康熙在祖母的关照下少龄继位，虽然器宇轩昂，却仍然是个羽翼未满的雏鹰，要担负起管理国务的全部重担则为时尚早。顺治遗诏授命索尼、苏克萨哈、遏必隆和鳌拜四大臣辅政。四大臣跪在先帝灵前信誓旦旦：竭忠尽智，不结党营私，上报先皇知遇顾命之恩责，下负辅佐幼帝政治之切望。四大臣跟随太宗南征北战，又是拥立顺治登基的元老重臣。多尔衮擅权时期虽对他们实行打击、笼络之能事，但他们坚不屈身依附，先后被革职、削爵和籍没家产，甚至险遭处死。正是上述经历，四大臣深得顺治和太后信赖重用，能以异姓臣子身份代替宗室诸王贝勒顾命辅佐幼帝康熙。
按照四臣辅政新体制，四大臣应遇事协商共议，奏事则一同进谒太皇太后和皇帝，待太皇太后决策口谕，皇帝上谕认可，再由四大臣拟旨颁布执行。新体制比起以往宗室诸王辅政和摄政王专制来说，虽然杜绝了宗室觊觎、争夺君位的弊端，但四辅臣内部权力均衡局面一旦被打破，就会形成异姓重臣架空皇权、独断专行的局面。鳌拜即借此体制的隐形缺陷擅执朝纲，甚至图谋不轨。
瓜尔佳氏鳌拜，满洲镶黄旗人，清朝开国元勋费英东的侄子，曾随太宗转战满蒙，远征朝鲜，略地山海关内外；顺治时期随大军定鼎北京，南征湖广、四川等地。他门第显赫，战功卓著，从一个小小的护军校青云直上，位至世袭二等公爵，领侍卫内大臣衔，有免死两次的特权。这些政治资本更兼善玩权术，使他野心勃勃，骄横跋扈，人多畏惮。辅臣中的四朝元老索尼年迈多病，对制止鳌拜专横已力不从心。遏必隆与鳌拜同属镶黄旗，利害攸关，加之为人庸懦，胸无主见，对鳌拜言听计从，随声附和。只有苏克萨哈敢于顶撞鳌拜，但他虽然位居鳌拜之上，战功、资历与门第皆逊于鳌拜，而且又与索尼素有嫌隙，因此在辅政诸臣中常处于孤掌难鸣的境地。这样，鳌拜凭借自己在四大臣中的优势地位，大权独揽，广植亲信，不断地扩充势力，架空康熙，为其专政篡权铺路。每遇政事有九卿会议，他们便从中操纵，以其私议上奏，甚至发展到拦截奏章，阻塞康熙与臣工之间的联系，有时竟达到咆哮朝堂，威逼康熙按其私意处理政事的地步。
鳌拜执意更换八旗领地和阻挠康熙亲政，这两件事情对康熙刺激很大，促使他决心除去鳌拜。后来，鳌拜的野心更是进一步膨胀，曾拉拢苏克萨哈一起干预朝政，遭到拒绝后撺掇其身后的狐群狗党威迫康熙下旨绞杀了苏克萨哈和其家族余人。
索尼和苏克萨哈死后，朝政大权尽归鳌拜之手。有着丰富弄权经验的鳌拜自知与康熙的矛盾冲突将势不可免，所以也在暗中准备，伺机而动。他常常托病不朝，企图激怒康熙，以便寻找废立借口。康熙亲政不过是名义罢了，心中不满，尚须深衔韬光，他知道除去树大根深的鳌拜殊非易事，若不稳住鳌拜这只尖牙利爪的恶虎，不但“熊”会被吃掉，搞不好，自己这条“龙”亦将被咬死。所以，康熙外柔内刚，秘密筹划除去权奸的一切准备工作。由于鳌拜曾任过领侍卫内大臣，宫廷侍卫多受鳌拜影响，而且在鳌拜转任辅臣之后又将其子那哮佛安插在领侍卫内大臣任上，对宫廷侍卫控制甚严，康熙的一举一动都在鳌拜的监视之中。因此，康熙从各王府挑选百名亲王子弟组成“善扑营”，既做他的亲身护侍，又做他摔跤弄棒、玩少年游戏的陪伴，不到一年时间就训练得个个武艺精强。鳌拜却以为皇上年幼贪玩，对此并未放在心上。
康熙的表面文章做得天衣无缝，与鳌拜算总账的前夕，他不断地赏赐鳌拜，并晋封其为一等公爵。当鳌拜的亲信向鳌拜反映皇上近来的态度似乎有些反常，不像往日那样向他们发脾气时，鳌拜先吃一惊，紧接着则喜上眉梢。他分析了形势以后认为：他在朝廷上下党羽众多，康熙未动他们半分毫毛；宗室诸王一向看鳌拜的眼色行事，未见他们有异常表现；鳌拜控制着镶黄旗军队，却不见皇上在八旗调兵遣将；内廷侍班底基本未动，那些乳臭未干的毛孩子难道能把他这个武艺精强的疆场老将怎么样？再联系皇上最近对他问候和加封赏赐，他得出结论：康熙慑于他的淫威已经屈服了，今后他将玩弄康熙于掌上！
鳌拜想错了。康熙以下棋为名，诏索尼之子、自己的叔丈索额图进宫秘密商讨了制服鳌拜的具体方案。为了确保万无一失，康熙事先将鳌拜的亲信党羽陆续差遣出京，然后即召集善扑营健儿，朗声发问：“你们惧怕皇上还是鳌拜？”他立刻听到一片整齐洪亮的童音：“独畏皇上！”少年康熙威严的神色中露出一丝笑意，转瞬间就消失了。代之而来的是两道健儿们从未见过的目光，它似乎要扭转乾坤，带给他们从未有过的信任和鼓舞。
康熙八年（1669年）五月十三日，康熙召鳌拜单独进宫议事。鳌拜像往常一样昂首进宫，只见康熙端坐御椅上，身旁排列着威风凛凛的少年侍卫。鳌拜一看大事不好，便故伎重演，先发制人，高声问道：“皇上宣臣进宫，所议何事？”按照他的想法，这个娃娃皇帝一定会慑于他的气势，和往常一样地礼遇三分。不料康熙冷笑一声：“鳌拜，你可知罪？”未等鳌拜分辩就将手中茶杯摔地，大喝一声：“侍卫何在，还不拿下这个奸贼！”小侍卫们一拥而上，七手八脚就制服了这个平日骄横跋扈、不可一世的枭雄。紧接着，康熙谕令议政王大臣革拿鳌拜余党。几天以后，康亲王杰书奉命审讯了鳌拜，公布其结党营私、欺君专权、妄杀无辜等30多条罪状，依律本当问斩。康熙念其当年救护太宗有功，且效力年久，赦免死罪，革职削爵，籍没家产，囚禁终生。同时，将罪大恶极的鳌拜亲信死党班布尔善、济世等八人处斩绞决，其余则革职、降级、调任者不等。又为被鳌拜集团杀害的苏纳海、朱昌祚、王登联、苏克萨哈等人平反昭雪和追谥。以后，康熙对各级大员进行人事大换班，颁布《圣谕十六条》。所有这一切，都是要在思想上、组织上清除鳌拜的恶劣影响，切实保证康熙亲政后诸项政策法令的贯彻执行。
年仅16岁的康熙一举歼除鳌拜集团，又能妥当地处理善后事宜，充分显示出他的睿智超群和勇毅绝伦。然而，倘与日后康熙向世人展现的施政才华和人格魅力相比，亲政除奸尚不过牛刀初试耳。