肯尼很想知道为什么麦克阿瑟愿意让他接替布雷特。不论如何，在麦克阿瑟任总参谋长时他们经常发生冲突。麦克阿瑟说：“和平时期需要军官和绅士，战争时期就需要造反派和混蛋。”
肯尼脱口而出：“上帝呀，我不在乎您称我为造反派。”
翌日，肯尼飞往新几内亚视察。返回后，他直接去了麦克阿瑟的办公室，并与他谈了两个小时。与约翰逊不同的是，他立即看出了主要症结所在。部队缺乏的不是技术和勇气。布雷德建立了一种同盟国空军编制，让少数皇家澳大利亚空军军官指挥几乎全是由美国人组成的部队。布雷特还把机组人员混合起来，这样一架轰炸机上就有来自几个不同国家的机组人员，这样的安排造成了很多隔阂与不便。
肯尼请求麦克阿瑟批准他将10多名美国空军军官送回家。麦克阿瑟十分乐意将那些在菲律宾战场上让他失望的军官送回家。他兴奋地说；“我完全同意，行动吧。”然后，他和肯尼将注意力转到在所罗门群岛南部即将进行的战略行动上。在定于8月7日进行的瓜达尔卡纳尔岛战斗中，肯尼要采取哪些措施帮助海军和海军陆战队进攻呢？
虽然按注册的数量，肯尼拥有约500架飞机，但由于缺乏零备件和定期维护，能投入战斗的飞机还不足100架。他打算只在大型编队中妥善使用轰炸机。8月6日，肯尼说，他要派尽可能多的B一17轰炸机攻打腊包尔附近的日军大型机场，与此同时，他的B一25和B一26轰炸机将派往攻打日本位于莱城、萨拉莫阿和布纳的机场。当肯尼说他希望派18架B一17轰炸机去执行攻打腊包尔的任务时，麦克阿瑟又惊又喜。到目前为止，重型轰炸机执行任务的数量只有五六架，而且其中的二三架起飞后会因故障而返航，真正执行攻击任务的只有二三架。18架重型轰炸机，乍一听数量着实很多。
麦克阿瑟的参谋们批评美国空军人员衣冠不整、不注意日常军事纪律，肯尼欣然接受了批评，并表示会处理好此事。另一方面，麦克阿瑟希望庇护他免受参谋们的口诛笔伐，以便让他按自己的方式进行空中作战。他虽没有直截了当地说明，但当时的实际情况是，萨瑟兰和戈德曼经常干涉空中作战任务的实施，甚至具体到了载弹量、飞行高度和瞄准点的确定。
麦克阿瑟对建立有战斗力的航空兵的想法很感兴趣。他对肯尼说；“你可全权处理你打算做的任何事。你的战斗人员由你管理。我不在乎他们干什么，穿着如何，是否敬礼，只要他们能击落日军的飞机，击沉日军的舰艇就行。至于奖章，我授权你颁发所有奖章，但不含服役优异十字勋章，因为这是只有我才有权颁发的最高奖章，而且我想给自己留1枚呢。不过，如果你的年轻人战绩显赫，而你想当场给他颁发优异服务十字勋章的话，只管那么做好了，只要你告诉我这事我会马上批准的。”
肯尼回到自己房间后写下了当天的日记。当他回忆起麦克阿瑟听说可能让18架B一17轰炸机发起进攻时的表情时，肯尼写道：“他看上去就像要吻我似的。”此后不久，麦克阿瑟提名肯尼晋升为三星中将。
日军在布纳登陆后，威洛比告诉麦克阿瑟，日本人在那里想做的也正是他自己打算要做的事：建立空军基地。当澳大利亚人提出日本人的真正目的也许是莫尔兹比港时，威洛比和萨瑟兰直截了当地否定了这一说法。结果，麦克阿瑟决定不再向新几内亚增派部队。而这才是个错误。
日军在珊瑚海之战受挫之后，决定攻打马尼拉和新加坡等港口，然后从后路夺取莫尔兹比港。这就是日军占领布纳的真正原因。他们一占领滩头就立刻调来增援部队，很快，5000人和数百头骡子一起向南进发，攀登着俯瞰巴布及全景的高耸的欧文·斯坦利岭。他们的第一个目标是占领布纳南面70英里的科科达和当地的机场。麦克阿瑟的同盟国地面部队司令布莱梅急忙派了一个旅到科科达小道，企图阻止日军向科科达城前进。日军绕过这支守军，从侧翼和后面把这个排打得七零八落。7月29日，日军到达科科达，数天后占领了机场。
麦克阿瑟终于意识到巴布亚面临的严重威胁。他调派澳大利亚第7师前往新几内亚。第7师全班人马都是由刚从中东返回的老兵组成的，他们曾在中东创下了良好战绩。不过，这支部队还没有真正地为丛林战作好准备。布莱梅认为准备迷彩服实在浪费时间，于是第7师穿着卡其布短裤和短袖衬衣就钻进了新几内亚。这支部队给那些能爬，能飞，能咬，能抓，能叮的各种昆虫提供了一顿移动的佳肴。而他们的浅色服装让他们非常显眼地成了日本人的攻击目标。
麦克阿瑟派第7师的一个旅去科科达，另一个旅去米尔恩湾，那儿有一座在建的机场。自5月起就驻扎在澳大利亚的美国第32师也奉命向新几内亚移动。麦克阿瑟的计划是利用澳大利亚人拦阻日本人，然后利用第32师进行反击。他仍然相信日本人没有力量到达莫尔兹比港那么远的地方。他还希望迫在眉睫的对瓜达尔卡纳尔岛发动的进攻会逼迫日本人减少他们在新几内亚的地面军事行动。
8月8日夜，在远离瓜达尔卡纳尔岛水域的萨沃火山岛之战中，盟军损失了4艘巡洋舰。这次行动的失利，加上海军陆战队上岸才48小时美国海军就撤退了，致使整个瓜达尔卡纳尔高的作战濒临险境。如果日本人在瓜达尔卡纳尔岛能打赢，他们就也能在新几内亚打赢，这显然是很危险的。麦克阿瑟给马歇尔发了封电报：“如果我们在所罗门群岛战败—假如海军不能成功地抗击敌人海上舰队的挑战，就可能让整个西南太平洋战区就会处于危机之中。”
麦克阿瑟越来越焦急不安，他在给老朋友——著名的海军历史学家达德利·诺克斯上校的信中倾诉；“这条路漫长而艰难，我看不到尽头了”，“无米之炊似乎是我军旅生涯的命运。我已指挥过一次失败的战役，而现在正努力避免第二次”。
在麦克阿瑟写了这封信之后不久，日本人再次对巴布亚发起进攻，而这次他做好了迎战的准备。海军情报探明日本人准备侵袭米尔恩湾。8月中旬，麦克阿瑟火速派澳大利亚第18步兵旅前往该地区。把这一当初打算建机场的地方变成一个大歼敌场。麦克阿瑟在此地部署了近l万人，其中2／3是作战部队。
8月25日夜，日军1200人在莫尔兹比港以东90英里外的米尔恩湾登陆。这次作战是对该城的第二个潜在威胁，日军不知道麦克阿瑟在距离他们登陆点15英里的岛上正在修建一座机场。要不是敌人犯了一个大错的话，这座城市就将处于来自南路科科达、来自西路米尔恩湾的日军合击的压力之下了。
即使在有了600人的增援和2辆轻型坦克的支援之后，日军还是发现他们在人数上和枪炮数量上都远远不及对方。他们对米尔恩湾机场掘壕固守的敌军进行了10天无力的正面进攻。美国和澳大利亚战斗机对日军的作战是“直到枪膛子弹打光才停止扫射”。这场日军注定要失败的进攻中共有1000人伤亡，而剩下的幸存者突然撤退了。米尔恩湾的胜利是盟军在太平洋地面战斗中的首次重大胜利。
麦克阿瑟发布公告说：“这次行动是事先经过周密考虑准备的……敌人走进了十面埋伏的陷阱……”。
与此同时，5000名日军仍在从科科达向南进发，坚持不懈地向莫尔兹比港跋涉。9月3日，麦克阿瑟同再次从新几内亚刚刚返回的肯尼进行了一次令人沮丧的长谈。肯尼对麦克阿瑟说，日军利用科科达南部的密林可以渗入澳大利亚人军队阵地的任何地方，结果果然如此：日军不断渗透，守军节节败退。
尽管巴布亚的日军人数还不到盟军人数的1／2，但他们于9月16日，仍得以前进到离莫尔兹比港不足20英里的地方。晚上，日军侦察兵已能看到港口上来回搜索的防空探照灯。澳大利亚人正在山路上建造新的防御据点，但他们守不了多久。
麦克阿瑟对如何阻止日军有一个清晰的思路：攻打他们的后方。他让第32步兵师的两个团开赴新几内亚发动反击战。但是时间不够了。又去了一趟新几内亚的肯尼返回时开门见山地对他说，“我认为如果不马上来一场激战的话，莫尔兹比港就会失守”。他说在巴布亚的澳大利亚部队指挥官悉尼·F·罗厄尔中将是个“容易惊惶失措的人，而他的恐慌正在影响各级指挥员，甚至部队本身”。肯尼认为澳大利亚人撤得太快，他的机场难以守住。
“你得调一些美国人到那里去”肯尼说，“澳大利亚人和美国人都不懂丛林战争。澳大利亚人会担心美国人不让他们参战。于是双方都会积极行动，这样才能把可恶的日本人赶出去”。另外，迫在眉睫的是军队土气问题。即“我们要制止那种说美国佬在澳大利亚清闲自在却让澳大利亚军人去参加所有战斗的言论”。
麦克阿瑟同意这一点。他告诉马歇尔：“即使是很小的一支美国部队采取了进攻行动，对澳大利亚战士都会有很大的影响。”
9月16日夜，麦克阿瑟给柯廷打了保密电话。他向总理承认他非常担心。他说：“防守莫尔兹比港的澳大利亚地面部队在战术上的被动地位，严重威胁到了附近的机场，”如果阻止不了日军的前进，“在新几内亚的同盟国部队将重蹈马来西亚的覆辙”。
正如每个澳大利亚人痛苦感觉到的，那年年初在马来西亚，澳大利亚整个师被一小队日军包围并俘虏。麦克阿瑟说形势严峻，他希望布莱梅立即来巴布亚并亲自控制战局，并暗示他希望布莱梅能让澳大利亚人投入战斗。
这是麦克阿瑟一生中至关重要的时刻之一。如果莫尔兹比港失守，他的军旅生涯也将随之付诸东流。他已从之前的失败中吸取教训，并竭力避免历史重演。而现在的麦克阿瑟：脸上布满了难掩的疲惫与焦虑，双手颤抖，在布里斯班市中心区AMP保险大楼第8层办公室里来回踱步，忖度着难道这就是战争的结局。