许多传染病并不只是在人群间辗转传播，除了人之外还有其他的生物宿主。一些疾病必须通过生物媒介进行传播。自然灾害破坏了人类、宿主动物、生物媒介以及疾病的病原体之间旧有的生态平衡，并将在新的基础上建立新的生态平衡，因此，灾害对这些疾病的影响将更加久远。
蝇类
蝇类是肠道传染病的重要传播媒介，它的孳生与增殖，主要由人类生活环境的不卫生状况来决定。大的自然灾害总是会对人类生活环境的卫生条件造成重大破坏，蝇类的孳生几乎是不可避免的。
地震过后，房倒屋塌。死亡的人和动物的尸体被掩埋在废墟下，还有大量的实物及其他有机物质，在温度的气候条件下，这些有机成分会很快腐败，为蝇类提供了易孳生的条件。因而，像唐山地震那样大的地震破坏，常会在极短的时间内出现数量惊人的成蝇，对灾区居民构成严重威胁。
洪水退后，溺死的动物尸体以及各种有机废物将大量地在村庄旧址上沉积下来，如不能及时消除，也会造成大量的蝇类孳生。
即使在旱灾情况下，由于水的缺乏，也会存在一些不卫生的条件，而有利于蝇类的孳生。因此，在灾后重建的最初阶段，消灭蝇类将是传染病控制工作中的重要任务。
蚊类
在传播疾病的吸血节肢动物中，蚊类是最主要的，与灾害的关系也最为密切。在我国常见的灾害条件下，疟疾和乙型脑炎对灾区居民的威胁最为严重。
蚊的孳生需要小型静止的水体。因而，在大的洪灾中，行洪期间蚊子密度的增长往往并不明显。但在水退后，在内涝地区的低洼处往往留有大量的小片积水地区，杂草丛生，成为蚊类最佳繁殖场所。此时如有传染源存在，就会使该地区的发病率迅速升高。
旱灾可使一些河水断流，湖沼干涸，而这些河流与湖泊中残留的小水洼，也会成为蚊类的良好孳生场所。
在造成建筑物大量破坏的灾害如地震与风灾中，可能同时造成贮水建筑和管道的破坏。自来水的漫溢，特别是生活污水在地面上的滞留，也会成为蚊类大量孳生的环境。
灾害不仅会造成蚊类密度升高，还会造成蚊类侵袭人类的机会增加。被洪水围困的居民，由于房屋破坏而被迫露宿的居民，往往缺乏抵御蚊类侵袭的有效手段，这也是造成由蚊类传播的疾病发病率上升的重要原因。
其他吸血类节肢动物
在灾害条件下，主要表现为吸血节肢动物侵袭人类的机会增加，蚊类有时会机械地传播一些少见的传染病如炭疽等。人类在野草较多、腐殖质丰富的地方露宿时，容易遭到恙螨、革螨等的侵袭，在存在恙虫病和流行性出血热的地区，这种对人类的威胁就大量增加。发生在森林地区的灾害如森林火灾迫使人类在靠近灌木丛的地区居住时，会使蜱类叮咬的机会增加，并可能导致一系列的疾病如森林脑炎、莱姆病和斑点热等的流行。
寄生虫类
在我国，现存的血吸虫病的分布多处于一些易于受到洪涝灾害的区域，而钉螺的分布，则受到洪水极大的影响。
在平时，钉螺的分布随着水流的冲刷与浅滩的形成而不断变化。洪水条件下，有可能将钉螺带到远离其原来孳生的地区，并在新的适宜环境中定居下来。因而，洪涝灾害常常会使血吸虫病的分布区域明显扩大。
家畜
家畜是许多传染病的重要宿主，例如猪和狗是钩端螺旋体病的宿主，猪和马是乙型脑炎的宿主，牛是血吸虫病的宿主。当洪水灾害发生时，大量的灾民和家畜往往被洪水围困在极为狭小的地区。造成房屋大量破坏的自然环境海，也会导致人与家畜之间的关系异常密切。这种环境，会使人与动物共患的传染病易于传播。
家栖及野生鼠类
家栖的和野生的鼠类是最为重要的疾病宿主，其分布与密度受到自然灾害的明显影响。
大多数与疾病有关的鼠类，在地下穴居生活，它们的泅水能力并不十分强。因而，当较大规模的水灾发生时，会使鼠类的数量减少；然而，部分鼠类可能利用漂浮物逃生，集中到灾民居住的地势较高的地点，从而在局部地区形成异常的高密度。在这种条件下，由于人与鼠类间的接触异常密切，便有可能造成疾病的流行。
由于鼠类的繁殖能力极强，在被洪水破坏的村庄和农田中通常遗留下可为鼠类利用的丰富食物，因而在洪水退后，鼠类密度可能迅速回升，在其后一段时间内，会出现极高的种群密度，从而促使鼠类间疾病流行，并危及人类。
干旱可能使一些湖沼地区干涸，成为杂草丛生的低地。这种地区为野生鼠类提供了优越的生活环境，使其数量高度增长。曾有报道说这种条件引起了人群流行性出血热的流行。
地震等自然灾害造成大量的房屋破坏，一些原来鼠类不易侵入的房屋被损坏，废墟中遗留下大量的食物使得家栖的鼠类获得了大量繁殖的条件。当灾后重建开始，居民陆续迁回原有的住房时，鼠患可能成为重大问题，由家鼠传播的疾病的发病率也可能上升。