返回剑桥十二个月后，牛顿面临研究员选举，这是他迄今所面临的第一次、也是最重要的一次选举。就像三年前竞争奖学金名额一样，牛顿的整个未来都系于此次选举的结果。它将决定牛顿能否继续留在剑桥，能否自由地进行课题研究，或者说，决定他是否要回到林肯郡，也许就是回到他的家庭背景所能安排的乡村牧师职位上去。那里没有书籍，只有庸庸杂务劳神分心，他也许就会凋谢毁灭。从表面上看，他成功的机会微乎其微，三一学院已有三年未进行选举，而待补的名额只有九个；一些学生素来享有特权，而臭名昭著的政治影响起的作用也越来越大，有门路接近王室者弄来国王的委任信函，指定要选举他们。剩下的就全靠院长和八位高级研究员选择，对他们影响力的吹嘘随处可闻。9月最后一周，候选人得在教堂里坐上四天，接受高级研究员们面对面的考核——而这些行将就木者所代表的课程，牛顿又有将近四年完全没碰过。形势如此不利，这位往日的减费生不管有多大本事，又怎么可能脱颖而出呢？如果他也有一位赞助人，或许就大有希望。他花了一英镑十先令买工具，真正的工具，包括一台车床，就是他在格兰瑟姆时渴望得到的那种——这不是认真考虑一年后迁走的人该买的东西。牛顿花了不少钱买布来做学生服，它以后可以换成硕士服，他买了八码半斜纹布，加上四码衬里，总共花了近两英镑。10月1日，早上八点敲钟，召集高级研究员们去选举。第二天一点又敲了一次钟，召集当选人宣誓就职，这次是为牛顿敲的。
这次选举使他成了学院委员会的永久成员，并且，按他最低的理解，从此他可以随心所欲地继续自己的研究了。的确，还有一两级等待他去攀登。1667年10月，他成为学院研究员时位置并不重要，但九个月后，他被授予文科硕士，就自然进到了重要研究员的位置。授予硕士学位完全是走形式，从未听说有人被拒绝过。最后一步在以后的七年中随时可能到来。除两名特定成员外，学院六十名研究员的任职都要求在获得文科硕士学位的七年之内在圣公会获得牧师身份。1667年10月2日一点刚过不久，牛顿成了三一学院的研究员。
获得硕士学位后，牛顿在三一学院生活了二十八年。这些年大致上也正是剑桥大学与三一学院历史上多灾多难的时期。不管他最初抱有何种期望，他未能在同事中找到一个志趣相同的学者圈子。作为一个追求真理的哲学家，他发现自己置身于一群职务到位却又在寻求位置的人中间。牛顿的全部创造生活的背景实际上就是由这一基本事实打上了底色。牛顿与学院生活格格不入，这对他有利。研究员生活中的琐事越来越多，足可将一个有希望的人扼杀掉。牛顿无论在什么情况下都热情地倾心研究，他离群索居，完全投入对知识的追求。学院的管理手册证明他很少离校。1669年（在学院管理手册上，指的是到1669年9月29日米迦勒节结束的前十二个月），他五十二个星期全在校。1670年，在校四十九周半；1671年，四十八周；1672年四十八周半。就是离校，一般也只是回家。十年后，牛顿发现他早上很少去教堂，因为他每晚要研究到凌晨两三点。就此事而言，他也很少中断研究，晚上去教堂，不过，星期天他倒是去圣马利亚教堂。
在他读本科时，学院的宽松管理就帮过他的忙，现在依然对他有利。牛顿的同时代研究员乔治·莫德和帕特里克·科克等人，在学院单调地生活了四十年，既不教书又不做科研，校方并未追究，同样也不会追究牛顿。他对空闲的利用也许会使其他人不安，但学院管理的精华就是宽容。研究员的薪俸就是用来支持研究的，靠它进行孜孜不倦的研究总不会比用它生利息更明显有害。有了这样宽容的支持，牛顿完全自由自在，随心所欲。要继续做下去，他只需避开三件不可饶恕的过失即可：犯罪、异教与婚姻。