当前国际物流在宏观上存在以下几个主要问题：（1）当代国际物流的环境越来越复杂。传统的国际物流量小，从事国际贸易的企业也较少，大都由少数国家的少数企业所垄断。现在国与国之间、地区与地区之间、国家与地区之间直接通商的越来越多，各国的物流环境迥异，国际物流业者需要在不同的法律、人文、习俗、语言、科技、设施的条件下运作，可见国际物流的难度与复杂性越来越大。
（2）国际物流的地域广、空间大、环节多、时间长、风险大。国际物流大都远涉重洋，货物从始发地至终到地需时较长，其间货物主要承受政治、经济、运输等诸多风险。
（3）国际物流信息化发展不平衡。传统的国际物流大都依靠信件、电报、电传和传真传递信息，但这些通讯手段将会逐渐被以计算机联网为基础的信息系统所取代。不过当前世界各国所掌握的信息技术水平很不平衡，互相之间的差距很大，有的国家和地区水平较高，有的则水平较低，因此建立全面的现代化的信息系统还存在相当大的困难。
（4）国际物流的标准化有待进一步推广。要使国际间物畅其流，统一标准是个工程巨大和亟待解决的问题。例如，铁路轨距的不统一，就给货物转运、换装造成很大困难，增加了物流成本。
（5）各种妨碍贸易自由化的保护主义措施有待世贸组织（WTO）努力解决。当今经济发达国家和发展中国家为了保护本国的利益，大都在不同程度上采取了各种各样的保护性措施，诸如商品配额、外汇管制、关税壁垒、技术壁垒、绿色壁垒等。这些措施都妨碍了国际贸易和国际物流的正常发展，因此世贸组织必须积极努力逐步解决这些问题。