他说这句话的时候没有考虑到奎松的感受。在马拉卡南宫艾森豪威尔有自己的办公室，因此他经常和奎松见面。当奎松得知艾森豪威尔打算离开时，他对这位中校大献殷勤，使出了各种手段并请求艾森豪威尔能够不要放弃已经做了一半的防务建设。他是否曾代表菲律宾人民请他再多待一年呢？艾森豪威尔虽不情愿，但还是答应了奎松的请求。
麦克阿瑟对此很高兴。他给艾森豪威尔出具的评定报告可谓熠熠生辉。他给了他最高的评价“出众”，在个人评语一览，他写道，“如果是在战争时期，应立即提拔此人将衔。”
1938年夏，艾森豪威尔请求延长去美国的休假，一是为了给玛米治病，二是游说陆军部给予更多的资金及物资支持，麦克阿瑟同意了他的请求。奥德的继任者理查德·K·萨瑟兰刚刚从中国来到菲律宾，他在中国是在第15步兵团服役的。在艾森豪威尔离开的时候萨瑟兰将代理其工作。
在艾森豪威尔离开的三个月时间里，萨瑟兰证明了他是一个能力很强的参谋官。他的父亲是来自西弗吉尼亚州的参议员。他本人毕业于耶鲁，并先后在本宁，莱文沃斯以及战争学院以及法国陆军军事学校这些军事学校读过书。麦克阿瑟曾于1932年与萨瑟兰见过一面，当时萨瑟兰还在战争学院读书，麦克阿瑟特地向萨瑟兰发出了邀请。现在，他已经完全相信了自己当年的选择是多么正确。麦克阿瑟在给一位朋友的信中写道，“萨瑟兰的工作证明了他的确是个人才，历练，有才干，精力充沛，他对帮助我整理和重建目前的形势做出了巨大的帮助。”
但是艾森豪威尔返回菲律宾后，并不喜欢萨瑟兰，他以后也不会喜欢他。很少有人喜欢萨瑟兰。结果很快就出来了。艾森豪威尔在国外服务4年后，按规定将于1939年末回国。如果他要在1939年后继续待在菲律宾的话就要申请延长服务期，并得到麦克阿瑟的背书。他当然没有提出这样的请求。按照程序，他接到了回国的命令。
10月，艾森豪威尔在给他的老朋友伦纳德·“吉”·杰罗的信中写道，“玛米迫不及待地等待11月13日的到来。她确实太想家了……当时间一天天临近，我得承认我也开始像她一样等不及了。”
只有艾森豪威尔的儿子约翰觉得离开菲律宾有点遗憾。他喜欢自己就读的学校，喜欢身边多姿多彩的生活。在离开马尼拉饭店前，他跑到了阁楼顶去和麦克阿瑟道别。简将他带到了阳台上，麦克阿瑟像拿破仑一样背着手，在花盆间踱步。“突然，戏剧性一幕出现了。他走过来和我握手——以他一贯的方式把他的左手放在我右肩上，细细地回忆起我在高年级时被选为什么什么……将军的记忆、魅力，对我这个毫不起眼的男孩表示的兴趣给我留下很深印象，也在很大程度上说明了他为什么能留住他想要的人，包括我那位顽固的老爹。”
离别这天，麦克阿瑟和简来到船上与艾森豪威尔一家道别。两人胡宿别离之情，仿佛两人之间并没有什么敌意。但是一本很有名的关于麦克阿瑟的书这样描写他对艾森豪威尔的评价“他是我见过的最后的书记员。”而一本同样有名的关于艾森豪威尔的书这样描写艾克对的麦克阿瑟评价，“我在他手下学了7年的演戏。”两个故事应该都比较真实，但是都没有确凿的信息来源，因此又都有理由被怀疑。在此后的岁月里两人还保持着联系，还互相给对方写信。如果不是对彼此军事能力的敬重，这些似乎都没有必要。艾森豪威尔曾对克莱顿·詹姆斯说，“我们之间的矛盾被夸大了。毕竟，在一起亲密地工作了7年，两个人必然是割不断的。”
菲律宾陆军预备队建军第一年的训练记录上写满了失败与挫折。军营还没建好，没有足够的合格军官来给这些预备役进行训练，存放器械装备的小库房保养极差。尽管训练有素的菲律宾童子军的士兵的素质确实赢得了美国军官的钦佩，但是新建的菲律宾陆军的领导水平又相形见绌了。
一年要训练40,000预备役人员。训练可不包括5个半月的步兵基本训练和高级训练。不管要给予大量的军事指导，还要教这些菲律宾人简单的读书识字，平生第一次接受适当的医疗服务，还要制定均衡的营养以及训练科目来保持较好地身体状况。培训结束后，他们就返回了农村，很快就过起了和以前一样的营养不良，有气无力的生活状态。当时在菲律宾的一位著名的美国专家伊瓦特·D·海斯特认为，麦克阿瑟的训练项目注定要失败。海斯特告诉哈罗德·伊克斯，“要想在菲律宾保持一支强大的军队只有建设一支正规军，”麦克阿瑟这是在缘木求鱼。
但是，即使是所有的人都怀疑这个计划，麦克阿瑟也会坚持下去。麦克阿瑟的计划是每年为菲律宾打造3个师，每个师7,500人，这样，到1946年菲律宾可供作战的预备役师就将达到30个，他称这是这个新的国家守卫自己的底线。他的战略是“滩头防御”——在敌人刚刚登陆时，亦即敌人力量最弱时，给予其猛烈打击。按照他的训练方式，如果能达到他的要求，那么他相信，如果日本要征服菲律宾，将付出50亿美金，500,000士兵被击毙的代价。
与此同时，麦克阿瑟的参谋们正为新组建的菲律宾陆军四处搜罗武器。他们可以从陆军部租借军事物资，但是无论是在陆军部还是在国务院都遇到了反对的声音，因为将这些武器分发给几万个对美国忠诚度不确定的人手中是件危险的事。但是，最大的障碍来自美国陆军，他们普遍认为麦克阿瑟的计划不切实际。1937年7月，在和作战计划处处长史丹利·恩比克少将交谈后，吉米·奥德闷闷不乐地总结道，“我完全确信，他对我们的计划没有信心。”在恩比克看来，所有运往菲律宾的武器最后都会落在敌人的手中。
麦克阿瑟也积极发挥自己的才能四处寻求帮助。奎松希望能够利用岛上的水利潜能来提供低成本的电力。于是菲律宾能源开发公司成立了。公司请美国陆军两位著名的工程师鲁西斯·D·克莱上尉和休伊·J·“帕特”·凯西莱监督大坝的施工。麦克阿瑟也在维多利亚一号堡增修了一处房屋提供给工程师居住。他告诉参谋们，“能源开发公司的工资养着他们，但是在他们不那么忙的时候，我们可以让他们为我们做事。这就是我让他们来这里的真正原因。”如他所愿，这回他又得手了。
他需要做的就是要让克莱和凯西愿意为他卖力。克莱后来写道，“他花了一个钟头给我和凯西介绍菲律宾的情况，菲律宾的经济，政治，菲律宾与美国的关系——这确实是我所听过的最鼓舞人心的谈话。”凯西同样被打动了，最后他加入了麦克阿瑟的团队，成为了一名参谋，并在二战中与麦克阿瑟共患难。
在克莱和凯西到达的同时。威廉·霍格被任命为菲律宾军区第14工程兵团团长。霍格是第二次世界大战中是陆军最杰出的军官之一（他修建了阿拉斯加公路，在诺曼底指挥工兵特种旅，占领了雷马根大桥）。但是他却是为数不多不喜欢麦克阿瑟的军官之一。第一次见到麦克阿瑟时，他看到的是一个眉飞色舞的“话痨子”“满嘴宏图大论，”却尽是夸夸其谈。当霍格找到麦克阿瑟商谈修建一条穿越巴丹的公路以促进菲律宾的防御体系建设，以及为菲律宾陆军提供更多工程师时，麦克阿瑟满脑子里转的，满嘴跑的尽是什么足球啊，西点啊之类的东西。
但是艾森豪威尔却给霍格留下深刻的印象。艾森豪威尔和他谈到了如何在菲律宾陆军中做一名首席工程师。在菲律宾，美国军官只需工作到下午一点钟，霍格同意在上午忙完了第14工程兵团的工作后，在下午为菲律宾陆军帮忙。在听了麦克阿瑟振奋人心的谈话后，克莱也决定帮菲律宾陆军的忙，将指导工程师培训作为自己的一项责任。开始时，菲律宾的工程师只有六七个人。根据霍格的估计，要完成麦克阿瑟的计划菲律宾陆军中的工程师必须在1946年达到3,500人。但是1940年霍格离开菲律宾时，菲律宾陆军中的工程师还不足100人。
防御计划还建议建立一支包括50艘鱼雷艇的小规模海军。根据麦克阿瑟的设想，如果敌军运输舰试图进入林加廷湾，成群结队的鱼雷艇将会将其击沉。美国海军对参与他的计划没兴趣，当他试图让美国海军为其制造鱼雷艇时，海军部很干脆的回绝了他，并直言不讳地告诉他这样做是违法的。他们唯一能够求助的是英国桑尼克罗夫特造船厂，但是当艾森豪威尔得知每艘的造价时，他“吓了一跳”，每艘进价竟高达250,000美元，买50艘就将花掉1，250万美元，相当于菲律宾18个月的国防预案经费。花这么一大笔钱是不可能的。
麦克阿瑟决定要有自己的海军专家。有一位名叫希德·哈夫的海军上尉经常和艾森豪威尔在一起打高尔夫球。一天，在打高尔夫球时，哈夫突发心脏病，他能否继续服役直接和他的病情挂上了钩。他只得回家疗养。让他惊喜的是，麦克阿瑟来信让他重返马尼拉请他做海军顾问。1936年12月，哈夫来到维多利亚一号堡报道，麦克阿瑟在挂满军旗的办公室接见了他。麦克阿瑟又是踱步，又是慷慨激昂，又是摆弄他那些铅笔，最后终于聊到了正题，“我想为菲律宾海军建造摩托化鱼雷艇。希德，如果我能搞到钱，你10年内能造多少艘？”
哈夫脱口而出，“将军，我活了这么大还没见过摩托化鱼雷艇呢。”
麦克阿瑟说，“没关系，你会见到的。”
哈夫满怀热忱地迎接这一挑战，因为他不希望辜负了麦克阿瑟对自己的信任。哈夫首先试着造了一个便宜的桑尼克罗夫特鱼雷艇的模型，用菲律宾本地的材料就可以建造。但是最后一个鱼雷艇也没有生产出来。
麦克阿瑟的菲律宾空军的计划是要250架飞机，包括战斗机和教练机。美国陆军航空兵派了两名军官去帮助他，两人都给麦克阿瑟留下了深刻的印象。其中的一位是休伊·帕克，帕克对于“麦克阿瑟对航空兵训练的细节的了解让他很惊奇。”但是，飞行员训练在这个连开过车的人都很少的国家实在是一项巨大的挑战。麦克阿瑟希望他能够“让他们从牛背上下来，钻进飞机，但是，他们对于速度，距离以及任何机械知识都少得可怜。”
当帕克到维多利亚一号堡报到时，艾森豪威尔向他介绍了麦克阿瑟的工作方式。“他不会让你去做任何你做不到的事情，因此，如果他让你去做某事，你要么回答，‘是，长官，我会尽力’，要么回答‘是，长官。’”帕克按艾森豪威尔教给他的方法去做了，不久才发现，是让他驾驶一架小型飞机穿越台风去为一群被隔离了的麻风病人送血清。帕克不止一次地想这次怕是要壮烈殉国了，但是正如麦克阿瑟所料，他竟然安然无事。
帕克的上司威廉·李对麦克阿瑟建造一支巡逻艇编队的想法嗤之以鼻。一架现代战斗机的造价也不过50,000到60,000美元，在抵御外敌入侵方面，性能要比巡逻艇好多了。李也是一个喜欢争辩的人，当他向艾森豪威尔提出这个问题时，艾森豪威尔回答说，“走，我们一起去找老爷子。”他们要么是在马尼拉饭店的阳台上，要么是在长长的图书管理会面了，麦克阿瑟一边踱着步，一边手里挥舞着他那末段垂着一个小足球的金表链。李给出了自己的观点。后来，他回忆道，“当然，你去见麦克阿瑟时，带上耳朵就好了，不用带嘴巴。不知道出于何种稀奇古怪的原因他称我为‘同志’。”后来李在二战中晋升为准将，但他未能说服麦克阿瑟巡逻艇是无用的东西，反而被说服了。他认为“麦克阿瑟是这个国家最伟大的战略家。”
1937年1月至1939年7月的两年半的时间里保罗·V·麦克纳德担任着美国驻菲律宾高级专员。这段时间，麦克阿瑟终于遇上了一位可以帮助他的朋友，共济会第32批会友。麦克纳德起初对菲律宾防御计划也持怀疑态度，但是他转而成了麦克阿瑟的支持者，认为如果给予足够的资金和装备，那么到1946年，菲律宾将得以守住。
1939年7月，麦克纳德回国谋求民主党总统候选人提名。他从未想到罗斯福会谋求第三次连任。此后，帅气能干的麦克纳德就被闲置了。与此同时，麦克阿瑟给罗斯福的助手斯蒂芬·艾利写信称他将“很感激[总统]对自己的关照……我相信，在我们防御体系中最薄弱的一环这个外置岗位上，我将向总统，向国家提供满意的答卷。”这是麦克阿瑟希望被任命为高级专员的婉转的表达方式。
但他的希望再度落了空。罗斯福选择了弗朗西斯·B·塞耶来接替麦克纳德的位置。塞耶曾在哈佛法学院教书，娶了前总统伍德罗·威尔逊的最小的女儿婕西。他曾出任泰国国王的外事顾问，也就是尤尔·布林纳的《国王与我》里的那位国王的一个孙子。此后，塞耶返回美国继续在哈佛法学院担任教职。1933年，他因1932年与国务院副国务卿对总统的外交政策做出的贡献获得国会荣誉奖章。他在这一职位上并未表现有什么过人的本领，罗斯福对于任命他为高级专员也曾举棋不定。塞耶是个作风正派，不善言辞的上层人士，很难和奎松合得来。塞耶是腼腆古板的波士顿文人雅士，而奎松及其助手们赌博，在总统游艇上兜风，吃菲律宾的美味毛蛋（一种即将孵出小鸡的煮蛋，吃的时候一嘴细毛，小鸡的爪子嚼得嘎嘎作响）。他们根本不是一路人。但罗斯福还是任命他为最高专员。
1939年秋，新任高级专员塞耶抵达马尼拉。他发现面对日本的威胁奎松时刻都很警觉，有时候甚至惊慌失措。麦克阿瑟呈给他的关于菲律宾陆军取得进展的乐观的报告与他从精干的菲律宾指挥官那儿得到的悲观的报告是相互矛盾的。很显然对于奎松来说既缺乏武器又缺乏很好的训练，想达到保卫自己的目标菲律宾还有很长的路要走，10年或许都不够。塞耶不快地抱怨说麦克阿瑟“骗了我。”
德国在不到一个月的时间就吞并了波兰的就像是一个可怕的预兆，仿佛日本陆军同样能在不到一月之内吞并穷困潦倒的菲律宾一样。在共同体国防部成立仪式上，奎松发表演讲称守卫菲律宾几乎是无法完成的任务。他悲叹道，“即使我们武装所有男性公民，依然无法保卫菲律宾。”他公开呼吁罗斯福启动菲律宾群岛中立的条约。
此后不久，奎松也开始怀疑麦克阿瑟了。他问他，即便我们拥有300,000人的军队，但1946年我们独立后日本人大举入侵的话又会怎样？麦克阿瑟告诉他，如果弹药和重要物资能够源源不断地输入，可抵抗半年。奎松沮丧地问，“我们连海军都没有，在日本人侵略之际，怎么输入物资？”