有数百名非中央委员会委员的官员参加了1962年3月的全体会议。这些“客人”的出席是赫鲁晓夫又一项“民主”创新，但却惹怒了中央委员会。当他抨击那些希望农民“用斧头砍割玉米秆，而由于修理工作不力，联合收割机却闲置在那里”的官员时，整个会场鸦雀无声。“鼓掌，同志们，”赫鲁晓夫责备会议代表：“你们为什么不鼓掌？”他还批评了那些“在播种前摘下帽子，面向东方，跪倒在地，然后在播种后说，‘祝风调雨顺’”的农民，更不用说写出像《爱沙尼亚共和国奶牛棚小气候研究》这种长篇大作的农艺师了，该著作中有一部分是关于“牛棚空气的化学成分”。赫鲁晓夫轻蔑地说：“鼻子没有毛病的人走进牛棚都可以告诉你那里的空气是什么味。”
在3月份的全体会议上，赫鲁晓夫呼吁增加投资，其中包括投资新建三座制造农业机械的工厂。四天后，他敦促农民们先对付使用现有工具。这一倒退是如此的令人瞩目，以致他不得不否认曾经说过这样的话（“这并不意味着我对发展纲要报告中的什么方面失去信心……”），但是他的意思还是很明显的：尽管农业上面临的困境如此严峻，但重工业与军事资源是不能削减的。
不是增加投资，赫鲁晓夫反而对农业管理机构提出了一项笨拙、不切实际的重组计划。自从20世纪20年代以来，地区共产党委员会就一直主管该地区的国营与集体农场，以及农村生活的一般方面：教育、医疗卫生、道路等。地区党委书记（就像赫鲁晓夫本人1925年和1926年在彼得罗夫-马林斯基地区所担任的职务）创造了无数的社会主义辉煌成就的故事。然而，他现在建议以“地区生产管理机构”取代已有的地区共产党委员会，“地区生产管理机构”的正式文件将适用于原来的两到三个地区，这样在农村与首都之间又建立起了一级官僚机构。[7]
与此同时，又一个令人痛苦的抉择等着赫鲁晓夫定夺。1962年5月17日，主席团批准了一项政府法令草案，计划于6月1日生效，内容是将肉与家禽产品的零售价格提高35%，黄油与牛奶的零售价提高25%。这种价格提高在经济上具有重要的影响。虽然1953年以来国家对农产品的收购价格已经增长了数倍，但还是不能抵消生产成本的上升。因此，农民向国家上交的产品越多，他们的损失就越大。为了增加集体农庄里的牲畜数量，赫鲁晓夫对私人饲养家畜进行了限制，但他的这一做法却使情况变得更加糟糕。价格上涨需要本来就现金不足的财政部向农民们支付更多的货币，从而刺激生产。但是价格的上涨却超出了民众的期望，自从斯大林时代以来，苏联人已经习惯于消费品价格的持续下跌，而不是上扬。
更为糟糕的是，在消费品价格上涨后，工厂里也提高了工人的生产定量标准，就是挣与现在同样的工资需要工作更长的时间，或者你从事同样的工作，但工资会有所降低。对于价格的上涨，赫鲁晓夫起初表示反对，但后来在副总理阿历克赛·柯西金的争辩下，他做出了让步。虽然农业不属于他的职责范围，但外交政策助手特罗亚诺夫斯基还是呼吁赫鲁晓夫应与肯定不会受到大众欢迎的措施保持距离。但是赫鲁晓夫却坚持承担起了全部的责任。
价格上涨政策于1962年6月1日生效。几乎就在同时，苏联全国各地出现了手写的抗议传单与大字报，莫斯科、基辅、列宁格勒、顿涅茨克和车里雅宾斯克出现了呼吁罢工的声音，其他一些城市则爆发了骚乱。最严重的骚乱爆发于高加索北部城市新切尔卡斯克外12英里的大型布琼尼电动机车工厂。由于工作任务标准的增加，工人拿到手的工资减少了30%。工人还抱怨恶劣的工作条件（一个车间里曾出现过200人同时病倒的情况）、住房价格昂贵以及镇里市场上物资的短缺与高价。作为回应，工厂党委撤换了一位在工人中间享有威望的资深主任，新接任的这位办事古板固执。当工人们抱怨说，他们再也吃不起工厂食堂里的肉馅饼时，这位新主任就叫他们改吃菜馅饼。罢工爆发后，“菜馅饼”就成为了他们颇具讽刺意味的“斗争口号”。甚至克格勃在骚乱期间准备的一份报告也承认，布琼尼工厂的工人们已经被极大地激怒了，而当地党的领导人并没有能敏锐地觉察到即将到来的风暴。
6月1日早上7时30分，一群已经来到工厂的钢铁工人拒绝开始工作。不久，其他已经上班的人也离开岗位，来到工厂的操场上，后来其他车间里愤怒的工人也加入了他们的行列。在未能设法让工人们平静下来时，工厂主管就转过身去，大步向他的办公室走去。后来，工人们游行到了工厂机关大楼，然后又出厂到了街道上。此时，罢工游行的队伍已经增加到了数百人。党委书记站在阳台上为提高价格进行了辩护，与此同时，克格勃通过将老党员融入游行队伍中，试图使人们安静下来。“肉！我们要吃肉！增加工资”的喊声淹没了党委书记的讲话，在人们向他投掷了石块和至少一个酒瓶后，他与其他的省委官员都退回到了房间里。当天下午，人群来到了附近的铁路上，拦截了一列从萨拉托夫开往罗斯托夫的客车，使得这条铁路线上的所有活动都被迫中断。有人用粉笔在火车头上写了“把赫鲁晓夫剁了吃肉”的标语；还有人则拉响了火车的汽笛，召集了更多工厂与附近的住户加入其中。
此时，工厂里的所有工作都已经停止了，游行的人群已经发展到了数千人。根据克格勃的报告，“无赖与醉鬼”开始从工厂机关办公场所的墙壁上拽下了“某些人的画像”。考虑到这样的事情对领导层的敏感程度，克格勃甚至在绝密的报告中都没有说出画像上的人是谁，但是有目击者回忆说，被撕下来的是赫鲁晓夫的画像，画像被扔到一边，后来有人点火将之烧掉了。下午曾经有一段时间，克格勃和当地的警察将游行队伍赶出了被拦截的火车，但愤怒的人群很快又重新占领了火车。党的官员试图宣读中央委员会关于价格上涨的决定，但很快被群众的怒吼声淹没了。“我们已经读过了，”有人喊道：“我们不是文盲。你只要告诉我们在工资下降、物价上涨的情况下如何生活就行了！”
在下午6点到7点间，大约200名警察来到了工厂，但很快就被迫逃离了。分乘五辆汽车与三辆装甲运兵车来到现场的士兵也遭到了与警察同样的命运。根据克格勃的说法，一些试图恢复“秩序”的人遭到了示威者的痛打。罢工集会在布琼尼厂一直持续到了第二天早上，新来上班的工人又加入了进来，6月2日早上8时左右，庞大的示威队伍开始向市区进发。
克里姆林宫当然早就得到了通报。在给赫鲁晓夫和他的同事们的报告中，克格勃还提到在其他城市（莫斯科、第比利斯、新西伯利亚、列宁格勒、第聂伯罗彼得罗夫斯克以及格罗兹尼）也发生了小规模的抗议活动，但向主席团保证说他们正在采取措施，防止任何进一步的“反社会的示威活动”。在新切尔卡斯克采取的措施包括派出红军部队与内务安全部队，协助地方民兵。北高加索军分区司令伊萨·A.普列耶夫（Issa A.Pliyev）于6月1日下午5时抵达新切尔卡斯，紧接着一百多名克格勃特工也跟了进来。根据阿朱别依的说法，赫鲁晓夫“情急之下”想去新切尔卡斯克将事态平息下来，几乎谁也“无法劝阻”他。不过，他后来还是叫米高扬和科兹洛夫代替他去，而没有理睬米高扬的反对意见。米高扬认为最好还是由一个人来负责，而不是两个人。他还将其他三位主席团委员——基里钦科、谢列平和波利安斯基——派到了新切尔卡斯克，此外还有中央委员会书记列昂尼德·伊利切夫和克格勃副头目皮奥特里·伊凡舒廷（Pyotr Ivashutin）。
工人们在6月2日向新切尔卡斯克进发的途中，又有很多人加入了他们的队伍，其中包括妇女和儿童。那些走在队伍前面的人高举着红旗以及列宁、马克思和恩格斯的画像。在普列耶夫的参谋军官马卡雷夫斯基看来，这让他想起了布尔什维克的宣传画中有关1917年工人们向沙皇的冬宫进发时的情景。后来还有人回忆说，圣彼得堡的工人们高举着在1905年1月的“血腥星期天”中被大火烧死的沙皇的画像。与前一天示威游行的大部分时间一样，6月2日的游行也是和平的，但在那些已经受到责备、疏远普通工人的党与警察官员看来，那些混杂在游行队伍中的无赖已经得到了控制。
示威者要想到达市中心，必须穿过图兹洛夫河，而坦克封锁着河上的大桥，很多人从桥下的浅水中蹚了过去，而有人则大胆地从坦克上面爬了过去，或是从边上绕了过去。站在一旁的士兵并没有想很认真地阻止他们。此时，游行的队伍已经发展到了将近一万人，他们于上午10时30分来到了列宁广场。在呼吁党委书记出来与人民进行对话的要求没有得到回应后，几位示威者强行冲进了党委总部，后来又跑到大楼的露台上，在那里他们扯下红旗与列宁的画像，并敦促示威人群夺占警察局，释放前一天被逮捕的示威者。尽管向空中鸣枪示警，但广场上的人群还是拒绝离开。突然间，更多的枪声响了起来。当枪声停止时，已经有23人（他们大部分年龄都在18-25岁之间）丧生，87人受伤，后来又有3人死亡。在死亡者当中，有两名妇女和一名学生。为了掩盖事情的真相，当局对那里的街道进行了重新铺设，因为刷子与消防水管都不能消除留下的血迹，并将受害者秘密埋葬在罗斯托夫省地处偏僻的五个独立的墓地里。
至今还不清楚是谁下的开枪命令。当时克格勃认为开枪的是“军队士兵”。马卡雷夫斯基被告知示威者想抢夺士兵的武器时偶然走了火。军事法庭的调查人员在差不多30年后对这起事件进行了重新调查，他们怀疑是克格勃的狙击手首先开的火。根据米高扬的说法，科兹洛夫不停地向赫鲁晓夫施加压力，要求准许使用武力，最后终于得到了赫鲁晓夫的同意。在米高扬看来，赫鲁晓夫对暴乱可能会蔓延到其他工业区，包括顿巴斯，很是恐慌。[8]
列宁广场的大屠杀以及随后严格的宵禁使示威游行受到了重创，尽管第二天早上仍有大约500人聚集到了广场上，这部分是因为一位妇女歇斯底里的尖叫，因为她的儿子在前一天被杀害了。针对这些最新的示威活动，当局架设了高音喇叭，反复播放米高扬在前一天广播中发表的讲话。当天下午，科兹洛夫在又一次广播讲话中承诺将矫正引发罢工的工作与生活条件。虽然对价格上涨进行了辩护，但他坚持说这些只是暂时的，两年之内这种措施就会带来苏联供应品的丰富。与此同时，有116名示威者被捕，其中14人被进行了闪电般的公开审判，这让人不禁想起了30年代的恐怖时期。有7人，其中至少有一名妇女，被判处死刑，其他人则被处10-15年监禁。[9]
新切尔卡斯克示威并非唯一被武力镇压下去的，同年夏天在弗拉基米尔省的穆罗姆与亚历山大罗夫斯克，也有数人被打死。所有的这些流血事件并没有让赫鲁晓夫的助手科兹洛夫感到担忧。就在新切尔卡斯克大屠杀后，马卡雷夫斯基听到他在给苏斯洛夫打电话时抱怨说这里没有什么吃的：“这个地方真的是什么也没有。搞点好东西送过来。另外不要忘了：我到了休假的时候了，我指望你来支持我。”赫鲁晓夫显然将这些流血事件看得要严重一些。他努力想说服自己这么做是对的，他曾对科兹洛夫说，“上百万的人已经为苏联的事业献出了生命，因此我们使用武力是正确的”。除了他自己，所有的人都成了其谴责的对象：“起哄的工人”、“首先开枪的笨蛋”，还有他派往新切尔卡斯克的主席团同事。但是谢尔盖·赫鲁晓夫坚持认为新切尔卡斯克流血事件“直到他生命的最后一刻都折磨着父亲。这很可能就是他为什么在回忆录中没有提及新切尔卡斯克的原因”。当然，他也不会下令或是允许别人在他身后作任何严肃的分析，以免这种分析会揭示出这些示威活动更深层次的原因以及他本人在挑战与镇压这些示威活动中所起的作用。
在6月2日对一群苏联与古巴年轻人讲话时（是在新切尔卡斯克事件发生之前还是之后，并不清楚），赫鲁晓夫没有了往日的那种乐观情绪，并把当时比作内战时最黑暗的年代。做出提高物价的决定并不容易，他说，但是“我们应该怎么办？我们的出路在哪里？我们决定把真相告诉党和人民”。这个真相包括肉类与黄油的普遍短缺。但是他坚持认为，在“一到两年”内，物价的上涨将会“对整个经济产生积极的作用”，而农业本身“也会获得巨大的增长”。