日本人上船必须解除武装。他们拖着艰难的步伐就位前，交出叫人望而生畏的武士刀和防身的匕首。重光葵举步艰难，显然是假腿剧痛难忍。曾在20世纪30年代早期，一位朝鲜人在上海用炸弹对他行刺使他残废。一位名叫卢埃森·科斯格雷夫的加拿大医生救了他的性命（没有一位中国医生敢给他治疗，因为怕被他杀害）。让他惊讶的是，他看到科斯格雷夫作为加拿大的代表就不到50码的地方面对着他。重光葵露出欣慰的笑容。
哎呀！可怜的科斯格雷夫！他和重光葵一样站不稳。一方面是他看到了他曾经医救过的病人，另一方面是被这盛大的场面让他不知所措，但不论怎么样，科斯格雷夫是有些头晕目眩了。
麦克阿瑟最重要的一举最终要开始了，他的心情比以往更为激动。当情感过于强烈而无法表达时，身体就会找到一种表达方式，用血或泪、排泄或是呕吐，来表达他抑制住的真实情感。麦克阿瑟弯下腰，在舰长卫生间里把来不及消化的早餐全吐了出来。
他洗了脸，抖擞了精神，挺直身子。“密苏里”号战列舰上牧师诵读简短的祷文，通过船的扩音器传到这艘战舰的每个角落。当牧师结束演讲，留声机开始转动，开始播放《美国国歌》。音乐声音越来越小。麦克阿瑟戴上那顶又脏又破的战地元帅帽，帽子上的黄色饰带已经暗淡，就像铅条，他走出船舱步上后甲板。那时正是8点58分。
两分钟后，他开始简短的开场词。他的右手只拿了一张纸，很明显看到他的手颤抖得厉害。他的膝盖也突然猛烈抖动了一下，看起来像是有一股小风吹动他已经穿得很旧的卡其布裤子。然而，他的声音还是像以往一样坚定、洪亮而自信。这又是意志力在起作用。“各位主要参战国的代表，我们相聚在此，将庄严地签署一项旨在恢复和平的协议。今天，我们不讨论或是争论战争带来的后果。我们相聚于此也不应该带着恶意、不信任或是仇恨。重要的是不管是胜利者还是失败者，都应该上升到一种更高的自尊的境界，这种境界本身就有益于实现我们将为之努力的神圣目标……”
接着，他请大家注意，与其说这个仪式标志是战争的结束，还不如说是对日本占领的开始，他声称，“作为盟军的最高司令，我宣布我坚定不移的目的……用公平和包容履行我的责任，同时采取一切必要措施来确保日本全面、及时而忠实地执行投降条件。”他直直地望着重光葵和梅津。“我现在邀请日本天皇、日本政府及日本皇军总部的代表在指定的地方签署投降文书。”
两份投降条款就放在桌子上。一份是用墨深绿的真皮封面装订，是美国保留的文本，显然有炫耀之意。另一份用廉价的黑色帆布封面装订，是日本保留的文本，以后肯定是被藏在地下室或别的什么地方。重光葵显然被情绪所压倒，近乎迷茫的状态。他拿下真丝大礼帽，脱掉白手套，把它们放在桌上，然后又拿起帽子，绝望地向周围望了望，身体摇晃着好像随时会倒下。“萨瑟兰，”麦克阿瑟大声说道，“告诉他在哪里签字！”
梅津美治郎代表日本军方签字后，麦克阿瑟叫来温赖特和帕西瓦尔到跟前，他坐在桌子旁，签署了英文版的文书，他用一支钢笔写下了“道格拉斯”，用另一支笔写下了“麦克”，用第三支笔写下了“阿瑟”。然后，他在签署日文版文书时又上演了同样的拼字把戏。一共用了6支钢笔，一支赠给温赖特，一支赠给帕西瓦尔，一支赠给西点军校，一支赠给海军学院，一支赠给国家档案馆，还有一支小小的红色钢笔，笔杆上刻有金色的“简”的名字。
麦克阿瑟代表所有的抗日盟国签字后。尼米兹上前代表美国签字，接着是来自中国、英国、苏联、澳大利亚、加拿大、法国、荷兰和新西兰的代表。科斯格雷夫负责代表加拿大在英文版文书上签字，但当他签署日文版文书时，他看漏了一行，而写在了法国代表那栏。
签字仪式结束后，麦克阿瑟最后一次走到桌子旁的麦克风前。“让我们一起祈祷世界从此恢复和平，愿上帝一直保佑我们和平相处。仪式到此结束。”
日本代表僵硬地鞠躬，拿着他们的佩剑和匕首离开了。正当他们在等驱逐舰把他们送上岸，太阳——那个自从麦克阿瑟来到日本从未出现的太阳——从云团中露出，照射着东京湾，照亮了灰色的军舰和暗淡的海水。东边传了巨响，那声音足以让所有日本人心惊胆战，那是400架银色的B-29轰炸机，是从马里亚纳群岛起飞，在指定时间飞过“密苏里”号上空。在这队形的后面、上方和周围升了1500架深蓝海军战斗机，敏捷而优美。机翼的影子掠过东京城烧焦的尸体，黑色的影子相互重叠，像是在为胜利翩翩起舞。
在那些被迫忍受占领军在场的一大排被征服国家代表的心中涌动的是苦涩的憎恨。当麦克阿瑟履行占领日本的职责时，他把自己对占领到达到的目标过于理想化，并把这种概念当做他事实占领的指导方针。至于如何实现，他也说不清。就如何管理日本的问题，他所接受到的指示在所有重大问题上都有些模棱两可，而且绝大部分小问题也是很模糊。
日本自治权的问题还是悬而未定。这个国家还是主权国家吗？如果还有天皇，那么他扮演怎么样的角色呢？他要让日本人确信还会保留天皇的地位。这一让步是让日本投降的主要原因，但天皇治理日本的概念依然是模糊的。麦克阿瑟获悉，“天皇和日本政府的权力应该是服从于最高司令。”这似乎说明他让日本领导人怎么做，他们就不得不那么做。然而，“最高司令要通过包括天皇在内的日本政府机构及部门行使权力；这就表示他不得不和他们保持合作。
毫无疑问，解释和澄清会起一定作用，但同时，麦克阿瑟必须让占领机构运行起来。在他到达日本后首先要做的一件事就是起草三份声明。第一份是宣布军事政府成员就职，并指定英语为该政府的官方语言。第二份是介绍了军事法庭和对反抗占领的日本人所处以的包括死刑的刑罚。第三份是宣布军事货币，也就是临时货币，将作为日本法定货币。麦克阿瑟签署了所有这三份声明，并下令于9月3日上午10点颁布。
当日本内阁得知这三份声明后，内阁成员都感到震惊和恐怖。在声明发布前，重光葵跑去拜见麦克阿瑟，并请求他不要公布。他警告麦克阿瑟说，如果采用军事政府，“肯定会引起彻底混乱的。”他用外交官的方式说出了如果天皇被鲁莽地排挤到一边，公众秩序就会瓦解。这样的话，美国就得从300万日军手手一条街道一条街道地占领日本，有没有举行投降仪式并不重要。
不管怎么样，重光葵向他保证，都没有必要成立军事政府。麦克阿瑟能做的就是告诉日本内阁他的政策是什么就可以了。如果日本政府不能像他所希望的那样去做，他有权要求日本政府照他的来做。这就是麦克阿瑟得到的第一印象，即只要他以恭敬的态度对待日本天皇，日本人就愿意对他言听计从。
成功占领日本的方法就在他的手中。他并不打算强行占领日本；尽管他们已经准备好接受，只要他能通过他们自己的政府实施就可以。这可是从没人预见到的好买卖，任何一个聪明人都不会拒绝。最终能使占领得以实施的并不是他自己或者盟国，不是美国国务院或五角大楼，毕竟还是日本。要不是那样，他们肯定会通过其它方式来证明其结果将是一场灾难，或战争的延续。所以，重光葵要求撤消那三份声明，即是一种威胁，也是一种承诺。
麦克阿瑟决意不把他的威胁放在眼里，但他接受了他的承诺。“如果政府能履行其职责，”他正告重光葵，“本司令官并不打算奴役日本民众。”他转向萨瑟兰，并命令他撕碎了那三份声明。不久之后，参谋长联席会议致电澄清他的职权，这就相当于承认他通过日本政府推行占领政策的决议，条件是“如果这么做的结果会令人满意的话。”
不久后，参谋长联席会议又续发了一条指令，该指令为《参联会令1380/15号》，其篇幅很长，共分为两部分，这奠定了麦克阿瑟后来在日本执行占领政策的基础。这份文件将近8000字，涵盖了改革日本的所有重大事项。新指令替代了先前有国务院起草并向麦克阿瑟下达的指示，其措辞严厉，犹如命令最高司令将这指令当作命令来执行。盟军最高司令将该指令奉若《圣经》。麦克阿瑟做的每件事，从要求解散托拉斯到给日本妇女投票权，几乎都可以在该指令的相关章节或段落中找到明确根据。
军事方式就是给指挥官制定一个目标，提供达到目标的手段，并让指挥官自己决定怎么做。这就是参谋长联席会议处理日本问题的方式。然而，麦克阿瑟在东京的宣传机器谄媚的美国右翼势力似乎给人们这样一种印象：如果麦克阿瑟事先不知道并且没有授权一只麻雀死亡的话，那么就不会有任何一只麻雀从日本树上掉下来死去，它的爪子会永远卷曲着。有大批日本人对麦克阿瑟必恭必敬，把他提升到几乎神的地位，他们的虔诚态度似乎是要确认麦克阿瑟无所不能的传奇。
麦克阿瑟与重光葵会面的两周之后，便把他的总部转移到东京市中心6层的第一保险大厦。这是为数不多的完整的大型建筑之一。这座建筑面对着皇宫的外护城河。至少，从象征意义上来说，麦克阿瑟正在俯视天皇，尽管皇宫隐匿在密密的树丛后面。
就在他把盟军最高司令的总部转移到第一大厦的当天，日本首相东久迩稔彦男爵接受了重光葵的辞呈。重光葵对于国家被占领他起到的作用感到羞辱，他受够了。他的继任者是年老的资深外交官吉田茂，这位外交官能说流利的英语。
9月20日，吉田第一次去拜见麦克阿瑟，替天皇探探他的虚实。麦克阿瑟的办公室位于6层，并不怎么大，也没什么风景。他的副官却在楼前拥有很豪华的办公室，俯视皇宫院落的壮丽景象。麦克阿瑟的办公室只有一扇窗户，这扇窗户面对内院单调的灰墙，那里不时传出下一层的食堂丁丁当当的嘈杂声。
他选择这个不怎么给人好感的房间，在一些拜访者和参谋看来似乎有些反常。但对于其简朴的自我意识角度来说，这正清楚说明了大权在握的主人虽然拥有华丽外表，本质上是个简单朴素的人。这就像他在西点军校时在管理员的地下室保留的一张铁行军床一样，他可能真的睡在上面，为的是让自己牢记当战地士兵时承受的艰苦。他在第一大厦的办公室和他以前的办公室相似。通常有很大的桌子，没有纸张和电话，一幅林肯的肖像，一幅华盛顿的肖像，还有几幅家人的照片，几张椅子，两张给来访者的真皮沙发。无论是在墨尔本或布里斯班，还是马尼拉都一贯如此。
吉田在政治上保守，思维敏捷，很有勇气。他强烈反对那些让日本陷入战争的军事集团的崛起。在战争年间，他过着一种精神流放的生活，远离政府事务，不为其国家所犯下的罪行所玷污。他身材矮小，有点胖，但精力充沛，有时被称为“袖珍型丘吉尔”。他欣然接受这类赞扬。“是的，”他很高兴地表示赞同，“但是日本的丘吉尔！”
吉田用一口传统的，狄更斯式英语，欢迎麦克阿瑟来到东京。他补充道，他前来转达天皇的真诚问候，并询问在不久之后是否会与天皇会面。
麦克阿瑟的部下曾在不久前也提出过这样的问题。他们建议他和天皇见面。以此告诉日本人谁才是老大。麦克阿瑟断然地拒绝了。“这样做会让天皇成为他们眼中的殉道者。我不会那样做，我还要等待时机，在适当的时候，天皇会自愿来见我的。”然而，对于吉田的提出，麦克阿瑟直截了当地表示，他的地位不允许他主动会见天皇。吉田问道，这是否意味着最高指挥官期待天皇来访？
“能够见到天皇是我莫大的荣幸，”麦克阿瑟回答道，但他补充道，无论如何，他并不想让他感到难堪。这件事一经解决，麦克阿瑟就起身，开始踱步。他忍不住向吉田就日本在战争期间的战略问题的阐述了自己的观点，这可是他看得起吉田才这么做的，他把日本在战争期间的战略说成自取灭亡。之后，他话题一转，提出日本的数百万军队和民兵解除武装和复员、重建日本家园，并对人们实行民主。
吉田带着强烈的好奇看他在写字台后面大步走来走去。他并不介意麦克阿瑟戏剧性的举动。一个外交官在他漫长的职业生涯中看到过各种怪癖举动。但这所有的踱步让他想到了去动物园游玩的情景，不禁笑了出来。麦克阿瑟感到很困惑。这个外交部长觉得什么这么好笑呢？“我感到，”他说，“自己就像在狮笼里听演讲！”麦克阿瑟怔怔看了他一会，然后也爆发出外交家式的大笑。
一周后，一列黑色轿车停在美国大使馆门口，麦克阿瑟已经接管此地，并改为他的住所。天皇在十几个朝臣的陪同下莅临此地。在日本帝国2500年的历史期间，没有一位天皇亲自拜访一个平民。裕仁穿着晨服和带条纹的长裤。麦克阿瑟则穿着军常服，就是褪色的土黄色军服，没有外套，没有领带，然后麦克阿瑟迎接天皇并陪同他进入大使馆宽敞而阴暗的会客室。
尽管那天很暖和，但壁炉里仍燃烧着火苗，试图营造一种欢迎的氛围。他们两人坐在壁炉旁的沙发上，周围是摆得过满的罩着织锦的家具。麦克阿瑟想尽量让裕仁放轻松。他谈起了40年前和日俄战争结束时见到天皇的父亲的场景。他给他的客人递过一支香烟，而一辈子都没抽过烟的裕仁准备作出牺牲，他用颤抖的手接过烟卷。麦克阿瑟小心地为他点燃。
他们单独待在一起，只有天皇的翻译在场。麦克阿瑟没让自己的翻译在场，而信赖天皇的翻译，以此表明他谦恭的姿态。他们在一起待了很长时间。简和罗杰·埃格伯格上校偷偷地躲能俯视着房间的阳台上的厚重的窗帘后，偷看这次历史性的会面，几乎不敢呼气。
麦克阿瑟本以为，裕仁前来是会以个人身份乞求让他免受战犯之苦。尽管天皇机制得到了保证，但这不能赦免裕仁，他还得为亲自签署了向美国宣战的诏书而站在审判台上。
最开始的轻松幽默一过，裕仁直截了当地告诉麦克阿瑟为什么他那么急迫想要见他。他郑重声明，他已经准备好完全接受日本所为所为的后果承担责任，从珍珠港事件到那么无法启齿的暴行。盟国可以把所有责任都推到他身上，处以任何他们认为适当的惩罚。
麦克阿瑟感到惊愕。这是他完全没有想到的事。裕仁对于他国家的恶行承担所有的责任让他无所适从。他答复着，滔滔不绝地说了20分钟有关空中力量和原子弹毁灭性力量。可能没有人会比日本更不愿意听到大规模破坏的军事力量的补充说明，但天皇巧妙地回避了这个话题。也许是因为是太痛苦的缘故。