载湉为嗣皇帝，是慈禧太后最理想的，也是最适当的选择，从载字辈而论，载湉具备的对她有利的因素，是宗室中其他人所不能及的。而且之所以选小载湉入宫为嗣皇帝，是因为慈禧想永远成为主宰朝政、驾驭皇帝的太上皇。慈禧太后控制政权的希望全寄托在载湉身上，因此，小载湉入宫以后慈禧太后关怀备至，调护教诲，耗尽心力，力图培植起同皇帝的特殊感情。从某种程度上说，童年时代的光绪皇帝是慈禧太后的宠儿。
从载湉进宫以后，她一再嘱咐宫里的太监和宫女，必须教导光绪称她“亲爸爸”。从小皇帝对慈禧太后异乎寻常的称呼中也可以看出她对载湉的宠爱程度。这位满洲贵族中的女强人，其性格非常特别，她一心想当统治中国的大清皇帝，因之也就一心想做男人。并且时常很骄傲地说，她把大清帝国统治得非常出色，绝不逊于任何一个男性的统治者，如今有人可以叫她“亲爸爸”了。后来这个称呼便始终沿用着，直到光绪长大成人，还是叫慈禧为“亲爸爸”。
光绪虽说是“一国之主”，但朝中的一切，事无巨细悉归慈禧一人掌管。慈禧执意要把他铸成一个随她任意摆布的傀儡皇帝，对他的管教非常严格。光绪每天都要到慈禧面前跪着请安，慈禧不叫他起来，他就一直跪在地上，头也不敢抬。他惧怕慈禧“谈后色变”，慈禧一直不愿放弃权力，迟迟不让光绪亲政。经过12年的少年皇帝生活，16岁的光绪已经长大成人，皇帝亲政之事，已然不能再拖。光绪十二年（1886年）六月初十，慈禧皇太后很不情愿地下了一道懿旨：“前因皇帝冲龄践祚，一切用人行政，正大臣不能无所秉承，因准廷臣之请，垂帘听政。本日召见醇亲王及军机大臣、礼亲王世铎等，谕以自本年冬至大祀圜丘为始，皇帝亲诣行礼，并著钦天监选择吉期，于明年举行亲政典礼。”醇亲王奕这个人很有城府，揣测出了慈禧的心思，便想出一个请皇太后“训政”的主意。于是他找到礼亲王世铎商定后合奏，“恳请皇太后训政数年”。慈禧太后看了奏折，正合心意。六月十五日，慈禧就下了一道懿旨：“归政后当永照现在规制；凡宫内一切事宜，先请懿旨，再于皇帝前奏闻，俾皇帝专心大政等语。念自皇帝冲龄嗣统，抚育教诲深衷，十余年如一日，即亲政后亦必随时调护。”这道懿旨发下后，大家就都知道慈禧太后的真正想法了，其他王公大臣也纷纷跟着上奏折吁请太后“训政”数年。慈禧太后就假装很不情愿似的，发布懿旨说：“既据诸王大臣等再三沥恳，何敢固持一己守经之义，致违天下众论之公。勉允所请，于皇帝亲政后，再行训政数年。”于是，慈禧不但获得了归政的好名声，还使实权仍然在握，可谓一举两得。
光绪皇帝亲政、皇太后训政的局面又维持了两年：到光绪十四年（1888年）时，皇帝已经18岁了，无论怎么说，慈禧太后都必须把政权交给皇帝载湉。她在懿旨中只好说：“前因皇帝甫亲政，勉允臣工之请，训政数年。两年以来，皇帝几余典学，益臻精进，于军国大小事务，均能随时剖决，措置合宜，深宫甚为欣慰。明年正月大婚礼成，应即亲裁大政，以慰天下臣民之望。”也就是决定在光绪大婚之后归政。
皇帝大婚，挑选皇后极为重要。由于光绪是嗣咸丰皇帝、兼祧同治皇帝而即位的。光绪未来的皇子，是同治皇帝的当然继承人。为了更有效地控制光绪帝，慈禧太后把都统桂祥之女叶赫那拉氏塞给光绪帝做皇后。慈禧太后不经光绪皇帝本人同意，就在懿旨中说：“皇帝寅绍丕基，春秋日富，允宜择贤作配，佐理宫闱，以协坤仪，而辅君德。兹选得副都统桂祥之女叶赫那拉氏，端庄贤淑，著立为皇后。”而桂祥恰恰是慈禧的亲弟弟。这样，皇帝是慈禧太后妹妹的儿子，皇后是慈禧太后弟弟的女儿，而未来的皇子又是慈禧太后亲生儿子同治皇帝的当然继承者。这些人都与慈禧太后叶赫那拉氏有直接的关系，这一巧妙的安排，使慈禧牢牢地把权力握在自己手中。
光绪十五年（1889年）正月二十六日册封叶赫那拉氏为皇后。二月三日，慈禧太后归政，光绪帝开始亲理朝政。
亲政后的光绪帝迫切希望了解世界情况。光绪十六年（1890年），驻美公使张荫桓自美归国。光绪急切召见他，询问国外情况。他又索取驻日公使参赞黄遵宪的《日本国志》，日本的明治维新给他留下了很深的印象。光绪帝还读了冯桂芬《校邠庐抗议》，萌发改变中国积贫积弱状况之志。
在光绪蠢蠢欲动时，朝廷内部逐渐形成两股政治势力、两个政治集团，这就是“帝党”与“后党”。早在光绪十年（1884年）中法战争期间，慈禧同奕合作，将以恭亲王奕为首的五位军机大臣（奕、宝、李鸿藻、景廉、翁同龢）全部罢黜，代之以才能平庸的礼亲王世铎和孙毓汶、额勒和布等人。这一年为甲申年，史称为“甲申易枢”。此后，“帝党”与“后党”在朝中逐渐形成。他们在重大朝政上，都进行激烈的争论。