后来，长沙有个叫黄冕的人给曾国藩提议道：“长江上下千里，港汊极多，敌船容易藏匿。因此，最好每营都添十艘小战船（即三板），这样就便于在港汊中搜寻敌船。”曾国藩对此非常赞同，于是就开始对水师的编制进行了如下的调整：每营配制快蟹一艘、长龙十艘、三板十艘。人员配制如下：快蟹配二十八名桨工、八名橹工；长龙配十六名桨工，四名橹公；三板配十名桨工。正是这样的水师配制，才能够使曾国藩日后在对太平军作战中取得胜利。
治军严明拢人心
曾国藩初办团练时，手无一兵一卒，但他却在最后成为江忠源的楚勇、罗泽南的湘勇等势力的精神领袖，并在湘军的逐渐发展过程中，大批湘籍非湘籍的人才为曾氏所用。除了志向，思想相通之外，曾国藩待人之道也起了很大的作用。他“待人以诚，待人以恕”，但在关键时刻却丝毫不会心慈手软。
在曾国藩移驻衡阳前编练湘军的时候，王錱本来是曾国藩非常赏识的一名将领，一直准备要重用他。但王錱在曾国藩将营地搬到衡阳后，曾受命回湘乡募勇。王錱回到湘乡后，十分张扬，出入都要敲锣打鼓，乡人为之侧目，又将勇丁多招至三千人。更令曾国藩气愤的是，王鑫带着这三千勇丁到长沙，竞与湖南巡抚骆秉章来往密切，并渐渐流露出自成一军，不再听曾国藩指挥的倾向。
曾国藩于是断然要求王鑫除原带一营外，新招者只留二营或三营，营官由曾国藩处任命，并按统一营制编练。但骆秉章却不令裁撤，命其加紧操练，驻省听调。这样，王錱更拒不听命，从而导致曾、王彻底决裂。王錱从此自定营制，自派营官，在组织上、制度上独立于曾国藩之外，自成一军。人们以后也习惯地称之为老湘军，以别于曾国藩统辖的湘军。
曾国藩在关系到自己以及湘军的前途命运的大事时，每次都不妥协，这次也不例外。于是，在1853年12月，他终于与王龛摊牌，就两人间的关系做一个了结。他给王錱发去一封最后通牒式的信函，提出王錱必须在遵守湘军的营伍制度与脱离曾国藩的湘军系统之间做一个明确的选择。
曾国藩向王錱提出了五条要求，并声明，如果对方接受，则合力并进；如果不能接受，则从此分道扬镳。
曾国藩所强调的不可更改的五条之中，最为关键的就是要求王錱自己只能统带其中的一营，其他各营需要由曾国藩另行委派营官统带，各营勇丁的数量也必须遵守湘军统一的营制，不得自行其事。勇丁在招募人营后，必须经过至少两个月的训练，才能开赴战场打仗。一句话，王錱必须听从他的指挥，否则，他就不承认王錱继续做他的部下。
王錱此时以为自己追随湖南巡抚骆秉章比跟着曾国藩走更有前途，便对曾国藩的警告不予理睬。骆秉章也趁机拉拢王錱，表示他所统带的三千勇丁可以不裁撤，并继续驻守在省城长沙。曾国藩看到局势已无可挽回，便忍痛与王錱一刀两断，将他逐出教门。
曾国藩明白：与王錱式的决裂如果连续发生，将对湘军，特别是对曾国藩个人产生严重的影响。为防止其重演，曾国藩断然割断与王錱一切联系，把他逐出教门；且在致自己的老师吴文镕书中，对王錱大加攻击，使吴不再调王军北援，失去进一步发展的机会。事实上，王錱也由于不能援鄂，省内又财政困难，不得不将所部三千四百人，减去一千。这样，就对后来可能的效法者，起了警戒作用。同时，曾国藩更刻意讲求笼络和控制部属之方，利用同乡、师生、亲朋等关系，结成以他为中心的集团，并对个别敢于步王錱后尘的人，给予打击。
曾国藩在用人和笼络部下方面颇为用心。他待人以诚，宽厚仁慈，但如果部下犯了原则性的错误，他却绝不会心慈手软。如此恩威并施，自然会赢得人心，严肃纪律。
曾国藩为了保全、发展、壮大自己的实力，很懂得珍惜人才，即使在弹劾别人时，也是小心翼翼，谨慎持重。他明白楼高易倒，树高易折这个道理。
为了拉拢人才，留住人心，他让自己做到了该放权时就放权。
对于鼓励人才，曾国藩有一条很重要的体会：“人才尤应惜之，褒之则若甘雨之兴苗，贬之则若严霜之凋物；称许不绝于口，揄扬不停于笔，人谁不欣欣向荣！”因此，他认为，规模要宏大，就需要放权，让别人自主发展。但是，什么时候让手下去另谋发展，却是大有讲究的。在这个问题上，曾国藩的做法是：局面小时，坚决维护手下队伍的团结统一，对另立门户者坚决予以打击。因为在这时自立门户，无异于分裂队伍，瓦解自己；但是当自己的发展具备了一定规模，是自立于世的时候，一定要让手下另谋发展。这不仅是所谓“利己利人”、“达己达人”之道，更是自己事业的扩大。因为另谋发展以后，总还是自己的属下，可以为自己节制；即使完全独立，也总还是可以互相有所照应。
与此同时，曾国藩更刻意讲求笼络和控制部属，利用同乡、师生、亲朋等关系，结成以他为中心的集团，并对个别敢于不遵从他领导的人，给予打击。
尊重、服从上级领导同谋求自身的独立发展，这在各种不同的社会制度下都是不易妥善处理的重大问题。在专制制度下，情况更为棘手。曾国藩高出同时代人的卓识之一，是局面做大时公开鼓励下属谋求独立发展。这并不是说，曾国藩主张不分是非，倡导互相吹捧的庸俗风气。
相反，他力主吏政和治军都必须严格。但在方法上则必须着眼于表扬和鼓励，而在批评缺点错误的时候也必须注意选择适当的场合，照顾对方的自尊。他的这些主张同现代心理学有惊人的暗合之处。例如，马斯洛就认为：“除了少数病态的人之外，社会上所有的人都有一种对于他们的稳定的、牢固不变的、通常较高的评价的需要或欲望，有一种对于自尊、自重和来自他人的尊重的需要或欲望。”阿德勒个性心理学的基本观点之一则是不断追求优越是人们行动的内驱力，它引导着个人和种族不断进步。
在放权方面，曾国藩始终表现得很开明，并适时加以鼓励，湘军的力量发展很快，成为一个庞大的集团势力，而且始终保持着相对的统一性，至少也以曾国藩为其共同的精神领袖。这使曾国藩的事业规模迅速扩大，到十年后，湘军集团中督抚大帅，纷出并立，与曾国藩地位相当相近者就有二十余人。这些军队与督抚协调行动，互相配合照应，更使曾国藩的声望如日中天。
看来鼓励手下独立发展，既有一个襟怀问题，也有一个时机问题。放权也是如此。
自先秦荀子等人开始，就鼓励后人超越前辈。不过，真正见诸行动，特别是军事和政治领导者，却历来是鲜见的特立独行。中国传统文化中，虽不乏尊重个人独立人格的论述，那也不过是吉光片羽。专制制度下的上下关系以顺从为主要特征，且已上升为美德。曾国藩却力倡“自立门户”，“自辟乾坤”，把传统文化中尊重个人的因素发挥尽致。为此，他甚至主张，宁用“好逞才能，好出新样”而能“遇事体察”者，不用“好讲资格，好问样子，办事无惊世骇俗之象”的官气十足之辈。这固然与他领导的镇压太平天国的战争跌宕起伏，生死相循，不能不充分发挥部属的主动性和创造精神有关，也显示了他罕见的胸怀。
对于李鸿章、左宗棠等人，都体现了他的鼓励下属谋求发展的精神。，李鸿章赴上海练淮军，曾国藩说：“少荃去，我高枕无忧矣。唯此间少一臂助，奈何？”李鸿章再请，曾国藩不但欣然同意，还送上马扶一程，令李鸿章终生铭记。
李鸿章所募淮勇到安庆后，曾国藩“为定营伍之法，器械之用、薪粮之数，悉仿湘勇章程，亦用湘军营规以训练之”。1862年2月22日，李鸿章移驻安庆北门城外营内，曾国藩亲临祝贺。李鸿章深知淮勇实力单薄，难膺重任。他知道自己的部队除张遇春一营外，均系新勇，战守难恃，往征异地，若无精兵宿将，立有覆败之虞。因此，他恳请曾国藩调拨数营湘勇，以加强战斗力。曾国藩既害怕淮勇不堪一击，又打算凭借湘军榜样“为皖人之介”，以陶铸淮军风气，因而允其所请，陆续调拨湘勇八营，归其节制。其中有曾国藩新兵两营，由韩正国统带，充任李鸿章亲兵；开字两营，借自曾国荃，由程学启统带，程系陈玉成部太平军叛徒，其部下多籍隶两淮；林字两营，由滕嗣林、滕嗣武统带，乃系江苏巡抚薛焕使之在湖南招募而来，原为四千人，经曾国藩裁汰至千人，编人淮军；熊字营由陈飞熊统带，坦字营由马先槐统带，均系奉曾国藩之命在湖南所招，原由湘军部将陈士杰率领，随同李鸿章援沪，因陈氏不愿前往，遂拨归淮军。所有这些，就是淮军初创时期的基干队伍，共计十三营，六千五百人。后来李鸿章陪同曾国藩检阅铭、鼎、树、庆和程学启、膝嗣林等营，标志着淮军正式建成。同源相生者，只能患难相助，不会同根相残。他认为湘、淮本是一家，淮军由湘军而派生，“尤有水源木本之谊”。对于左宗棠，虽然左在多种场合曾对曾国藩有微言，两人也几年不通音讯，但收复新疆，他第一个荐举左宗棠。同样说明他的胸襟。