赫鲁晓夫一家于1941年7月2日逃离了基辅。在莫斯科逗留了几个星期后，他们去了古比雪夫，一座位于喀山以南伏尔加河边的中等城市，当时苏联的很多政府机构与外交人员都撤离到了这里。赫鲁晓夫的家庭成员包括尼娜·彼得罗夫娜、她的三个年幼的孩子以及她的侄女与侄子，尼娜与瓦西亚（Vasya）。六岁的谢尔盖是躺在担架上撤离的，他拄着拐杖，身上打着特殊的紧身托架，直到1942年底，他才能重新走路。在此之前，他不是躺在床上，就是坐在马车里到处奔波，需要大人的照顾，他们的一位不希望透露姓名的亲戚说，这“将他宠坏了”。赫鲁晓夫的姐姐伊日娜·谢尔盖耶夫娜（Irina Sergeyevna）和她的两个女儿罗娜（Rona）和伊尔玛（Irma）也与尼娜·彼得罗夫娜一起撤离了，此外还有他的母亲辛尼娅。在莫斯科，他们的队伍里又增加了列昂尼德·赫鲁晓夫的妻子柳芭和她的两个孩子，一岁半的尤莉娅（她到达古比雪夫时生了痢疾）和托尔亚（Tolya），当时七岁。尼娜·彼得罗夫娜的父母最后在古比雪夫也赶上了他们。1944年在莫斯科，与他们会合的还有赫鲁晓夫第一任妻子的侄子维蒂亚·皮萨雷夫（Vitya Pisarev）和尼娜·彼得罗夫娜表兄的女儿辛娜·邦达丘克（Zina Bondarchuk）。在战争最困难的时期，需要尼娜·赫鲁晓娃照顾的亲戚不下15人。[5]
在德国人发起进攻前，列昂尼德和柳芭一直居住在莫斯科赫鲁晓夫的公寓里，食物从克里姆林宫的供应点定购，经常光顾影剧院，还雇用了一名保姆。列昂尼德于1939年参军，当时正在莫斯科以外的波多利斯克进行轰炸机驾驶员的训练，他经常邀请他的飞行员朋友在他的公寓里过夜，6月21日，他们就呆在他的公寓里，这从另一个角度可以说明当时苏联红军的战备状况。当伊日娜·谢尔盖耶夫娜的丈夫第二天从基辅打来电话说德国飞机正在轰炸基辅时，列昂尼德和他的朋友们才赶紧赶回他们的基地。
古比雪夫是沙漠之中的一块绿洲，要到达那里并非易事。作家伊尔亚·爱伦堡（Ilya Ehrenburg）记得从莫斯科到古比雪夫用了五天的时间，他们挤在一节拥挤的郊区火车车厢里，而“外交人员乘坐的则是卧铺车厢，还有另外一节卧铺车厢被共产国际的人占据着”。赫鲁晓夫一家只得在莫斯科车站等了两三个小时，柳芭回忆说，他们乘坐的特别包厢“就像一个铁路上的家”。
随着大量难民的涌入，古比雪夫笼罩着一种幽怨恐怖的气氛，但是小说家瓦西里·格劳斯曼（Vasily Grossman）回忆说：“由于国家权力机构与撤离人员豪放不羁的生活混杂在一起，此时的古比雪夫奇怪地活跃着一种难以言状的东西。”作为苏联的临时首都，古比雪夫不仅接纳着政府与新闻机构和外交使节，而且还有作家、歌舞剧团的负责人以及布尔什维克芭蕾舞团。格劳斯曼写道：
数以千计的人都居住在狭窄的小屋和旅馆里，不过他们还要从事正常的活动。人民委员和重要企业的领导者对经济发展进行计划，对他们的下属发布指令，特命全权大使驾驶着豪华轿车，前去参加苏联外交政策缔造者们举行的招待会；乌拉诺娃（Ulanova）、莱蒙谢夫（Lemeshev）和米哈伊洛夫在芭蕾舞和歌剧院内取悦着观众；美联社的亨利·萨皮罗先生在新闻发布会上提出令人尴尬的问题；作家们撰写着广播稿或是为国家和外国报纸撰写文章。但是这些来自莫斯科的人们的日常生活有了很大的变化。（英国大使夫人，克里普斯女士）现在在宾馆饭店里就餐，而不是像过去那样使用就餐券，她会将剩下的面包和糖块用报纸包起来，带回房间；国际新闻社的代表们在市场上成群结队的伤员中间穿行，讨论着土制烟草和自制香烟的味道——其他人则是站在那里，排队等着洗澡，不时来回倒换着支撑腿；那些以好客而闻名的作家现在就着一杯家酿的伏特加和一小片黑面包，讨论着世界大事与文学的命运。
与马林科夫、伏罗希洛夫、布尔加宁和谢米扬·布迪奥尼（Semyon Budyonny）的亲戚们一样，赫鲁晓夫一家刚开始居住在一处特殊的克里姆林宫东公寓建筑群内，这个建筑群占据了伏尔加河边的整整一个街区。赫鲁晓夫一家得到了一套七居室的公寓。此外还有一个三居室的套间，供柳芭和她的孩子以及赫鲁晓夫的姐姐伊日娜·谢尔盖耶夫娜和她的孩子们居住。后来尼娜·彼得罗夫娜和她的孩子们与马林科夫一家共同居住在伏尔加军分区疗养院的一栋别墅内。附近是一座巨大的石头建筑，下面有精心设计的地下室与通道，这是为防止莫斯科陷落而为斯大林准备的。当德国人向斯大林格勒挺进时，马林科夫一家就向东逃到了斯维尔德洛夫斯克，但尼娜·彼得罗夫娜拒绝离开，因为她已经精疲力尽，再也难以继续向东撤退了。
在困难与危险的时刻，赫鲁晓夫的家是一块安全的港湾。他们的亲戚都渴望能得到邀请，和他们在一起。如果遭到拒绝，这些亲戚就会报以怨声。尼娜·彼得罗夫娜接纳了她的侄女和侄子，但没有接纳他们的父母，也就是她的兄弟和嫂子。她接受了赫鲁晓夫的姐姐，不过这也是在战争让她走投无路时。根据柳芭的说法，尼娜·彼得罗夫娜瞧不起伊日娜·谢尔盖耶夫娜，伊日娜是一个典型的农村妇女，她与现在已经是精英阶层的赫鲁晓夫一家显得格格不入，而且伊日娜·谢尔盖耶夫娜也不喜欢尼娜·彼得罗夫娜。伊日娜·谢尔盖耶夫娜的女儿罗娜·科比亚克（Rona Kobiak）补充说：“尼基塔·谢尔盖耶维奇几乎从来没有意识到我母亲的存在。我不能原谅他和尼娜·彼得罗夫娜。由于他们对待我母亲的缘故，我的母亲过早地离开了人世。”[6]
苏联文学评论家萨拉·巴比奥尼谢娃（Sara Babyonysheva）曾经在古比雪夫见过伊日娜·谢尔盖耶夫娜，在她的印象里，伊日娜·谢尔盖耶夫娜是一个中等身材、皮肤黝黑的妇女，很健谈，且满腹牢骚。赫鲁晓夫曾经要求他的这位姐姐为他的女儿上钢琴课，并为此给她每月支付100卢布。“他对生活一无所知。”赫鲁晓夫的姐姐抱怨说。“他甚至不知道这点钱在市场上连面包也买不到。他怎么能知道人们是如何生活的呢？他们想要的所有东西都是直接送到他们的家里，而我们得到的只是些残杯冷炙。……看看她的那张脸，”伊日娜·谢尔盖耶夫娜说到她的这位兄弟媳妇时露出蔑视的神情：“简直惨不忍睹！再看看她的两条腿，有这么胖。”她双手撑开比划着。
辛尼娅·赫鲁晓娃对尼娜·彼得罗夫娜的态度也同样是否定的。当时，赫鲁晓夫的母亲很多时间都呆在医院里。尽管仍是个令人生畏的女性，但她与柳芭却很合得来，当柳芭和伊日娜·谢尔盖耶夫娜有了单独的公寓后，她就搬过去与她们住在一起，嘴里唠叨不休的总是他的儿子，但对她称为“傻子”的已故的丈夫则几乎从不提起。尼娜·彼得罗夫娜的侄女尼娜·库赫尔丘克经常去给赫鲁晓夫的母亲送饭，她记得辛尼娅总是痛苦地絮叨：“我是不是要死在这里？你为什么还要挤到这个窝里来？”
起初，他们需要将年幼的谢尔盖和他的塑料托架来回从四楼搬上搬下。“谢尔盖会用舌头舔舔食物，看看是否喜欢，如果不喜欢，就拒绝吃饭。”他的家人回忆说。他是尼娜·彼得罗夫娜最大的负担，但并非唯一的负担。一天，柳芭带着尤莉娅散步。“尤莉娅想解手，”柳芭回忆说：“由于身上没有带手纸，我就撕下一块《真理报》报纸，给她擦了。当我回到家时，尼娜·彼得罗夫娜发现报纸破了，就对我大发脾气：你怎么能做出这种事！你是多么的粗俗和没有教养！我也毫不留情地回击了她。”
在古比雪夫，就像在基辅一样，家庭中最紧张的关系还是围绕着列昂尼德展开的。直到战争开始前，他在学校和工作中的记录总是时好时坏。在完成了七年的学业后，加上在一家工厂组织的夏令营里呆过一段很短的时间，他于1933年开始了钳工的工作，这也是他父亲的挚爱。后来，他学习飞行，不过不是在那些精英人物们的孩子所在的声名显赫的莫斯科学院里，而是在沃罗涅日与萨拉托夫之间巴拉晓夫的民用航空学校里。1937年，他从那里转到了乌里扬诺夫斯克的另一所学校里，此后他就在莫斯科和基辅的航空俱乐部里担任飞行教练。列昂尼德加入了共青团，并成为共青团组织的一名组织者，但是他在巴拉晓夫因为“酗酒和纪律松懈”，后来因为不交纳团费而受到过正式批评。赫鲁晓夫的这个儿子从来没有加入过共产党。尽管如此，他还是于1939年7月被任命为第134轰炸机大队的中尉。
列昂尼德1940年5月21日从恩格斯军事航空学院获得的证书证实了他作为飞行员的技能。在战争开始后的一个半月内，他执行了27次飞行任务，大多数时候都没有掩护。1941年7月16日的一份报告推荐授予他一枚红旗勋章，这份报告称他是一个“英勇无畏的飞行员”，在7月6日的一场空中混战中，他驾驶着飞机，就像表演空中芭蕾一样，替换被击落的同志很快回到战斗中。
即使列昂尼德是“一个天才的飞行员”（他的遗孀如此评价），但作为赫鲁晓夫的儿子，他还是得到了一些特殊待遇与称赞。1942年1月9日的一份军事报告形容他是“一名经验丰富的优秀飞行员，可以称得上是他父亲的好儿子”。报纸上对他的英雄事迹进行过多次报道，上面还配有他驾驶着飞机从镜头前一掠而过的照片，《真理报》上就曾经刊登过这样的报道。当列昂尼德被提名授予红旗勋章时，赫鲁晓夫给他发去了一封电报：“我为你和你的战友们而高兴。干得好啊！我对你在战斗中取得的成功表示祝贺。继续痛击那帮德国鬼子，不断地粉碎他们。你的父亲，尼基塔·赫鲁晓夫。”大约就是在这一时期，有人曾听到赫鲁晓夫说过：“我的孩子正在英勇地战斗。我原谅了列昂尼德以前的所作所为。”
1941年7月26日，列昂尼德的飞机被德国飞机击中。他只得紧急迫降，他的大腿被严重摔伤，骨头都从破烂的靴子里伸了出来。从那以后直到1942年3月，他都在接受治疗。虽然此次受伤使他的一条腿比另一条腿稍短一点（在当时的一个新闻短片中，当他们于1942年见面时，他拄着拐杖站在他父亲的旁边），他还是按时回到了现役部队里。就在此时，出现了一桩丑闻，赫鲁晓夫的家人觉得这件事太过耻辱，因此他们几十年来从来没有提起过。
列昂尼德是在莫斯科附近受伤的（他家的一个朋友说，一位野战医院医生想给他截肢，但列昂尼德用手枪威胁他，才让他放弃了这一方案），但住院治疗却是在古比雪夫，他的家人当时也居住在那里。这当然是一种特殊待遇，然而由于他的伤势，列昂尼德因为整天无所事事而感到很痛苦。等到能拄着拐杖来回溜达时，他就开始与当时也在那里疗养的鲁本·伊巴卢里（Ruben Ibarruri）［著名的西班牙内战发起者多洛雷斯·伊巴卢里（Dolores Ibarruri）的儿子］混在一起。
在柳芭相册里一张战前的照片上，列昂尼德穿着一件皮大衣，嘴上叼着烟卷，脸上挂着得意的笑容，手里拿着的看上去像一支小手枪（也许是手枪型的打火机）的东西对着伊巴卢里的脑袋。有几次，柳芭就亲眼看见列昂尼德对着距离朋友脑袋不远的酒瓶和酒杯射击。在莫斯科时，他就对这一游戏特别钟爱。在古比雪夫疗养时，在一个喝醉的海军军官的要求下，他第一次开枪将离这位军官脖子不远的酒瓶打碎，但是这位军官坚持要将酒瓶完全打烂，于是列昂尼德又开了一枪，这一枪击中了这位军官的脸，当场将他打死。[7]
列昂尼德受到军事法庭的审判，不过他并没有被判处去劳改营，而是被允许进行新的训练，成为战斗机飞行员。他于1942年11月以“良好”的等级通过了飞行测试（而他在轰炸机训练中的成绩是“优秀”），但是他的指挥官一开始却没有让他参加战斗，因为他还没有完全做好战斗准备。不过，他不久就得到了重上战场的机会，第一航空队司令伊万·库迪亚科夫（Ivan Khudiakov）将军后来写信给尼基塔·赫鲁晓夫说：“你的儿子在与敌人作战时很勇敢，会穷追不舍，战后他也感到很兴奋，向我们讲述了战斗的所有细节。”
1943年3月11日中午时分，赫鲁晓夫中尉和其他八名飞行员从莫斯科西南卡卢加省起飞，他们的任务是保护苏联军队的推进，以防遭到德国轰炸机的袭击。当德国战斗机出现时，苏联飞机分成三队，列昂尼德和查莫林（Zamorin）中尉追逐两架敌机一直到了德国占领区上空。查莫林击落了一架敌机，当时列昂尼德在他的右侧，保护查莫林的尾翼。这时另一架德国飞机对列昂尼德的飞机开火了，查莫林看到列昂尼德的飞机以几乎垂直的角度栽了下去。他报告说赫鲁晓夫进行了保护性的尾旋，但列昂尼德没有能够回到基地。