开发人的五眼六通的超常功能，必须以禅定为前提，密宗继承和发展了小乘的“四禅八定”。四禅的初禅入门就是为了断除食欲和淫欲为中心的欲界。四禅八定是密宗大圆满法的基本功。《华严合论》：“顿悟一念缘起无生，超彼三乘权学”如何顿悟，依“定”来决定，定力越深，自然能大彻大悟。禅宗说：“无边生死何有断，唯禅定登思维。”如何能见性呢？面壁参禅的功夫越深，自然就有显著成效。定、则身心清净，诸般欲念都已戒定。定，则神清智朗、五眼六通观圆融。密宗大圆满法认为，定能开发无漏妙慧、定能遥见无量佛刹；定能观十方众生；定能显现神通奇妙的超常功能，定能融通微观与宏观。
修炼禅定须安坐端身摄心，调合气息，澄净心路。其后心境入静，把思想进一步往深层里定，把意识往下定，把气往下沉。习练到此，就有豁然开朗的意境，时间长短因人而宜，长则一两月，短则一两天，觉得自己的身体轻得象一片云，或者象个影子。精神爽，空净无物。这只是从外观上的感觉，所以叫欲界定。这时下意识会出现一些美好的想法，比如突然想到一件高兴的事，或突然脑子里出现图象，或者有声音。这时人的思绪纵横驰骋，会突然想到某地或月亮里去，突然脑子里出现了某地或月亮。这时必须把杂乱想法定下来，就定到某地或者定到月亮上，甚至定到某一棵树上都可以。千万不可过界，这时候常常是心神爽快、或心爽神昏，心里突然特别舒服，全身分不清楚了。进入初禅的特征是身上有动、痒、轻、重、冷、暖、涩、滑的感觉，谓之八能。另外，从精神境界角度又有空、明、定、智、善心、柔软、喜、乐、解脱等感受，这叫十功德。
这些特征只在初禅，二禅以上就没有了。这些特点是已离俗界的感受。也是练功人首先体会到的喜乐。
大圆满练到一定程度就要“动”，这时要顺其自然，不可刻意追求。动过后便是“痒”心痒、身痒、要忍耐，不要管它，慢慢地呼吸，坚持练下去就会度过这一关。
全身“轻”，有人到了这地步就能慢慢地腾空，也不必理会它。轻过后会“重”下去，好象自己的腰弓下去，身体感到特别重，这时一些人会出现特异功能，使体重增加数倍，也不必紧张，仍然正常呼吸……
八触过后，再进入第二阶段“十功德”反应：
一、“空”，突然感到全身空了，好象内脏、肌肉全都没有了。
二、“明”，大脑中显现的图象，遥视功能可能在此时出现，这叫“明净美妙”。
三、“定”，在内外图象出现后，需要一心安稳。如果稍加一点意识，你就能看到内脏或血管。看到一个地方，就注意看，只看一个目标，把这个目标定下来。
四、“智”，当定在一个目标看时，要看清楚，不要迷迷糊糊，大脑要清醒，智慧便出来了。
五、“善心”，把内外景看清楚，若别人有危险，便要发善心，一定要做好事。
六、“柔软”，善心出来后，会出现雅致的心情，急性在改变、脾气也变好，态度也会十分谦和。
七、“欢喜”，就是庆喜前悟的心情。会想今后如何做一个文雅高尚的人。
八、“乐”，喜之后继续练，就会出现欢乐的心情，妙悟在此自生了。
九、“解脱”，到了这一步就会把以前的贪、懦、骄、躁等，再一次解脱，就会“神往安然”心境达到一个特殊的境界。
十、“境界相当”，就是一心处在很清静的境界，又叫“心神合注”“念应不乱”“自我易控”思想和全身都在一种状态下保持住了。
3、天眼、慧眼、法眼、佛眼
如果四禅八定炼成，就会出现一系列特异功能现象。佛家称之为五眼六通。五眼，为肉眼通、天眼通、慧眼通、法眼通、佛眼通。六通如前所述，天眼通、天耳通、他心通、宿命通、神足通、漏尽通。
肉眼能照无有隐蔽、无有障碍、一切可见之色。肉眼通是指比一般人的肉眼视觉更好。一般人只能看近，不能看远，能看明，不能看暗，能看前，不能看后，肉眼通就是远、近、明、暗、前、后都能看得到。
天眼能照无有隐蔽，无有障碍和有隐蔽，有障碍的一切可见之色。
天眼通就是指天目洞开，或者身上其它辉光处；或者光效应器开启了。大多数人是用前额或慧眼部位，也有用劳宫、十指的六位；也有用胸膛膻中穴，也有用脑勺的玉枕，也有用足、用耳、用背等等，凡是人体闪光的地方都可以达到视觉的功能。一般称为非视觉功能。普通表现为头部象个荧光屏似的。也有人身体上很多地方闪光。闪光的地方都可能认字。天眼通要具备两个功能：一是要具备遥视，要看得远，包括穿越障碍看。二是能透视、能看进去、看透、透视人体内脏。
慧眼、能照是色非色一切可见和不可见之眼。
慧眼通具备四个功能，一是多眼通，好象是从多个方位看。不但能看一面，还能看另外几个面。二是析眼通，即能分折，一看便知是什么东西。三是追眼通、能查究过去，比如一个碗，现在是一只瓷碗，追查到十年前，也许还是一堆泥土。四是叫预眼通，能预视、预告未来。能看到事物以后的发展趋势，用功夫还可看到事物的量变过程。
法眼，能照一切法的真如理，真就是真，如就是假如，真与如的本身是对立的，真如是对立的统一。
法眼通、有功能尽量不用或者少用才能达到。达到法眼通，即用眼睛一看，那个事情就被纠正了。法眼通是高能量的视觉，能够在看的同时，解决一些事情，包括搬运术等。搬运术的方法就是看看、看着它就变了，搬运功能就出来了。不过法眼要通过看才能纠正。
佛眼，能照一切有情所种的善根。善根有五、一信、二勤、三念、四定、五慧。如来依此观察世间，谁善根增，谁善根减。所以叫做佛眼。
佛眼通就不用看，只要心意一动，就能自然而然地发现周围的事物，能够自然而然地纠正需要纠正的事物。所以有“佛光普照”“礼义圆明”“普渡众生”等等说法。就是指能随心意发出极强大的能量。
4、藏密功法
密宗以主张身、语、意三密相应修行。身密是手结契印、语密是口诵真言咒语，意密是心作观想。
开发人的特异功能，人们自然要联想到神奇的藏密气功。藏密迦举派的第二代祖师米拉日巴（公元1040—1123）被公认为“即身成就”的瑜珈自在大士。他所显现的神通，在藏族人民中广泛传诵。如放雹降魔、神变……噶马拔希（公元1204—1283）是米拉日巴的四传弟子，他练就了一身特异功能。他能显示水遁，空中飞行、足践坚石留下足印等很多神变奇迹。
藏密气功以殊胜的成效，奇特的功能引起国内外一些科学家和气功爱好者的浓厚兴趣。云南大学历史系教授徐熹华苦修藏密功法，产生了透视，遥视、遥治、思维传感的特异功能。他不担能测出别人家中电话的位置，卧室的方向，墙上的图片等，还知道其亲人的面型、声音，而且还可以测出一个遥远的亲戚或死去多年的亲人的身体状况。徐先生认为他料事如神的本领，是不折不扣的科学现象。诺贝尔奖金获得者爵斯劳森实践了藏密功，认为顿悟是意识场不受干扰，让固有智能闪现的结果。长期以来人脑到底为什么会思维的这一根本问题，远远尚未解决，至于顿悟的研究，更提不到日程上来。我国有藏密内功“顿悟”的体验，可能闯出一条研究思维和顿悟的新途径。藏密内功很深时，神经系统处于最小激发态，意识场好象一个真空。这样的存在会给科学家和哲学家带来什么样的启迪呢？实践藏密功的人都有这样的感受，在经络之间，从心脏梵穴到脑顶梵穴有一条垂真的中脉，其中有明点运行。藏密宁玛心髓派尤其重视明点。有一功法，叫“大圆满心髓”。此法有澈却、脱噶两步。澈却即“立断”属于修定。脱噶即顿超，属修光。近年来国内出现练光功，取得殊胜成效就属这一流效。宁玛派认为有了定功，才能于定中得见微观世界的秘密，乃见宇宙空间有各种不同的“明点”都会行走，上下左右都很自如，其中有固定不动的明点，大圆圈内有小圆圈等，其行走的明点，形态多样。有如鸟在空中翱翔，有的如锁链。最初看时很微小，捉摸不定，定功渐深时则点亦渐渐放大，其中明点有如彩虹，颜色排列次第有一定的格式，明点的中间一个明点，以白色居多，其它红、黄、蓝色较少，而以绿色的为最少。明点的亮度一般如电灯泡，有的全是金光灿烂，这些都是太阳光下见到的。
事实证明，宇宙中有无穷无尽的“生态量子场”，它们以一定的频率不停地在波动而辐射能量。人体明点同样是“生态量子场”人体本来是一个开放的系统，必须从外界吸取能量与信息，由于平时控制失去平衡，神经系统经常被激发而耗费能量，以致人体明点的光能受到干扰，耗散而不明。任何人要想得到藏密内功的殊胜成就，都必须从宇宙中取得有关能量的支持。懂得身语意三密的练功者，能让神经系统处于最小激发态，以致耗能量减少，代谢率降低，明点不受干扰而复明。形成一个生物光量子场，运行于中脉之间。一位世界著名科学家预测，中脉及明点将可能使神活与现代科学接轨。如果明点的波动频率与宇宙生态量子场的辐射频率相同，而且梵穴真正打开，那么生态量子场的辐射就自然而然地通过梵穴进入中脉，叠加在明点的光能之上而共振，从而获得超常功能。
大手印——藏密的高级气功。手印又名“印契”，为双手一指结盛，藉以表示各种意愿的种种手姿。在手印语言中，五指从小指到大拇指，依次表示为地、水、风、火、空“五大”。小指名地、无名为水，中指为火，头指为风，大指为空。又以左手小指为“施”无名为“戒”，中指为“思”，食指为“进”，大指为“定”，右手小指为“智”，无名为“力”，是指为“愿”，食指为“方便”，大指为“慧”，一般情况下，亦有以左手印表示禅定，右手印表示方便。大手印练功方法分三步：
1、身寂；2、语寂；3、意寂；
身寂，相当于入静，所谓“身寂者，身依七支坐法，使脉绪解开，以净气息灌注菩提甘露，易生轻安喜乐，显现明体，或足相架，身支随其自然。”无论坐卧偏正均可。七支坐法系大日如来七支坐法。手持定印置脐下，脊皤直竖、两肩平张、颈曲颔压、舌抵上颚、通则识随根转。因眼根易转，故须不动，不瞬、不顾、视幅量约二尺许。
七支坐法的好处，可以引左右二脉之气进入中脉，可以引地水火风空五气进入中脉，可以引命根气入中脉。
语寂，又称口寂，主要是修气。口吐浊气，乃至禁语、名口寂。口寂者，谓修九节佛风，气息出入自然，不急不缓，或持中气。
语寂有四个步骤：
（1）依九节佛风：吸入清气、呼出浊气。
（2）依金刚诵：使气周流全身。
（3）依宝瓶气：使气引入中脉。
（4）依金刚亥母拳：诵喉轮心轮脐轮之脉，检点周身脉络是否通畅。
意寂。气与意念的高度结合。
意寂修持有二：
（1）依明点、在上的白明点，如甘露下滴至丹田，在下的红明点、生火向上、至丹田相会。
（2）依柔和气，柔和并气，呼吸微细自然。
意寂的最后阶段，偏重于意念的修持，历代祖师都有重要的口诀和开示。达到这种境地，自然产生特异功能，显现各种神通。
修大手印次第，由浅入深，分四种瑜珈：
一、专一瑜珈
以摄意念，专注于一。或专注呼吸，及修宝瓶气功；或专注本尊佛象，旨在令心专一，而渐达寂定。
二、离戏瑜珈
修专一瑜珈达心空念寂定后，反观内心，从而得入空寂定境，“明心见性”。
三、一味瑜珈
在日常生活中保持前所得，定心不乱，观所见一切如梦如幻，渐达动静不二，心境不二之妙境。
四、无修瑜珈
福慧圆满，成就三身，臻乎动静不二之地步，则无须观想、不起任何摄心之念。
有上根的人，也不必依上面次序，所谓一通百通也。
大手印是大圆满的一部分，而且是最精华的一部分。大圆满的风部就是练气，空部就是观空。大手印功法以练气观空来解决思维问题。如空与有、色与空、妄与空，真与妄，因与缘，因与果，是与非，取与舍，增与减，生与灭，常与断，垢与净，六根与六尘，慧与疾。用否定之否定方法来修习。使初级阶段能进到中级阶段，使中级阶段推进到高级阶段。大手印练得差，至少可以使身心健康延年益寿。修得好的，可以产生特异功能，显现各种神通。修得最好的，可以了却生死，明心见性。
手印在瑜珈修炼中无疑有它现实的作用。手印作为手势语言，表示一定含义，可以辅助真言，起自我暗示作用。手印配合五大的组合法则，往往符合中医经络阴阳，五行相生相克的原理，有助于气血的交流，开合，抗衡，从而可能产生辅助入定或调动内气的作用。对禅功有素者来说，手印作为一种表示一定愿意，又与自身经络相应的发功信号，有助于内气的发放及意念作用的成功。
5、观音咒
藏密气功的另一种独特的功法是——发声法。这种功法能够驱病强身、延年益寿，具有特殊的功效。这种法在传统中医理论基础上积累起来的精华，有着简单易学，不受场地局限的优点，修炼得当，有增智、开发特殊功能之功效。
大自然中最微妙的是声音，速现瞬逝，威力强大。声音强弱，各显其妙，春雷一震，春回大地，鼓舞万物，复苏更新；燕歌莺转妙趣横生，浸入肺腑、赏心悦目；蝉鸣虫啼，如泣如诉，感人情怀、忧思更重。声音运用得当，能鼓舞人的斗志，能助人排忧解烦，消除疲劳，能陶治情操，抒发情怀，启迪智慧，还能为人治病。但声音运用失当就能使人心烦意乱，血压升高，脉膊加快，两耳失聪，百病滋生。
中国古代医学理论曾经系统地阐述了声音与人体各部位的关系，以及各种声波对人体所起作用迥异。认为人从口舌中发出的声音，是与人的感情、情绪、意识倾向密切相关。因此通过声音来了解病情，通过声音来调理身体内部的阴阳。
中医还认为讲员登台宣讲有伤中气，然读诗文，日夜高声朗诵，未闻有伤气者，盖读书必有声调，当其呼气外出之时，必心力下降以助其气，而后其声悠长，又必然丹田上升以助其气，而后其声高远，此际一升一降而心肾交矣。是读书之于元气，旋伤而旋能补之，此所以不伤气也。至于宣讲则用胸中之气，其心气不降，肾气不升，有伤损而无补助，此所以多伤气也，自然呼吸心降肾升，时暗耗，息息补助，此造化之妙，纯为天机之自然。声音的运用，抑扬顿挫、宣泄，对身体阴阳的影响攸关重要。此可运用于排病、治病、增强智慧。藏密气功的发声法就是将声音从脏腑内发出，以取得可喜的效果。
由于人们耳朵所能听到的频率范围是20—2000赫兹，在此基础上根据声音的性质，把声音分为噪音和乐音两种。声波的震动可产生共鸣、发生音谐，无论是噪音或是乐音都会发生音谐。噪音和乐音的音谐，作用于人体是大不相同的。噪音与人体的节律不合谐，使人听起来很不舒服，往往使人精神紧张，血压升高，听觉受损，甚至出现心理变态，引起病变。乐音是和人体的节律协调，听起来使人心旷神怡、神经松弛，赏心悦耳，可以治疗心理上的诸多疾病。所以现代医学上出现了音乐疗法。超级学习法也以轻松的音乐诱使人们入静，使大脑处于最佳状态。