除此之外，宗喀巴在诸多方便法门中最强调的就是菩提心了。他认为“生子俱须父母，道支圆满亦须方便、智慧二品。特须方便上首发菩提心，智慧上首通达空性。”也就是发菩提心为方便法门中最重要的，它的重要程度用另外一个比喻就是“菩提心如父之种，证无我慧如同慈母。”这里以父、母为谕，无疑认为发菩提心甚至超过了对“空性”的修证。菩提心的这一重要性引出了宗喀巴另外一个很具特色的观点：故说般若波罗蜜多为母，是大小乘二子之母。故证空慧，不能判别大乘小乘，以菩提心及广大行而分判之。菩提心成为分判大小乘的分水岭。对于菩提心的界定，宗喀巴则引用了《现观庄严论》中的“发心为利他，欲正等菩提”作为解释，这就和丁福葆在《佛学大辞典》中对菩提心的界定：求正觉之心日菩提有了不同。宗喀巴将为利他而成佛视为菩提心最重要的内容并给予反复的论证。并基于此，顺理成章地将由于众生流转生死，为无边烦恼缠缚所起的悲悯之心看作发心的基础，即“大悲心亦是菩提心与无二智之根本。”然而，仅有“悲”心还是不够的，还必须有荷负“令有情得乐离苦”之重担的行为，这样愿心、行心双具，才算圆满。在对待菩提心这个问题上，再次折射出宗喀巴作为一个宗教家悲天悯人的普世情怀。实际上，这种普世情怀一直贯穿在宗喀巴的整个思想体系中，比如他认为“惟此空解，不能成佛，声闻、独觉亦得此无分别故”，既然佛、声闻、缘觉都是证得空性，获无分别智，那又是什么造成了他们的差别呢？“诸声闻等果报下劣，是由未能广行利他。诸佛获得究竟果位，是由广利有情而生。”一个词：利他。而这一点，基于立论的基础不同，并不为禅宗所特别强调，慧可认为“是知众生识心自度，佛不度众生”（净觉《楞伽师资记》），而慧能也认为“见自性清净，自修自作自性法身，自行佛行，自作自成佛道”（《坛经》第19节）。这固然和禅宗以心性之学为骨架分不开，但也和另外一个问题不无关涉：即双方对人的价值判断、定位有关。宗喀巴在这个问题，基本上承袭的印度佛教的基础观点：人只不过是六道中的一道，并且还处在生死流转之中，用原汁原味的语句来说就是“众生堕三有海与我相同。盲闭慧眼不辨取舍，履步蹎蹶不能离险”、“有情数量众多，行为恶暴”，总而言之，人并没有什么值得被特别凸现出来的内容，也就没有什么本觉的佛性，在这种情况下，对成佛中“他力”依赖的倾向就比较明显，上师、菩萨行中的布施等法门相砬地得到强调。而禅宗在对待人的价值判断的问题上，则比较接近传统文化中的基调，即以“贵人”为主。对人及其价值的重视，在汉地古代的典籍中比比皆是，老子言“故道大、天大、人亦大，域中有四大，而人居其一焉”（《老子》25章）。庄子则倡言“天地与我并生，万物与我为一”（《庄子·齐物论》）。而《郭店楚墓竹简》中则有“天生百物，人为贵”。基于此，中国人的价值本体论的特色之一就是“高扬人类内在价值，顺承乾天，厚德载物，翕合辟弘．妙与天地秩序合德无间。”禅宗的“即心即佛”、心性本觉等在某种程度上延续的其实是这条路线，所以在人佛关系中凸现的是人自身的作用，强调自悟。“利他”既然没有宗教理论上的需求，自然也就不用大力推介了。但是，无论是宗喀巴还是禅宗大师，在对终极世界的选择上，却又暗合了。宗喀巴抬升利他精神，盛赞菩萨道，要求僧人以普渡众生为己任，慧能则说“前念迷即凡，后念悟即佛”（《坛经》第26节），最终都强调对现世的不弃不离，这就完全消解了原始佛教灰身灭智、心身俱寂的涅槃境界的意义。
六度中除般若波罗蜜多之外的布施、持戒等其他“五度”也是较为宗喀巴看重的方便法门。在谈及这个问题时，宗喀巴引用了《摄研经》中佛告诉弥勒的一段经文“汝亦曾于六十劫中正修布施波罗蜜多，六十劫中正修尸罗波罗蜜多，六十劫中正修精进波罗蜜多，六十劫中正修静虑波罗蜜多，六十劫中正修般若波罗蜜多。彼诸愚人作如是说，惟以一法而证菩提，谓以空性，此等未能清净诸行。”他引此经的目的就在于论证六波罗蜜多具有同等重要的地位，不能厚此薄彼，它们都是通往佛境的、不可替代的资粮，试图以一法而证菩提，乃愚人之举。尤其对布施，宗喀巴还是很看重的，认为“证得极喜地时，菩萨所修十度行，以布施波罗蜜多为最增胜，然非无余波罗蜜多，其出世布施波罗蜜多，即大菩提之第一因。”布施是初地菩萨最重要的修行法门，所以只获空解，不修布施为“大邪见”。对此的强调，一则源于“智慧方便不离之理”（《菩提道广论》第258页），二则也是因为到宗喀巴大师时，西藏寺院上层已成为统治阶级的一部分，也就是后来所说的三大领主之一，整个寺院也以寄生为主，反对布施，就等于卡断了他们的经济来源，动摇了其存在基础。而禅宗（不论是南宗还是北宗）都不提倡布施，甚至于反对，神秀明确反对“修伽蓝、铸形象、烧香、散花、燃长明灯”，慧能则说：“造寺、布施、供养，只是修福，不可将福以为功德，功德在法身，非在福田。”副这不仅和禅宗明心见性自可成佛道的观点有关，而且也和禅宗寺庙“农禅并举”的生存方式互为发明。
最后，在智慧、方便双修方面，宗喀巴认为“欲得佛果，于修道时须依方便、智慧二分，离则不成。”不仅如此，他还引《祥胜初品》云：“般若波罗蜜多者是母，善巧方便者是父。”认为二者首先是相即想随的，于成就无上菩提时的作用是同等重要的，所以智慧方便必须双运双修。在此基础上，有认为方便重于智慧的倾向，其重要性主要体现在“总大小乘非空慧分，用方便分；分二大乘，非就通达甚深空慧。须以方便分别。”方便不仅成为划分大小二乘的界碑，也成为划分二种大乘——密咒大乘及波罗蜜多大乘的界碑。这和禅宗的旨趣相差甚远，禅宗强调慧解脱，反对向主体之外用功，要求任何时候都“不假外修”。
在方便、智慧双修的修习方法上，宗喀巴大师非常强调次第，也就是遵循渐修的思路。在显密关系上，他强调先显后密，由显入密。在显教中，又确定了三士道的修行次第，概而言之，首先要认识到人生短暂、且诸苦相逼，因而要厌离生死，深信造成流转生死之因的业果。接着在厌离的基础上，修习佛法，寻求解脱之道。最后在自我解脱之后，还须学习菩萨道，自利利他，度众生离苦海。与此同时，如果根性与能力足够，便可趋向密宗，在密宗中依旧沿着事部、行部、瑜伽部、无上瑜伽部的次第层层渐进。这一次第在具体的论证过程中尤为详密，它能使学佛者亦步亦趋地由浅入深、由低到高渐入佳境，体现了简捷易行的风格。宗喀巴大师之所以确立渐修次第，主要是由于他反对任何直接的或“变相”的“有我论”，并引《无尽慧经》说：“若有由其种种名言，宣说有我、有情、命者、养者、士夫、补特伽罗、意生、儒童、作者、受者，于无我中显似有我，此等名为不了义经。若有显示空性、无相、无愿、无作、无生、不生、无有情、无命者、无补特伽罗、无无我等诸解脱门，此等是名了义契经。”据此，如来藏——佛性一系的思想也属于“不了义”。这样他并不认为众生有如来藏识（佛性），更不认为众生存在着本觉的心性。由此，众人的解脱必须是一个循序渐进的过程，一个由外向内输灌过程，而并非一个内在的、固有的智慧或觉性的瞬间点燃。所以众生就不存在瞬间由凡至佛的可能性，而必须一步步蜕变。这实际上彰显了一个暗隐的实质：即在人佛（神）关系中。宗喀巴坚持了一种佛（神）人天隔的类似于伊斯兰教、基督教的、当然在佛教中也业已存在的（如佛所说，我于三大阿僧祗劫无量勤苦，乃成佛道。）的态度，顺应地是《法华经·方便品》中所言的诸佛世尊唯一以一大事因缘故出现于世，这就是欲令众生开佛知见，欲示众生佛知见，欲令众生悟佛知见，欲令众生人佛知见的思路，强调的是佛对众生的开示以及众生在佛的开示下的悟人，具有一定的依赖“他力”的倾向。此外，讲求渐修也是被格鲁派所改造、归并的噶当派的传统，噶当派的名僧博多瓦就认为“若数数思，渐能深信，渐净相续，能得加持。”由于成佛中对他力的依恃，菩提心、菩萨道中的诸方便法门也就显得格外重要。万川人海，宗喀巴大师理论体系的浑然一体在此无碍显现。
这与南宗禅讲求的“顿悟”说也是赫然不同的。慧能大师倡言迷凡悟佛，一念顿悟便别有洞天。其缘由第一则是由于大师以人心、佛性合而为一，所以成佛成为一个向内发觉的瞬间。第二则是由于顿悟“指的是人的本心本性的呈现；而人的本心本性的呈现又总是整体的、顿然来到的，所以它就是个质的问题，是有无的问题，而不是量的问题，多少的问题，所以它必然是顿非渐。”但是慧能的“前念迷即凡，后念悟即佛”实际上是从人佛所能达到的共同境界上说的，其解脱是一种精神解脱之境。根据这一点而认为禅宗的成佛过于简易，则是一种不恰当的看法。其实最简易处往往蕴含艰深，大道至简，反而言之，至简者方为大道。一念开悟所要求的根性、所含的心理提升，从终极意义上看，绝非凡夫朝夕间可得也。
从修悟的内容看，通过上面的介绍，我们可以发现宗喀巴认为在终极意义上是有“见”可得，有佛可修的。而慧能的“明心见性”中的心性的本质是“人性本自净”（《坛经》第20节）、“世人性净。犹如青天”（《坛经》第20节）、“佛性常清净”（《坛经》第8节）。那么性体清净到底是什么意思呢？佛教所谓清净，本是相对染污而言的，指那种去除了佛教所谓烦恼、迷惑、污秽而达到的纯真、清洁、寂静的状态。慧能自己也曾在这一层面上使用过这一术语。但在慧能的心性论中，性体清净还包含了更广大的义蕴：即自性是空的、无形相的、无规定的，所谓“佛性无形，悟即显，迷即隐”（《曹溪大师别传》）以及“净无形相”（《坛经》第18节）等说的都是这个内容。所以顿悟是没有客观的、可依缘的对象的，它的主要结果是主体心态的改变，因而是“悟无所得”，这就是慧能说的“道毕竟无得无证”、“自性本无一法可得”（《六祖大师法宝坛经·定慧品》）。