汉唐时期，丞相的权力大得没边际。在这个问题上，皇帝的表现还是很纠结的。没完没了的政事需要有人来替自己打理，可他又不希望有人借此机会来分肥自己的权力。在这种情况下，皇帝只有把一个丞相变成一群丞相，以达到分权削权的目的。
站在前辈们肩膀上的朱元璋觉得仅仅把一个丞相变成一群丞相，还是无法满足自己大权独揽的欲望。他要做得更绝，更加彻底，那就是削夺中书省宰相职权。在当时来看，这真是一个让人疯狂的想法。
随着元朝势力一路向北败退，天下大局趋于稳定。朱元璋觉得时机已经成熟，该到他动手的时候了。当然促使着他手起刀落的，还有一个重要原因，那就是形势所迫。由于长期手握重权，那些文武官员们也开始尝试着将自己的权力触角伸向不该触及的领域，这让朱元璋根本无法忍受。
朱元璋决定出手，而且准备出重拳。他将目标直指相权，他要借此机会将那些分散在丞相手中的各项权力夺回自己手中，对官家的权力系统进行一次重新布局。这时候，废除中书省已经箭在弦上。
新朝初立，朱元璋夺回相权，就意味着要动一动那些功高盖主的开国功勋，这是一件让他很头痛的事。这些在帝国第一轮权力分配中捞到实惠的大臣，想要让他们吐出吃到嘴里的食物，并不是容易的事。要知道，擅自废除行使了千年的政治制度，这也不符合儒家提倡的伦理道德的要求。皇帝要想坐稳自己的江山，就不能跳出伦理政治的游戏规则随心所欲。
但对于朱元璋来说，不容易的事并不代表做不到。他做出了一个假设，如果这些大臣犯下了国法难容的重罪，那么皇帝不就有可能对当下的权力配置做出调整了吗？
虽然说，德厚不足以止乱，威势却可以禁暴。对于古代官家集团来说，单纯的以儒治国，没有暴力机制的约束而能治理好国家，也是难以想象的事。
古代官家的统治观念是一边高举旗帜宣扬天人合一，天人感应，君权神授；一边又要求权力集团所代表的国家机器适当考虑老百姓的愿望和要求，按照社会普遍公认的伦理道德原则活动。一句话说透了，就是要做到上应天意，下顺民心。从表面上看，国家机器是在上天与民众之间搞伦理调和，实质上是在统治阶层和广大民众之间搞利益调和，上层统治力量要努力为自己所实施的行为寻求一个合适的借口，披上一件让大多数人无可争辩、无话可说的伦理外衣。从政治运作和伦理观念这两个角度来讲，朱元璋要从几位大臣手中收回政治、军事、财政等大权，就必须采取一种合适而有效的策略。既要让天下人觉得这事干得顺乎天意民心，又能顺理成章夺回大臣们手中握着的重权，为自己的后世子孙执掌天下权柄扫清障碍。
从洪武十三年（1380年）爆发“胡惟庸奸党案”，到洪武二十三年（1390年）牵连处死李善长等大臣，再到洪武二十六年（1393年）的“蓝玉奸党案”。朱元璋进行了一次又一次的权力再分配。而最具标志性的事件就是 1393年3月22日处死蓝玉。与此同时，他又在北方边境任命了几名皇子驻守要冲，免除了几位开国将领的职务。
蓝玉案件的细节至今尚不清楚，因为现存的记录不完全。1392年12月蓝玉在甘肃地界取得了对蒙古人月鲁帖木儿的军事胜利。蓝玉以军功要求朱元璋授权他在四川边境地区设立军事卫所，并且开办军屯事务。这件事被批准以后，蓝玉再进一步请求准他招募当地农民，以便向更远的西部进军做准备。朱元璋批驳了这项建议，同时命令蓝玉从战场上撤回军队，随即解除了他的指挥权。
朱元璋掀起的这场权力“连环三击”前后持续时间长达十多年，被卷进去杀死的文武功臣各色人等，有5万人之多。朱元璋打破权力“灰色地带”，大权独揽的效果是达到了，可摧毁的天意民心却难以交代过去。
其中有些人的确属于罪大恶极，自取灭亡的。譬如永嘉侯朱亮祖仗着手中的威权，恶贯满盈。但更多的人死得实在是冤枉，理由给的也是不清不楚。朱元璋巧妙地借助了朝臣之间的矛盾，将诬陷栽赃运用到了极致，他先后以谋逆、谋反、通倭种种理由把胡惟庸、蓝玉、李善长等几大权力集团全部收拾干净，只杀得刀锋卷口，史书流血。
明洪武十三年(1380年)春节刚过，朱元璋借着清除丞相胡惟庸的机会，废除了中书省和丞相。将原来属于丞相的权力分配给原来丞相管领的六部和监察机关，大幅度提升了监察机构在权力系统内的地位。在官家复式权力结构中，丞相作为官僚系统最顶端的那尊大神，在权力演变的过程中，一直与皇权进行着此消彼长地博弈。朱元璋索性将其连根拔除，为自己的继任者们“拨刺”。在对权力集团上层进行大手术的时候，朱元璋出台了一系列安民抚民的政策，力图不触动占人口绝大多数的下层民众的利益，使得这次官家机构的大整顿，官家权力的大转移能够得以和平实现。
这项权力整顿运动虽然让官僚系统内部陷入巨大的恐慌，但手握军政大权的相权集团还是被皇权生生斩落马下，那些开国功臣被清除殆尽。
经过整顿之后的帝国权力系统顶端成了皇帝一个人的独角戏，皇权的高度集中，官僚集团的分权制衡呼之欲出。一人之下万人之上的相权被瓜分得支离破碎，吏、户、礼、兵、刑、工六部和监察机关七大部门瓜分了这块权力的大蛋糕，各部门只对皇帝负责，受皇权的直接领导和监督。它们既独立行使职权，又相互掣肘。监察机关将六部纳入监察范围，六部的给事中（言官）也可以反过来对监察机关的官员进行弹劾，充分体现出官僚集团内部权力的相生相克，这样既达到了分流相权的目的，又健全了权力结构中的监督机制。
朱元璋的分权制衡体系建立起来了，那些潜在威胁朱明王朝统治的功臣们被一个个剔除，但事情还远没有到结束的时候。虽然相权这时候被生生剥离出了权力系统，但由于朱元璋的血腥杀戮毫无节制，使得权力结构中的辅政系统损毁严重，最后到了形同虚设的地步。
这就造成了一个什么局面呢？就是说在那个复式立体化的权力系统中，官家权力机构都变成了花瓶式的摆设，看上去很美，可中看不中用。官员事无巨细都要跑到朱元璋面前去请示汇报一番，朱元璋没有拍板的事，谁也定夺不了。这就好像在一个几十口人的封建大家庭里，大事让一家之长拿主意。如果一个人饿了喝碗牛肉汤，渴了泡壶龙井也要来请示汇报，一次两次算是尊重长辈，天天如此，谁也受不了。一个家庭尚且有轻重缓急，运转一个偌大繁杂的帝国系统又岂是一个人能够忙得过来的活。
朱元璋虽然是劳模皇帝，可劳模皇帝毕竟是人不是神。他面对的是庞大的官僚机器，面对的是没完没了的复杂政务，这让他陷入了身心俱疲的境地。朱元璋进行的权力整顿运动可以说是官家制度的重大变革，这项以强化皇权为目的变革是中国权力史上的一件大事。与皇权较劲了一千五百多年的相权就这样在朱元璋手里化为无形，这也开启了明清两代五百多年的官家权力新格局。
虽然废除宰相制度，让朱元璋的工作量翻了几番，他甚至感觉到了力不从心，但他从没有想过再度恢复宰相制度。前朝的前车之鉴摆在那里，朱元璋不能不有所警醒，每次皇权与相权博弈之后，当皇权取得主动，皇帝为了分流相权，往往会让自己的官家系统生出新的权力枝节，也就是新的辅政机构。这就形成了权力的恶性循环。在每一次循环过程中又产生了新的权力危机：不是宦官（太监）干政，就是皇亲国戚篡权。我们可以统计一下，历史上哪一次宦官专权不是由开国君主为了加强皇权引发了祸端，自己美滋滋得了现实利益，报应却落在后辈中的无能者身上。朱元璋对废相后面临的权力困境还是认识不够，可他并不愿意在历史的铁律面前乖乖就范。他要走出一条权力的新路，一条可以打破常规的道路。
朱元璋以此为开端，对新帝国的官吏队伍进行了大张旗鼓的大清洗。除了朱元璋本人，谁也未曾料到这样的一场清洗方式会以如此暴烈的方式，持续的时间会有十年之久，涉及人员会超过两万多人。
朱元璋在杀伐决断上绝对够得上一名快刀手，只要他感到不快或者不安时，他会毫不犹豫地出手，而且出手的频率是快如闪电的。但是，让人不解的是他在对待胡惟庸的问题上却是另外一番情形，纵容，再纵容。甚至在长达十多年时间里，胡惟庸在朱元璋的权力结构中都是一人独揽大权。即一个人当丞相，时称“独相”。但是对其他人朱元璋却缺乏足够的耐心，要知道在胡惟庸前面垮台的那些人中，常遇春、徐达、刘伯温诸人的地位与威望又有谁不曾超越胡惟庸？可这根本挡不住朱元璋清洗的脚步。
为什么说朱元璋这个快刀手对胡惟庸表现出了足够的忍耐，甚至是纵容。
让我们拿李善长与其比较一下，李善长是朱元璋的“大管家”，和朱元璋有乡情和亲家的双层关系。在中国这样一个讲究“地缘效应”的官僚体系中，朱元璋连他都不能够做到完全信任，又能信任谁？李善长曾经被朱元璋比喻为自己身边的萧何，是公认的大明王朝第一开国功臣。可就是这样一个人，朱元璋在给予他崇高赞誉之后，偏偏不让他继续做丞相。
李善长在58岁时就被朱元璋强迫退休回家抱孙子，77岁又被拉进胡惟庸奸党案。朱元璋一口气杀掉其全家70多口人，只赦免了他的女儿和女婿。赦免主要是因为他们是驸马和公主。与李善长居于同等位置的还有刘伯温，刘伯温的才干、品性与威信也远在胡惟庸者流之上，被朱元璋比喻为自己的张良，朱元璋也同样不让他做丞相。朱元璋是铁了心要将那个可能会在宰相这个位置上折腾出动静的胡惟庸推向权力的前台。
朱元璋这么做，也就难怪会有人认为。他需要胡惟庸这样一个权欲熏心、并可能利令智昏的人物，需要他替自己清除障碍，如消灭刘伯温。他还需要这个人闹出点大动静，为自己提供一个端掉丞相制度的理由。这个理由是给官僚集团和天下百姓看的，不过是掩耳盗铃罢了。
这盘棋从一开始就完全落入了朱元璋个人独裁的掌控之中，不出手则已，出手则要人命。
废除丞相制度，朱元璋对帝国的权力结构进行了重大改组。也就是前面说到过的，由六部和监察机关分食相权这块大蛋糕，皇帝总领全局。 为了将这种制度延续下去，朱元璋在《皇明祖训》中留下一句极为酷烈的话：后代有敢建议立宰相者，灭九族。
这种权力系统的设置与前朝的官僚体系相比，最大的特点就是简单透明，透明是为了方便皇帝能够对庞大繁杂的权力结构一览无遗。所有的权力全部被皇帝划拉到口袋里，即所谓“大权一归朝廷”。朱元璋这么做就是逼着自己的子孙们不要偷懒，对待自己的家族企业要做到亲力亲为。此项制度在各种因素的交互作用下，闪展腾挪，演变得面目全非，可以说大明官家制度表现出来的种种乱象，都与此有关。朱元璋的权力整顿运动，让人顿生矫枉过正之感，为明王朝的后世之乱埋下了一枚重磅炸弹。
对于这时候的朱元璋来说，他所能体验到的只有两点：一是手中皇权的确够大，二是皇帝的工作负担也的确够重。
《明太祖实录》卷中记载说：洪武十七年（1384年）九月十四日到二十一日，八天之中，全国共有1160件各种文书报告送到朱元璋案头，其中涉及各类事项3391件。平均计算，朱元璋每天需要批阅文件字数约20万字（一本书的容量），处理事务423件。这样的工作量，即便朱元璋五加二，白加黑，不吃不睡，一个小时也要阅读8000字以上，并在20多件国家事务上作出决断。
这种工作量就是放到今天，连我们大学刚毕业的青年人也会感到畏惧，更别说快接近六十岁退休年龄的朱元璋了。就算皇帝个个龙筋虎体，就算他对自己的职业有着无限的热爱，处身于那样一个岗位上也是形同苦役。
在废除了丞相制度之后，朱元璋先是设立了四辅官，称为春、夏、秋、冬四辅官。后来又设置了华盖殿、文华殿、武英殿、文渊阁和东阁等大学士，但这些人的工作能力与先前被杀的那几位丞相，是不可同日而语。另外由朱元璋一手营造出来的恐怖专政的政治氛围，也让这些人战战兢兢无心恋位，他们怕的是一觉醒来就赴了黄泉。朱元璋试图找到一个两全其美的办法，既可以解决皇帝工作负担过重问题，又能够使皇权不旁落。
无可否认的是朱元璋推行的权力整顿，带来了吏治清明，权力监督也较以往到位。但是如何设置皇帝辅政机构的问题，始终没有得到有效地解决。作为开国之君，他只有无奈地把这个难题留给自己的后世子孙，而在这期间官家权力结构经历了一个非常漫长的嬗变过程。
1398年，朱元璋带着这个遗憾离开了这个世界，按照他生前的安排，他的皇长孙朱允汶即位，是为建文帝。
史料为建文帝开出的评语是，这是一个懂得仁爱，能力有限，并不具备做皇帝的资质。这些特点与朱元璋大相径庭，在朱允汶执政期间，朱元璋时代绷得紧紧的权力之弦大为缓和，官家权力运转也是循着朱元璋定下的制度进入了正常轨道。
在废除相权几十年以后，六部长官直到此时才算真正成为手握重权的六卿。但是这些手握重权的大臣们却不足以担当大任，他们缺乏的是才略和经验。朱允汶对此也很无奈，那些洪武时代的治国能臣被朱元璋扫荡一空，留给他的就是眼前这些平庸之辈。古代官员的平庸对权力者来说是一把双刃剑，既无能力威胁皇权，更无能力巩固皇权。这对于朱允汶来说，就是他权力生涯的一场悲剧。
无能的官员，加上毫无资质的皇权继承者，让朱元璋的第一任接班人就陷入了巨大的权力危机。有危机就会有危险，危险来自于皇权内部。朱元璋的子女众多，有26个皇子。建文帝的很多叔叔被朱元璋安置在各处为藩王，借此巩固自己的“家天下”。这些叔叔辈的藩王对建文帝无异于一枚枚的定时炸弹，他们在各处都拥有大量的军队。
建文帝君臣也显然到了这一点，准备着手削藩。这等于是推翻了朱元璋执政时期分封同姓诸王，内外相维的军事体制。削藩的出发点是没错的，错就错在操之过急，策略也有所偏颇。建文帝即位不久，又带着一帮摸着石头过河的大臣，显然不适合在此时完成这一鸿篇巨制。另外在军事策略的选择上，他犯了盲动主义错误。他应该先从那些势弱的小王开始收拾，同时利用好藩王之间的矛盾。当燕王朱棣获知朱允汶马上要对自己动手时，他知道，属于自己的历史大时代即将到来。
这场耗时三年的内部战争，最终是以燕王朱棣的全面胜利而告终。
1402年，燕王朱棣带领军队进入南京，从此明朝的历史开始翻开了属于永乐时期的一页。与此同时，明朝中央的政治权力体制也随着新皇帝的诞生而悄然发生着变化。永乐皇帝朱棣认为在朱元璋搭建的权力框架之内，不可能再产生出强有力的辅政机构。他决定不完全拘于朱元璋那一套，在权力的一亩二分地上，他要再搞出点新的花样来。
即位不久，他就“特简解缙、胡广、杨荣等直文渊阁，参预机务”，但这时候还没有打破六大部门分权制衡的权力分配体制。因此，内阁的参政议政虽然在一定程度上缓解了权力集散失衡所造成的潜在危机，却并未从根本上打破旧有的权力格局。也就是说，这时候的六部长官和内阁成员共同帮助皇帝处理政务，只是朱棣在遵从祖制的前提下做出的一种权变。
永乐皇帝开始尝试性地让这些大学士参与军国大事的处置。虽然他们的官阶只有五品，没有部下，没有统辖机构，甚至没有自己专门的办公场所。可以说是既无宰相之名，又无宰相之实。但并不排除这些人不是权力系统中的红人，因为他们全部是围着皇帝转的人，是皇帝的亲信近臣，每日侍奉于皇帝身边，奔走于殿阁之下，特别是可以参与国家政务，貌似宰相。
为了避开宰相这个已经变得不祥的字眼，加上其名称为“入值文渊阁”，又在内廷办事。所以人们含混地称之为“内阁”，算是有了内阁制的大模样。
我们知道一种体制的好坏，效果究竟如何，一方面取决于这种体制本身是否严密完善，另一方面取决于那些高层权力拥有者的识见、谋略、态度和活动。二者同样重要，有很多时候，前者还要受制于后者。体制的不完善或漏洞可以通过政治高层的具体行动或临时政策来设法弥补，体制缺陷带来的不良影响可以通过具体努力控制在最小的程度和范围内。
开始参政议政拥有一定实权的大学士虽然事权不明，与部臣、宦官之间却也从未发生类似后世那样的严重权力冲突。因为永乐只让大学士做自己让他们做的事情，严令大学士和六部发生其他关系，他以此防止造成权责不清引发冲突，这是他的高明之处。
但他和他的父亲朱元璋都没有学过哲学，不明白这个世界，不是静止的，是不断发展变化的。
随着时间的推移，大学士们开始兼任各部尚书、侍郎之职——就是兼任六部中的部长、副部长职位，有的还具有了正一品的太傅、太保或从一品的少师、少傅、少保等崇高荣衔，权力地位不断提高。他们虽然不能到兼职的各自部门里去实地任职，也不能干预各部事务，名义上仍然只是皇帝身边的侍从顾问之臣，但在重大事务的决策上，他们实际上已经具有了相当大的权威。如人事推荐与任免建议、内政外交政策制定等。他们真正的权威，则来自宣德年间所逐渐发展起来的所谓“票拟”之权。
票拟，又称为票旨、条旨，里面暗含了帝国官场运作的大部分奥秘。
这里涉及帝国国家机器运转的方式与程序：在通常情况下，全国各地、各部门的报告文书先是汇集到通政司（相当于国务院办公厅），这个机构是中央联系地方的纽带。通政司将文书登记在册，录下副本，随后又转到内阁，由大学士（办公厅主任或副主任）将处理意见“用小票墨书”后，分别贴在这些报告的封面上，送呈给皇帝作最后的批示，这就是票拟的整个过程。皇帝的御批通常使用朱笔，所以，又叫“批红”。经过批红的文书，再登记备案，录下副本，然后，分发再下发至各地、各有关部门，要求遵照执行。
所以说事情发展到这种地步，那些掌握了票拟权的大学士就等于掌控了全国各地、各部门，包括中央六部。 也等于同时掌握了票拟和批红在内的这种官家权力机器运转方式与程序。它带来的恶果也随之显现。当最受皇帝信任的大学士正式成为首席大学士时，“首辅”之称谓便随之产生，而且得到了皇帝的认同。
首辅既无宰相之名，也无宰相行政号令、任免官吏之实。但当他深受皇帝信任时，却可以垄断票拟之权，并将皇帝玩弄于股掌之上，从而将属于皇帝的生杀予夺大权，相当大程度地转移到自己手上。此时，其令人畏惧的威力，甚至远远超过了以往真正的宰相，这可能是朱元璋做梦也不会想到的事。
朱元璋以为他的那些后世子孙会像他学习，人人争做劳模，靠着不眠不休“白加黑、五加二”的精神把朱明王朝推向千秋万世。可惜的是他的子孙们虽然流淌着他的血，却没有继承他的革命意志。他们渐渐丧失了处理这些事务的能力和兴趣，他们最后索性将专属皇帝的“批红”大权，交给了身边宠幸的宦官们，也就是说首辅手中的票拟之权也同时失去了效用。皇帝和满朝文武就这样被架空权力，朱明王朝在一帮阉人的胡作非为之下，跌跌撞撞，一路踉跄。