混乱之中，主上一行从下加茂移驾圣护院。不过，这次有了内侍所的侍卫们护驾。伏见奉行走在队伍最前面，内侍所守护神器的刀自簇拥着供奉神器的神舆紧随其后，神舆周围有重兵守护，后面跟着非藏人，紧接是陛下乘坐的便轿。
主上乘坐的便轿周围戒备森严，女官们侍候两旁。关白、左右内府、中务卿宫殿下、师宫殿下跟随在其后，队伍的最后是准后、敏宫殿下、
和宫殿下、祐宫殿下和新待贤门院。为了防止途中遭遇意外，还有御医一同随行。
所司代胁坂淡路守安宅护卫在队伍的最后压阵，一行人离开了下加茂神社。
出了神社，众人一面眺望着远处的火势和风向，一面择路前行。
大火来得突然，人们丝毫没有防备，道路自然混乱不堪。开路的护卫手执亮闪闪的短刀，瞪大了双眼，大声叫喊着：
“圣上驾到……圣上驾到……”
队伍艰难地向前挪动着……不过，京城人一听说主上的队列经过，都自觉地退到两旁，让出一条小道来。
出了下加茂神社，队伍从川合神社向西经过出川桥，接着向东登上川端堤，沿着河堤向南疾行，然后再穿过丸太町大道向东行进，最后终于抵达了圣护院。途中经过今出川桥时，由于桥面过于狭窄，内侍所的神舆根本无法通行。情急之下，侍从们只得扛着神舆上的柜子趟水过了河。
众人来到圣护院，已是下午4点左右了。
由于圣护院一时间并容纳不下这么多人，敏宫、和宫和新待贤门院三人便继续向南穿过三条大街，住进了三条大街东面的青莲院。
主上在众人的簇拥下到达圣护院之后，这才有了闲暇，便和祐宫说起话来。
此时，3岁的祐宫还只是个牙牙学语的稚童。大家都以为他也会随着女眷住到青莲院去。
但是，主上却让祐宫留在了自己身边。这一决定当然并不仅仅出于对祐宫的怜爱。
主上的决定还包含着更深的用意。
在这个紧急的时刻，内侍所的神器、天皇和年幼的皇子是皇室基业稳固的象征。
祸不单行，就在前一天，也就是阴历4月5日，主上第一次正式接到幕府签订日美条约的上奏……
其实，在幕府正式奏报朝廷之前，主上对此事已有所耳闻。但是，当他接到幕府的正式上奏之后，他便无可名状地感觉到，有一条无形的鞭子在拷问着自己的责任心。
“这一切都是因为自己仁德不足，对列祖列宗还不够忠诚呀！”
满怀愧疚的主上常常茶饭不思，夜以继日地潜心修行，祈求上天的保佑。主上因此而形容枯槁，面色憔悴。
幕府竟然未事先奏请朝廷，便擅自与洋人签订了条约……没有等待敕许便擅作主张，就等同于无视朝廷的存在……
“如此一来，能否保住我国家长治久安，黎民百姓安居乐业？”
幕府的行动势必迫使主上躬身自省，是否愧对了世代传承的天皇的责任。
最后，会出现怎样的结果呢……
每天，心如璞玉的主上数十次地反省自责。
偏偏在这个时候，一场大火从天而降。皇宫转瞬之间被大火吞噬，所幸主上逃出了火海，内侍所的神器完好无损……经历了这场突如其来的灾难，京城变得满目疮痍……
这时候，主上一定希望将年幼的祐宫紧紧地抱在自己的怀中，更加真实地确认自己所处的境况。
第二天，7日上午8时许，主上得知火势已被全部扑灭后，以一种异常有力的方式显示了自身的存在。
当主上听取了关白的禀报之后，立即下令犒赏火灾中护卫有功之臣。
内侍所的神器、主上、年幼的皇子……全都平安无事地躲过了劫难。主上从中一定获得了新的信心和力量……
经过各方调查，主上于4月16日宣布论功行赏。
冒着大火在第一时间赶到内侍所的东坊城聪长、桥本实久、三条实万各赏白银20枚；
守卫护送神器有功的广桥光成、醍醐忠顺、桥本实丽、乌丸光政、今城定国各赏白银10枚。
对于带着家仆冲进火海的白川神祇伯，陛下还特地颁发了表彰：
“4月6日，护卫内侍所有功，特赏赐白银7枚。”
此外，虽被刀自斥退未能进入内侍所，但护卫神器有功的杂役时冈茂郁也得到了陛下的嘉奖：
“因表现出色，不负厚望，特授予内舍人正六位下神祇小吏官职。”
当时，与时冈同行的园田隼人也获得白银一枚、铜钱200匹的赏赐。
受到奖赏的还有樽屋市兵卫的儿子市藏、楢屋与兵卫的伙计元七等生意人，各获得青铜钱30文的赏赐。至于他们受到赏赐的原因，直到现在还是个谜。不过，主上考虑得如此细致妥帖，其冷静和周到可窥见一斑。