回忆起自己的童年生活，尼采也是觉得丰富的：“即从那时起，我的全部发展就不受任何人的监督，而好奇心——也许还有求知欲——杂乱无章地给我输送了各种各样的知识材料，这些材料也许能把一个刚刚离开家乡的年轻人的思想搞乱，特别是损害坚实知识的基础；另一方面儿童游戏并没有被忽略，也是以几乎固执的热情进行的。例如我给几乎所有的游戏写了小册子，为了告诉我的朋友们，我把这些小册子给他们看。被几件特殊偶然事件所激发，9岁那年我开始热情地学习音乐。这个激动的孩子把发出和音的连贯的音符写在纸上并在钢琴的美妙伴奏下按谱歌唱圣经经文。如果人们可以把这些努力称为作曲的话，那我在学音乐后就立即作曲了。同样，我写了一些令人惊惧的诗，但是是以极大的努力写成的。我还用铅笔作线条画，甚至绘画。来到普夫达以后，我几乎接近了大多数科学和艺术，事实上除了过分需要智力的科学，即让我感到厌倦的数学而外我对一切都感兴趣。”
1858年10月，尼采进入了以古典文学教育而闻名的普夫达学校。在以后的几年当中，他在那里每周学习6个小时的希腊文，每周大约学习10个小时的拉丁文。辛苦的古典文学教育使他日后拥有了丰富的古代观念和很高的文学造诣，这一点尼采的批评者们也是承认的。
（3）普夫达学校
修道院办的普夫达学校依河而建，是一所水平很高的有丰富传统的学校。它用古典知识教育铸造学生们的健康品德：勤劳、守纪律被视为学校最基本的道德。教育的方法是严格的，不过教师们又是通情达理的。其中出了不少的杰出人物。尼采从来就是缺乏适应能力的，如同在市立学校那样，虽然他勤奋学习，但生活得并不愉快。
尼采在普夫达受严格训练期间起初没有精神活动的自由，但他假期在家中总是企图重新获得这种自由：他在那里建立了一个文学艺术小团体——“德意志”。参加这个团体的除了他以外，当然只有他的朋友克鲁克和平德尔。
正是在校内和校外的大量阅读当中，尼采接触了新的思想，这是不同于以往的道德教育的。他的观念也开始发生转变。“在研究希腊和拉丁语诗人的时候，也应该同时研究德意志的古典作品，并要把他们的思维方式加以比较。同样，学习历史要与学习地理相结合，对教学法学习也要渗透到物理、音乐中去。”他在读卢梭的《爱弥儿》时，说从中可以学到“你一定要信奉不渝的学说”，而宗教是“人类幼年的产物”。从此，他的信仰发生了动摇。这时，尼采的诗歌有一种人生的忧郁感，说“太阳在那边升上，只有他才会知道，我为何这样忧伤”。在以后的生活中，尼采对宗教道德的怀疑不断深入，终于，修道院办的学校里培养出了对上帝的信仰发生动摇的学生。
欣赏音乐也是这个小团体的一项重要内容。朋友们利用他们很少的会费订阅了一份音乐杂志，这也特别助长了尼采的音乐爱好。从来只认同古典音乐的他也接近了理查德·瓦格纳的作品。他们还用社团经费订音乐杂志节省下来的钱去买钢琴演奏谱。通过音乐杂志，尼采第一次对瓦格纳产生了兴趣。
在“德意志”中尼采认识了一位新的朋友——保尔·杜森，在后来的许多年中他是尼采精神旅途上的同路人。1861年复活节，尼采同他一起受基督教的坚信礼。杜森在他所写的《回忆弗里德里希·尼采》一文中说：“当受坚信礼的青年一对一对地走向祭坛，跪下受礼时，尼采和我这两个最亲近的朋友并排跪在那，现在我还清楚地记得，我们在行坚信礼前和行礼期间的几个星期里充满着神圣的与世隔绝的心情。我们本来作好准备，为了同基督在一起而立即离开人世。我们的一切思想、感情、活动在天国的欢乐面前显得黯然失色。”
普夫达学校出色的逻辑学和语文学的训练，培养了一种科学的精神，对尼采的信仰危机负有一定的责任，思维训练引导他不知不觉间走向了父辈的信仰的反面。同其他的人一样，尼采不满于宗教以宿命论否定人的自由。他初步意识到绝对的意志自由和独立的命运会使一个人达到完美的境地，从而否定宿命论对人的自由的扬弃。“在我看来，所有以前的哲学都像是古代巴比伦人建造的通天塔：所有的努力的目标总是想直接地升入天堂或想在地上建造天堂。……假如我们从小就相信灵魂的拯救依赖于基督以外的某个人，比如说穆罕默德，我们无疑也会感到同样地被赐予了幸福。当然是虔诚本身而不是虔诚背后的目的传递了福音。……真正的虔诚必有所得。它会给予信仰者所期待的一切，但是它却不能为说明客观真理提供任何的帮助。人生多歧路。如果你祈求心灵的平静与快乐，那就去信仰吧！如果你想成为献身真理的人，就去探索吧！”
尼采的这种转变并非突然的决裂。尼采对基督教的怀疑和否定是逐渐发生的，首先毋宁说是尼采所受教育的后果，所以后来他有理由把这一转变称为一种安静的没有痛苦的解放过程。在学习当中，尼采发表了第一篇哲学论文《命运和历史》，表达了对基督教的初步的怀疑，并试图深入地讨论。在论文中他说道：“我们现在甚至都不知道人类自身是否仅仅是整个宇宙、整个进化过程中的一个阶段或一个时期，也不知道人类是不是上帝的主观形式……人类自身是一种手段呢，还是一个结局？”
在学习当中尼采接触了浪漫主义的文学作品。尼采十分喜爱当时还不出名的荷尔德林。《向友人推荐我喜爱的作家的作品的信》是一封对荷尔德林的短论：“这些诗（仅就其外形而言）流露出最纯洁、最温柔的情感，这些诗就其朴素自然而言，使普拉腾的艺术和熟练的表现手法黯然失色，这些诗一会儿在最崇高的宗教热情中波动起伏，一会儿消失在最柔和的悲音之中，……我只举出像《还乡》《被束缚的河流》《日落》《盲歌手》这几首诗，你自己从《傍晚的幻想》中引用最后几节吧，其中表现了最深切的忧伤和对安静的渴望。在其他诗中，特别在《纪念》和《漫游》中，诗人把我们带到最高的理想境界，我们同他一起感到这种理想境界是他的故乡的要素。”17岁的尼采写的这篇短论不仅显示出他在捍卫某一事物时所特有的、热情而有启发性的语言风格，不仅说明他比德国人发现荷尔德林要早50多年，而且它还特别表明尼采同这位图宾根的诗人十分类似的对一种不寻常的语言的理解。
在普夫达学校的最后一年，尼采写了一篇论西奥格尼斯的较大的拉丁文作品，这是对此人及其著作的全面叙述的尝试。他把热心拥护贵族制的西奥格尼斯与普鲁士的容克贵族进行比较研究。这本是学校作文的题目，它吸引他，以致后来在大学读书期间仍然继续研究这个题目。8月，尼采即将结束在普夫达的学习。在自传中尼采这样写道：“为了未来的求学，我自己提出了一个明确的原则：抑制自己兴趣的广泛和一知半解的倾向，培养自己对某一专业的兴趣并且探寻它最深奥的秘密。”在选择以后的学业时，尼采决定放弃从事艺术的想法而钻研语言学。
（4）波恩和莱比锡
1864年10月，20岁的尼采进入波恩大学读古典语文学和神学。尼采选择波恩完全是出于对语言学的考虑。经过普夫达学校的严格校规约束之后，尼采这时认为自己突然置身于最广泛的、最美好的自由之中。他可以自主地规定自己的学习内容与方式，而这些正是快乐的来源。“我渴望得到一种抑制至今为止变化多端的、不稳定的意向的工具，渴望一种科学，人们可以冷静地深思熟虑。无情的逻辑和同样形式的工作使它得到发展，但它并不以其成果使人立即动心。当时我相信在语言学中可涉及到这一切。而一个普夫达学校的学生已经完全具备了研究语言学的先决条件。”后来尼采在这一方面遭到失败，他强加于自己的对语言学严格的爱好转变成相反的激情。
他此时最喜欢的课程是里奇尔教授的古典语言学。在学习与交流当中，尼采与里奇尔结下了浓厚的友谊。他的语言学方面的论文受到教授的称赞。不过，尼采所关注的仍是人生问题，尼采在苦苦思索人生是什么这个大问题。“我要认识你，未认识者”，我要“奉献给未识之神”。
随着学习的深入，尼采对基督教的信仰越发远离了，他简直要把基督的信仰全部抛弃。1864年底他读大卫·施特劳斯的《耶稣传》。这本书曾在1835年引起人们极大的争议。这本书以普通的历史人物和政治活动家的身份阐述耶稣，把这位基督教的救世主从神的世界拉向人的世界。在阅读中，尼采开始思索是否放弃基督，放弃上帝。他说：“这里有个严重的后果——你若放弃基督，你就不得不同时放弃上帝和宗教。”我们可以想像得到尼采的母亲听到她的儿子拒绝参加他们惯常的圣餐时，会如何的惊讶！
在他看来，进行神学的学习是在浪费时间。“为什么我知道得比别人多些？一般说来为什么我这样敏锐？因为我从未在一个不是真实的问题上作思考。我从未浪费过我的精力。例如，我没有实际宗教难题的经验。对于‘原罪’之感，我完全不熟悉。我也缺乏一个可靠的标准来决定良心上的忏悔：我觉得良心的忏悔是不必加以重视的……良心上的忏悔在我看来是一种‘罪恶的眼光’。……‘上帝’、‘灵魂的不朽’、‘拯救’、‘超越’，这些只是概念，我并不注意这些，也从不在这上面浪费时间——我根本不把无神论视为一个结果，更不把它当做一件事：我的天性原是如此。我太好问，太多疑，也过于自大，致使我自己不满于事物的粗浅的解决。上帝则是如此一个粗浅的解答。”
荒诞的放纵并没有给尼采他想要的自由与快乐，相反，一段无限制的自由进一步促成了他对虚无主义的思考。1865年10月，发生的一件事足以影响到尼采的一生。他在一家旧书店中偶然地发现了《作为意志和表象的世界》一书。叔本华所讲的苦闷的生命引起了尼采极大的共鸣。他立刻被这位已逝5年的人所吸引。他狂热地喊着：“我发现了一面镜子，在这里面，我看到世界、人生和自己的个性被描述得惊人的宏壮。”他咀嚼着这本书的每句话每个字，费了14天的功夫，不分日夜，一口气就读完了。在那以后的几周之内，他一直深陷于对叔本华哲学的思考当中。
叔本华的思想也促成了他与瓦格纳接近。而后者在很长的一段时间成为叔本华的形象。尼采在1868年11月经朋友介绍认识了音乐家瓦格纳。他们在一起讨论音乐和叔本华哲学。瓦格纳成了他崇拜的人物。这时，尼采的信仰发生了彻底转变。从基督教的信奉者变为意志论的信奉者。他开始从意志论确定人生，批评基督教神学，批评传统道德和传统文化。“我们决不容忍伪善者所把持的现状”是他这段时间的宣言。
出于专业学习的必要，尼采参加了一个大学生组织。可是社团的性质已经转变，并不能令尼采满意。当时大学生联合会已经失去了鲜明的政治特征，它们主要只是一种社交团体性质。虽然起初种种庆祝活动、舞会、同妇女交际显然使他感到满意。像在中学读书期间那样，他很少能长时间地从普通人的娱乐中得到乐趣。他以无比的热情唱着、喝着参加了这些活动，尽管如此吵人的社交活动和许多人的喧闹对他很不适合。第一学期即将结束时他给家里写信说：“在这里的大学生圈子里我被看作是音乐权威，此外还被看作是奇特的怪人……我决不是不受欢迎的人，尽管我有点喜欢嘲弄别人并且被认为是讽刺。也许你们对这种根据别人的评判所作的自我特性的描写不是没有兴趣的。作为本人的评判，我可以补充一下，第一点我不同意；我常常不高兴，有过多的脾气，是个有点讨厌的人，不仅对自己，也对别人。”这段时间，大自然成为尼采惟一的欣赏的内容。他对友人写信，说他很喜欢诗人描写的夏天的山丘。他说，人从现代都市逃避到大自然的时候才会明白自然的可贵之处。
尼采曾想在波恩过一种正规的大学生的没有烦恼的生活，这种企图失败了，而在莱比锡，他宁愿做一个离群索居的人，专心致志地进行研究而回到适合他的生活方式上来。宁可沉默寡言而不摆脱自负，他不久就在里奇尔教师的指导下取得了值得赞许的成绩，成为合格的语文学者。不久尼采就能在这儿的小范围内讲课了。1866年初，他进行了第一次讲演。以后还有多次是讨论梅格拉的西奥格尼斯的诗的新版本。这些讲演的成功鼓励他把自己过去写的讨论西奥格尼斯的著作拿出来给里奇尔看。尼采受到赞扬。这种赞扬绝对是一种巨大的鼓舞。尼采这样描述他当时的兴奋：“在这个场面之后：我的自负同我一起飞上了天。中午我们几个朋友一起散步到戈利斯去。那天，天气晴朗，我的幸福挂在我的嘴边。在旅馆里，我们面前摆着咖啡和薄煎饼，这时我终于忍不住了，给感到惊讶而不嫉妒的朋友们讲我所遭遇到的事情。在一个短时期内好像昏头昏脑地跑来跑去；这是我成为语言学者的时期，我感到赞扬的刺激作用，对我来说，在这种事业的发展过程中是应该争取这种赞扬的。”
尼采很幸运他找到了一位严师。这位老师不仅有很高的威望，而且从那以后也十分亲切地推动他前进。但是尼采之所以承认这个权威，不是在于里奇尔是一个语言学者或者他的骄人声望，而是在于他对艺术的敏感性，是在他的作品中显示出来的明显的美学情调。不过老师对尼采的期望却在于尼采表现出来的语言学天赋与才能，“39年来，我亲眼看见许多优秀的青年人发展着，但我还没有看到像尼采这样年轻而如此成熟、如此灵敏……如果他能长命，我可以预期他将成为德意志文献学中的最杰出人才。他现在才24岁；健壮而有活力，身心充满勇气……他在莱比锡整个青年古典语言学者的领域里，已成为崇拜的对象。”他帮助尼采获得了多项奖金，发表作品。尼采的名字在他的专业的学术界很快传开，尼采已经获得了一位优秀的年轻科学家的声誉。1869年毕业以前又是由于里奇尔的推动，尼采被举荐到巴塞尔去讲学。