对于“耐”字的妙用，曾国藩则有深刻全面的体会。作为一位身在官场的读书人，曾国藩不可避免地会遇到大量不想做、不愿做、不屑做、但却不得不做之事，官场的繁琐应酬与扯皮因循常令他厌烦，曾国藩曾与这种官场习气做过针锋相对地斗争。但事实证明，这种习气绝不是几个人所能改变的。几经挫折的曾国藩逐渐从中悟出了官场生存之道，那就是一个“耐”字。
任京官时，曾国藩尽管还未在实践上养成高深的“耐”字功夫，但十年的京官生活，却也使好学深思的他在理论上形成一番对“耐”的高见。
曾国藩将“耐”分为“耐冷”“耐苦”“耐劳”“耐闲”四个方面，分的细致全面。曾国藩对“耐”字的深刻理解，是在长期的从政、治学生涯中获取的。曾国藩之所以极力强调“耐”在治军、从政、为官领域中的作用，是因为他认识到军事、政事都是极为繁琐细碎、直接具体的。好高骛远、志大才疏的人往往不耐烦，易轻率，爱放言高论，不惯细致躬行，尤其是在事机棘手之际，往往更是沉不住气，因而往往坏事。
曾国藩正是从繁巨和艰难的军事、政治斗争中磨练出其“耐”性及对“耐”字的深刻认识。
在与太平军的军事斗争中，曾国藩常常占不到便宜，尤其在初期，几乎屡战屡败。靖港之败、湖口之败中，曾国藩情急之下，皆欲投水自尽，都被部下所救。江西受困、祁门遭围时，曾国藩心胆俱碎，魂梦屡惊，以至写下遗嘱。但他都顽强地咬牙挺了过来，迎来了转机。曾国藩所以能够如此，正在于他那咬牙坚挺的“耐”性。
曾国藩还以自己的亲身经历和感受告诫正处于战事棘手之际的曾国荃，身处逆境时，不必怨天尤人，那不是好汉的做法，真正的好汉是牙齿被打落了也不吭一声，和血吞之，要咬牙忍耐，徐图自强，去迎接对自己有利的转机。
同治四年（1865年），曾国藩奉命剿捻，针对捻军以骑兵为主、行动迅捷的特点和僧格林沁追剿败亡教训，曾国藩逐步确立了“河防”的战略。次年六月十四日，曾国藩在徐州与刘铭传商定了“河防大计”，计划利用自然河道把捻军的活动限制在一定范围之内，进行分段防剿，进而消灭。具体内容是把他的部队与地方势力配合，分守黄河、运河、沙河与贾鲁河、淮河，把捻军困于黄淮之间的狭窄地带，加以歼灭。运河防务，由他与漕运总督吴棠、山东巡抚阎敬铭分守；潘鼎新、刘秉章两军相配合；黄河的防务，则由直隶总督刘长佑、山东巡抚阎敬铭分守；西线的沙河、贾鲁河防务，曾国藩调集鲍超、刘松山、张诗日、刘秉章、杨鼎勋五军，配合河南巡抚李鹤年一同防守；沙河、准河一线则调刘铭传、张树珊与豫、皖地方军队配合防守。
六月中旬，张宗禹一部在河南西华、上蔡与湘军刘松山、张诗日两军相遇。双方激战7日，捻军损失约6000人，这是自曾国藩率军北上以来的第一次大仗。曾国藩十分高兴，打算利用“河防”之策调集人马，把捻军歼灭在贾鲁河以西、沙河以南地区。但由于湘淮各军分兵防守，战线太长，一时间很难集中，张宗禹、赖文光、任化邦、牛宏升四军已往河南许州、禹州一带会合。捻军看破了曾国藩的阴谋，于八月十六日夜间对河南抚标营发动攻击，很快突破防线，于开封城内越过壕防东去，进入山东。
一些人认为曾国藩放弃了“河防大计”，改用追击堵截战术了，也就认为“河防”之策宣告大败。于是朝野内外又开始对曾国藩不满，他的敌对势力则借故大肆攻击。御史阿凌阿等多人上疏弹劾曾国藩“剿捻”无方，要求撤去曾国藩的两江总督之职，收回钦差大臣之命，清政府也深怪曾国藩与捻军作战一年有余，未见实效，也连发上谕，严厉斥责。
面对皇帝的严责，曾国藩只得以身体欠佳为由，上疏太后、皇上，请开缺办大学士、两江总督，另派钦差大臣接办军务，而自己并不准备离开战场，仍要以“散员”身份留在大营内，协助办理事务。然而，由于各方面的原因，他终于没能留在军营，仍以全盘失败的结果回任两江。
他的学生李鸿章接任后，一开始也对其“河防”政策不以为然，轻兵四出，结果部下郭松林、张树珊、刘铭传、彭毓橘等大将接连遭败，张、彭战死，对李鸿章产生了极大震动，使他认识到老师策略的正确。此后，李鸿章拒绝任何建议，顶住舆论压力，坚持“河防之策”，把捻军困在黄河、运河、大海之间的狭窄地带，使其马队无法施展特长。赖文光、任化邦的东捻军首先被歼；张宗禹领导的西捻军还军东救，也被阻于黄河、运河、徒骇河之间，为清军歼灭。
捻军的最终失败，仍败于曾国藩制定的“河防大计”。曾国藩知道自己的失败不在于剿捻的战略失误，而是另有原因。其中主要是清政府不愿把剿捻之功再授予这位已扑灭了太平天国的大功臣，以免功劳太高，将来难以驾驭。事后，曾国藩总结失败的教训时，也承认自己仍有“不耐烦”之处，其中主要是指没有处理好与河南地方大员的利益关系。在读书治学上，曾国藩也有一“耐字诀”，即要以字句为基础，不弄明白绝不罢休，切忌好高骛远，以速取胜。
曾国藩认为，学问来自于一点一滴的积累，不可速求：“求速效必助长，非徒无益，而又害之。只要日积月累，如愚公之移山，终久必有豁然贯通之候；愈欲速则锢蔽矣。”
曾国藩的“耐”字中有“困知勉行”，努力发奋的意思，只要能熬得住，打得通，便是好汉，便是成功。同治五年（1866年）正月，他在给正在练字的儿子纪鸿的信中说：
“尔不可求名太骤，求效太捷也……困时切莫间断，熬过此关，便可少进。再造再困，再熬再奋，自有亨通精进之日。不特习字，凡事皆有极困极难之时，打得通的，便是好汉。”
有人看书总是贪多求快，今天拿本书来乱翻几页，明天又翻开一本书浏览几行，结果功夫花了不少，知识却学得零零碎碎、不成系统，这也是缺乏“耐”心的表现。
曾国藩的治学“耐字诀”还可有一形象的比喻。他说：
“子思、朱子言为学譬如熬肉，先须用猛火煮，然后用慢火温。”这里的“熬肉”、“慢火温”都是耐字功夫。对于志向远大、心浮气躁、抱有极强的救世使命感的人来说，现实世界中充满了太多的黑暗和不如意。他想去改变，想去拯救，但书生的意气又使他在许多方面与这个世界格格不入，志大才疏的他不仅难行救世之志，别人不买他的账，他自己却气愤难平，结果言语行事更走极端。这当然更不能改变他与周围社会的关系，自己的救世之志更加难以实现。
受重用署理两江。
正当曾国藩全力围攻安庆的时候，天京战局发生了重大变化。拜上帝会的最早成员之一、洪秀全的族弟洪仁玕从香港辗转来到天京。洪秀全此时正感到身边无人，洪仁玕的到来令他万分高兴，遂封之为干王，总理朝政。1860年初，为解天京之围，忠王李秀成、英王陈玉成等太平军将领策划了一场大的军事行动。李秀成率兵由苏南入浙，大兵猛压杭州。浙江巡抚罗遵殿慌忙向江南大营统帅和春求援。和春派总兵张玉良带兵二万，由江宁赶赴救杭州。张玉良刚走到半路，李秀成突然率兵北上，猛扑江南大营。此时，陈玉成也率兵强渡长江，两军会合。数日之内，连破江南大营外围要地，将江南大营紧紧包围起来。和春、张国梁拼死抵抗。九昼夜的激战过后，江南大营彻底瓦解。和春、张国梁仓皇逃出，太平军乘胜追击，接连攻下苏州、常州。和春自缢，张国粱落水而死，江苏巡抚徐有任自杀，两江总督与其他江苏官员逃往上海，一时形成了树倒猢狲散的局面。江南七万绿营全军覆没，清政府在南方的绿营武装已基本瓦解，再也没有力量组织对天京的包围了。
江南大营的覆灭对清政府来说是个沉重的打击，让湘勇出力、绿营兵坐收渔利的想法彻底破灭。从此，只得一心一意依靠湘军剿灭太平天国了。
这样的消息对清政府来说，几乎是晴天霹雳，但对曾国藩来说，这无异于“天助我也”。他和幕府得知这一消息后，欣喜万分，左宗棠、李鸿章、胡林翼等人无不倍感欢欣鼓舞，认为自己的出头之日已到。
事实证明也是如此，原两江总督何桂清逃走之后，咸丰一怒之下将其革职，后来由肃顺推荐了曾国藩。咸丰皇帝下诏令曾国藩为两江总督，速往江苏署理两江事务。肃顺精明干练，魄力宏大，敢于重用汉人。他认为要想剿灭太平天国，就必须依靠胡曾这帮汉人，所以无论是曾国藩，还是胡林翼、骆秉章等汉人，他们之所以能够得到皇上重用，都与肃顺的极力保荐分不开。曾国藩第一次墨绖出山就曾深得肃顺的推荐，现在又仰仗他登上两江总督的宝座，这对于苦于得不到抚督大权而苦恼的曾国藩来说，真可谓是莫大的恩典。因此，曾国藩从心底感激肃顺。然而，一向以老成持重著称的曾国藩并没有因一时的冲动与肃顺有任何私下联系。后来慈禧太后发动宫廷政变，处死肃顺时，从肃顺家中搜出许多阿谀追随的信件，其中独独没有曾国藩的，这使慈禧大为感叹。因此，曾国藩在慈禧掌权时期，仍能得以重任。
就在曾国藩总理两江不久，胡林翼又上奏皇上，保奏左宗棠。
左宗棠本来在湖南巡抚骆秉章的幕府中充任幕僚，很得骆秉章的信任，骆秉章对他可以说是言听计从。每次骆秉章的部下向他请示汇报工作时，他总是令其问“左师爷”去。因此，湖南官场对左宗棠是唯命是从，把左宗棠“敬若神明”。左宗棠本来就恃才傲物、狂妄自负，这一来就更加目中无人。有一次，署理湖南提督、永州镇总兵樊燮（xiè）找骆秉章议事，向骆秉章行完礼后，见左宗棠也在座，于是就向他行了一揖，问了声“左师爷”好，然后落座。左宗棠见樊燮未向他行跪拜大礼，心中极不高兴，厉声责问樊燮说：“湖南武官，无论大小，见我都要请安，你为何不向我施礼请安？”樊燮也颇恼怒，大声反驳道：“朝廷体制并未规定武官要向师爷请安，武官虽轻，也不比师爷贱。何况樊某乃朝廷任命的正二品总兵，岂有向一个幕僚请安的道理。”左宗棠一时语塞，勃然大怒，破口大骂，从椅子上跳起来，冲过去将樊燮痛打一顿，幸好被骆秉章拉开。打过樊燮之后，左宗棠还气愤不过，又以骄倨的罪名将其革职。樊燮一个堂堂二品武职大员的身份竟被一个举人如此侮辱，如何能忍受？于是他立即上诉于湖广总督官文，添枝加叶地把左宗棠如何无视朝廷命官、骄横跋扈、独断专行的情形向官文诉说了一遍。官文对左宗棠早就不满，便趁机向咸丰帝上了一个折子，将樊燮所说的罪状罗列了几条，又给左宗棠戴了一顶“劣幕”的帽子，说他把持湖南为非作歹。
咸丰看到官文的折子，立即派人前去核查此案，并授权查案人员：倘若真有不法之事，将左宗棠就地处决。胡林翼、骆秉章等人立刻慌了手脚，一边出面保奏，一边在京城活动，请肃顺出头保荐。肃顺说必须有内外大员的保奏，皇上问起时才好说。一时间，保荐左宗棠的奏折雪片般地向咸丰飞来，以至于有了“国家不可一日无湖南，湖南不可一日无左宗棠”这样的称赞之辞。肃顺也乘机推荐，左宗棠不仅性命得以保全，而且赏给四品卿衔，帮助曾国藩办理军务。
得到了梦寐已久的两江总督的职位，同时又有了胡林翼、左宗棠、李鸿章等人的支持，曾国藩开始站在与太平军作战最高统帅的高度，思考以后的用兵计划。
首先他清醒地意识到，朝廷从江浙入手，通过苏州、常州包围天京，从天京下游进攻的决策是行不通的，要想攻克天京，必须从长江上游向天京包围，即继续执行自己复出时定下的进军皖中的计划，拿下安庆，消灭陈玉成的部队，步步进逼天京。所以他拒绝了清政府让他率兵攻下苏州、常州的要求，只把大营扎在安徽、江西、浙江三省之间的祁门，一心一意围攻安庆。
安庆自1853年6月为太平军占领后，是仅次于天京（今南京）的政治、军事中心，1858年5月九江失陷后，又成为天京上游唯一的重要屏障，一旦有失，湘军便可直窥天京。1860年夏，正当太平军二破清军江南大营和东征苏州、常州之际，湘军统帅曾国藩和湖北巡抚胡林翼统率湘、鄂军水陆师五万余，自湖北大举入皖，连陷太湖、潜山、石牌（今怀宁），直逼安庆。道员曾国荃率湘军陆师万余人相继进扎安庆北面的集贤关，与提督杨载福部湘军水师四千余人担任围城任务；副都统多隆阿、按察使李续宜率湘鄂军两万人驻扎桐城西南挂车河、青草塥，阻击太平军援军。6月20日，杨载福水师攻陷安庆东路要地枞阳镇（今枞阳县），安庆被合围。
是年秋，曾国荃督军在安庆城外掘长壕两道，前壕围城，后壕拒援。时安庆由受天安叶芸来、谢天义张朝爵率两万余人驻守。太平军二破清军江南大营后，天王洪秀全等决定俟东征苏，即沿长江上取湖北，迫使湘军回撤以解安庆之围。9月下旬，洪秀全从江、浙战场调集兵力，分五路由大江南北并进，其部署为：英王陈玉成率军从长江北岸西进，经皖北入鄂东；忠王李秀成率军从长江南岸西进，经皖南、江西入鄂东南；辅王杨辅清、定南主将黄文金率军沿长江南岸趋赣北；侍王李世贤率军经皖南入赣东；右军主将刘官芳率军攻祁门曾国藩大营。五路中，陈玉成、李秀成为主力，取钳形攻势，预定于次年春会师武汉，以调动围攻安庆之敌，其他三路主要是牵制皖南和江西湘军，并伺机歼敌。