这时另一位遭到牺牲的御史是程灏，他是宋朝理学家“二程”之中的兄长大程。在新政推行之初，他曾经与王安石合作。现在他也到中书省为那同一个案子向王安石争论。王安石刚看了他的奏折，程灏看到他正在怒气难消。这位理学大家以颇有修养的风度对他说：“老朋友，你看，我们讨论的不是个人私事或家事，我们讨论的是国事，难道不能平心静气地说话吗？”从儒家的道德修养看，王安石觉得很丢脸，很难为情。
一个月的光景，御史台的清除异己便已告完成。连前年所罢黜的那六个御史在内，王安石清除的御史一共达到了十四人，十一名是御史台的人，三名是皇宫中的谏官。司马光向皇帝曾经痛陈利害。只有三个人，就是王安石、曾布、吕惠卿，赞成新政，朝廷百官无不反对他们三个人。“难道皇上就只用这三个人组织朝廷？就用这三个人治理国家吗？”韩琦和张方平已在二月告老还乡，司马光对枢密使一职拒而不受，当月也遭贬降，范镇已经大怒而去。在九月，举棋不定的赵抃，他这位内阁大臣，一度想讨好这群新贵，现在决定辞职。他也指出：“青苗使者于体为小，而禁近耳目之臣用舍为大。”数月之后，年老信命毫无火气的曾公亮，把王安石之得势归之于天意，以年老多病为由，在极不愉快之下，请求去职，其实多少也是受批评不过而走的。在神宗熙宁三年（1070年），王安石正式出任相职，在整个政府中其权位凛乎不可侵犯。次年九月，欧阳修辞去朝廷一切职位，退隐林泉。
苏东坡现在写他那上神宗皇帝万言书，准备罢官而去。他和司马光、范镇曾经并肩作战，但是司马光与范镇已经在愤怒厌恶之下辞去官职。范镇后来和苏东坡有了亲戚关系，他曾在前两朝任职于中书省。其人虽然外貌看来肥胖松软，个性之强则不让钢铁。在去职之时，他在辞呈上说：“陛下有纳谏之资，大臣进拒谏之计。陛下有爱民之性，大臣用残民之术。”在早朝之时，皇帝将此奏折交与王安石看，王安石的脸立刻煞白。当时在附近的几个人说曾看见王安石拿着此奏折在手，手气得发抖。
在熙宁三年（1070年）九月，司马光被派到外地陕西去做外任官。但是他留恋京都不忍去。他和王安石诚恳但有时很严肃认真地讨论新法，书信来往凡三次之后，才与他完全决裂。皇帝原先仍希望他在朝为官，皇帝数次告诉其他大臣说，只要司马光在身边，他不会犯什么大错。皇帝再三再四召他回朝，司马光都予以谢绝。他的话早已说够，皇帝若不肯察纳忠言而中止骑此刚愎的蛮驴奔赴毁灭之途，则他的本分已尽。在他决定辞去一切官职退隐林下之时，他仍然怒不可遏。他写给皇上说：
安石以为贤则贤，以为愚则愚；以为是则是，以为非则非。谄附安石者，谓之忠良；攻难安石者，谓之谗慝。臣之才识，固安石之所愚；臣之议论，固安石之所非。今日之所言，陛下之所谓谗慝也。伏望圣恩，裁处其罪。若臣罪与范镇同，则乞依范镇例致仕。或罪重于镇，则或窜或诛，所不敢逃。
从现在到十六年后神宗皇帝的驾崩这段期间，司马光要避门不出，倾其全力继续九年前即已开始的历史巨著的写作。后来，神宗皇帝罢黜王安石之后，打算重召司马光回朝主政，司马光唯一的回答仍然是：皇帝要立即废除新法吗？由此看来，这两个极端相异的政治思想，一直到最后，都是丝毫不变动而且不可能变动的。可是在随后一位皇帝英宗即位的第一年，王安石已死，司马光也卧床病重，那时他以宰相的地位发出的最后一道命令是：“王安石为人并不甚坏。其过端在刚愎自用。死后朝廷应以优礼葬之。”
苏东坡的《上神宗皇帝万言书》，甚为重要，其中包括他自己的政治哲学，也表示其个人之气质与风格，其机智学问与大无畏的精神，都显然可见。愤怒的争论与冷静清晰的推理，交互出现。有时悲伤讥刺，苛酷的批评，坦白直率，逾乎寻常；有时论辩是非，引证经史，以畅其义。为文工巧而真诚，言出足以动人，深情隐忧，因事而见。在正月蒙皇帝召见之时，皇帝曾称赞那篇《议学校贡举状》，并命他“尽陈得失，无有所隐”，苏东坡即认真遵办。那是他最后一次尽其所能求皇帝改变主意，这时所有高官大臣都已去职，一切情势都呈现不利。苏东坡知道，即便自己不遭大祸，至少将遭罢黜，是必然无疑之事。
对现代读者最重要的两个论点，一是孟子所说的君权民授，一是为政当容清议。他警告皇帝说，君之为君，非由神权而得，乃得自人民之拥护。为帝王者不可不知。他说：
书曰“予临兆民，凛乎若朽索之御六马”，言天下莫危于人主也。聚则为君民，散则为仇雠，聚散之间，不容毫厘。故天下归往谓之王，人各有心谓之独夫。由此观之，人主之所恃者，人心而已。人心之于人主也，如木之有根，如灯之有膏，如鱼之有水，如农夫之有田，如商贾之有财。木无根则槁，灯无膏则灭，鱼无水则死，农无田则饥，商贾无财则贫，人主失人心则亡。此理之必然，不可逭之灾也。其为可畏，从古已然。
但是，为人君者若不容许自由表示意见，焉能得到人的支持？苏东坡进而发挥这一点，我认为是这篇奏议中最重要的。就是政治上不同意一事之原则，有御史监察制度，便是具体的做法。根据苏东坡所说，一个好政权之得以保持，大部分在于不同的政见合理的发挥其功用。民主政治体制，系表现于党派间政见之歧异。苏东坡如生于现代，必然反对联合国安理会全体同意原则，在基本上为反民主。他知道，中国自盘古开天辟地以来，还没有两个人事事完全同意，而民主制度的另一途径，唯有暴政制度。我从未发现民主制度的敌人，在家庭，在国内，或是世界政治上而不是暴君的。苏东坡接着说：
孙宝有言：“周公大圣，召公大贤，犹不相悦。”著于经典。晋之王导，可谓元臣，每与客言，举座称善，而王述不悦，以为人非尧舜，安得每事尽善。导亦敛衽谢之。若使言无不同，意无不合，更唱迭和，何者非贤？万一有小人居其间，则人君何缘知觉？
我想，把监察机构存在的理由与其基本原则，说得清楚明白，再无人能比得上苏东坡这篇奏议了。一个发挥自由功用不惧利害的监察机构所代表的，就是真正的公众意见。
夫弹劾积威之后，虽庸人亦可奋扬风采。消萎之余，虽豪杰有所不能振起。臣恐自兹以往，习惯成风，尽为执政私人，以致人主孤立。纪纲一废，何事不生……是以知为国者，平居必有忘躯犯颜之士，则临难庶几有徇义守死之臣。若平居尚不能一言，则临难何以责其死节？
他把当时的舆论状况与古代相比，说：
臣自幼小所记，及闻长老之谈，皆谓台谏所言，常随天下公议。公议所与，台谏亦与之。公议所击，台谏亦击之……今日物议沸腾，怨讟交至。公议所在，亦可知矣。
苏东坡比较中国历代政府制度的异同，而发挥监察机构其所以存在之必要。在此他俨然以倡导者出现，其态度博学，其推理有力，其识见卓绝：
古者建国，使内外相制。如周如唐，则外重而内轻。如秦如魏，则外轻而内重。内重之末，必有奸臣指鹿之患。外重之弊，必有大国问鼎之忧。圣人方盛而虑衰，常先立法以救弊……以古揆今，则似内重。恭唯祖宗所以深计而预虑，固非小臣所能臆度而周知。然观其委任台谏之一端，则是圣人过防之至计……自建隆以来，未尝罪一言者……风采所系，不问尊卑，言及乘舆，则天子改容。事关廊庙，则宰相待罪。故仁宗之世，议者讥宰相，但奉行台谏风旨而已。
圣人深意，流俗岂知？台谏固未必皆贤，所言亦未必皆是。然须养其锐气，而借之重权者，岂徒然哉！将以折奸臣之萌，而救内重之弊也。夫奸臣之始，以台谏折之而有余。及其既成，以干戈取之而不足……陛下得不上念祖宗设此官之意，下为子孙立万一之防。朝廷纲纪，孰大于此？
苏东坡告诉皇帝，千万不可用威权慑服百姓而使之服从。他又提到有谣传恢复肉刑之说。数百年以前，有各种砍截人体处罚罪犯之法，包括墨、劓、荆，宫四刑。这些残忍的刑罚在第二世纪之后，约在隋朝时期，除去宫刑，已然废止。此等酷刑之未曾谣恢复，当归功于苏东坡上神宗的奏议。当时谣传之甚，与日俱增。
陛下与二三大臣，亦闻其语矣。然而莫之顾者，徒曰我无其事，又无其意，何恤于人言？夫人言虽未必皆然，而疑似则有以致谤。人必贪财也，而后人疑其盗。人必好色也，而后人疑其淫……
苏东坡指出，当时商业萧条，物价飞涨，由京师附近各省，远至四川，谣言漫天飞，黎民怨怒，声如鼎沸，甚至深远至山区，酒亦属于专卖，和尚尼姑亦遭逮捕，没收其财产，官兵的粮饷都遭减低。
夫制置三司条例司，求利之名也。六七少年与使者四十余辈，求利之器也。驱鹰犬而赴林薮，语人曰“我非猎也”，不如放鹰犬而兽自驯。操罔罟而入江湖，语人曰“我非渔也”，不如捐罔罟而人自信。
苏东坡相信皇帝会看得清楚国内的不和与纷争。他从良臣能吏之桂冠去职，舆论之背向不难判断。在数度对新政的指责之后，他力言因推行新政，皇帝已失去民心，皇帝本人及当权者已不为清议所容。
苏东坡上疏之后，如石沉大海。三月，又上第三书。皇帝已临时下一诏书，严禁强销青苗贷款，但是却没打算废止此等全部措施。苏东坡引用孟子的话说，正如一个偷鸡贼想改过向善，决定每月只偷一只鸡。后来使情形恶化的，是苏东坡在神宗熙宁四年一月起任告院权开封府推官，在任期内，他出了一道乡试考题《论独断》（全题是：晋武平吴，以独断而亡；齐小白专任管仲而罢；燕哙专任子之而败。事同而功异，何也？）这激怒了王安石。
苏东坡立遭罢黜。正如他所预期，虽然皇帝对他的忠言至为嘉许，王安石的群小之辈会捏造借口，陷他于纠纷之中。王安石的亲戚兼随员谢景温，挟法诬告。当时流传一个谣言，说苏氏兄弟运父灵乘船回四川原籍途中，曾滥用官家的卫兵，并购买家具瓷器，并可能偷运私盐从中牟利。官方乃派人到苏氏兄弟运灵所经各省路途上，从船夫、兵卒、仪官收集资料。苏东坡也许真买了不少家具瓷器，但并不违法。官差回去报称无所搜获，如有所获，必然带回京师了。
苏东坡的内弟，那时住在四川，苏东坡有信给他，信里说：“某与二十七娘甚安，小添寄叔并无恙……某为权幸所嫉久矣。然抢拾无获，徒劳掀搅，取笑四方耳。不烦远忧。”
司马光回洛阳之前在京都时，皇帝对他说：
“似乎苏轼人品欠佳。卿对他评价过高。”
司马光回答说：“陛下是指有人控告他吗？我对他知之较深。陛下知道谢景温为王安石亲戚，控告也是王安石煽动而起。再者，虽然苏东坡并非完美无疵，他不比隐秘母丧不报的畜牲李定好得多吗？”
按苏东坡的政绩说，他而今应当官居太守才是，皇帝也有此意。王安石与谢景温反对，使之任附近一县的判官，但是皇帝予以改动，任命他为风景秀丽的杭州太守。苏东坡对御史的弹劾不屑于置理，连修表自辩也不肯，任凭官方调查，自己携眷径赴杭州上任去了。
人的恶行
现在朝廷上平静了，死一般的平静。苏东坡携眷离都之时，当年仁宗在位年间的名臣儒吏都已清除净尽，四散于外地。欧阳修正退隐于安徽富阳。苏家世交张方平家正在河南淮阳。
苏子由年前即被神宗任命为淮阳州学教授。苏子由也有其特点，不像兄长子瞻那么倔犟任性，但一直洁身自好，使清誉不受玷染，能照顾自己免于危害，所以挑选一个平安卑微的职位，与贤士大儒相往还。后来张方平辞官归隐，迁居河南商邸，或称“南都”，子由请调至商邸为官，次年，苏东坡往返京都之时，总是路宿张宅，向张方平请求指教，如对叔伯长辈。司马光与吕公著现在西都洛阳，过着退隐的生活，吕晦病重将死，死前，他呈给皇帝一个难题求教：
臣本无宿疾，遇值医者用术乖方，妄投汤剂，率情任意差之指下，祸延四肢，浸成风痹。非祗惮风痹之苦，又将虞心腹之变。虽一身之微，固不足恤。而九族之托，良以为忧。
贤德的老宰相富弼还不能平安度日，他已经降职为博州太守，当道认为他推销青苗贷款，办理不力。并且他还胆敢上奏折称：“此法行，则财聚于上，人散于下。”这时王安石的心腹邓绾，突然十分活跃起来，一看有机会可以效忠主子了。他向主子说可以控富弼阻碍新政之罪，于是宰相的显爵全被剥除，调至另一县去任太守。但是王安石于愿未足，对皇帝说富弼所犯之罪，情如尧舜时之“四凶”，倘若只将他的宰相官爵褫除而已，何以遏阻其他奸邪之辈？皇帝对王安石所奏，置之不理，任由富弼去担任那一卑小的职位。富弼在往就新职途中，路过南都，访问老友张方平。
老相国感慨系之，他向张方平说：“知人甚难。”
张方平说：“你说的是王安石吗？我认为了解他并不难。当年我有一次和他共办乡试，他就把一切老规矩都弄得乱七八糟，我就把他调离我的部下，再不理他。”老宰相自觉难堪，又起程赶路。在老年，他常常仰望屋顶，默然叹息。
苏东坡离京之前，京中曾发生一次暴乱。在前年冬天，保甲制便已实行，新兵在乡村受军事训练，新兵疑心受训的用意，以为会调离家乡，会开至北方去和外族打仗，于是临近京都的村子里发生了示威抗议。骚乱之发生还另有原因。当时官方命令农人自备武器，其实也只是弓箭而已。父子相拥而泣，村民有断腕以躲避征调者。由于这次暴乱，王安石就要丢掉他最后的一个朋友韩维，因为韩维正是那一县的太守，他奏明暴乱经过，呈请暂将军训延缓，至深冬举行，因那时农忙已过，空闲较多。就因此一表章，连韩维也遭罢黜了。
要使王安石失势，还须上天显示昭然可见的征兆，须要宫延门吏的仁行义举。在神宗熙宁六年（1073年），南岳华山山崩。皇帝至为慌乱，依照习俗，乃迁居另一宫殿，以示敬仰神祇，并下令以粗粝三餐上进。此外，自此年夏季到次年春季，一直干旱不雨，皇帝至为忧愁，不知如何是好。他问王安石，王安石回答说：
“旱涝乃是天灾，在尧汤之世也曾发生。吾人之所能为者只是力行善政而已。”
皇帝说：“我所担心的也是此事，恐怕我们所行的不是善政啊。我听见关于商税法的怨言甚多。宫里人人都听说了，连皇后、太后也听说了。”
另一个阁员大臣冯京也在场，他也说：“我也听说了。”
王安石回答说：“为什么我没听人说？冯大人之所以听说，是因为所有发怨言不满的人都奔赴你的四周了。”
现在命定要成大事的渺小人物快要出现了。他叫郑侠，就是画难民图的皇宫门吏。他呈给皇帝的难民图上，画的是带着脚镣的难民在砍树挣钱，用以付还官家的青苗贷款。郑侠还随图附上一篇短文：
窃闻南征北伐者，皆以其胜捷之势、山川之形，为图来献。料无一人以天下之民质妻鬻子、斩桑坏舍、流离逃散、皇皇不给之状，图以上闻者。臣谨按安上门逐日所见，绘成一图。百不及一，但经圣览，亦可流涕。况乎千万里之外，有甚于此哉！陛下观臣之图，行臣之言，十日不雨，即乞斩臣宣德门外，以正欺君之罪。