时决定从新疆运进。为了落实这一问题，9月28日，蒋介石派陈立夫秘密赴新疆，与盛世才商洽，因为盛世才主政的新疆，基本上维持着半独立状态，对南京国民政府的指令常常不买账。而陈立夫与盛世才有过一些交情，北伐时，陈立夫是秘书处科长、盛世才是参谋处参谋，在行军时互相认识。由于都是年轻人，一下子成了好朋友，那时陈立夫工作忙，每到一驻地，便开始忙碌文电的处理，盛世才对陈立夫工作认真的态度十分敬佩，而陈立夫则欣赏盛世才的才气。后来，盛世才到新疆，搞垮了新疆领袖金树仁，取代了金，与南京政府关系并不好，陈立夫时常在盛世才与南京政府的争执中作些调解，盛对陈立夫也能另眼相看。陈立夫到新疆后，对盛世才晓以民族大义，盛终于同意苏联援华物资从新疆通过。陈立夫还对沿途各站飞机、大炮等重武器运输所需的汽油等细节问题都作了细致安排。当时一头骆驼可载8桶油，这可以说是用最古老的运输方式运最新式的运输油料。新疆方面按陈立夫的安排，把油料运送到目的地，一桶一桶放置好，而那些由苏俄赠送给中国的飞机、大炮等军用品，便可在新疆加油，然后经甘肃到西安，再飞抵汉口。后来，在保卫武汉的空战中给日本飞机以重大打击的中国飞机，就是从这条运输线运到抗日前沿的。因为这一成绩，抗战胜利后，国民党授予陈立夫空军奖章。
在关于对日政策方面，陈立夫也有很多考虑。他曾向国民党中央建议：
一、作一详细报告，说明“九一八”以来日军侵略我国之经过及违反九国公约之点（由军政部负责起草）。二、明显表示我方对于东亚问题之根本主张及解决中国问题之意见（由外交部起草）。三、对英、德及各国分别进行经济方面之接洽。四、关于停战之先决条件：（一）有恢复卢沟桥事变发生以前之保证；（二）有九国公约国及有关系各国之实力监视；（三）须有根本问题解决方案在后。
这些建议中，虽然在关于停战条件中有恢复卢沟桥事件发生以前之保证的条款，这与蒋介石抗日不坚决彻底的态度有关，其他方面应该说还是强硬的。
抗战开始后，陈立夫还应军事方面的要求，组织军事工程团，该团任务是在浏河与嘉定之间，修筑一条碉堡线，以阻止日军的西进。因当时日军正进攻上海，占领上海后下一目标将是南京，蒋介石为了延缓日本侵略者的进攻速度，以进行南京保卫战的准备工作，便要求陈立夫以极短时间建一道坚固的碉堡防线。陈立夫接受任务阎锡山，即使在身家性命难保之时，依然爱财胜于一切。后，以他在工程界的影响，迅速集合上海、南京两地的工程师，组成军事工程团，由陈立夫任团长，随即开展工作。他们很快作出设计，画出图纸，雇佣民力，开始建设。陈立夫统筹全局，还抽出时间，到工地督察，以确保按时、保质完成任务。由于处此民族危机之时，国民政府出资，陈立夫有热情，民众有干劲，所以，很快这道艰固的碉堡线奇迹般出现了。只是可惜日本军队占领上海后再向南京西进时，蒋介石并不想守南京，而是快速撤退，因此军方并没有很好利用这道由民众辛苦抢修起来的碉堡线。后来，这条碉堡线为日军占领，成为日军对付新四军的防线，真是莫大的讽刺。
抗战开始后，为了争取苏联的帮助，陈立夫受蒋介石指派，加紧了同苏联驻华大使鲍格莫洛夫的谈判。中国希望和苏联订立军事同盟，以对日本造成威胁，但苏联从自身利益出发，害怕得罪日本，致使日本与德国联手进攻苏联，造成其两面受敌，所以对中苏建立军事同盟采取消极态度。
当时苏联人打的如意算盘是，这场和法西斯主义的战争，东方让中国和日本打，西方让法国和德国打，俄国不卷人战争。陈立夫抓住苏联人的心理，提出，既然要中国和日本打，苏联必须支援中国各种武器，包括飞机、坦克、高射炮、大炮等。苏联人急于让中国挡住日本北上的步伐，因此一一答应，陈立夫很快与鲍大使签订了苏联支援中国武器的条约，并商定了武器的数量、运送的时间及方式。
随后，陈立夫进一步与鲍大使谈中苏军事同盟问题，而鲍大使坚决回避，谈判未能达到预期目标。陈立夫在请示蒋介石后，退让一步，与鲍大使商谈订立中苏互不侵犯条约，经过种种努力，这一谈判终于成功，1937年8月21日，由中华民国外交部长王宠惠与苏联驻华大使鲍格莫洛夫签订了《中苏互不侵犯条约》，规定：双方斥责以战争为解决国际纠纷之方法；不得单独或联合其他一国或多国对于彼此为任何侵略；两缔约国之一方受一国或数个第三国侵略时，彼缔约国约定在冲突全部期间内，对于该第三国不得直接或间接予以任何协助，并不得为任何行动或签订任何规定，致该侵略国得用以施行不利于受侵略之缔约国。
《中苏互不侵犯条约》虽然不是军事同盟条约，但也在一定程度上规范了苏联的行动，也在一定程度上宣示了中苏两国的友好，对中国人民的抗日战争是有利的。保存教育精华
抗日战争爆发后，由于国民党执行片面抗战路线及指挥上的失误，致使其从正面战场上节节败退，平津京沪一带相继失守，大片国土沦陷，广大人民流离失所。特别是“我国易受敌人攻击之区，多为学校文化中心”，因此，随着日本帝国主义的进攻和国民党军队的败退，我国的文化教育事业遭受重大损失，国民党政府自己也承认：“当时平津京沪各地之机关学校均以事变仓卒不及准备，其图书仪器设备能择要转运内地者仅属少数，其余大部随校舍毁于炮火，损失之朝鲜战争爆发。重，实难估计。”据不完全统计：29万所小学损失12万多所；3000多所中学损失1900多所；108所大学，被轰炸破坏的达91所，其中25所不得不暂时停顿，继续维持的仅83所。至于学校多年积累的珍贵资料的损失，更是无法用金钱数字来计算的。在日寇的炮火下，学校损失、学生流失、教职员走失，情况一天天严重，整个教育陷于一片混乱，面对如此情况，教育部长朱家骅束手无策、一筹莫展。
教育代表着一个国家的未来，如果没有了教育，这个国家就没有了希望。在中日战争激烈进行的非常时期，如何保护教育，如何经办教育，学校的出路在哪儿，这是国民党政府必须认真考虑的。
非常时期必须有非常措施，容不得半点犹豫，也容不得不动脑筋，一筹莫展，很显然，朱家骅不适应担任非常时期的教育部长。为了稳定人心，控制学校混乱的局面，国民党政府决定走马换将，此时，正好军事委员会第六部解散，蒋介石便将担任第六部部长的陈立夫调来，接替朱家骅，主掌教育部。
蒋介石虽身在溪边野炊，可心仍在虎视天下。陈立夫尽管很早就想得到这个位置，但他知道处于战乱非常时期，教育部长是难当的，因此他想推脱。但蒋介石不同意，结果，陈立夫只得辞去调统工作而任教育部长，开始了他长达7年的教育行政生涯。
陈立夫上任后，面临复杂而严峻的形势，颇有点“受任于乱军之际，奉命于危难之间”的意味，据他自己说：“当我初接部务时，就面临急须解决的两大问题：第一是战区逐渐扩大，学校员生不能在原地进行教学，纷纷内迁而流亡在途，除紧急救济外，这些学校是继续办理呢？还是紧缩归并？此为‘量’的问题；第二是抗战前夕，即有人高唱‘实施国难教育’，完全改变了平时教育的性质，一切课程及训练均以适应军事需要为前提，因此极须在正常教育与战时教育两者之间作一抉择，这是‘质’的问题。”这里，陈立夫实际上面临的是三个急须解决的问题：第一，高校内迁问题；第二，学校是紧缩还是发展的问题；第三，非常时期教育质量的问题。对这三个问题，陈立夫不能回避，必须旗帜鲜明地表明自己的态度，并认真加以处理和解决。而最重要的，首当其冲的问题则是高校内迁。
当时，中日战争一天天吃紧，沿海沿江一带地区相继陷入敌手，而这些地区都是高校集中之地，如不迅速内迁，将会对我国高等教育造成难以挽回的损失。但当时国民党内有人提出“焦土抗战”的主张，认为高校不必内迁，应与国土共存亡，内迁是后退，是失败主义。陈立夫坚决主张内迁，并强调各高校应在政府的统一部署下内迁。在陈立夫及其他国民党人的坚持下，为了保护中国的高等教育不被摧毁，国民党政府下令沿海沿江各高等学校一律内迁。
陈立夫即将高校内迁作为教育部当时的主要工作，并亲自主持了这一教育史上空前壮观的大迁徙。他往返于南京、杭州、上海、武汉、广州等沿海沿江大城市，与这些地区的高校负责人一起商量，拟定迁移的具体计划，如内迁地点的选择、房舍的建筑、图书资料仪器设备的运输、师生的生活安排等，都得一一考虑周到。为此，陈立夫在教育部设立了专门负责高校内迁的机构，负责为高校内迁筹措经费，补充图书设备，修建房舍等，“其工作之巨，实非笔墨所能描述”。
特别是内迁地点的选择十分不易，因战争情况千变万化，今天是后方，说不定明天就是前线，有些高校历尽千辛万苦刚刚迁到一个地方，师生还来不及喘口气，新迁校舍又置于战争的炮火之下，因此不得不再度迁移，有些高校反复迁移达五次之多。如北大、清华、南开等平津地区大学最先遭到日寇破坏，他们也最先行动，开始南下迁往湖南长沙，组成长沙临时大学，后来，日寇铁蹄逼近湖南，他们只好于1938年2月再度迁往昆明，组成西南联合大学。北洋大学、北平大学、北平师范大学等校则向西迁移，到陕西组成西安临时大学，后改名西北联合大学。中央大学、复旦大学、武汉大学、东北大学、齐鲁大学、东吴大学、金陵大学等31所高校迁到四川，散布各地，如武汉大学在乐山、齐鲁大学在成都、中央大学则在重庆。浙江大学开始迁到浙西天目山一带，后又到江西，再到广西，最后辗转迁到贵州才安定下来。中山大学迁往云南南部，上海交大等就近迁入英美租界区，太平洋战争爆发后，上海交大和中山大学再次内迁。迁校次数最多的是广东文理学院，由广州迁至广西梧州，再迁藤县，三迁融县，四迁广东乳源，五迁连县，六迁曲江，七迁回至连县；迁校最迅速最完整的是国立中央大学，全部师生员工及图书仪器，由南京溯江西上，直抵重庆沙坪坝建校。农学院的牛羊牲畜，舟运不便，则由陆路徒步西行，也安全抵达重庆。直到日寇投降前夕，一些高校仍处在动荡不安的迁徙中。最后，内迁高校大多集中于重庆、成都、昆明等地。据不完全统计，战前的108所高校，内迁的有94所。