皇太子立即被送往医院，刺客当场被日本警察抓获。日本官方立即前往医院道歉，日本皇室也对此事深表歉意，挽留尼古拉多住几日，静心养伤。但尼古拉不顾外交礼节，带领随从匆匆结束了对日本的访问，经西伯利亚回到彼得堡。从此，尼古拉二世头上便留下一个永久的疤痕。
从远东归来，尼古拉表示：这次游历深刻地影响了他，使他对远东发生了兴趣。
1894年，中日甲午战争后，日本与俄国在远东的矛盾冲突日益公开化，双方都在加紧做战争准备，终于在1904年2月8日爆发了日俄战争。
日俄战争爆发后，许多西方报纸在报道中都重提尼古拉访问日本遇刺一事，并将此事与日俄战争联系起来，认为此事的发生导致尼古拉二世仇日，也是他对日宣战的重要原因。美国人马洛泽莫在《俄国远东政策》中就特别强调：“恐怕他很难说已经忘却而没有对此访问留下什么印象。”
在战争之前，尼古拉二世也总是愤愤地称日本人是“讨厌的黄色蛮猴”，称日本天皇是一个“动作可笑的家伙”，经常使用带有强烈的仇日情绪色彩的语言。然而，有很大一部分学者不这么认为。他们认为，沙皇俄国参加对日战争是19世纪后半期俄国对外扩张的重点转移，而导致在远东及太平洋地区帝国主义之间矛盾加剧的必然结果，尼古拉二世在19世纪前的不愉快经历和他个人的好恶，是不可能左右国家对外政策的，更不可能因为自己的一段不愉快经历而发动战争。
谁下的枪杀令？
1917年3月12日（俄历2月27日），俄国酋都彼得堡被起义的工人与士兵占领。3月15日，尼古拉二世在普斯科夫城下诏宣布退位。从此，统治俄国长达三个世纪之久的罗曼诺夫王朝寿终正寝，俄国二月革命取得胜利。
新成立的彼得格勒苏维埃和俄国临时政府将尼古拉二世及其全家幽禁在彼得格勒郊外的皇宫中。同年8月，因安全原因移监至遥远的托博尔斯克。
十月革命胜利后，沙皇全家依旧呆在那里。直到1918年4月，苏维埃政权代表才抵达托博尔斯克，正式接管看守职责，并决定将沙皇一家人转移到乌拉尔山脉东侧的叶卡捷琳堡。4月26日启程，30日到达叶卡捷琳堡。
1918年5月，被苏维埃政权遣返回国的捷克军团在途中与白卫分子发动大规模叛乱，叶卡捷琳堡很快陷入叛军包围之中，危在旦夕，关押在城内的末代沙皇随时都可能被叛军救走，后果堪忧。
在这紧急时刻，7月16日深夜，沙皇及他的一家人由一个行刑队执行枪决。死刑的执行是一个名叫尤罗夫斯基的人指挥的。沙皇一家没有接到通知。当他们走进地下室时，被安排坐在一排椅子上，尤罗夫斯基向他们开了第一枪，接着行刑士兵们一串排射，11具尸体横在地上，士兵又用刺刀和步枪托作了检查，以证实他们是否确实死亡。
次日清晨，尸体被堆放到一辆卡车上，运往22公里外的四兄弟矿场，在那儿，尸体被浇上汽油烧掉，残存的部分被扔进沼泽中，私人财物则被放进酸液中浸泡后倒入矿井。
7月23日，叶卡捷琳堡被叛军攻陷。由于枪杀沙皇全家事先未经法庭审判，而且连亲属和仆役也死于非命，这遭到了不少非议。当时，布尔什维克已与法国签了约，允许沙皇离开俄国，此举获得西方的好感。既然这样，为什么要杀死他及他全家？如此重大的处决究竟是谁下的命令呢？
包括《大百科全书》在内的一种传统观点认为：当时白军士兵攻到叶卡捷琳堡城下，为了防止尼古拉二世被他们夺走，虽最初计划由莫斯科和乌拉尔州两级审判机关对前沙皇及其妻子进行公审，但后因情况紧急，全俄中央主席团授权来莫斯科汇报的乌拉尔苏维埃主席团委员戈洛谢金返程后立即组织审判。戈洛谢金7月12日返回叶卡捷琳堡，乌拉尔州苏维埃执行委员会当天开会，会上通过枪决沙皇的决定，四名主席团成员当即在判决书上签字。同时，会议决定由尤罗夫斯基负责执行处决。
《尼古拉二世及其一家的悲惨命运》的作者日里亚尔对上述说法提出异议。此书作者从1906年起就在俄国宫廷担任法语教师，尼古拉二世遭监禁后，他同沙皇一家继续朝夕相处，直到沙皇离开托博尔斯克为止。叶卡捷琳堡陷落后，他又积极参与自卫当局对沙皇被杀一事的“侦查”工作。作者在书中断然否认枪杀沙皇一家的命令是乌拉尔州地方苏维埃作出的，他认为命令是全俄中央执行委员会主席斯维尔德洛夫亲自下达的。鉴于日里亚尔的特殊经历，这种说法当时颇为流行。
后来又有一些人认为，像处决尼古拉二世这等大事，恐怕斯维尔德洛夫也不能独自作出决断。这种说法在西方很有市场。
营救为何失败
从1917年3月21日正式逮捕沙皇，到1918年7月16日将他处死，其间整整经历了16个月。在此期间，从俄国保皇分子到临时政府的头面人物，以及一些外国使节，一直在想方设法营救尼古拉二世。
就在沙皇刚刚被捕时，临时政府的司法部长、负责领导警卫沙皇工作的克伦斯基便开始同英国大使进行秘密接触，传闻他们已经商定将尼古拉二世送到摩尔曼斯克搭乘英国军舰出国。后来，又是克伦斯基做主，将尼古拉二世全家转移到托尔博斯克，因为有人认为把沙皇从这里送出境外不那么引人注目。但是，十月革命胜利后，克伦斯基一伙作鸟兽散。
转移到托博尔斯克后，当地大主教格尔莫根与陆续尾随而来的前宫廷人员、军官及一些外国人策划新的阴谋。据说，一直停泊在城外河中的“圣玛丽亚号”帆船就是供沙皇出逃乘坐的。但是，没等到河面解冻，沙皇就被押送到叶卡捷琳堡去了。
在送往叶卡捷琳堡途中，苏维埃全权代表雅科夫列夫本人试图调转火车行驶方向，将沙皇送到远东再行出国，可是被人发觉。后来雅科夫列夫投奔叛军高尔察克，却又被当作红军间谍处决了，内情也就无从知晓。
为什么一次又一次的营救计划全部落空？是不是在整个监禁期间完全没有半点营救希望？不是这样。当时俄国政局极其混乱，看守卫队也几经更换。即使在十月革命胜利后，监禁也十分松弛。乌拉尔苏维埃认为，1918年春，尼古拉二世实际上处于“没有监禁”状态，可是16个月过去了，如果不把雅科夫列夫那次真伪难辨的“营救”算在内，连一次尝试性的营救行动也没有，这又是为什么呢？很多人把失败的原因归结为营救各派的涣散、怯懦和自私，他们都不愿意为营救沙皇承担风险。
民间保皇分子可以说没有政府那种顾忌。他们又是在什么地方失算的呢？很多人认为，他们都是投机分子，主要是想借救驾一事捞取名利，所以也不敢轻易冒险，结果一事无成。可事实上也有不少死心塌地的保皇派，不惜重金，冒着生命危险，千里迢迢尾随沙皇来到托博尔斯克，最后却毫无动静，个中缘由，由于时过境迁，恐怕很难彻底揭开了。
最后，有人认为症结在沙皇本身，说他优柔寡断，态度消极，怕冒风险。他们认为，沙皇想由政府安排出国，因为这样既体面又安全。后来，他又一直坚持要选择绝对稳妥可靠的方案，所以延误了许多机会。但此种说法又缺乏有力的证据。
沙星遗骸迷案
根据资料，被拘禁的沙皇一家包括尼古拉二世、皇后亚历山德拉、13岁的沙皇王子亚历克塞以及4位公主。此外，还有1名医生和3名侍从。
1918年7月22日，苏联的官方报纸宣布：据“工农兵苏维埃”的命令，沙皇已于7月16日夜在西伯利亚埃克特堡被处死。同时，报纸也说明了沙皇家族的去向，报道说：“皇室的其他成员，已从埃克特堡转移到一个安全地方。”八十多年来，苏联的官方公告一直受到人们的怀疑和猜测：有人认为，沙皇的家属已被全部处死；也有人相信，美如天仙、聪明善良的小公主安娜西塔西娅逃脱了杀身之祸，是唯一的幸存者。
此外，还有人声称自己是小王子亚历克塞，虽然没有小公主那样有人相信，却也闹得沸沸扬扬。关于沙皇后裔的下落，不光被写了多部小说，有的还拍成了电影，轰动一时。
寻找皇室下落的行动，在沙皇被处决后六个月就开始了。有人找到可能的埋葬处，但没有找到任何遗骸。因此，西方一直流传着“满门抄斩，毁尸灭迹”的传说。
十多年前，又有人确定了沙皇遗骨的真实埋葬处，同时还挖出过几具骨骼，但由于某些原因，他们又把尸骨埋回原处了。这一行动，虽然给后来的工作带来了不少麻烦，但也多亏了他们，这些尸骨才能在人们能够展开科学研究的时代重见天日。
1989年，有报纸报道发现了沙皇的葬址。于是，试图揭开这个“世纪谜案”的侦破工作又重新开始。两年后，俄罗斯总统叶利钦下令调查沙皇家属的死亡遗案。
挖掘组在埃克特堡的松林深处开始挖掘，共挖出1000多块骨头。这些骨头，被科学家拼接成9具较为完整的骨架，4男5女。问题顿时变得复杂起来。
据现有文件记载和有关人士的回忆，当时沙皇全家被秘密关押在一个地下室中。除了沙皇和他的家属6人外，还有1名皇家医生，3个侍从，共11人。而当时决定枪决的是所有拘押者。这就是说，还有两个人的骸骨没有找到。
无奈之下，挖掘组向科学家求助，希望能通过DNA 鉴定辨明死者的身份。科学家首先对这9具尸骨样品进行了DNA 分析，结果表明，其中5人肯定有亲缘关系，3个女性是其中年龄较大的1男1女的女儿；而另外4人与这5人没有血缘关系，这4人之间的血缘也各不相关，很可能，他们就是那个医生与3个侍从。但是，DNA 结论只能证明这5具遗骸的亲缘关系，并不能最终证明他们就是沙皇一家。于是，俄罗斯人决定开展国际合作，从多方面寻找和收集线索。
一是从皇后和沙皇的亲属方面寻找遗传证据。亚历山德拉皇后是英王维多利亚的外孙女，因此世界各国不乏这个家族的传人。科学家将皇后和维多利亚家族传人的一些线粒体DNA 序列进行比较，初步证明了皇后的身份，实验的可靠性达到98.5％。
沙皇还有一个亲兄弟，名叫乔治斯，他在1899年28岁时死于肺结核。1994年7月，科学家们打开了彼德堡教堂里乔治斯的大理石棺材，取了两截骨骼，送到美国马里兰美军病理研究所的DNA 实验室。
第二个办法是寻找沙皇的遗物。历史记载，沙皇在访问日本时曾经受过伤，而那块沾有沙皇血迹的手帕，现在还存放在日本的一个博物馆里。于是科学家赶赴日本，终于从几十年前的陈旧血迹中分离出了沙皇的DNA。
接着，在圣彼得堡皇宫的一个小柜里，人们又找到了沙皇3岁时理发留下的头发。毛发也能用于DNA 的提取，于是，科学家又得到另一个证据。
现在，所有的鉴定都一致证明：埃克特堡的残骸确为沙皇一家。可靠性几乎达到百分之百，或者说，错误的可能性是亿分之一。
DNA 鉴定真假沙皇公主
如果说，有血缘关系的5个人就是沙皇夫妇和他们的3个女儿，那么，他们的另一双儿女的骸骨到哪儿去了？
当时所有人都说，子弹是射向11个人的，并用一辆车将11具尸体运出去“处理”了，那么，王子和另一名公主的尸体怎么会脱离群体，以至于丢失呢？
是不是他们真的死而复生，流落在外呢？那些自称为公主、王子的无名之辈，是不是真的就是末代沙皇的后裔呢？
最后，科学家还是运用DNA 鉴定的方法，来验明那些自称沙皇的儿子或女儿的真实身份。
最有名的“小公主”自称者是安德斯，后来移民美国。她出现在处决沙皇仅19个月之后，长得同照片上的小公主一模一样。她还能如数家珍地说出许多宫中秘闻和自己的脱险经历，最后，连沙皇的几个亲戚也都信以为真了。她曾经要求继承沙皇在倒台前存在美国和英国的“近四亿美元”的遗产，但是，她不能提供沙皇的存款账号，同时，也没有一个法院愿意判定她的沙皇遗产继承人的身份。
安德斯于1984年去世，尸体也已火化，不过，她曾在美国弗吉尼亚的一家医院里做过肠癌切除手术。
于是，科学家奔赴这所医院，终于找到了一些安德斯的组织石蜡块，从石蜡块上，取得了几块6微米厚的切片，连同她夹在书中信封里的六根头发，分别送进三个科学家实验室。在对这两个样品的DNA 放大扩增后，科学家首先比较了它们与安德斯外甥的DNA 异同，确定了它们是安德斯的DNA。然后再将它们与遗骸中的DNA 比较，结果出乎意料，两者之间没有任何血缘关系。这个妇女是个冒名者！
至于那个自称为小王子亚历克塞的男子，实验证明也是个冒牌货。
一切都到此结束。1998年8月17日，尼古拉二世及其家人的遗骸在圣彼得堡重新落葬。
到底小沙皇与小公主的命运如何？看来真成了千古之谜了。没有证据，基因分析术再神奇，也是无能为力的。
珍珠港：偷袭之谜
1941年12月7日，日本对美国海军太平洋舰队基地珍珠港，进行先发制人的偷袭，使美国蒙受了前所未有的损失和羞辱。
日本人为什么要偷袭珍珠港？美国人知不知道日本人要偷袭珍珠港？既然知道了日本人要偷袭珍珠港，为什么不严加防范，以避免损失？长期以来，学术界对此议论纷纷，发表了许多有趣的意见。