印度尼西亚的华人有着相当悠久的历史。据古籍文献的记载以及出土文物的考察，华人移居印尼的时间至少可以追溯到唐朝末年，也就是说，远在一千一百多年以前，华人就已经在印度尼西亚居住生活了。移居印尼的华人分布在一千多个大大小小的岛屿上，出售从中国运来的丝绸、布匹、瓷器、茶叶等货物，收购当地出产的香料、药材、珠宝等土特产，并将中国先进的种植、养蚕、酿酒、制糖、制绢、冶炼、铸造等生产技术和古老的文化传到了印尼，为印度尼西亚生产力的原始开拓、发展和经济的繁荣立下了不可磨灭的功勋。在漫长的一千多年的岁月里，华人在印度尼西亚与当地各民族同甘共苦、和睦相处、息息相关、生死与共，从移民走向定居，逐渐融入当地社会。
印度尼西亚是世界上华侨华人聚居最多的国度之一，目前居住在该国的华侨华人总数约为1000多万，占印尼人口总数的5%左右。其中，95%以上已于二十世纪六十年代加入了印尼国籍，成为印尼民族大家庭中的一员。
华人在印尼国民经济中所起的作用以及华人在国民社会中应有的地位，是有史可鉴，有目共睹，并得到全世界人民包括印尼人民的公认和肯定。但是，印尼却是世界历史上和现实生活中排华问题最为严重的国度之一。
据文献记载和后来诸多学者研究，以1740年荷兰殖民当局制造“红溪惨案”为肇始，此后印尼曾发生过许多起大规模的排斥、屠杀、迫害华侨华人的惨剧。如1945年11月的泗水惨案、1946年3月的万隆惨案、6月的文登惨案、8月山口洋惨案、9月的巴眼亚底惨案、1947年1月巨港惨案等。二十世纪六十年代后，印尼仍经常发生许多较大规模的反华、排华动乱，如1963年3月至5月从西爪哇蔓延到中、东爪哇的排华骚乱、1965年至1967年全印尼性的排华浪潮、1974年由反日运动引起的排华骚乱、1978年雅加达由学生示威引发的反华骚乱、1980年11月中爪哇的排华暴动等。在二十世纪八十年代，各种大小程度不同的反华、排华流血事件此起彼伏，几乎每年都在印尼各地上演。1998年5月，本是一场反对当时印尼总统苏哈托的政治运动也演变成为一场震骇世人的排华暴乱。据不完全统计，暴乱期间，仅印尼首都雅加达就有5000多家华人工厂店铺、房屋住宅被烧毁，约170名华人妇女被强暴，近1200名华人被屠杀。同时发生在梭罗、巨港、楠榜、泗水、棉兰等地的类似暴乱所造成的华人生命财产损失更是无法估量。1999年，棉兰华人的数十艘渔船和数十辆卡车被焚毁，5000多吨货物被抢劫；万隆的一家华人纺织厂被焚烧。2000年5月骚乱二周年之际，数以千计的暴徒集结雅加达，对华人商店进行了攻击和抢劫。印度尼西亚华人的命运引起了全世界人民的同情与关注。
华人对印尼的贡献殊多，但又何以屡遭迫害？究其原因，知名华侨史研究学者梅显仁认为，其始作俑者应追溯到殖民主义者那里。他在《印尼排华问题探析》一文中曾中肯地分析道：
移居印度尼西亚的华侨华人是和平移民。他们或出于通商贸易、或出于躲避灾荒战乱、或出于被拐骗劫掠、或出于追求新生活而离乡背井来到这里，与当地各族人民共同披荆斩棘，流汗洒血，进行开发和建设。可以说，移居印尼的华侨华人与原住民之间是一种同劳动，共患难，互通有无，友好合作的关系，相互之间并没有根本上的利害冲突。正如印尼前总理阿里·沙斯特罗阿米佐所指出的，“许多中国商人、工人、手工业者”“不仅带来了货物”，还“带来了中国的技术和古老的文化”(《人民日报》1955年6月3日)。因而，在印度尼西亚岛屿城乡间，受到当地人民的普遍欢迎并享有相应的威望。
十七世纪初，荷兰殖民者入侵印度尼西亚时，也曾清醒地意识到华人在印度尼西亚无数岛屿的开发与建设中的地位和作用。时任荷兰驻巴达维亚首任总督的彼德逊·昆曾在其给上司的信中写道：华人是“辛勤劳动，没有武装，不用害怕的人”，“这个‘新兴共和国’里无论什么民族都可以容纳，但华侨人口必须永远占绝对多数，这个国家才能生存。”为此，他曾对万丹实施封锁，迫使在当地从事商业、手工业和农业劳动的两千多名华侨迁至巴城。他在1623年离职时劝戒其继任者：“利用此时印度洋的季节风，派遣舰队到中国沿海去，尽可能把男女幼童掳掠回来。这是最要紧的事。”为此，荷兰殖民者曾以武力侵占我国的领土澎湖列岛和台湾，进而到厦门、海澄等沿海地区大肆掳掠中国人，辗转运到巴达维亚当作奴隶出售。同时，荷兰殖民者不惜派船舰封锁马尼拉、澳门以及中国东南沿海港口，诱使甚至劫持中国商船前往巴达维亚贸易。殖民当局训令其官员“优厚接待”“经商的华侨，并大量发给华侨自由入境证，欢迎他们来巴城。”凡来自中国的商船，只要每艘交纳550里亚尔后，“不论其只数多寡，船舶大小，货载贵贱”，一律不加“盘查干扰”。
中国商船除带来丝绸、纺织品、茶叶、瓷器、铁器等印度尼西亚人民生活必需品外，还带来许多因生活窘迫而不得不移居印尼谋生的华人“新客”。据外国史籍记载，至1739年，居住在巴达维亚城内外的华人人口已达14962人。当时整个印度尼西亚包括巴达维亚在内仍是野兽横行的荒凉未垦的处女地，“华侨担任的工作是酿酒、割草、伐树、挑水、烧窑、制砖、打铁、制造木具、种植蔬菜和培植牡蛎等”。“来到这里的中国人，大多数是做生意的人，然而他们的手工艺比任何一位(东)印度人都更高明；他们大部分从事于打鱼和耕作，尤其是种稻、种蔗和种玉米；有些人虽然仍以打鱼为业，但主要还在于做买卖。”
也就是说，华侨活动的经济领域囊括了农业、渔业、农产品加工业、手工业以及商业等开发建设的各个方面。故而有人赞道：“巴城如果没有华侨，几乎不能存在。”(弗列格：《东印度群岛史》)
荷兰殖民者对华侨的政策，不仅是出于劳动力的需要，而且也出于掠夺财富的需要。
但是，当移居印度尼西亚的华侨人口的增长以及华侨在印度尼西亚经济活动的发展危及荷兰殖民者的贸易垄断地位和利益时，荷兰殖民当局对华侨的政策就转化为限制、排挤和打击。1606年，荷兰当局宣布：“除荷兰东印度公司外，禁止其他(商旅)私自与印度尼西亚东部贸易。”之后，又陆续颁布禁令，禁止中国商船到除巴达维亚外的印尼各岛屿及港口贸易。从1620年12月开始，荷兰殖民当局对印度尼西亚的华侨，尤其是华侨蔗农实施各种项目繁多的横征暴敛，并强迫华商将运来的商品和收购到的土特产按照他们规定的低贱价格卖给东印度公司。1619年，荷兰殖民当局在印度尼西亚实行华侨甲必丹制度，加强对华侨的控制和管理，华侨必须在自己头领的管理下集体居住在指定的地方，以便“分而治之”。之后，荷兰当局还实行通行证制度和居留区制度，对华侨人口的迁移、流动、居住进行限制。1690年，印尼荷兰殖民当局颁布公告，规定船只运载华人新客入境的限额，超过限额者则要被罚款、服苦役和遣返。
进入十八世纪二十年代，在印度尼西亚因失业陷入贫困的华侨日益增多，荷兰当局害怕这些无业的华人会危害他们的殖民统治，即将其拘捕流放到锡兰、班达、好望角等殖民地充当种植园的苦力。这些无辜的华人往往在途中就被杀害或抛弃海中。一些不愿坐以待毙的华侨纷纷逃往城外，聚集在一起，组成一支近五千人的抗荷队伍，以图自救。1740年10月9日，荷兰殖民者借口华侨要进攻巴达维亚，下令荷军在巴城内挨门逐户拘捕华侨，不论男女老幼，捉到便杀，一时“悲号之声，耳不忍闻”。在殖民者的纵恿、悬赏下，荷兰雇佣兵和当地歹徒放火焚毁了华人街，并对城内华侨进行疯狂的大洗劫。据史料记载，从10月9日至12日，城内华侨被屠杀者近万人，连关在监狱和卧病住在医院的华侨亦惨遭屠刀。被焚毁和劫掠的华侨房屋六七百家，财产损失无法估计。由于这场针对华侨的惨绝人寰的大屠杀发生在巴城内红溪河畔华人区，因此被后代史家称为“红溪惨案”。
红溪惨案震惊了印度尼西亚、中国和欧洲。荷兰本国和巴达维亚殖民当局都害怕清政府会因此采取报复措施，曾派出专使乘专船携带“说帖”前往北京活动。此时中国正当所谓的“乾隆盛世”，但清朝统治者竟认为“被害汉人，久居番地，屡邀宽宥之恩而自弃王化，按之国法，皆干严谴。今被其戕杀多人，事属可伤，实则孽由自作。”(《清朝文献通考》卷二九七)并没有对荷方使者严词谴责，也没有向杀人凶手兴师问罪，更没有采取任何措施对华侨进行保护，致使这场针对中国侨民的血腥大屠杀最后不了了之。
红溪惨案发生后，巴达维亚城内的华人几被屠杀殆尽，该城的经济也因此承受到沉重的恶果。粮食不足，砂糖奇缺，商业萧条，税收锐减，物价上涨，日用工业品和铁匠、木匠、泥水匠、裁缝等手工艺人均告缺乏，不但严重地影响巴达维亚市民的生活，也使荷兰东印度公司蒙受很大的损失。荷兰政府出于殖民统治利益的需要及对华人的依赖，排华反华的政策不得不暂时有所缓和收敛，但其对华侨歧视、限制、排挤、压迫、打击、掠夺的态度并没有实质性的改变。十九世纪初，巴达维亚议会给荷兰政府的一份报告中说：“虽然中国人作为最勤劳的移民应该是最有用的，但是，恰恰相反，他们已经成为非常危险的人。”
因此，一方面，荷兰殖民政府不断通过各种途径引诱、拐骗甚至掳掠大量的契约华工到印度尼西亚的种植园和矿场充当苦力，利用华人对殖民地进行原始开发，榨取他们的劳动。另一方面，却依然在政治、经济、文化、法律、教育等诸方面对华人实行限制、排挤和打击。在种植园和矿场工作的契约华工被强制从事繁重的体力劳动，还被剥夺了政治权利，不得组织工会，不许集会结社。
对于经商的华侨，课以各种苛捐杂税。“各种税率之中，中国人要特别加重。如西人一张书台每年只课三元的家私税，中国人非倍至六元不可”；而且“华人开设商店，经营业务，不必有违犯法律之证据，驻在官得任意命令拆毁或停止之。”华侨的居住通行及侨商的经济活动则受到严格的限制：“华人居留地以十里为范围，不得出其圈限外，或与荷人及土人同居处……华人欲之何处，必须请给旅券，至其目的地，限二十四小时内报告地正，否则有罪。”“华人来往本岛贸易，必领路票，使费之外，仍缴印花银若干；到一处又须挂号，再缴银若干。如一日到三五处，则缴银亦须三五次。挂漏查出则重罚。”(《清史稿?邦交志七》)
1884年，荷印政府颁布法令，规定华侨“只能以二盘商或三盘商的身份”从事贸易活动，将华商限制为当地欧洲大商人与印尼人之间的中介商。禁止华侨拥有土地，迫使许多原来务农的贫苦华侨弃农转商，从事小商贩或家庭手工业等个体劳动。荷印当局还规定华侨不能到荷兰人的游泳池游泳，不能进荷兰人的娱乐场所，甚至不能穿西装。在法庭上，受审的华侨只能蹲着，不准坐下或站立，而且没有上诉的权利。荷兰人办的学校，只是在有余额的情况下才允许华侨子女入学，而且还必须通晓荷语，交纳昂贵的学费，个别能到荷兰人的学校就读的华侨子女，也备受欺负侮辱。为了限制华侨自己创办的华侨教育事业发展，荷印殖民政府在1932年制定公布了《取缔私立学校条例》，对华侨学校的创办、管理、经费、教学内容、教员资格、居留等等都规定了严厉苛刻的条件。
1935年5月，印度尼西亚华文报刊披露，遭荷印政府明令禁止的华文书籍达十二类六百余种之多。荷印殖民当局所有这些带歧视性和侮辱性的排华反华措施，使移居印度尼西亚的华人华侨深受排挤和迫害，从而也大大激发了他们民族意识的觉醒。但是，印度尼西亚各华埠的华侨社会在外力的挤压下走向团结共济的同时，也陷入了自我封闭的圈子，自我孤立于当地社会之外，与当地民族形成了隔阂。从而被殖民主义者蓄意利用，造成当地人对华侨的许多根深蒂固的误解与偏见，扩大了二者之间政治、经济、思想的矛盾，阻止了华人与当地民族的认同，进而为日后印度尼西亚民族主义的排华反华浪潮的兴起埋下了祸根。
第二次世界大战期间，印度尼西亚被日本侵占。二战后，印度尼西亚走向独立，建立了民族国家。然而，排华反华浪潮不但没有因印尼民族的解放而得到遏制，反而愈演愈烈，甚至演化成一系列流血的大规模的暴力活动。
追溯原因，早在1911年印度尼西亚“伊斯兰教同盟”成立伊始，就已公开宣布要改善原住民商人的地位，反对华商。日占时期，又蓄意挑拨原住民与华侨之间的种族仇恨，放纵印尼人大肆抢劫与杀害华侨，使两族之间关系更加恶化，敌意更深。1945年到1950年印尼民族独立运动期间，印尼人反华情绪不断高涨，不少华侨遭到抢掠屠杀。独立后，掌握了国家政权的印尼民族政治家视华侨经济力量为“殖民时代的残余”，更以振兴民族经济为由，以激进立法的形式，从各方面对华侨进行全面的限制和排斥。在苏加诺时代，印尼政府出台的限制、排斥华侨经济的法案达30个左右，对华商经营的国内贸易、进口企业、汽车商行、碾米业、木材业等加以限制和监督，并禁止华侨在乡村从事零售业。特别是苏加诺政府于1959年颁布的第10号总统令，明令从1960年起禁止华侨在印度尼西亚县级以下地区经商。这道法令被印尼某些地区的军事掌权者发展为不准华侨在县级以下地区居住，结果造成50多万华侨失去生计，有的甚至流离失所，10多万华侨遭遣返。1965年9月30日，苏哈托领导的军方推翻苏加诺政府，同时展开了规模空前的排华与大屠杀，至少有30万华人在这次血腥的排华行动中死亡。
苏哈托政府上台后，反华排华达到了登峰造极的地步。他下令以“支那”一词取代“中华”，把印尼居民分为原住民和非原住民，将华人归为非原住民，并在其身份证上注上特殊记号，赤裸裸地将对华人的歧视公开化、合法化。从1966年起，苏哈托政府颁布了数十项排华反华的法令法规。剥夺了华人作为印尼公民应享有的政治文化权利，强迫华人放弃本民族的语言、文化、宗教信仰和生活习俗。苏哈托政府的内政部、司法部甚至多次颁发专令，要求印尼华人改名换姓，彻底放弃自己的中文名字，改用印尼化的姓名。华人不得在公共场所举行庆祝华人宗教信仰和风俗习惯的各种节日活动，与中华文化有关的各项祭祀仪式和活动只能在家庭或个人的范围内进行。苏哈托政府特别压制有中华文化传统的孔教，要求华人皈依伊斯兰教或得到印尼官方承认的佛教，不许华人以孔教名义进行结婚登记。
1966年5月，印尼政府下令关闭全印尼的667所华文中小学，之后，又相继关闭了全国所有的华文报纸和华人社团。七十年代中期，苏哈托政府连续颁布法令，对华人资本在企业中的股份比例及经营范围进行限制，禁止华人企业使用中文招牌。1987年12月，雅加达市政府命令企业的华人与华人客商都必须使用印尼语会话。在苏哈托执政的32年里，华人被排除在印尼的政治、军事、文化等职业领域以外，不能进入政府部门、军队以及国立学校工作，只能在经济领域从事工商业，或在体育界求发展。即使是为印尼赢得世界荣誉的华裔体育明星，也常常受到印尼政府机关的歧视和种种有意刁难。
印尼当局所实行的这些排华政策，属于一种以血统和文化为基点的狭隘民族主义政策，从本质上说，是一种彻头彻尾的种族歧视政策。由于这种排华政策已上升为政府行为并在法律上和行政上得到实施，所以给印尼的华侨华人造成的伤害就特别严重。
针对华人的骚乱和暴乱，几乎成了印尼社会一个反复发作的病症。在长达半个世纪的岁月里，印尼的华人作为一个曾对其开拓与发展作出过杰出贡献的少数民族，并没有得到应有的尊重和保护，印尼华人的公民权、生存权乃至基本人权受到任意践踏，没有任何保障。印尼社会稍有风吹草动，华人便首当其冲，成为印尼统治阶级内部各利益集团之间斗争的牺牲品，和极端民族主义者发泄不满情绪的替罪羊。可以说，印尼华人的命运史上，充满着血泪斑斑的苦难。
1998年5月，在雅加达等地发生的大规模的有组织的反华骚乱，将印尼华人的苦难推向深渊。尽管印尼军警要员在血腥的事实面前矢口抵赖，受害华人在威胁恐吓之下忍辱沉默，但印尼华人的悲惨遭遇还是被公之于光天化日之下，在国际舆论的普遍同情与强大压力之下，继任总统哈比比不得不亲自到雅加达华人聚居区视察民情，正式表态“代表印尼政府和全国人民”谴责五月骚乱期间一些地区伤害华人及强暴妇女事件，是“印尼历史上最不人道的事件”，承诺严加调查，将暴徒和凶手绳之以法，并保证此类事件不再重演。哈比比政府表示对包括华人在内的所有印尼人一视同仁，下令停止在华人身份证上加盖特别注明字样，取消对华人的特别行政管制和一些歧视性法规。
1999年10月瓦希德总统组成新政府后，印尼开始了民主化的进程。先后担任总统的瓦希德和梅加瓦蒂都采取了一系列缓和民族矛盾，改善华人境遇的措施。如参加联合国废除种族歧视的公约，取消歧视华人的措施，立法保护华人，允许华人享有同其他国民一样的信仰、结社、游行、示威的自由，允许华人发展本族文化，使用华文华语，恢复华刊、华教和华校，将华文教育纳入国民教育的主流，将汉语与英语、日语同列为第二语言，指定大学开设高级汉语班，国家的行政、司法、检察、教育等机构全部职位向华人开放，承认孔教为合法宗教，准许华人自由举办宗教信仰或民俗活动等。