顺治入关以后用兵中原和江南，巩固后方，民族英雄郑成功则驱逐荷兰殖民军，将台湾作为反清复明的基地。康熙元年（1662年），郑成功壮志未酬，暴病身亡。到清廷平定三藩时，台湾郑氏集团内争不已，政局动荡，数易其主，势力衰落，不但在福建沿海不能立足，且在台湾岛内惶惶不可终日。
郑氏集团在台湾的存在一直是清政府安定东南海疆的大障碍。康熙曾对其实行剿抚并用策略。在三藩之乱以前则以抚为主。康熙元年至八年（1669年），清廷先后4次派人与郑经（郑成功长子）通信会谈。郑经凭恃海峡天险，仍自成独立王国，不登岸、不剃发、不易衣冠。平定三藩期间，清廷又派人数次与郑经和谈。康熙十九年（1680年），贝子赖塔致书郑经，许诺郑“如朝鲜故事”，是否称臣纳贡，均听自便，只是以后不要再骚扰沿海，荼毒百姓。郑经报书接受，唯请留海澄为双边贸易公所。清不准，双方和谈再无进展。
康熙二十年（1681年），郑经病逝，郑氏嗣位之争复起，经内讧厮杀，由郑次子郑克塽继位。时三藩乱平，康熙接受福建总督姚启圣等人的建议，决定乘台湾郑氏内乱之机，武力收复台湾。
政策已定，但选择挂帅出征的主将却成为当务之急。姚启圣多次向康熙保举投诚过海的郑氏旧部、现署理福建水师提督施琅。由于施琅子侄正在台湾供任军职，清廷对施琅心存猜忌。康熙力排众议，于康熙二十年七月郑重任命施琅为福建水师提督、加封太子少保，统帅征台之师。施琅不仅是员出色的将才，而且很有政治谋略。他深知朝中对征台之举意见不一，对他出任征台主将持怀疑态度者为数不少，这些都极有可能影响他和康熙的关系并最终影响征台军事行动。于是，他在受命伊始就上书奏请派内廷侍卫随军监征。后来的实践证明，施琅的见解和做法是非常明智的。侍卫是皇帝的亲信，他的随军行动对加强前线与首都的联系，对施琅及时获取康熙的指示和理解，对调处施琅和福建地方大员之间的关系起了重要的沟通平衡作用。这种作用是不可替代的。
施琅上任以后立即整顿器械战船，训练水师。为了等待有利时机，出征时间一拖再拖。康熙对此颇为不满，而且在具体军事行动计划问题上，施琅又与总督姚启圣发生意见分歧。在这种情况下，施琅三次上奏康熙，要求授予他专征大权，极言：“澎湖不破，台湾无取理”，若得澎湖则台湾不攻自溃；“请以战舰三百，水师二万，（琅）独往讨贼，而留督臣（启圣）于厦门济饷”。由于随军监征的侍卫内大臣吴启爵从中疏通，康熙考虑到海宽浪急，征台难度确实很大，而施琅不但熟悉台情水路，他整训水师的成绩证明，他也是不可多得的水师战将。因此，康熙遂任人不疑，同意了施琅的军事计划，并授以专征大权，可会同监征侍卫便宜行事。
台湾郑氏得知施琅出任福建水师提督后，也加强了戒备。对于台湾的门户——澎湖列岛，施琅通过情报系统，对澎湖貌似戒备森严、守如铜墙铁壁、固若金汤，实则军民离心、外强中干的情况洞若观火、了如指掌。
康熙二十二年（1683年）六月，施琅率20000多名官兵，分乘230多艘战舰直捣澎湖列岛。适值台风夜发，舰队前锋漂散，被敌船包围。激战中，提标右营游击蓝理被头炮击中，肠流出肚，稍加包扎即投入战斗。施琅也被弩矢射中眼睛，血流满面，然而，他仍奋不顾身，指挥舰队突围。初战失利，施琅及时吸取教训，分兵三路，战术上，每路各分三队，不列大阵，唯以5舰组成一个小的作战单位，互相配合，攻敌一船，称为“五梅花”战术。战斗从清晨持续到傍晚，矢石如雨，炮火连天，声震百里，焚敌舰190多艘，刘国轩几乎全军覆没，仅携随从数人乘小艇逃向台湾。
清军攻克澎湖即打开了取台门户，施琅乘胜进军台湾鹿耳门。此处滩浅，清军舰队游弋海面20多天不得靠岸，施琅正在焦急之间，突然，大雾弥漫，狂风刮起，浪涌潮涨，施琅不失时机地指挥舰队冲过海滩，开进鹿耳门。困守台湾的郑克塽大惊失色，哀叹道：“先王得台湾，鹿耳门（潮）涨，今复然，天也！”遂遣使议降。
康熙接到降表，认为许诺郑氏投降，可招抚郑氏部下，免其流窜他方作乱。因此，他决定对归顺的郑氏大小官员善待安置。康熙的招降谕旨消除了郑克塽的最后疑虑。八月十八日，郑克塽、刘国轩、冯锡范（郑克塽侍卫大臣）奉前明“延平郡王”和“招讨大将军”金印两颗以及台湾、浙江、福建的地图、户籍、府库军粮册簿向施琅投降，清军在鼓乐声中开上台湾岛。至此，长期分裂海外的台湾宝岛又一次回归祖国。
为了表彰施琅收复台湾之功，康熙赐封他为定海侯，赏三眼花翎顶戴。康熙对出生入死的蓝理进行了特别嘉奖，诏至御前，亲自看视伤口，把盏劝酒、君臣双双动容落泪。康熙转身接过内侍呈递的四宝，奋笔疾书刚劲浑厚的“所向无敌”御字横幅赐给蓝理，凯旋庆功宴达到高潮，在一片万岁声中降下帷幕。
郑氏依照谕旨受降条件投降后，康熙实践诺言，诏封郑克塽为靖海侯，令其移驻京师，籍隶汉军，晋一等公；刘国轩、冯锡范等以下大小属员官兵各分封官爵，划拨官房土地，妥善安置。
消灭了台湾郑氏集团，清廷又围绕台湾的弃守问题出现了意见分歧，廷议结果竟以台湾孤悬海外，藏污纳垢，不若内迁台民，放弃台湾，专守澎湖诸岛。内阁大学士李光地竟认为荷兰人帮助攻击东南沿海郑氏势力有功，主张将台湾赏赐给荷兰，令其世守输贡，以示天朝恩威。康熙否决了李光地等大臣的诸多建议，决定设立台湾府治诸罗、凤山、台湾三县，直隶福建布政使司；以后加设彰化县和淡水、澎湖两厅，及巡台使，旋改为兵备道，派总兵率军8000人驻守台湾。这些措施加强了清政府对台湾和东南海疆的防务、治理和开发，促进了台湾社会与经济文化的发展。