嘉庆八年（1803年），皇帝在自己的家门口遇刺了。谁也没想到凶手居然是一个八竿子也戳不着的平民百姓陈德（一说成得或成德）。
陈德一生被压在社会的底层，跟官服役，饱尝人间辛酸，亲眼看到了皇宫贵族的腐朽生活，更加认识到社会的不公平，从而激发了反抗情绪。恰逢他被主人解雇，断绝了一线生路，“心里愈觉气愤”。又看见街上以黄土垫道，得知嘉庆二十日斋戒回宫，决心届时进宫谋刺皇帝，他打算“犯了惊驾之罪，必将我乱剁死，图个痛快，也死个明白”。
这天早晨，陈德怀揣小刀，带着年仅15岁的儿子陈禄儿潜赴神武门，隐蔽在西厢房南山墙后，只等嘉庆的到来。不久，皇帝在大队人马的簇拥下进了神武门，下轿后正待步行至顺贞门时，陈德猛地冲出，手持小刀，直扑嘉庆。
这突如其来的袭击，吓得嘉庆皇帝匆忙逃入顺贞门，不敢回视一眼。守护在神武门内东西两侧的100多名侍卫、护军，个个竟呆若木鸡。只有御前大臣定亲王绵恩、乾清门侍卫丹巴多尔济等数人上前拦挡捉拿。
皇帝以失察的罪名，把护卫守候在神武门和东华门的17名文武官员分别给予罚俸、发往热河披甲当差的处分。
后来，紫禁城又发生了一件遇袭的事。
话说天理教属于白莲教支派，是京畿大兴县人林清和河南滑县人李文成、冯克善等联合成立的一个民间秘密宗教。基本教众是贫苦农民和小生产者，也有少量的小地主和下层官吏入教。
嘉庆十六年（1811年）秋天，西北天空出现彗星。钦天监说这象征着会有战争，于是报告嘉庆将嘉庆十八年闰八月改为十九年闰二月。天理教教徒因此附会说，闰八月不吉利。又因为天理教的经书中有“二八中秋，黄花落地”之说，于是天理教教徒更将其神秘化，说根据星象应在九月十五日午时，乘嘉庆去木兰秋狝时，占领京城。
嘉庆十七年（1812年）正月，各地教首聚会于滑县的道口镇，决定“以十八年九月十五日午时起事”。嘉庆十八年（1813年）八月底，由于滑县天理教铸造军械机密失泄，李文成被知县强克捷逮捕入狱，打断双腿。李文成的党羽因为事情紧急，没有等到约定的期限，就在九月初七那天聚众3060多人，一举攻下滑县城，救出李文成等人，提前造反，知县强克捷被迫自杀（一说被杀）。
直隶的长垣、东明，山东的曹县、定陶、金乡等县同时起来杀死官员，包围县城，成功拿下曹县与定陶县城。嘉庆在途中听到造反的消息，当即命令直隶总督温承惠派兵前去镇压。由于清军的堵截拦阻，起义队伍未能迅速北上。
而林清此时在北京，对滑县之变毫无所知，仍然按照原定计划进攻紫禁城养心殿。此时，正在上书房读书的皇次子旻宁（即后来的道光帝），闻变戎装上阵，登城垣，“发鸟铳殪之，再发再殪”。皇三子绵恺紧随其后，冲到苍震门，也发枪射击。午后，留京的礼亲王昭琏等人带兵由神武门增援，又临时将准备派往滑县镇压李文成起义的1000多名火器营官兵调入宫内狙击起义军，终把这一小支起义军镇压下去。
嘉庆帝正在热河围猎。闻讯后，曹振镛劝嘉庆一定要保持冷静，内阁大臣董诰极力请求嘉庆回京，甚至掉了眼泪（这就是“庸庸碌碌曹丞相，哭哭啼啼董太师”的由来）。嘉庆马上启程回京，并派吏部尚书英和先行处理善后事宜。
十八日，嘉庆帝草拟了“罪己诏”，哀叹这次“变生肘腋，祸起萧墙”，实为“汉唐宋明未有之事”。然后说：“旻宁系内廷皇子，在上书房读书，一闻有警，自用枪击毙二贼，余贼始纷纷潜匿，不敢上墙，实属有胆有识。朕垂泪览之，可嘉之至，笔不能宣。宫廷内地，奉有祖考神御，皇后亦在宫中。旻宁身先捍御，护保安全，实属忠孝兼备，著加恩封为智亲王。”
十九日，嘉庆帝回到北京，诸王大臣迎驾于朝阳门内。皇帝感慨地说：“我大清以前何等强盛，今乃至有此事！”众大臣也都呜咽痛哭。
这次起义使清朝的最高统治者第一次认识到，自入关170年来，清朝的统治已经开始潜藏着巨大的危机。嘉庆回宫后颁布“罪己诏”，承认这次起义“祸积有日”，但又把“当今大弊”归因于“因循怠玩”四字，同时声称要把起义者斩尽杀绝。
九月二十三日，嘉庆亲往中南海丰泽园审讯了林清和太监刘得财、刘金。廷讯开始，嘉庆先命将刘得财、刘金二人带来，斥问为何“萌此逆谋”，并将二人夹打后处决。接着提审林清，林清在重刑面前毫无畏惧，坦然承认此次进攻紫禁城的目的就是要把皇帝赶回关东。
嘉庆皇帝在遇到上述两次变故之后，为了吸取教训，防患于未然，决定加强京师特别是紫禁城的防卫措施，以保证“大内”更加“固若金汤”。他的主要措施是：严密保甲法；搜缴1000本“奸盗邪淫”书籍，披阅后于殿廷烧毁；对太监严加管束，禁止随便走出紫禁城；不准八旗宗室、旗人居住城外；在京师城内及紫禁城、圆明园增设哨卡，添置、整修防御工事和设备，增加驻防军队；严格紫禁城内值班大臣的交接班制度；等等。
十月，嘉庆将温承惠撤职，派陕甘总督那彦成取代。那彦成、杨遇春到达卫辉，攻打道口，将道口占领了。同时山东运使刘清、代理直隶总督章煦也把境内“教匪”肃清。而滑县城墙坚固，粮草充足，一时攻不下来。那彦成便与工部侍郎护军统领庆祥、陕西提督杨遇春、西安将军穆克登布、副都统富僧德、徐州总兵徐洪率领各路人马围攻滑县。十一月，李文成出走辉县司寨，想招集党羽，扰乱官兵后方，但被总兵杨芳追上，便放火自焚。十二月滑县县城被攻下，活捉“教匪”牛亮臣等人，将他们处死。
三省刚刚平定，陕西南山木商的工匠又因饥饿而罢工、抢劫，聚众数千，将城镇焚毁。巡抚朱勋向嘉庆报告“教匪”再度闹事，嘉庆命令长龄、杨遇春率兵前去镇压。
以后各地又陆续发生多起起义暴乱。