“六四”事件之后，日本在工业发达国家中较早主张解除对华制裁。对日本在西方七国首脑会议中强调不要孤立中国，1989年9月19日，邓小平会见伊东正义率领的日中友好议员联盟时说：中国方面注意到日本在会议上的态度与其它国家有所不同，中日友好十分重要，对中国十分重要，对日本也十分重要。友好对两国人民有利，也对世界和平与发展有利。同月25日，日本外务省正式解除了日本国民访问北京的限制，并决定从1990年1月起，恢复日中政府高级官员的交流。
1990年1月10日，日本中山外相、桥本藏相、森山官房长官对中国方面解除戒严命令给予积极评价。1月16日至25日，邹家华副总理应邀访日。1月18日，日本外务省经济合作局局长松蒲晃一郎访华，商谈恢复日本对华提供第三批日元贷款问题。5月22日，海部首相致函布什总统要求世界银行恢复对华贷款和美国继续给予中国最惠国待遇。7月上旬，国务委员、国家教委主任李铁映应邀访问日本。7月19日，日本驻华使馆发言人宣布，日本将于9月实施对华贷款的一揽子计划。
1991年1月8日至11日，日本大藏大臣桥本龙太郎访华，这是“六四”事件以后访问中国的第一位日本内阁成员。4月5日至7日，日本外相中山太郎访华。钱外长在会谈时指出，中山外相的访华标志着两国关系重新回到了正常发展的轨道。6月25日至27日，钱其琛外长访日，为海部首相访华作准备，并就第二年中日邦交正常化20周年庆祝活动达成一些原则协议。8月10日至13日，日本首相海部俊树应邀访华，标志着中日两国关系全面恢复。
1992年4月6日至10日，江泽民总书记应邀访问日本。这是庆祝中日邦交正常化20周年、双方国家高级领导人互访之一。也是他就任总书记以来首次访问西方经济发达国家，具有重要意义。6日，江泽民总书记和宫泽首相举行了会谈，关于朝鲜半岛形势，双方愿意继续努力推动朝鲜形势朝着缓和与稳定的方向发展，实现无核化。关于柬埔寨，双方表示全面支持贯彻巴黎和平协定。关于中日关系，双方确认在中日联合声明和中日和平友好条约以及中日关系四原则的基础上推进中日友好关系的发展。关于天皇访华，宫泽首相表示衷心感谢中方对天皇夫妇的邀请。7日，江总书记在日本广播协会发表了《国际形势和中日关系》的讲演。8日，举行记者招待会，其中对日本向海外派兵，江总书记说，日本向海外派兵是一个很敏感的问题，作为友好邻邦，我们希望日本对此谨慎行事。关于钓鱼岛问题，他说：钓鱼岛自古以来就是中国的领土，这是历史事实。我们主张通过谈判解决领土争端。邓小平曾就钓鱼岛问题全面阐述了中国政府的立场，这一立场没有改变。江总书记还参观了关西的大阪、福冈等地。江总书记作为中国最高领导人访日，对推动两国关系向前发展起了非常重要的作用。
1992年10月27日至28日，日本天皇和皇后陛下，应中国国家主席杨尚昆的邀请正式访华。这是两千年来中日关系史上的第一次，具有历史性的重大意义。关于天皇访华，中国领导人曾多次发出邀请，1978年邓小平副总理访日时提出邀请昭和天皇访华。1990年吴学谦副总理出席天皇即位大典，正式邀请天皇访华。天皇也有意到中国访问。只是由于日本自民党内极少数人的阻碍未能成行。江总书记4月访日时再次发出邀请。1992年是中日邦交正常化20周年，各方面条件成熟。宫泽首相邀集自民党4位领导人，向他们表示，务必在今年实现天皇访华，被自民党领导人接受。天皇、皇后两陛下访华，受到中国人民的隆重热烈的欢迎，表达了中国人民对日本人民的友好感情。访华时，对日本侵华历史，杨主席表示：“令人遗憾的是，在近代历史上，中日关系有过一段不幸时期，使中国人民蒙受了巨大的灾难，‘前事不忘，后事之师’，牢记历史教训，符合两国人民的根本利益。”天皇在致辞中表示：在两国关系悠久的历史上，曾经有过一段我国给中国国民带来深重灾难的不幸，我对此深感痛心。天皇的这一表示和在美国的表态一字不差。江泽民总书记、李鹏总理会见了天皇并进行了友好会谈。除北京之外，天皇还访问了西安和上海，访问获得圆满成功。
1994年3月19日至21日，日本首相细川护熙访华，在谈到过去的那段历史时，细川表示：我们对过去由于我们的侵略行为和殖民统治给亚洲人民带来的难以忍受的苦难表示深刻的反省和道歉。并说：日本将严格遵守日中联合声明的原则，不同台湾发展任何官方关系，他还指示日本有关部门提出一个能够为今后的日中友好合作作出贡献的援助金额。
同年11月14日，江泽民主席在出席雅加达亚太组织领导人非正式会议期间，会见了日本首相村山富市，对村山就任首相后多次谈到要重视中日关系表示赞赏。村山表示保持日中友好睦邻关系不仅对两国而且对亚太及全球的和平有重大影响。
1995年是世界反法西斯战争胜利50周年，也是日本投降50周年，日本政界右翼势力上升，不仅破坏日本社会党关于以国会名义正式向亚洲人民道歉的提案，反对村山首相倡议的“不战决议”。而且美化日本侵略的历史，使日本政治出现右倾化发展趋势。中日关系在政治问题上交锋增多。5月2日至6日，村山首相访华，期间参观了卢沟桥中国人民抗日战争纪念馆。这是日本首相第一次参观这个纪念馆。8月15日，村山首相发表讲话，承认日本二战时的殖民统治和侵略给亚洲人民造成极大损害，对此，他表示深刻的反省和由衷的歉意。这是日本首相首次公开对日本侵略历史道歉。但日本政界内部右翼势力活动猖獗，出现了9名内阁大臣和70名国会议员参拜靖国神社、美化第二次世界大战中日本军国主义的种种动向。在中日关系中也出现了日本企图提升日台实质关系的动向。例如1994年10月允许台湾“行政院副院长”徐立德出席广岛亚运会；借1995年11月在大阪召开亚太经合组织非正式会议，企图允许李登辉、徐立德与会事件。8月，日本宣布全面冻结对华无偿援助，把对华经济关系与中国核试验挂钩。1996年1月11日，自民党总裁桥本龙太郎当选日本新首相，3月日本政界和新闻界连续对中国军队在东海演习发表干涉中国内政的言论。4月，克林顿总统访问日本，并于17日和桥本龙太郎首相签署了《日美安全保障联合宣言》。该宣言认为：亚洲和太平洋地区是当今世界最有活力地区。但是，这个地区依然存在着不稳定和捉摸不定的因素，朝鲜半岛仍然大量集中存在着悬而未决的领土问问题，潜在的地区争端，大规模杀伤性武器及其运载工具的扩散等，实际造成这一地区不安定的因素。美日双方重申，以《日本国和美利坚合众国之间的相互合作及安全保障条约》为基础的两国之间的安全保障关系，将能保证实现共同安全保障方面的目标，也能继续成为21世纪亚洲太平洋地区维护安全和繁荣的基础。桥本总理大臣重申了日本的基本防卫政策。这项政策明确地记载在1995年11月制定的强调在冷战后与安全保障体制结合的防卫政策中。两国首脑再次重申，美国根据日美安全条约所拥有的遏制力量将继续成为日本安全保障的基础。美国继续维持军事力量的存在是维护亚洲太平洋地区的和平与安全所不可缺少的……。美国为了遵守根据对形势的全面分析和现在的安全保障形势下作出的许诺，需要在日本保持现有的兵力，需要在这个地区维护大约10万左右部署在前沿的军事人员组成的现有兵力。总理大臣对美国决心继续坚持稳定而毫不动摇地在这一地区表示欢迎。总理大臣重申，为了维持驻日本的美军，日本要根据日美安全条约继续提供设施和区域，并通过接受国提供援助等方式作出适当贡献……。在冷战结束后，美苏在远东的对抗不存在了，日本的国家安全环境大为改善，并不存在受到威胁的情况。在这种形势下，为了继续强化美日同盟，来人为地确定潜在对手，就不可避免地会影响到该地区国家间的关系，让人怀疑美日同盟并非是防卫性同盟。7月底，桥本参拜靖国神社，日本政界要人不断发表美化日本侵略历史的言论。这些都引起中国和亚太地区国家和人民的警惕和批评。
对中日关系的发展及其中存在的问题，中国领导人在这一二年多次强调，发展中日友好的一个重要基础是日本要正确认识过去的历史，这也是两国面向未来发展世代友好关系的重要条件。中国希望日方真正反省那段对外侵略历史，走和平发展道路，以实际行动取信于亚洲各国人民。
从1996年下半年起，桥本首相为稳定日中关系，连续派日本自民党代表团，前首相竹下登，新进党党首小泽一郎访华，意在加强对话。特别是1996年11月24日，江主席和桥本首相在马尼拉出席亚太经合组织非正式会议期间举行了一次极其重要的会谈。桥本首相向江主席表示：“日中关系和日美关系一样，在日本新内阁的外交政策中占有非常重要的位置”。“日本政府承认过去历史上的殖民统治和侵略给中国和亚洲各国带来的深重灾难，对此表示深刻的反省和诚恳的道歉”。“台湾问题应由海峡两岸之间协商和平解决，我们反对‘两个中国’，当然也不支持‘台独’，日本不与台湾发生官方关系。政府将在日中联合声明和日中友好条约的基础上妥善处理台湾问题”。这次成功的会晤后，中日关系趋于好转。
1997年是中日邦交正常化25周年。双方都为改善两国关系采取了积极态度。两国外交部门为桥本龙太郎首相访华作了积极的准备。
1997年9月4日至7日，桥本首相访问中国。9月4日下午，李鹏总理和桥本首相举行会谈。
李鹏总理说：我们正处在世纪之交的重要时期，中日两国要面向21世纪，进一步发展睦邻友好合作关系，实现两国人民的世代友好。我们双方要为此共同努力，从长远利益和战略的高度对待两国关系，正确把握两国关系的方向，严格遵守《中日联合声明》和《中日和平友好条约》的原则，切实维护中日关系的政治基础。他强调：日本在历史问题上采取正确态度有利于维护中日关系的政治基础，也有利于增进日本与亚洲邻国之间的理解和信任。我们希望日本政府以对历史负责的态度，用正确的历史观加强对青少年的教育和引导。
桥本首相说：在遵循《日中联合声明》和《日中和平友好条约》的基础上发展同中国的关系是日本政府的一贯立场。稳定的日中关系不仅对两国十分重要，也有利于亚太地区和世界的和平与繁荣。1995年8月15日，日本村山内阁就历史问题发表了正式谈话，即承认：“由于日本的侵略和殖民统治给许多亚洲国家带来了损害和痛苦，对此表示深刻反省和由衷道歉。”这是日本政府的正式立场。桥本首相表示：他作为当时的内阁成员参与了上述立场的决策，至今仍坚持这一立场。这次作为首相，将首次访问中国的东北地区，其目的就是为了显示他愿在正视历史的基础上面向未来。日本今后将会继续走和平道路，这是日本全体国民的共同意志。桥本首相表示：日本决不会走军国主义道路或成为军事大国。
同日，就中国加入世界贸易组织问题中日两国发表联合声明。
5日下午，中国国家主席江泽民会见桥本首相时指出：以史为鉴，可以知兴衰；以铜为镜，可以正衣冠。但近代以来，日本军国主义对中国发动侵略战争给中国人民带来了深重的灾难，日本人民也深受其害。正确认识和对待这段历史是两国面向未来的重要前提。否认历史、干扰中日关系的正常发展的势力在日本国内虽然只是极少数，但他们的错误影响很坏。我们应该“见微知著”、“防微杜渐”。日本在历史问题上采取正确的态度，特别是用正确的历史观教育和引导年轻一代十分重要，这有利于中日关系的长远发展，也有利于日本自身的发展。
桥本首相表示高度重视江泽民主席对历史的见解。他表示日本不支持“两个中国”，也不支持“台独”。日本认为台湾作为中国的一个地区，根本没有资格进入联合国。日本政府对此持明确的立场。6、7日，桥本首相访问沈阳，参观了“九·一八”事变纪念馆、大连市等地后回国。
李鹏总理访问日本
1997年11月11日至16日，李鹏总理在时隔8年之后再次访问日本。李鹏总理的主要随行人员有国家科委主任宋健、国务院副秘书长何椿霖、电子工业部部长胡启立等。
李鹏总理访日受到热烈欢迎。11日，桥本龙太郎首相举行盛大的欢迎仪式，双方进行了友好会谈。中日双方发表《关于中国加入世界贸易组织的联合声明》。12日上午，李鹏总理和夫人拜会了日本天皇和皇后。天皇表示：今年是日中邦交正常化25周年，他对李鹏总理访日表示欢迎，并相信这次访问一定会增进日中两国的友好关系。并设午宴招待李鹏总理一行。
12日下午，李鹏总理出席日中友好七团体联合招待会并发表讲话，其中提出指导中日关系的基本原则：
——相互尊重，互不干涉内政。尊重对方根据本国国情选择的发展道路，超越社会制度、意识形态和价值观念的差异，在和平共处五项原则基础上友好相处，和睦为邻。
——求同存异，妥善处理分歧。严格遵循《中日联合声明》和《中日和平友好条约》的原则，排除干扰，通过和平协商，妥善处理两国现今存在和今后可能出现的问题和分歧，维护两国关系的大局。彼此间的差异和分歧不应该成为发展双边关系的障碍。
——加强对话，增进相互了解。加强各个层次和各个领域的对话与交流，就共同关心的问题及时沟通，交换意见，增加信任，扩大共识。
——互利互惠，发展经济合作。从长远的观点、在平等互利的基础上不断拓展两国的经贸合作，相互借鉴，优势互补，进一步提高合作水平，实现共同发展。
——面向未来，实现世代友好。一方面要继承和发扬两国的友好合作传统，同时，要用正确的历史观教育和引导年轻一代，使中日友好世代相传。
李鹏总理还分别会见了日本社民党主席土井多贺子、新进党党首小泽一郎、民主党领导人管直人、五位日本前首相以及为中日友好事业和两国邦交正常化作出重大贡献的日本老政治家及已故政治家的亲属。