保护管理费是为解决培育、维护、管理自然资源的费用支出而向开发利用自然资源者征收的一定费用。例如自然保护区保护管理费、森林公园门票费、野生动物资源保护管理费等。这类收费，虽然也具有对所消耗的自然资源给予一定补偿的性质，但它主要是为了弥补国家或有关单位为保护、管理自然资源所支出的费用，而不是像开发使用费那样只是对自然资源本身价值的补偿。
（三）补偿费
补偿费是为弥补恢复更新自然资源的减少、流失或破坏而向开发利用自然资源者收取的费用。如育林费、生态环境补偿费、森林植被恢复费、耕地开垦费、征用土地补偿费、土地损失补偿费、水土流失防治费、矿产资源补偿费等。这类收费，通常根据恢复、更新所消耗、破坏的资源的实际费用征收，但也有的只按开发利用自然资源所得的一定比例或数量征收，如育林费、森林生态效益补偿基金费、生态环境补偿费等。
（四）惩罚性收费
惩罚性收费是指在自然资源开发利用者不按规定要求开发利用自然资源时，行政管理机关让其缴纳的带有制裁性质的费用。例如耕地闲置费。
（第三节）自然资源规划和许可制度
一、自然资源规划制度
自然资源规划是根据一个国家或地区自然资源本身的特点以及国民经济发展的要求，在一定规划期内对管辖区域内各类自然资源的开发、利用、保护、恢复和管理所作的总体安排。其目的是为了从宏观上解决自然资源开发利用与生态保护、当前利益与长期持续发展的矛盾以及资源分配问题，以保证用最佳的结构和形式开发利用自然资源，促进经济社会的可持续发展。经批准的自然资源规划是进行资源开发利用的基本依据，是保障资源可持续利用的重要措施。我国现行的几部自然资源法如《土地管理法》、《水法》、《森林法》、《草原法》、《渔业法》和《矿产资源法》等都有关于自然资源规划问题的规定。
不同种类的自然资源规划，其内容各不相同。但通常都要包括规划的实现基础，规划所要达到的总目标和分期、分类目标及其分项指标，为实现目标而要采取的主要政策和措施等。规划的制定，通常是先由各资源主管部门根据资源现状，会同其他有关部门起草资源规划草案，经广泛讨论，征求有关部门、专家、单位的意见，并由同级计划主管部门综合平衡后，报同级人民政府批准实施。
自然资源规划一经法定程序批准，即具有法律效力，有关部门、单位必须贯彻实施。
如果因情况的变化需要修改规划，必须经原批准规划机构的批准。
对违反自然资源规划开发利用自然资源的，应当依法纠正或处罚。
二、自然资源许可制度
（一）许可证制度的概念
“许可证”一词，有时也称执照、特许证、批准书等。在环境与资源管理中使用的许可证有规划许可证、开发许可证、建设许可证、生产销售许可证和排污许可证等。
许可证制度是指凡是对环境有不良影响的各种规划、开发、建设项目、排污设施或经营活动，其建设者或经营者需要事先提出申请，经主管部门审查批准颁发许可证后，才能从事该项活动。
（二）许可证的管理程序
许可证制度是一项复杂系统的行政管理活动，其管理程序大致分为：
1.申请
由申请人向主管机关提出书面申请，并附有为审查所必需的各种材料，如图表、说明或其他资料，这些资料如果涉及技术秘密或商业秘密，主管机关有义务为其保密。
2.审查
一般是在报刊上公布该项申请，在规定的时间内征求公众和各方面的意见。主管机关在听取意见后，综合考虑该申请对环境的影响，对申请进行审查。
3.决定
做出颁发或拒发许可证的决定。拒发许可证时应说明拒发的理由。
4.监督
主管机关要对持证人执行许可证的情况随时进行监督检查。在情况发生变化或持证人的活动影响周围公众利益时，可以修改许可证中原来规定的条件。
5.处理
如持证人违反许可证规定的义务或限制条件而导致环境损害或其他后果时，主管机关可以中止、吊销许可证，违法者还要依法追究其法律责任。
（三）自然资源许可制度
自然资源许可制度是指在从事开发利用自然资源的活动之前，必须向有关管理机关提出申请，经审查批准，发给许可证后，方可进行该活动的一整套管理措施。它是自然资源行政许可的法律化，是自然资源保护管理机关进行自然资源保护监督管理的重要手段。
1.自然资源许可证的有关规定
（1）自然资源许可证的适用范围：指某一种许可证适用于哪些自然资源的何种开发利用活动。例如《使用林地许可证》是用于国家建设占用国有林地和征用集体林地；国有企事业单位内部使用林地，从事为林业生产服务的基本建设（房屋、道路）、挖砂、取土、开矿以及多种经营用地；依法出租、转让林地用于非林业生产等。
（2）自然资源许可证的审批、发放：指某一种许可证由哪级、何种行政主管部门审批、发放。例如《使用林地许可证》是由县级以上林业行政主管部门按审批权限审批发放；国有森工企业局按隶属关系由上级林业行政主管部门按审批权限审批发放。
（3）自然资源许可证的核发依据和审批权限：如征用、占用林地的项目，按《林地管理暂行办法》第二十六条的规定办理；林业企事业内部使用林地进行非林业生产的，还需提供申请报告、林权证、使用林地的地点、面积、四至范围的说明等一系列材料。关于审批《使用林地许可证》的权限，征用、占用林地按林业部《关于征、占用林地审核程序有关问题的通知》（林资通字［1992］1号）的审批权限执行；林业企事业单位内部使用林地，三十亩（含三十亩）以下的由县级林业主管部门审批发放；二千亩（含二千亩）以下的由省级林业主管部门审批发放。地市林业主管部门的审批权限由县级林业主管部门确定。
（4）自然资源许可证的期限。如使用林地的年限分短期和长期；国家建设征用、占用林地，林业企事业单位的工程设施等建设属于长期使用林地；其他活动属于短期使用林地。短期使用林地的，应两年换发一次《使用林地许可证》。《使用林地许可证》从发证之日起生效。
（5）不按规定办理自然资源许可证的法律后果。如凡是改变林地用途而不按规定办理《使用林地许可证》的视为非法使用林地，依据《森林法》和《林地管理暂行办法》等法律、法规处理。
2.自然资源许可证的种类
自然资源许可证，从其性质来看，可分为三大类，一是资源开发许可证，如林木采伐许可证、采集证、捕捞许可证等；二是资源利用许可证，如使用林地许可证、草原使用许可证、养殖使用证、土地使用证等；三是资源进出口许可证，如野生动植物进出口许可证等。
我国在自然资源保护管理中普遍实行了许可制度。在土地资源方面，有“土地使用权证”；在草原资源方面，有“草原使用权证”；在森林资源方面，有“林木采伐许可证”、“木材运输证”；在矿产资源方面，有“采矿许可证”、“勘查许可证”；在渔业资源方面，有“养殖使用证”、“捕捞许可证”；在野生动物资源方面，有“特许猎捕证”、“狩猎证”、“驯养繁殖许可证”、“允许进出口证明书”；在野生植物资源方面，有“采集证”、“允许进出口证明书”；在水资源方面，有“取水许可证”等。
（第四节）自然资源调查和档案制度
一、自然资源调查制度
自然资源调查，是指由法定机构对一个国家或地区的自然资源的分布、数量、质量和开发利用条件等进行全面的野外考察、室内资料分析与必要的座谈访问等项工作的总称。
自然资源调查制度则是法律对自然资源调查的主体、对象、范围、内容、程序方法和调查结果的效力所作的规定，是自然资源调查的法律化。我国的一些自然资源法律、法规中规定了自然资源调查制度。如《森林法》中规定的“森林资源清查制度”、《草原法》中规定的“草原资源普查制度”和《水法》中规定的“水资源的综合科学考察和调查评价制度”等。
自然资源调查必须按法定的程序和方法进行，调查的成果要按规定报送和建立档案；属于机密的数据、资料必须按保密规定管理，未经批准不得擅自向外公布。
二、自然资源档案制度
自然资源档案是对自然资源调查所获资料、成果按一定方式进行汇集、整理、立卷归档并集中保管的各种文件材料的总称。
自然资源档案制度则是法律对自然资源档案的种类、级别、适用对象、内容、范围、资料更新时间、查阅和借阅方法、保管技术和设施与设备、保管机构及其管理要求等所作的规定，它是自然资源档案的法律化。我国的一些自然资源法律、法规明确规定了档案制度。例如：《森林法》规定了森林资源档案制度；《野生动物保护法》规定了野生动物资源档案制度；《野生植物保护条例》规定了野生植物资源档案制度；《土地管理法》规定的土地管理信息系统是更加全面的土地资源档案。但是，目前我国还没有一项统一的自然资源档案立法，因此各类自然资源档案制度的要求极不一致。
理论探讨与实务研究
1.关于自然资源规划制度。
以土地利用规划制度为例，我国土地规划体系不完善，缺乏对土地利用规划具有宏观指导作用的国土资源综合开发整治规划。国外最高级别的土地规划体现国家的社会经济发展规划，对下一层次规划只具有指导作用；而地方制定的规划内容十分详细，往往是很厚的一本书，并附有分类很细的规划图。我国的土地利用总体规划体系按行政区域分为全国、省、市（地）、县（市）和乡（镇）五级，与相关专项规划构成土地利用规划体系。目前我国五级规划内容大同小异，大致是宏观上过细，微观上过粗。特别是现行《土地管理法》的实施，各级规划由于其性质和作用不同，其内容深度应不同，土地利用规划的目标、内容、方法应有所改革。具体应进一步处理好土地利用总体规划与城市规划及其他专业规划之间的关系。虽然《土地管理法》规定城市总体规划应当与土地利用总体规划相衔接，但在实践中往往容易导致二者的脱节，造成管理上的条块分割，近年来耕地大量流失的重要原因之一就是二者的脱节。其次有必要对土地利用规划的编制、修订、审批、实施等环节从法律上做出具体规定，制定《土地用途分区条例》、《土地利用规划条例》、《建设用地预审办法》等相关法规。
2.关于自然资源行政许可的理论探讨。
有些学者认为，自然资源行政许可存在这样的理论困难，即“赋予权利”与行政许可的性质（行使一种公共权力）相脱离。《行政许可法》第二条的规定，“本法所称行政许可，是指行政机关根据公民、法人或者其他组织的申请，经依法审查，准予其从事特定活动的行为”。据此，行政许可属于赋予相对人权利和资格的“赋权”行为；但是根据公共权力的来源和起点分析，公共权力的任务是行使维护社会秩序和利益的职责，而不是赋予权利的权力，因为国家公共机关是在代表广大授权主体行使公共权力，它自身并没有资格赋予相对人以权利。因此不能说行政许可是一种“赋权”行为。
思考题
1.论述我国自然资源所有权制度。
2.什么是自然资源规划制度？
3.什么是自然资源调查和档案制度？
4.什么是自然资源许可制度？
5.简述自然资源有偿使用制度。
6.试述我国自然资源有偿使用的形式。