1948年4月，李宗仁当选为中华民国副总统，本想大干一场，可是共产党领导的人民军队，已经在八年抗战中发展壮大，对国民党的战争，开始由战略防御转为战略进攻。
李宗仁在副总统的位置上坐了还不到半年，1948年9月12日，辽沈战役开始，这场东北野战军70万人围歼国民党军55万人的战斗，打了一个多月，至11月2日，以国民党军伤亡47万人结束。
随着国民党军队的大惨败，1948年11月6日，共产党又以60万解放军发起了对国民党军80万守军的淮海战役。这场战役打了二个多月，到1949年1月10日，以国民党军队伤亡、被俘55万结束。再接下来是1948年11月29日至1949年1月31日的平津战役，国民党军队损失52万人。
仅此三大战役，国民党军队损失过半，精锐主力大部被歼，在军事上大力支持蒋介石的美国人，对此十分不满。
1948年10月23日，司徒雷登向美国政府提出：“是否建议委员长退休，让位与李宗仁。”
为了达到此种目的，1949年1月17日夜，司徒雷登秘密来到李宗仁官邸傅厚岗，对李宗仁说：“现在，你要行动。假如在一周之内，蒋介石还不肯下台，那么，你就马上去武汉，在那里发表主张和平的声明，我们美国政府会立即表示支持。”
在美国政府与李宗仁的逼迫下，1949年1月21日，蒋介石宣布“引退”；24日，李宗仁宣誓就任代行总统职权。
从来是野心勃勃的李宗仁，终于如愿以偿，1949年1月22日，在他58岁生日后，终于当上了中华民国代总统。遗憾的是，留给他统治的民国，大势已去、风雨飘摇，面临覆灭的命运。
可李宗仁并不甘心，他从来是大难不死，一生几乎都在挑战困境，更何况这一次还有美国人的支持。对这次如何面对困境、化险为夷，李宗仁早在逼迫蒋介石下台时就有所考虑，此刻更是有了自己的打算。
1949年1月24日，刚登上代总统宝座的李宗仁宣布：“为着结束内战，我不得不诚心同共产党人举行和平谈判，以求和解。”
当然，李宗仁的“诚心和谈”，其实只是嘴上说说。他的骨子里，不过是想通过“和谈”争取时间，编练军队，等到长江涨水，造成军事上的优势，阻止人民解放军过江，实现“划江而治”即“两政府并存”的目的。
1949年2月25日，李宗仁从广州回到南京，亲自主持召开了国民党高级干部会议，安排“和谈”事宜。
“我们绝对不能让共产党以胜利者自居，强迫我们接受不体面的条件……我们不能同意建立以共产党为统治党的联合政府……我们不能全部接受所谓八条。而只同意在两政府共存的条件下讨论八条。”
李宗仁一面让他的代表提出，“和谈时期停止一切军事行动”；一面信心十足地对自己说，只要共军暂时停止军事行动，让我腾出手来，用3～6个月时间，就可以编练出150～200万新兵，造成军事上的优势，到时一定可以阻止共军过江。
说这话时，李宗仁已经派人在南京、浙江、江西、湖南、四川、台湾等地设立七个编练司令部，加速训练新兵。李宗仁认为，三大战役之后，解放军虽然已增至200万人马，但国民党军队经过调整补充，兵力仍可达350万人，况且其中还有10个师的美式装备，加上几十艘炮舰在长江上巡逻，足够阻止共军渡江。
1949年4月13日，国共两党代表在中南海举行正式会谈，共同磋商《国内和平协定》，李宗仁基于自己的考虑，他反对解放军渡江，拒绝在“协定”上签字，和平谈判宣告彻底破裂。
4月21日，毛泽东、朱德下达全国进军的命令，百万解放军，横渡长江。
4月22日，南京总统府里的李宗仁站在窗前，皱紧眉头听着南京城里不时传来几声枪响，看着有人拖家带口地走在人行道上，他长长地叹了口气，自言自语地说：“兵败如山、人心惶惶，大家都要走了！”
第二天一大早，李宗仁坐上“追云”号飞机，向广州飞去。没多久，他突然下达命令，让飞机去桂林。就在当天晚上，人民解放军攻占了南京。
桂林的漓江之滨，叠彩山麓中，有一个青灰色墙体圈围着的院落，旧式的两层楼房，青砖青瓦、古色古香的。庭院里，花木扶疏，洁净清雅。里面，住着李宗仁的原配夫人李秀文。
李秀文和李宗仁是同乡，比李宗仁大半岁，俩人1910件结婚。14年后，李宗仁再娶郭德洁。当时，广西允许一夫二妻，不分大小，平等相待的“平妻制”，李秀文曾与郭德洁一起在南宁相伴李宗仁。到后来，李宗仁转战南北，身边就只带了郭德洁。不喜官场酬酢的李秀文，只身寓居在这里。这一晃，竟又是20多年过去了。
李宗仁走进院落，见过老妻，一时百感交集。人生，真是一场梦啊！这么多年过去了，结发的妻子老了，自己也累了。他本想在这安静而美丽的院落里多呆些天。可是，作为代总统，外面的世界需要他，他要去继续组织国民党军队，进行最后的顽抗，看能否争取到一线生机。
可是，世事往往不由人。11月中旬，他大半辈子的老搭挡白崇禧，指挥的桂系部队大部被歼。李宗仁只好赶往重庆，可还没来得及喘口气，重庆又丢了，他又把政府迁往成都。眼见着解放军摧枯拉朽，势如破竹，李宗仁知道是不可能争取到生机了。
1949年11月20日，李宗仁以治病为名，从广西南宁飞到香港，随即又以向美国求援为名飞到了美国。
这一次，作为一个国家的代总统，李宗仁临走之前，仅给阎锡山一份电文：“仁以胃疾剧重，亟待割治，不得已赴美就医，以一个月为期，即当遄返，在仁出国之短暂时期，请兄把中枢军政仍照常进行，至于重大决策，尽可随时与仁电商。来电所云，似未明了仁之本意，特再电达，希仍就兄职权范围内处理一切。”
蒋介石知道这事后，大发雷霆，在21日的日记中写道：“德邻出国，既不辞职，亦不表示退意，仍以代总统而向美求援，如求援不遂，即留居国外不返，而置党国存亡于不顾。此纯为其个人利害打算，其所作所为，实卑劣无耻极矣！”
李宗仁携妻将雏到了美国后，在哥伦比亚大学长老会医院很快治愈他的十二指肠炎，在美国各处转悠，想找一个宜居的地方。
这时候，12月9日，由于卢汉、刘文辉、邓锡侯的起义，大西南几天内解放。“大势已去，无法挽回啊！”蒋介石感叹着，沉沉地下达命令：将“中央机构”迁往台北！
1949年12月10日，蒋介石父子，一边唱着“国歌”、一边走出成都中央军校大门。他俩眼含悲怆的泪水，来到凤凰山机场，由此飞往台湾。
后来蒋经国在回忆当时的情景时说：“飞机到了天空，俯视眼底大陆河山，心中怆然。”
到了台湾后，蒋介石企图继续经营他的王朝，可总统之位已给李宗仁“代”去。为有一个名副其实的名号，1950年1月20日，蒋介石让台湾“监察院”致电李宗仁，促其返台。言语之中，多指责。
“病体尚需休养，未能即返。”李宗仁复电，俨然“代总统”身份。完了再复电说：“赴美就医未废政务，接洽美援，仍可遥领国事。”
好一个“可遥领国事”，更是名副其实的代总统气派，似乎“国事”非他莫属。蒋介石看了，气得大声骂娘；赴台随员官兵，也愤愤不平；台北舆论，顿时大哗。
2月4日，《中央日报》、《中华日报》、《扫荡报》同时发表社论，纷纷抨击李宗仁，要求蒋“总裁”复出，“绾领国事，统率三军”。
对此，遥居美国的李宗仁给了居正一封信，说：“我并无恋栈之意，因为在代总统任内，名为元首，实等傀儡，尸位素餐，如坐针毡，早拟引退以谢国人。又何以迟迟不退呢？因为考虑再三，我若下野，依法由行政院代行职权，为时仅限三月。今既无法召开国大选举总统，则代理如逾三月法定期限，即为违宪。同时，我现正与美国接洽反共复国计划，美国虽对我政府现状、措施表示不满，然在其反苏政策下，并未放弃中国。我们宜以群策群力以图之，国家前途，尚大有可为。”
李宗仁自己躲在美国，却还不愿引退，又不愿让蒋介石上台；加上共产党的一路追打，如今正在调兵遣将欲攻台湾；而对蒋介石失望的美国人，此时又袖手旁观地等待他死去。
蒋介石若要硬做总统，就是违宪，这是他此时最不愿做的事情。因为李宗仁不愿放弃国家元首的宝器，蒋介石遇到了他有生以来最难堪的处境。正在这时，蒋介石接到驻美“大使”顾维钧的报告：
“李宗仁通过甘介侯与艾奇孙接洽，安排杜鲁门与李宗仁于2月21日晤面。李宗仁想游说杜鲁门，让他拿出政治家的眼光来，在经济方面全力支持李，让其团结海内外民主人士，回台着手改革，使蒋先生投鼠忌器，不敢过分阻挠。因李宗仁欲以元首身份见杜鲁门，依国际惯例，须预先通过使馆安排，顾大使请示办法。”
蒋介石听后，大吃一惊，一边指示大使馆应设法推迟李、杜之晤面，一边授命“监察院”再电李宗仁。指责他滞留美国，遥领国事，为此向“国大”提出弹劾。2月14日，国民党非常委员会委员联名致电李宗仁：
“同人等佥认为总统的统帅职权不可再虚悬，政府更不能处于危疑莫定之境。如我公能于立法院开会以前命驾返台，主持国政，实为衷心所祷。倘公届时实在不能返国，则同人等怵于时局艰危，群情殷切，惟有吁请总裁依照中常会三十八年十一月二十七日临时会议决议，继续行使总统职权。”
对李宗仁接到这最后通牒，躺在床上想了一天：“台湾现在已是蒋先生清一色的天下，他掌握了生杀予夺的绝对权力……在这局面下，我如贸然回台，则无异自投罗网，任其摆布。蒋的第一招必然是迫我‘劝进’，等他复正大位后，我将来的命运如何，就很难预料了。以蒋先生过去对我衔恨之深，我一旦失去自由，恐欲求为张汉卿第二也不可得了。”
这么想过之后，李宗仁28日复电说：“余出院后，即准备返国，嗣据医嘱，身体尚未完全复原，不能于此时遂作长途旅行。”
理由太无道理，情况如此，蒋介石哭丧着脸说：“倘若我去年初不下野，无论如何想象不到大陆各省会在一年之内断送干净。我下野的后果，终意如此，殊为痛心……现在国家情势危急非常，如果我再不负起政治军事的责任，在三个月之内，台湾一定完结。我出来之后，台湾可望确保。”
蒋介石决定不去管李宗仁，3月1日，在台北“总统府”宣布复行视事，并发表复职文告。
当天下午，美国白宫发表声明：国务院收到了蒋复职的正式通知，美国承认蒋介石为中国国家元首。
李宗仁没有正式辞职，也再没有辞职的机会，蒋介石把他的各种权力给剥得一干二净。李宗仁再无职权，只好退出政治舞台，在美国过了十六年的流亡生涯，过着孤寂封闭的日子。
1950年3月，蒋介石在台湾恢复“总统”职务。1954年3月，蒋介石正式罢免李宗仁“副总统”职务。
1965年7月，李宗仁耐不住孤寂封闭的日子，终于冲破重重险阻，7月20日，偕妻从美国回到北京。在机场上，李宗仁发表声明：
决定为完成国家最后统一做出贡献！
1969年1月30日，李宗仁肺炎在北京逝世。