在离开广东之前，他接到可以自由居住的消息。在徽宗建中靖国元年（1011年）正月，苏东坡穿越大庾岭，在山北赣县停留了七十天。一大家人在那里等船，但是好多孩子生病，六个仆人死于瘟疫。在停留的那些日子，只要不忙着题字，他就给病人看病，给市镇上的人配药。有些朋友常和他在一起，一同计划去游山玩水。他的行动总是有人探听出来，他们一到目的地，就看到一大堆绫绢和纸，请他在上面题诗。他欣然应允，因为他喜欢写。等天色渐晚，他要急忙回家时，人只好求他写几个大字。所有去求他墨宝的人，都称心满意而归。
五月一日，他到了金陵，他已经写信给至交钱世雄，求他在常州城内为他找房子住。但是那半年内他所写的那些信，显得他颇为踌躇不定。子由这时已经回到颖昌的老农庄，而且已然写信要他去同住。但是他却不知如何是好，拿不定主意。他知道常州地濒太湖，风光甚美，并且他在常州也有田产，是为生活之资。他很愿和弟弟住在一处，但是弟弟有一大家人，而且家境并不富裕。他不知道该不该带一家三十口人，子孙仆人等，去加重弟弟的负担。接到信之后，他决定去与弟弟结邻而居。他在金陵渡江，告诉儿子迈和迨到常州去清理家事，然后在仪征相会。他还真写了公函请求拨四只官船，供一家人往京都方向进发。
但是，那年正月，皇太后不幸逝世，现在正是五月。一切情形显示政策又要全复旧观。苏东坡判断恐怕又要有麻烦出现，所以不愿住得近在京畿。他给子由写了一封长信，把他们不能聚首归咎于天命。他说：“吾其如天何！”情况既然如此，他自然只好定居在常州。家庭安定之后，他再让迈去任新职，他和另外两个儿子则在太湖地区的农庄上居住。
这时，苏东坡在仪真等待孩子们前来相接，他就住在船上。那年夏季突然来临，而且非常之热。他觉得自己从热带回来，为什么反觉得在中国中部会如此之热。太阳照在岸边的水上，湿气自河面上升，他觉得十分难过。在六月初三，他得了大概是阿米巴性的痢疾。他以为自己喝冷水过多（啖冷过度），也可能是一直喝江水的缘故。第二天早晨，觉得特别软弱无力，乃停止进食。因为他自己是医生，就自己买了一服药，买黄耆来吃，觉得好得多了。黄耆，中医认为是很有力的补药，能补血、补内脏各经，是衰弱病症的好补药，而并不适于专治某一种病。这味药在现代还需要研究，因为很多现代的中国人天天用碗喝黄耆汤，确有益处。
可是，他的消化系统确是出了毛病，他夜里不能睡。大画家米芾来看他多次。他身体较好时，二人甚至一同去做东园之游。他在仪真给米芾写的九封信把他的病描写得很明白。有一次，他这样写：“昨夜通旦不交睫，端坐饱蚊子尔。不知今夕如何度？”米芾送来一种药，是麦门冬汤。苏东坡一直把米芾当晚辈看，米芾则对他十分仰望。现在苏东坡读了米芾的一篇赋之后，他预言米芾的名声已经屹立不摇，虽然二十年相交，对他所知，实嫌不足。苏东坡的病，时而觉得好些，时而觉得软弱疲乏。他的生命力受到了破坏，不是皇帝，也不是章惇，而大概是阿米巴菌。河边的湿潮气闷很难受，他让船移到较为凉爽的地方。
六月十一日，他向米芾告别，十二日过江往靖江去。在这个地区，他特别受人欢迎。到此等于还乡。诗人已自海外归来，即将到达的消息，立刻传开。百姓有数千之众，立在江边，打算一看这位名人的丰采。一般都传说他要做中枢要员，执掌朝政。
他堂妹的坟墓就在靖江，她儿子柳闳现在城内。六月十二日，甚至他身体疲弱之下，他仍然和三个儿子、一侄子，去到堂妹及其丈夫墓前祭祀。他第二次为亡者写祭文，可能是为堂妹写了一篇，另为堂妹夫写了一篇，不过从内容上看不太清楚，不敢确信。第一篇《祭柳仲远文》，先提到的是他妻子堂妹，然后才说：“矧我仲远，孝友恭温。”第二篇祭文更为真情流露，其中文句有：
我厄于南，天降罪戾。方之古人，百死有溢。天不我亡，亡其朋戚。如柳氏妹，夫妇连璧。云何两逝，不愁遗一。我归自南，宿草再易。哭堕其目，泉壤咫尺。闳也有立，气贯金石。我穷且老，似舅何益……
第二天，客人去看他，发现他侧身面壁而卧，哽咽抽搐，竟致不能起床接待他们。来访的客人之中有已故的宰相苏颂之子，以为苏东坡是为他的亡父而哭。苏颂亡时年八十二岁。苏颂家虽然与苏东坡同姓，却不是同一省籍。苏东坡与苏颂相识，已有三四十年，但是若说他听他老友之死会伤心到如此程度，实难令人相信。并且，在前一天，苏东坡听到他死的消息时，也没亲自到墓前去祭奠，只是派长子苏迈去过。他这种悲伤的原因，我相信，必须从上面引证的祭文里去看。
在当地的文人不能见到苏东坡的，其中有章惇的长子章援。因为苏东坡病重，谢绝见许多客人。章惇一年以前也贬到雷州半岛去了，儿子正在前去探望他父亲的途中。当年苏东坡为主考官时，他曾亲自以第一名取了章援。所以章援，按一般习惯上说，应当算是苏东坡的门生。那是大概九年以前的事。章援知道他父亲对苏东坡的所作所为，也知道苏东坡这种人物随时有再度当权的可能，所以他给苏东坡写了一封长七百字的信。这封信当然很难措辞。他说出不敢登门拜访的理由，并且很坦白地说是因为他父亲的缘故，他曾踌躇再三。他很委婉地提到苏东坡若有辅佐君王之时，一言之微，足以决定别人的命运。章援深怕苏东坡会以他父亲当年施之苏东坡者，再施之于他父亲。他盼望能见苏东坡一面，或者得他一言，以知其态度。
章援若是以为苏东坡会向他父亲寻仇，他就大谬不然了。苏东坡在遇赦北归的路上，就听到章惇被放逐的消息。有一个人叫黄实，与苏章两家都有亲戚关系。他是章惇的女婿，同时又是苏子由第三个儿子的岳父。苏东坡听到章惇被贬谪的消息，他写信对黄实说：“子厚得雷，为之惊叹弥日。海康地虽远，无甚瘴。舍弟居之一年，甚安稳。望以此开譬太夫人也。”他给章援的回信如下：
某与丞相定交四十余年，虽中间出处稍异，交情固无所增损也。闻其高年寄迹海隅，此怀可知。但已往者更说何益？唯论其未然者而已。主上至仁至信，草木豚鱼所知。建中靖国之意可恃以安。所云穆卜反复究绎，必是误听。纷纷见及已多矣，得安此行为幸。见今病状，死生未可必。自半月来食米不半合，见食却饱。今且连归毗陵，聊自憩我里。庶几少休，不即死。书至此，困惫放笔，太息而已。
六月十四日
圣法兰济，也是生在那同一世纪的伟大人道主义者，他若看了这封信，一定会频频点头赞叹。这一封信，连同他以前给朱寿昌反对杀婴恶俗的那一封信，还有他元祐七年（1092年）给皇太后上疏求宽免贫民欠债的那一封信，可以算作苏东坡写的三大人道精神的文献。
在六月十五，他沿运河继续自靖江北归常州家园。他万劫归来的消息引起了轰动，沿路在运河两岸，老百姓表示发乎真诚的欢迎。他体力较佳，已然能在船里坐起，头戴小帽，身着长袍，在炎热的夏天，两臂外露。他转身向船上别的人说：“这样欢迎，折煞人也！”
航程很短，不久到了常州，住进东门附近好友钱世雄给他租的一栋房子。他要做的第一件事，是向皇帝上表请求允许完全退隐林下。宋朝官员的退休制度是，朝廷将退休的官员任命为寺院的管理人，处于一种半退休状态。苏东坡现在被任命为故乡四川省一个寺院的管理人，管理庙产。当时有一种迷信，官员若有重病，辞去官职，有助于病的痊愈，也能延年益寿。意思是在上天看来，做官和抢劫人民原是一而二，二而一的。辞官不做就犹如向神许愿不再为恶之意。苏东坡说他也闻有此说，愿意一试。
回到常州之后，他的病还是缠绵不愈。一直没有胃口，一个月光景，始终倒在床上。他预感大去之期已不远。在家人侍奉之下，好友钱世雄几乎每隔一天就去看他。他在南方时，钱世雄不断写信捎药物给他。每逢苏东坡觉得稍好一些，他就让儿子过写个便条去请钱世雄来闲谈。一天，钱世雄到时，发现苏东坡已不能坐起来。
苏东坡说：“我得由南方，迢迢万里，生还中土，十分高兴。心里难过的是，归来之后，始终没看见子由。在雷州海边分手后，就一直没得再见一面。”
过了一会儿，他又说：“我在海外，完成了《论语》、《尚书》、《易经》三书的注解。我想以此三本书托付你，把稿本妥为收藏，不要让人看到。三十年之后，会很受人重视。”
然后想打开箱子，但是找不到锁匙。钱世雄安慰他说，他的病会好，一时不用急。在那一个月里，钱世雄常去探望。苏东坡最初与最后的喜悦，都是在写作上。他把在南方所写的诗文拿给钱世雄看时，两目炯炯有神，似乎忘了一切。有几天，他还能写些小文札记题跋等，其中一篇是《桂酒颂》，他把这一篇送给钱世雄，知道他的好友会细心珍藏的。
七月十五，他的病况恶化。夜里发高烧，第二天早晨牙龈出血，觉得身体特别软弱。他分析症状，相信他的病是来自“热毒”，即一般所谓传染病。他相信只有让病毒力尽自消，别无办法，用各种药进去干涉是没用的。他拒绝吃饭，只喝人参、麦门冬、茯苓熬成的浓汤，感觉到口渴，就饮下少许。他写信给钱世雄说：“庄生闻在宥天下，未闻治天下也。如此而不愈则天也，非吾过矣。”钱世雄给苏东坡几种据说颇有奇效的药，但是苏东坡拒不肯服。
七月十八，苏东坡把三个儿子叫到床前说：“我平生未尝为恶，自信不会进地狱。”他告诉他们不用担心，嘱咐他们说，子由要给他写墓志铭，他要与妻子合葬在子由家附近的嵩山山麓。几天之后，他似乎有点起色，教两个小儿子扶他由床上坐起，扶着走了几步。但是觉得不能久坐。
七月二十五日，康复已然绝望，他在杭州期间的老友之一--维琳方丈，前来探望，一直陪伴着他。虽然苏东坡不能坐起来，他愿让方丈在他屋里，以便说话。二十六日，他写了最后一首诗。方丈一直和他谈论今生与来生，劝他念几首偈语。苏东坡笑了笑，他曾读过《高僧传》，知道他们都已死了。
他说：“鸠摩罗什呢？他也死了，是不是？”鸠摩罗什为印度高僧，在汉末来中国，独力将印度佛经三百卷左右译成中文。一般人相信他是奠定大乘佛法的高僧，中国和日本的佛法即属于此一派。鸠摩罗什行将去世之时，有几个由天竺同来的僧友，正在替他念梵文咒语。纵然这样念，但是鸠摩罗什病况转恶，不久死去。苏东坡在二十四史中的《后秦书》中，读过他的传，还依然记得。
七月二十八日，他迅速衰弱下去，呼吸已觉气短。根据风俗，家人要在他鼻尖上放一块棉花，好容易看他的呼吸。这时全家都在屋里。方丈走得靠他很近，向他耳朵里说：“现在，要想来生！”
苏东坡轻声说：“西天也许有。空想前往，又有何用？”钱世雄这时站在一旁，对苏东坡说：“现在，你最好还是要做如是想。”苏东坡最后的话是：“勉强想就错了。”这是他的道教道理。解脱之道在于自然，在不知善而善。
儿子迈走上前去请示遗教，但是一言未发，苏东坡便去了，享年六十四岁。半月之前，他曾写给维琳方丈说：“岭南万里不能死，而归宿田野，遂有不起之忧，岂非命也夫！然生死亦细故尔，无只道者。”
由一般世俗的看法衡量，苏东坡毕生坎坷多舛。有一次，孔子的弟子问伯夷叔齐二大先贤，他二人不食周粟，饿死首阳山。弟子问孔夫子：“这些大贤人临死之时，有无怨恨？”孔夫子曰：“求仁而得仁，又何怨？”
苏东坡今生的浩然之气用尽。人的生活也就是心灵的生活，这种力量形成人的事业人品，与生而俱来，由生活中之遭遇而显示其形态。正如苏东坡在《潮州韩文公庙碑》中所说：“浩然之气，不依形而立，不恃力而行，不待生而存，不随死而亡矣。故在天为星辰，在地为河岳，幽则为鬼神，而明则复为人。此理之常，无足怪者。”
在读《苏东坡传》时，我们一直在追随观察一个具有伟大思想、伟大心灵的伟人生活，这种思想与心灵，不过在这个人间世上偶然呈形，昙花一现而已。苏东坡已死，他的名字只是一个记忆。但是他留给我们的，是他那心灵的喜悦，是他那思想的快乐，这才是万古不朽的。