转眼之间到了1966年，史无前例的文化大革命开始了。全国上下一片混乱。位于边远地区的云南也毫无例外。昆明各派武斗，大动干戈，真枪实弹地互相打枪打炮，天天闹得鸡犬不宁。钟耀群知道大事不妙，连忙把女儿送回北京，而她自己不久便被作为国民党的残渣余孽，第一批就被关进了“牛棚”。这是因为钟耀群早年在“流动宣传队”的时候，曾经集体参加过国民党。那时候，钟耀群在昆明的大鹏剧社演出受到当时国民党的空军总司令王叔铭的格外器重，这个王叔铭后来是毛泽东钦点的战犯之一。不过此人在1949年离开中国大陆，移居台湾。在他撤离之前，曾经到昆明开会，开会期间派专人把钟耀群接到他那里。钟耀群还记得那天是两个全副戎装的军人，很客气地请她跟他们走一趟。当时钟耀群十分害怕，在汽车上才知道是王叔铭要见她。到了王叔铭的宾馆，这位总司令和钟耀群见面时就要钟耀群跟他去台湾，到“神鹰”剧社当演员，但是钟耀群断然拒绝了。不过当时钟耀群身边没有随从，没有见证人，到了文化大革命这件事就变成了讲不清的大疑点了。幸好很快红卫兵又发现了其他更大的目标，把注意力集中到“走资派”的身上，钟耀群变成了小人物晾在一边，得以“偷闲”。于是，她趁机马上回到北京和端木蕻良及女儿团圆。
那时候端木蕻良日子虽然要比起老舍那些文化界的头号人物要好多了，但“文革”的批斗是绝对逃不脱的。1966年8月23日，在北京那次臭名昭著的批斗文艺“黑帮”的大会上，端木蕻良和老舍等北京文艺界“黑线人物”一起被拉到北京孔庙批斗、毒打，并被剃了阴阳头。(老舍就是在那次批斗以后的第二天到离他出生地不远的太平湖含冤自杀而死的。)随后，端木蕻良便被“靠边”、“蹲牛棚”。但有趣的是——“历史竟使三个与萧红关系密切的男人”，同蹲在一个牛棚里，这就是端木蕻良、萧军和骆宾基。当时，他们被扣上种种罪名，整天参加劳动，接受批判。三人之中，萧军年龄较长，但身体较好。在劳动中，担负挖洞的运土任务，而端木蕻良与骆宾基都是文弱书生，只能做些轻微的劳动。由于“四人帮”挑动干部斗干部，群众斗群众，勒令三人互相揭发批判，三人之中，旧账未清，又结新怨。端木蕻良的日子实在不太好过，加上那时他的工资被压缩到每月只有二十元生活费，钟耀群只得无可奈何地回到昆明。全家(包括端木蕻良的大哥大嫂)的生活费，全靠钟耀群被迫从部队转业到昆明的粉末冶金工厂当工人的工资，生活相当艰苦。
1973年夏，端木蕻良心肌梗塞再次发作。不过，这一次他连医院的大门也没有办法进，只是直挺挺地躺在家里的床上，十多天不能进食。北京文联以为端木蕻良要死了，便打电报到昆明让钟耀群回来，大有让她来办理后事的意思。当时正值昆明暴雨，飞机不能起飞，钟耀群不得不长途跋涉带着女儿乘坐火车。那时候铁路经常堵塞，火车三步一停两步一走，母女俩心急火燎，一个小时一个小时地挨着时间。最后终于到达了北京，她们便三步并两步地赶到家里——还好，端木蕻良还活着，但是神志已经不清。钟耀群对着肢体发臭、头发胡子粘在一起的丈夫大声呼喊“端木！端木！”端木蕻良只是无意识地哼了哼，眼皮也撑不起来了。看来端木蕻良这次病得不轻。原来端木蕻良在刚发病的时候不能行动，特别是大便的时候更加痛苦。为了避免大便，端木蕻良就不吃东西，只靠吸管喝一些牛奶，以致最后真的什么也不能吃了。钟耀群看到端木蕻良这副模样，先是花了整整一个星期为他清洗打扫，又喂他米汤，又设法让他大小便。然后又想方设法把他送到医院检查，医生确诊端木蕻良是心肌梗塞，至少卧床两个月。但那时“黑帮”分子的身份是不允许住医院的，端木只能回到家里，完全靠钟耀群照顾。在钟耀群的精心护理之下，端木蕻良慢慢地又活过来了。那年，钟耀群请事假在北京待了半年，没有工资，没有户口，没有粮油供应，这在北京生活是相当困难的。正巧1974年钟耀群被“平反”，回到部队。这一次是她自己提出要求转业回北京，批准后被分配到北京市文物管理处工作，十几年的牛郎织女的生活总算结束，全家团圆了。
1976年7月28日凌晨，唐山发生大地震，北京居民纷纷疏散至外地。端木蕻良也前往东北哈尔滨避震，住在他的二哥处。当时他的二哥刚刚从下放的农村回城，全家挤在一套没有暖气的两居室里，条件很差，不过家庭气氛浓郁温馨。初秋，端木蕻良开始续写他的《红楼梦》。端木蕻良面对着拥挤的屋子，遐想着大观园的气派，甚至皇宫里的辉煌。他坐在冰冷的暖气片旁，描写着春暖花开的御花园，甚至可以看见元妃和皇帝正在吟诗对弈，情趣盎然。端木蕻良引经据典，诗词流畅。正在他完全沉浸在他的《红楼梦》里的时候，收到了钟耀群从北京的来信，得知“四人帮”倒台的消息，当即端木蕻良画兴大起，作漫画一张，把江青的脑袋画在国际象棋的一只小卒子上，令人发醒。这张漫画后来送给了他二哥的儿子曹革成。
1977年9月，端木蕻良回到北京，病情再次加重。经钟耀群精心护理，又逐渐稳定，但遗憾的是，他的体力已经不能再允许他像以前那样到全国各地去深入生活了。于是他只能去发掘自己所熟悉的题材，从中寻找写作素材。1978年，端木蕻良重整旗鼓，决定实施续写《红楼梦》的计划。
端木蕻良本来就有一肚子的“说不完的《红楼梦》”，从《红楼梦》的人物性格到《红楼梦》的礼仪场面，甚至《红楼梦》的服装、建筑、饮食和什件，他都有一套津津乐道的独家之见。特别是在涉及《红楼梦》一些刁钻古怪的名贵物品雀金裘、羽翎等，毛皮的分类有大毛、二毛、小毛等，端木蕻良叙述起来如数家珍，津津乐道。端木蕻良有早年撰写过的几个有关《红楼梦》人物剧本的基础和在哈尔滨散记的《红楼梦》个别篇章的基础，续写《红楼梦》应该是水到渠成的事了。更何况在收集续写《红楼梦》的资料过程当中，那大户人家的排场常常呼唤起端木蕻良对自己那个贵族祖先的崇敬，端木蕻良便愈加沉浸于其中了。端木蕻良似乎还相当注重收集《红楼梦》的作者曹雪芹的背景资料，钟耀群发现，端木蕻良在不知不觉中收集的有关曹雪芹的资料相当齐全，有些方面比《红楼梦》的资料还要齐全，于是便说：“你掌握了那么多关于曹雪芹的资料，何不先把曹雪芹写出来？”(1978年以后，钟耀群正式调至北京文联，协助端木蕻良创作《曹雪芹》)端木蕻良听了觉得很有道理。曹雪芹是端木蕻良自幼年时代就开始崇拜的偶像，有关曹雪芹的研究向来是红学界的热点，却始终还没有一本完整的传记，为曹雪芹树碑立传不是更加有意义吗？于是端木蕻良就雄心勃勃地计划要写《曹雪芹传》，但又考虑到写传记不如写小说，因为传记往往要受到史料的限制，而小说则能发挥自如，更能形象地创造出他自己心目中的曹雪芹。最后，端木蕻良决定撰写一部三卷巨作《曹雪芹》。
撰写《曹雪芹》实在是一件具有相当难度的庞大工程，更何况是一部三卷巨作。端木蕻良的《曹雪芹》起始于康熙谢世，终止于乾隆盛期。上下五十年，历史跨度大。加上语言、文化的习俗变迁，人物关系的错综复杂，能下决心创作《曹雪芹》，对于年近七十的端木蕻良来说，实在是需要一定的胆量的。要实施这一写作计划，没有渊博的历史知识、扎实的文学的功底是绝不可能的。端木蕻良说过：他写《曹雪芹》不是“生搬硬套《红楼梦》，而是提供出《红楼梦》的素材”，这似乎和他早在40年代撰写《科尔沁前史》的动机很有些相像，因为那是为他的《科尔沁旗草原》提供背景资料。因此在端木蕻良的笔下，《曹雪芹》里福彭的贴身丫鬟澄心似袭人又不是袭人；大妞和二妞似二尤又不是二尤；特别是占姐儿似宝玉又不是宝玉，于是又出现了一个似黛玉而又不是黛玉的玥儿。在《曹雪芹》里，端木蕻良从皇宫贵族的后花园到崇文门外的“鬼市”小摊，都描写得非常精致，甚至清时京都城市的布局，京都城门的出入规矩，都在端木蕻良的笔下井井有条地呈现。端木蕻良能在《曹雪芹》里吟诗论画引经据典，倜傥潇洒驾轻就熟，就可见他学问积累的深度了。1980年1月，端木蕻良的“《曹雪芹》上卷出版了，印数二十万册，立即抢购一空，出版社于三个月后再版三十万册，又很快售完”。1985年《曹雪芹》中卷问世以后，端木蕻良还继续《曹雪芹》下卷的写作，直至他生命的最后一刻。