此前在2004年4月，有关部委共同组成6个专题工作小组——一是由央行、银监会、证监会组成的拓宽证券公司融资渠道小组；二是由财政部、国税总局、发改委、证监会参与的完善资本市场税收政策小组；三是由财政部、证监会、国资委组成的解决股权分置小组；四是鼓励合规资金入市小组；五是发展债券市场小组，由证监会市场监管部、发改委财政金融司、财政部国库司、央行金融市场司及银监会政策法律部负责；六是完善合格境外机构投资者试点小组，由证监会基金部、外汇管理局、央行金融市场司及******港澳事务办公室组成。
9个月后，6个工作小组中的5个工作都有进展，《证券公司短期融资券管理办法》、《关于修改〈证券公司债券管理暂行办法〉的决定》、《证券公司股票质押贷款管理办法》、《券商承销业务贷款》与《并购业务贷款》、《保险机构投资者股票投资管理暂行办法》、《关于企业年金基金证券投资有关问题的通知》及银行设立基金公司的规则、《标准券折算率管理办法》、《关于对证券公司结算备付金账户进行分户管理的通知》等相继出台或小范围征求意见。
只有股权分置小组尚没有颁布新政策。此乃重中之重，众矢之的，是绕不过去的硬石头。显然，这个问题已超过了证监会的掌控范围，已上升至国家层面。
场面上，关于股权分置改革的争论如火如荼，包括了几乎所有的市场参与者，券商、基金、国有控股股东、外资、散户。市场人士蔡慎坤撰文称：
中国股市发展到今天，已经不是单纯的发展危机而是真正的生存危机，从建立起就存在着三个方面的定位错误：一是单纯为国有企业服务；二是只对政府负责；三是以融资为本。可以说，中国股市已经成了没有自身供求关系、没有价格决定基础、没有内在选择空间的混乱与无序的市场。中国股市的信用基础丧失殆尽，证监会在一系列基本制度创新上，出现了令人难以理解和让人难以忍受的犹豫与彷徨，从而一再错失重大制度创新机遇，在套牢了整个市场的同时也套牢了自己。
另一位市场人士韩志国认为股市存在八大失误：
A股增发，B股开放，创业板设立，国有股减持，市价发行，整体上市，以股抵债，超常规发展。由于市场的内在矛盾，特别是股权分裂问题迟迟不能得到解决，因而市场的预期更加混乱无序，股市已经成为一个难以把握与预测并且难有明天的市场；由于在一系列重大问题上出现接二连三的决策失误，股市就像一个无头的苍蝇到处乱碰乱撞，却不能找到减少碰撞的有效手段和摆脱困境的途径。如果说，在中国股市建立之初还能够摸着石头过河、走一步看一步的话，那么现阶段的股市已经找不到能够摸着的“石头”，更谈不上如何过河了。可以说，股市已经成了没有自身供求关系、没有价格决定基础、没有内在选择空间的混乱与无序的市场，市场发展的内在动力已经在相当的程度上让位于外在推力。
砸下千点死而后生
唯独证监会很少说话。证监会秘密成立了由李青原、李振宁和波涛组成的股改全流通三人小组，并依据他们设计的改革方案开始行动。
据说，报到证监会的解决股权分置方案有几千种，但大家最终发现，面对千差万别的上市公司、非流通股股东和流通股股东，绝无可能找出一个让大家都满意的方案。这就是为什么在这个问题上屡战屡败。把这个难题推向市场，让千万个投资者和市场主体来选择，他们更聪明。
聪明是第二位的。市场风传某著名央企上市公司将成为股改试点，此央企立即高调发公告否认，称股改是一件大事，不是某一个政府行政部门就能说了算的。在新中国资本市场历史上，这是非常罕见的企业与政府部门的对抗。证监会的对手是显赫的央企、地方政府和地方国有企业。
证监会动手了。2005年4月29日，证监会发布《关于上市公司股权分置改革试点有关问题的通知》，股权分置改革正式启动。三一重工、紫江企业、清华同方和金牛能源4家上市公司成为首批试点公司。肯定得回避中国石油、中国银行、中国……这些大佬，必须的！5年的熊市让大部分投资者损失了七八成市值，上证综指跌了五成，证券公司多被托管，一些私募基金灰飞烟灭，抓的抓逃的逃……既然已经坏到不能再坏的地步，既然市场已到了底部，全流通股改就让它再暴跌一些吧，暴风雨来得更猛烈些吧。
5月劳动节长假后，当时证监会唯一担心的是，节后开盘后大盘不要疯涨。但是，证监会错了，高估了。2005年5月9日，上证综指和深证成指分别大跌2.44%和3.97%，市场对股改的质疑骤起。此时，尚福林一改此前的低调，大呼“开弓没有回头箭”，并相继与国资委、财政部等部门下发强势规章，强推股改前行。
羊群效应的巨大破坏力开始发威。先是散户，后是机构，然后是基金，最后是保险公司，开始从“价值投资”这块已经被吃光的草甸上转场。
最危险的时刻来临了：2005年6月6日，上证综指跌破千点！998点！这是上证综指8年来首次跌破1000点关口，许小年的预言实现了。
6月6日是个周一，上午10点，大盘虽然很弱，但来自基金的卖压突然消失，开盘后一小时沪市成交仅几个亿。显然，证监会此前“谁砸盘谁下课”的警告开始见效。但大盘继续下跌。11时04分，一笔2000手宝钢股份的卖单抛出，沪指应声砸到998点，击破千点大关。三分钟后，股指停在998.23最低点时，众人却不约而同地奔到各自电脑前，点击鼠标购入股票。大家竟然感到一丝高兴：僵局打破，新的行情很快就会到来，死而后生。
当晚，传说中的“允许上市公司回购”利好兑现。
6月7日，大盘高开，但是之前的熊市让投资者变得小气和谨慎，只要涨个两三毛钱，就会引来大批卖盘。在闷热的上海，海通证券研究所紧急召集机构投资者电话会议：“中国股市的转折期马上就要到来。”
6月8日，似乎有神秘资金入场，浦发银行、国电电力等十几只大盘股集合竞价后涨停，占股指权重近十分之一的中国石化开盘半小时后拉至涨停。石破天惊，市场终于开始兴奋。当日，超过100只股票涨停，成交金额放大到320亿元，沪深两市涨幅均超过了8%，上证综指收于1115点，千点危机暂告缓解。
在股市滑落千点前后数日内，证监会官员行程之密、会议之频、出台利好政策之多，均属历史罕见。
6月1日，******副总理黄菊出席在北京举行的世界交易所联合会论坛，表示要“推动中国内地资本市场的改革、发展和开放”。此举被外界理解为政府救市的信号。
6月2日，尚福林赴上海考察申银万国证券，与央行官员一起讨论关于券商给予再贷款的支持。10天后央行决定对申银万国证券和华安证券给予再贷款支持。
6月3日，尚福林向上海140多家上市公司老总游说股权分置改革，对市场中出现的反对意见和激烈争论表示理解，“老百姓买白菜还要讨价还价呢”。
6月4日是周六，证监会召开内部会议。会议认为，改革方案推出后，最重要的是要有一个宽松的环境，“所以一定要让股市直接回升，给老百姓信心，这样大家才能支持改革”。
6月5日，周日，证监会在北京召开基金公司联席会议，200多家基金公司参加。尚福林很温和，“讲大局，服从资本市场发展大局；讲政治，支持股权分置改革”。但证监会副主席桂敏杰则相当严厉，警告基金“不要砸盘”。此后，《香港商报》刊登出会议内容：上市公司允许股份回购，银行系基金可入市，基金公司可以用资本金购买基金……
但是，6月6日，上证综指还是跌破千点。一位基金经理说，如果跌破千点开始恐慌，继续杀到980点那就坏了，“那就肯定上不来了”。
6月8日，上证综指高开13个点，深能股份、浦发银行、国电电力等18只股票突然涨停板，一下子就把人气激发起来。接下来的几天，尚福林马不停蹄来到上海，参加上市公司工作会议。6月10日晚，尚福林获悉三一重工股权分置改革方案顺利通过流通股股东的投票表决后，委托证监会上市公司监管部主任杨华致电三一重工董事长梁稳根表示祝贺……
6月13日，上交所制定出《上海证券交易所权证业务管理暂行办法》（征求意见稿），这显然为股权分置试点企业的流通股股东又提供了一种协商补偿的手段。同一天，财政部、国家税务总局联合发布《关于股权分置试点改革有关税收政策问题的通知》及《关于股息红利个人所得税有关政策的通知》，对股权分置改革过程中因非流通股股东向流通股股东支付对价而发生的股权转让、现金等，暂免征收印花税和所得税；对个人投资者从上市公司取得的股息红利所得，暂减按50%计入个人应纳税所得额。
大猪拱食小猪掀翻了槽子
事后说起来轻松，轻舟已过万重山，可当时明明是重舟，满是惨烈。第一批试点的4家公司中，至少有两家不适应这种流通股股东行使民主决策的方式。
2005年5月14日，三一重工董事长梁稳根约见媒体时气宇轩昂，抛出“大猪拱食小猪别闹”论：“墙上挂着一桶猪食，如果大猪不把猪食拱下来，小猪就一点儿都没得吃。现在大猪把猪食拱下来了，一群小猪就开始闹意见，要求得到更多，这怎么行？”
很精英的爷语言，惹了众怒。要是在过去，梁稳根可以不在乎这些愤怒，但这次不行，先是修改了2004年利润分配方案，把向流通股股东支付对价的方案修改为10股送3.5股和8元现金，之后三一重工总裁向文波以调侃的方式“大猪向小猪道歉”，气氛才缓和下来。三一重工投票那天，现场有女子民乐团演奏，湖南歌唱家李谷一也现场献唱，玻璃杯都改成了纸杯，以免有人情绪激动……
清华同方的股改对价支付方案是每10股送3.56股，金牛能源是每10股送2.5股，紫江企业是每10股送3股。此后的股改对价支付方案也证明，只要高于每10股送3股的水平，一般中小股东都能接受。但清华同方却成为4家股改公司中唯一没有通过的公司，流通股股东赞成比例只有61.91%，没有达到三分之二。
证监会继续动作。
6月19日周日晚，没有任何征兆，中国证监会突然启动股权分置改革第二批试点，抛出一份42家上市公司——一个远超此前市场预料的阵容，涵盖大型中央企业、地方国有企业、民营企业和10家中小板企业等不同类型公司的试点名单。
“17日刚一闭市，我们就接到了启动第二批试点的通知，此后的48个小时，38名工作人员就没有合过眼。”证监会一官员说。之所以在闭市后才开始启动第二批试点工作，是为了保证股权分置改革过程中不会出现内幕交易，避免道德风险。汇总评审会自6月18日晚11点开始，6月19日凌晨4点结束，从58家上市公司中确定了42家二批试点公司。
9月4日，证监会颁布《上市公司股权分置改革管理办法》。这意味着股权分置改革全面铺开。
经过煎熬，在5月到年底半年多的时间里，股改终于从简单的除权效应，逐渐到被投资者认可。至2006年年初，股改作为获利的对价开始体现出价值，资金开始追逐股改中的个股，涨停，连续涨停。2006年1月4日，上证综指收于1180点，5个月之后，这个点位被刷新到1700点。
至2006年1月11日，参与股改的上市公司已达434家，总市值为12009亿元，占沪深股市总市值的37%。值得一提的是，一些流通股股东还是相当有能量的，金丰投资套住了一位专写改革的作家周梅森，周梅森不干，写文章发在媒体上，金丰投资的股改方案就搁下了。
再接再厉。
2006年2月27日，证监会召开上市公司监管会议，强调年内必须解决上市公司资金占用问题。10月13日，证监会再亮80天清欠大限黄牌，逾期不清公司责任人将吃官司。至12月31日，深沪两市共有380家上市公司完成了清欠工作，22家上市公司部分完成清欠工作，合计清欠金额335.68亿元，占所需清偿资金总额的70%。另外，两市共有8家上市公司以股抵债或以资抵债方案获股东大会通过，进入清欠程序，金额合计23.71亿元。
2006年全年上证综指上涨130%，冠居全球，市场平均股价从2005年来最低4.39元涨到7.67元。全年共发行75只新股，新股实际筹资额1305.86亿元，中国内地A股市场一举跃升为全球第三大IPO市场。中国公司共募集730亿美元的资金，占全球总数的25%。上市公司全年分红约850亿元，投资回报能力提升。公募基金也创造了神话，共成立90只基金。债市、期货、场外交易市场（OTC）、创业板也在雄起……至2006年年底，深沪两市共有上市公司1434家，总市值90599亿元，股票市值与国内生产总值的比率由股权分置改革前的17.7%提高到44%。
至2006年12月31日，累计完成或进入股改程序的公司数已达1303家，总市值约为60504.47亿元，约占沪深A股总市值的98.55%。
年底，尚福林当选中央电视台2006中国经济年度人物。