第二次世界大战的爆发，使世界形势和格局发生了巨大变化。1945年二战结束后，战前的6个主要资本主义国家中，发动侵略战争的德国、意大利和日本被彻底打败，被希特勒军队占领的法国和遭受德军严重轰炸的英国，实力受到重创。唯有美国，在珍珠港惨遭日本袭击，被迫对日宣战并投入二战之后，其经济实力和军事力量不但没有因战争被削弱，反而得到了大幅增强。
1945年，美国的军队数量从战前的33万多人增加到1200万人，美国已形成庞大的空军和海军力量，在世界各地建立了近500个海外军事基地，几乎控制了全球所有的海域。在经济方面，美国的工业产值已占资本主义国家工业总产值的60％以上。美国企图称霸世界的野心迅速膨胀，而美国面临的最大障碍是二战时的盟国、意识形态完全不同的前苏联。
二战结束不久，美国就开始撕破“盟国”的面纱，公开与前苏联走向对抗，在政治、军事、经济、科技和意识形态等方面，与前苏联在全球范围内展开了一场争夺战，从此拉开了美苏冷战的序幕。
正是在这种背景下，时任美国第33任总统哈里·S·杜鲁门，于1947年7月24日签署了美国制定的第一部《国家安全法》，成立了美国国家安全委员会，并于1947年9月26日主持召开了国家安全委员会成立后的第一次会议。可以说，美国国家安全委员会的诞生在某种程度上是冷战的产物。
按照《国家安全法》的规定，国家安全委员会的职能是：就有关国内、外交和军事政策问题向总统提出建议；对美国现实的和潜在的军事力量的目标、义务和风险进行评估，向总统推荐可供选择的方案；就涉及与美国国家安全有关的事务和政策问题在政府各部门进行协调工作。很显然，美国国家安全委员会最初的功能就是美国总统的一个高级参谋、顾问和咨询机构。
根据《国家安全法》，杜鲁门政府对军事机构进行了重组，取消了美国战争部，并于1947年9月18日成立了美国国防部，由一名文职官员担任国防部部长，统辖美国所有军事力量和军事机构。国防部总部设在五角大楼，同时建立了参谋长联席会议制度，设立了参谋长联席会议主席一职。《国家安全法》还提出整合战争期间的情报系统，创建美国中央情报局，并置于美国国家安全委员会的指导之下，这个令世界各国生畏也生厌的美国最大的情报机构，就此也于1947年9月18日应运而生。
在杜鲁门时期，美国国家安全委员会规模不大，主要设有秘书处，起初有3名执行秘书，负责安委会的日常工作；后来又设立了高级参谋小组，负责在国家安全问题上为总统出谋划策；成立了心理战略委员会，策划公开和隐蔽的心理战，对抗前苏联的宣传活动；还成立了国外情报内部小组，统筹情报和间谍活动。
杜鲁门对国家安全委员会的作用起初并不看好。他参加了国安会成立后的第一次会议之后，指示国务卿在他不在时负责主持国安会的会议，国安会的日常工作由总统任命的3名执行秘书负责。在杜鲁门执政的头3年，国家安全委员会共召开了56次会议，杜鲁门只参加了10次。期间，美国国防部官员与国务院官员之间展开了明争暗斗，国防部官员希望由国防部长掌控国家安全委员会的主导权。
1949年，美国国会对《国家安全法》进行了修改。杜鲁门总统根据修改后的《国家安全法》，对国家安全委员会进行了改组，取消了3位执行秘书为国安会成员的资格，增加副总统为国家安全委员会的法定正式成员，从此国家安全委员会法定正式成员为总统、副总统、国务卿和国防部长4人；增加参谋长联席会议主席和中央情报局长为国家安全委员会的法定顾问；指定财政部长参加国家安全委员会的所有会议；同时成立国家安全委员会常设委员会，负责处理敏感的日常事务。美国国家安全委员会的办公室设在白宫的地下室内。
1950年美国发动侵略朝鲜的战争，美国国家安全委员会的作用开始发生变化。国家安全委员会每周四定期召开会议，杜鲁门总统在国安会以后召开的71次会议中，亲自主持召开会议64次。国家安全委员会在美国政府的决策过程中开始发挥重要作用。
美国国家安全委员会不同时期的跌宕起伏
1953年，第34任美国总统德怀特·戴维·艾森豪威尔上任伊始，做出了一个影响深远的决定，即设立一个不需要国会批准的总统国家安全事务特别助理的职位，后来称为总统国家安全事务助理，也称为国家安全事务顾问。国家安全事务顾问负责国家安全委员会的日常工作，其实际权力的大小，完全取决于总统的信任程度和政治需要。
总统国家安全事务助理相当于内阁成员级别，具有与内阁成员同等的权力，有时甚至比其他内阁成员的权力更大。美国前总统尼克松的国家安全事务助理亨利·阿尔弗雷德·基辛格，在打开美中关系方面上发挥了特殊的作用，令世界瞩目，使总统国家安全事务助理这个职位一炮而红，也使国家安全事务助理的权力达到了顶峰。
艾森豪威尔任命罗伯特·卡特勒为总统国家安全事务特别助理，并对国家安全委员会进行了整顿。卡特勒提出了一套改革方案，成立了国安会下属的计划委员会和行动协调委员会，使国安会成为美国军事、外交以及国内安全政策形成与执行的主要力量，成为协调国家安全部门和机构向总统提供建议和情报的主要工具，并具有指挥和监督执行总统决定的职能。
参加国家安全委员会会议的人员除了法定4名成员之外，还增加了国防动员办公室主任、参谋长联席会议主席以及财政部长。每次会议都要听取中央情报局长汇报影响美国国家安全的世界范围内的形势发展，讨论计划委员会提交的政策文件。一旦计划委员会提交的政策文件获得总统的批准，行动协调委员会将负责跟踪政府有关部门对政策文件落实的情况。
在艾森豪威尔的支持下，卡特勒的改革促使国家安全委员会的作用和机能向前大大迈进了一步，国安会的机构和人员进行了扩充，级别得到了提升，工作程序更加规范化和制度化。国安会定期每周四召开会议，在艾森豪威尔执政的8年里，共召开了346次会议，几乎每周一次，其中90％以上的会议都是艾森豪威尔本人主持。只有在艾森豪威尔外出或生病时，才由副总统主持。尽管艾森豪威尔与杜鲁门相比，大大提升了国家安全委员会的作用，但是他并没有削弱美国国务院的功能，国务卿依然是美国总统对外政策的发言人。
从1961年开始，在35任总统约翰·菲茨杰拉德·肯尼迪和36任总统林登·贝恩斯·约翰逊执政的8年期间，由于他们与前任总统的执政风格大不相同，国家安全委员会的地位和作用大幅下降。肯尼迪上台后，解散了艾森豪威尔留下的国家安全委员会的工作班子，如行动协调委员会，把国安会的职能分散到政府的其他有关部门；缩小国安会的规模，把国安会的工作人员由74人减少到49人；减少参加国安会会议的人数；召开会议的次数也大幅减少，在他执政的3年期间，国安会只召开过45次会议。肯尼迪喜欢把外交政策的决定权和实施大权集中到白宫，更多地依赖国家安全顾问的作用。1963年11月22日，肯尼迪总统遇刺，副总统约翰逊上任。约翰逊采取召开小型秘密顾问会议的方式，对国家安全和外交政策问题进行讨论和决策，取代国家安全委员会的功能，从而使国家安全委员会几乎名存实亡。
1969年1月，美国第37任总统理查德·米尔豪斯·尼克松上台后，任命基辛格为总统国家安全顾问。基辛格立即对国家安全委员会进行整顿，在国安会下设立一系列的工作小组，小组成员由总统和国家安全顾问共同任命，所有的小组都由基辛格直接领导和指挥。国家安全委员会的规模和影响力快速上升，很快成为美国总统讨论国家安全和外交政策的主要机制，其执行力也得到了大大加强。与此同时，基辛格个人的作用超限膨胀，他不仅成为尼克松总统的白宫总管和首席顾问，而且成为总统外交政策的发言人和执行者。
在尼克松执政期间，只有基辛格全部参加了尼克松总统与外国来访者的重要会谈。1969年尼克松第一次会见前苏联驻美国大使阿纳托利·多勃雷宁时，竟然没有让国务卿威廉·罗杰斯参加。尼克松甚至让基辛格掌管的国家安全委员会，直接掌控政府与美国驻外使馆重要的外交政策电报联系。尼克松甚至把国家安全委员会的办公地点从白宫地下室移到了白宫的第一层，可见尼克松对基辛格的重视程度。
美国国家安全委员会几乎成为美国外交决策的唯一机构。这使得美国传统的外交政策机构及其官员的作用大为削弱。当时的国务卿罗杰斯对自己外交方面的大权旁落，使自己几乎成为一个摆设十分不满；国防部长梅尔文·莱尔德对基辛格的揽权行为也极为愤懑，两人的冲突十分激烈。基辛格依靠手下的精英，如亚历山大·黑格、布莱特·斯考克罗夫特以及兹比格涅夫·布热津斯基等人，与政府各行政部门建立联系，形成了自己的政治势力和网络。
1973年9月罗杰斯被迫辞职。尼克松总统随即任命基辛格为国务卿，同时继续兼任总统国家安全顾问，一人身兼如此重要两职，在美国历史上还是第一次。此时的美国国家安全委员会无论是规模还是权力，都达到了历史的顶峰。美国国家安全委员会已不再是初始的那个高级参谋、顾问、咨询机构，而是一个实实在在的外交政策决策和执行机构。
1974年8月，尼克松总统因“水门事件”被迫辞职。副总统杰拉尔德·鲁道夫·福特接任，成为美国第38任总统。福特总统继续让基辛格担任国务卿和总统国家安全顾问，同时任命了强势的国防部长唐纳德·拉姆斯菲尔德。随着身兼两职、掌管国家安全政策大权的基辛格与国防部长及白宫其他政府官员的矛盾不断加深，分歧日益严重。一年后，福特总统解除了基辛格国家安全顾问的职务，继续留任其担任国务卿，任命其下属斯考克罗夫特担任总统国家安全顾问，替代基辛格掌管国家安全委员会。在福特总统执政期间，国家安全委员会的功能继续得到发挥，而美国国务院、国防部等其他政府部门的职能也逐步得到恢复。
第39任美国总统吉米·卡特上台以后，认为尼克松、福特总统时期的国家安全委员会权力过大，开始对国家安全委员会的权力进行削减，把国安会的工作人员减少了一半，使国家安全委员会在对外政策制定和政策协调中只起到有限的作用，而让内阁成员和政府各部门在政策制定过程中发挥更大的作用。
从卡特总统开始至今天的奥巴马总统，5任美国总统由于他们各人不同的领导风格和不同时期、不同形势的需要，对国家安全委员会的规模、职能、人员、地位都进行了不同程度的调整：总的趋势是使国家安全委员会从辉煌的顶峰走了下来，国家安全委员会的办公地点也由白宫的第一层搬回了地下室，但是国家安全委员会作为总统高级智囊平台的角色一直没有发生大的变化。