哲蚌寺是格鲁派六大寺中最大的寺院，曾拥有僧人一万多人。该寺位于拉萨西郊10公里处，依格培山而建。远观僧房鳞次栉比，入内巷道纵横，宛如一座城镇。由于白色的建筑好像大米铺满山，故称为“米聚”，哲蚌寺就是“堆米寺”。
该寺初建于1416年，由宗喀巴的弟子绛央曲结所建。当时规模很小，只有几十平方米的小殿堂及7名僧人。不久之后就有人出资扩建，逐渐发展壮大。
西藏第二、三、四世达赖喇嘛都是在哲蚌寺坐床，因此它被称为历世达赖喇嘛的母寺。
1530年，二世达赖根敦嘉措在寺内主持修建了甘丹颇章作为宫室。宫室共7层，分前、中、后三幢建筑。1546年，三世达赖喇嘛索南嘉措作为该寺第一个活佛被迎请入寺。后来他应蒙古俺答汗的邀请，到青海讲经弘法。明万历六年（1578年），俺答汗赠他“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”的尊号，达赖喇嘛一称即始于此。此后，又追认其前两世为第一世、二世达赖喇嘛。他之后的四世达赖喇嘛是蒙古俺答汗的孙子。五世达赖喇嘛是西藏历史上最为著名的政教领袖，他未迁入布达拉宫时，也住在甘丹颇章。甘丹颇章为二世、三世、四世、五世达赖喇嘛驻锡之地，曾被作为西藏格鲁派政教合一地方政权的代称。
哲蚌寺内组织制度严密，有措钦、扎仓、康村、米村等主要组织。
措钦是全寺最高组织，其它组织都隶属于此。措钦大殿在全寺殿堂中最为宏伟，占地4500多平方米，由门厅与前廊围成的天井、经堂、佛堂组成一整体建筑。其中经堂为主要部分，面积近2000平方米，可同时容纳八千喇嘛，是全寺僧侣集中诵经和举行仪式的地方。经堂中部凸起天窗采光，比较幽暗。天窗周围挂满彩色唐卡、帷幡，气氛神秘、庄严。大殿背后有绛央曲结当年修行的净室。配殿供有二、三、四世达赖喇嘛骨灰的灵塔，灵塔用白银制造。
哲蚌寺有四大扎仓，隶属于措钦，相当于分院。其中阿巴扎仓为密宗扎仓，其余均为显宗扎仓。四大扎仓中以朗色林为最大，可容纳四五千人。每个扎仓都有集会的经堂和大殿。不同的扎仓修习方法或者僧人来源地域不同，不能相混。各扎仓都有严格的学习制度，每年集体学习8次，每次15天到一个月。学习方法是背诵经文和因明方式辩论。沿措钦廊前石阶而下是宽敞的辩经场，各扎仓的喇嘛要在此立宗答辩。结业时在堪布前受试，由堪布按成绩优劣授予不同等级的“格西”学位。优秀者可参加祈愿大法会，授予最高格西学位“拉让巴”。
扎仓也是寺院高层管理机构。扎仓由几个康村组成，康村又由若干米村组成。寺院分成三级管理，最基层的是米村。
哲蚌寺佛学院具有很高声誉，曾为西藏培育出大批佛学人才。仅是由三大寺推选出来的继承宗喀巴法座的96任甘丹法王中，哲蚌寺出身的就占一半之多。