自1570年底，玛丽住在设菲尔德堡。直到诺福克死后几周，她才得知他已不在人世。时代在与她作对，一切尝试与她对表姐建立友好关系的努力都失败了。玛丽既不再写低三下四的信，也不再赠送小礼物，只有她娴熟掌握的女红活才能在大部分时间抚慰她。出于费用原因，这位高贵的女囚被迫减少了她的仆人。外界的情况折磨着她，使刚满30岁的她渐渐虚弱下来。她的美貌消失了，头发脱落，从此戴着一顶假发。她忍受着风湿病带来的痛苦，在监视下，被允许去巴克斯顿疗养了几次。在此期间，她在苏格兰最后的一批支持者臣服于新政权。乔治·布坎南，她儿子的老师，甚至被允许出版一本咒骂前女王的书，内中收录了所有据称给博思韦尔的情书。玛丽无法替自己辩护。她越来越绝望。她想念着儿子。像她自己一样，他也在斯特林堡长大，接受教育——新教式的。她惊骇地获悉这一点。而且各方面都告诉他，他母亲是个谋杀犯。玛丽写给他的充满温情的信被截下。对詹姆斯来说，母亲已经死了。儿子留给玛丽的，只是一幅袖珍小像，嵌在一只椭圆形的金框里，以及一个希望：某天他将来到，拯救母亲。但是詹姆斯并非玛丽梦想的那个忠心地爱着母亲的男孩。他从未表现过关心和同情她的命运，而对于已经成人的他来说，有权得到苏格兰王冠的母亲显得是个竞争对手。玛丽曾建议共同执政，以换取自由，这一努力却由于儿子的自私而失败。
以前那么骄傲的苏格兰女王现在还剩了些什么?莫里勋爵，玛丽的继兄，1570年在林利思戈成为一起谋杀案的牺牲品。詹姆斯·博思韦尔，玛丽的丈夫，在卡伯利山一役失败后，逃往丹麦，在那儿由于几年前的一桩引诱少女案被判刑。带着锁链的伯爵最终精神错乱，1578年悲惨地死去。在玛丽这一时期的私人信件和文献资料中，没有发现她关于此事的只言片语。根据一切表象，这个从前令她心碎的男人已不再使她感兴趣了。1584年秋，她不得不离开设菲尔德堡。她重被带到温菲尔德，在上了锁的门后度日。后来又来到令人厌恶的图特伯勒——在这座潮湿漏风的城堡里，玛丽大部分时间病恹恹地躺在床上。然后，1585年圣诞夜，人们把她带到破败的查特利堡。
众多为了营救玛丽、反对伊丽莎白的密谋迫使英国宫廷不得不对苏格兰女王作出最终判决。英国宫廷考虑之后紧跟着行动，大部分是纸上谈兵。议会颁布一项新法令，所谓的“联盟之约”，其中写道：。通过在上帝面前宣誓，我们有义务处死每一个人，不管他来自哪一阶层，只要有人为了他，企图谋刺最神圣的女王陛下。””明白地说：无论是谁，只要谋求反对英女王或者被人知道有此计划，就会被判处死刑。附加条款规定，如果英王被谋杀，那么玛丽·斯图亚特和她的后代就会失去那种登上英国王位的权利，这显然说明，这项法令是针对谁的。玛丽的日子屈指可数了。虽然伊丽莎白一如既往地拒绝以谋反罪审判她，但她的敌人们只需最后一项证据，以铲除这个累赘的女囚。它是可以被制造的。这个以此为目的密谋的背后操纵者是弗朗西斯·沃尔辛厄姆阁下，一位阴谋大师，他成功地在玛丽的西班牙和法国顾问中安置了间谍，已发现了三起为了营救玛丽而策划的密谋。1586年春，他为她设下了最后一个陷阱。假称为了优待她，他建议法国驻伦敦大使作玛丽秘密信件的中间人，却拒绝自己亲自为她做这一切。查特利的一个啤酒供应商被贿赂，来传递给玛丽和从玛丽手中写出的信。突然，这个国王囚犯重新有了活跃的通信网。她接到各种信件，它们的发信人信誓旦旦地许诺对她的忠诚和拥护。信中向她建议，向安东尼·巴宾顿阁下求援，他能帮她获得自由。玛丽所不知道的是，巴宾顿阁下只是沃尔辛厄姆的一件别人不知道的工具。他熟练地通过中间人，引导着整件事发展成为一件针对伊丽莎白的谋反行动。1586年7月6日，巴宾顿在信中请求玛丽告诉他，哪些有影响力的人能够在西班牙人——他们将前来解救玛丽——登陆英格兰后，支持他们。信中还说，伊丽莎白应被干掉，英格兰要宣布玛丽成为女王，天主教会重新被奉为国教。7月17日，玛丽毫不怀疑是他向秘书口授了回信，于是掉进了陷阱。信件被截获并转交给沃尔辛厄姆，后者没有丝毫延误，立刻将信交给了伊丽莎白。英女王既震惊又害怕，马上准备行动。所有被提到名字的谋反者全被处死。玛丽——迄今为止似乎只是拘留待审——被正式逮捕，人们首先把她关押在蒂克撤，然后转到福瑟临黑。女王似乎已经预感到了她的结局。她内心平静地开始打点一切。由于死亡已不可避免，那么它最起码应该在历史上记下一笔。死亡作为胜利——玛丽开始自信她的故事会成为传奇。“至于我，我已经决定，为了我的信仰走向死亡……在上帝的帮助下，我将带着天主教信仰去死。”9月，她在写给法国的表兄的信中这么说。
福瑟临黑堡今天已经不存在了，剩下的只是一座小小的土丘，在山脚下有块石头，上面的铭文让人记起苏格兰女王曾在此停留过。在这儿，今天羊群啃着青草的地方，伊丽莎白那时下令开庭审判玛丽的谋反罪，在审判中，允许玛丽为自己辩护。但她能提出什么辩词呢?她是密谋的知情者，并且容忍了别人提出的干掉伊丽莎白的计划。但是她认为自己有权利这么做。英格兰女王没有任何法律依据，羁押了她18年。因此，玛丽为了获得自由，在某种程度上必须进行自卫。然而这种论点在法庭上是不成立的。1586年10月25日，贵族们做出判决，伊丽莎白只需在上面签字。
英格兰女王有权决定苏格兰女王的生死吗?作为女王，她是奉天意而立的——可在她眼里，玛丽也一直是女王，还有别的选择吗?伊丽莎白为自己留下时间思考是三个月。1587年1月1日，她签署了判决书：送上断头台，执行死刑。
不是最后的结局
“我忍受了一个人所能忍受的一切。去吧，我羔羊般的安静，飞吧，飞上天去，我忍辱负重的耐性，现在，打破你的束缚，从你的洞穴中出来，我长久抑制的愤怒……英格兰的宝座被一个杂种玷污了，心灵高贵的不列颠的人民被一个阴险的女骗子欺诈了。——如果法律统治着大地，那么现在你会躺在我面前的尘土中，因为我是你的国王。”弗里德利希·席勒笔下的玛丽·斯图亚特燃烧着满腔怒火，用这些话当面怒斥伊丽莎白。而真实远没有这样戏剧性。
1587年2月7日，玛丽·斯图亚特在她的监狱福瑟临黑宫里写下给各人的告别信，并口授了遗嘱，这时她44岁，但19年的监狱生涯让她很快地衰老了。当她吹灭蜡烛，上床睡觉时，她知道，对她来说，再也没有下一夜了。清晨时分，她起了身，作了祈祷，让人给她穿上衣服，骄傲地走完了她生命中最后的一段路。她穿着一件黑色织锦缎长裙，里面是红色内衣，她希望它能够掩饰鲜血的痕迹。她在头上搭了一块长长的、白色细麻纱的寡妇所用的面纱，双手藏在红色的手套里。一个玫瑰花环装饰着她裙上的腰带，她手里捧着另一个。差不多300人涌向行刑广场，观看这次行刑。玛丽毫不迟疑地登上了断头台。刽子手不得不铡了三次，苏格兰女王才人头落地。当他想去捡起断下的首级时，它从他手中滚了出去，重重地摔在地上，他手里只剩下一个假头套。为了打破令人毛骨悚然的寂静，他喊道：“上帝救救女王。”
如果历史向另一个方向发展，能够救出玛丽吗?她是政治权力斗争还是嫉妒的牺牲品?
一方面是伊丽莎白，好斗的、思维严密而合乎逻辑、目标明确、生活节俭的女人，新教教徒，因为教皇没有承认她母亲与父亲的婚姻。与之相对的是玛丽，一个漂亮的女人，充满感性与善良，却以她的乐天和率直激怒了自己的民众。不可能有比她们差别更大的女人了。她们惟一相似的只是面对相互之间存在着的问题时的坚定不移、毫不妥协。几十年来，她们之间的关系和争吵决定着她们国家的历史。几十年来，一个人的命运与另一个紧密相联。几十年来，她们通信或者互派外交使节一—苏格兰的玛丽·斯图亚特和英格兰的伊丽莎白一世从未见过面。
“我的结局蕴含着我的开端，”玛丽在她床上的华帐上刺绣了这句话。她的女审判官和表姐听到判决已经执行时，哭了。接下来的几星期，她穿着丧服，并下令鸣钟志哀。她从未真的愿意让玛丽砍头，她说，她只是为了平息宫中激动的情绪，才签署了死刑判决书，同时假设，判决不会被执行。她把将判决书交给参议院的文书投人监狱。“我亲爱的兄弟，我想告诉您，这一悲惨的不幸事件令我的灵魂充满了怎样的痛苦，我没有推波助澜，可它自己发生了。”她在写给玛丽的儿子詹姆斯六世的信中，竭立申明她的无辜。詹姆斯在母亲被处死15天后，到达爱丁堡。“我哀求您相信我，而上帝是我的证人，证明我在这件事上没有过错。”
法国也没有为此事派出士兵，巴黎宫廷保持着默默的哀悼，在圣母大教堂为死者举行的一次弥撒仪式上，这个苏格兰女人的形象被神化了：“人们偶尔会在单个人身上看到比普通人更多的美德，然而如果人们在某个个体上接触到这么多的完美，那么这就超越了我们生存的规律和自然”，大主教雷瑙·德·博纳如痴如醉地说。
直到夏天，她死后半年，玛丽·斯图亚特才在一个简单的新教仪式中，被隆重地埋人彼得伯勒大教堂的墓地。在那以前，装着涂过防腐香料的尸体的铅棺一直存放在福瑟临黑一间上锁的屋里。许多贵族和悼念者来到这儿，与玛丽告别，但其中没有一个苏格兰人。1612年，詹姆斯六世命人把母亲的尸体挖掘出来，葬在伦郭的威斯敏斯特大教堂，英国的国王们都安息于此。大理石雕塑的玛丽·斯图亚特之像可爱而温柔。而埋得离她很近的英格兰竞争者的墓前塑像与之相反，显得严厉而冷静。
这段历史听起来像出扣人心弦的戏剧。但哪儿是政治的崇高地位?一旦谈及玛丽的执政时期，人们总是津津乐道于她的个人命运。在女王伊丽莎白一世统治下繁荣起采的英国，情况却是两样：历史书谈到的伊丽莎白时代，也是烙着威廉·莎士比亚的印记的时代。伊丽莎白统治时期，英国发展成为欧洲的海上强国，敢于和西班牙抗衡。西班牙统治者菲利浦二世，英女王玛丽·都铎的鳏夫，即伊丽莎白的姐夫，多年努力与信奉新教的伊丽莎白结婚。出于这个原因，他容忍了英国船只针对他的海军的小小的海盗行径。当他的努力最终失败后，他从英格兰一方退了出来，转而支持天主教的玛丽·斯图亚特。这在玛丽生前并未给她带来多大好处。在她被处死后，他才召集士兵向英国开战。可是西班牙国王并不仅想为苏格兰女王之死复仇，而且还想实现他对英国王位的继承权利，这是玛丽遗嘱中曾赠给他的。而今没有关于这方面的正式文件，也许是人们在彻底搜查玛丽的居所时，销毁了它。然而，信件毕竟保存了下来。1588年，菲利浦三世派遣他的强大海军，向英国宣战，却在狭窄的英吉利海峡被英国海军智胜，并遭到毁灭性打击。西班牙的无敌舰队沉没了。上帝没有站在天主教这一边。