耀斑爆发时，会发出大量的高能粒子以及大量辐射，当那些高能粒子到达地球轨道附近时，对一些宇宙飞行器内的宇航员和仪器的安全就会产生严重的危害；当耀斑辐射来到地球附近时，由于与大气分子发生剧烈碰撞，破坏了电离层，使电离层无法再反射无线电电波。那些靠无线电短波通信的电视台、电台广播就会受到干扰甚至中断；耀斑发射的高能带电粒子流与地球高层大气作用还会产生极光，它干扰地球磁场从而引起磁暴。
此外，耀斑还从各个方面对气象和水文等方面也有着不同程度的影响。
下面我们从一个事例了解耀斑的影响，据说在第二次世界大战时，有一天，德国前线战事不理想，后方德军司令部报务员布鲁克正在繁忙地操纵无线电台，传达命令。突然，耳机里的声音没有了。他反复检查机器、不停地拨动着按钮，想尽一切办法都无济于事。结果，前线后方失去联系，一切都陷入一片混乱，这次战役以德国失败而告终。而布鲁克虽然觉得自己很冤，但也无法明白其中的原因，因此被军事法庭判处死刑。后来人们发现这次无线电中断的“罪魁祸首”其实是耀斑。
耀斑的影响是极大的，正因为如此，人们对耀斑爆发的探测和预报十分关切，对耀斑的观测也成了天文学研究中的一个重要任务。