太阳表面还有黑子。中国的天文学者早在公元前2个世纪就记录下太阳表面的黑子。而在西方，1800年后才由伽利略通过望远镜观测到黑子。我们今天已经知道，黑子是太阳表面有强磁场限制和热气体减速的地方。气体减速导致温度下降，这一区域就更暗，这是对比而言的。如果我们把黑子挖下来，放到夜空中，它将比最亮的星还亮。黑子中央黑影部分被称作暗影，黑子周围较浓的浅灰区叫做半影。
黑子的出现、消失有周期性。在19世纪中叶，一个业余天文学家Samuel Heinrich Schwabe发现太阳表面的黑子数不是常数，而是由少到多又到少，有个周期。平均下来大约11年一个循环。最初，黑子出现在每个半球纬度30度的地方，接着黑子增多，向赤道蔓延。最后黑子变少，在纬度5度的地方消失，如此周而复始。最近一次的黑子最多时是2001年，预计下一次在2012年。
太阳黑子成对出现。因为黑子是自然磁场形成的，而自然界的磁场成对出现，因此黑子也成对出现。若一个黑子是正极，那么另一个为负极，正如磁铁的两端。我们可以把黑子对看做放在太阳表面的蹄形磁铁。
黑子常聚成一团，整体上表现出磁性。这些团簇可以由两对或更多的黑子组成。如果团簇的一端是一极，相对的一端是另一极。如果太阳的北半球是正极，则在南半球的一端为负极。
太阳的磁极在每个黑子周期颠倒一次。每11年，太阳的两极磁性颠倒，整个太阳的磁性也随之颠倒。因此，从磁性的角度来考虑，黑子周期应为22年而不是11年。
黑子很大。很多黑子达到了地球大小，黑子团簇能在太阳表面绵延16万千米。
部分人认为太阳黑子数量的变化能影响地球的气候。天文历史记录显示：1645～1715年，黑子数量相对较少。气象记录显示：同一时期欧洲大部分地区的冬天更长。这能说明问题吗？另有一些人，据称也找到树木年轮与太阳黑子周期的相关性。
最近科学家似乎发现了太阳黑子对气候的影响。斯坦福大学的Sallie Baliunis博士找到了依据：太阳黑子数与太阳释放出的总能量有关，进而影响到地球的气候。值得一提的是统计数据有偶然性，并被诸多因素所影响，因此不能提供直接的证据。当提到诸如太阳，地球气候等复杂问题时，统计数据都应该被深入研究。