天京攻克了，曾国藩还得按部就班，先以曾国荃信上写的攻城、杀“贼”等情节，向皇帝拟《报捷折》。以后的几天，曾国荃随时都送来大叠大叠的信件，曾国藩虽未临战，也知道了破城的详情。他的报捷折、保举折都是综合南京送来的信件写成的。
奏折发出去后，曾国藩等着清廷的批复，他急待知道清政府的态度。
六月二十四日(7月27日)，终于等来了上谕。此篇上谕，是皇太后、皇帝看了曾国藩奏报后当日发出的，为湘军攻克天京而称贺，赏加曾国藩太子太保衔，赐封一等侯爵，赏戴双眼花翎。曾国藩接旨后，于当天乘轮赴南京视察。他要了解被攻破的金陵的具体情况，要亲自审问“长毛”的紧要人物李秀成，要劝说曾国荃如何闯过“功高盖主”这一关。
在审讯李秀成的过程中，他知道了攻破天京时太平军的实际人数，并不像曾国荃所说的金陵城内的10万太平军，被湘军全部杀毙了。同时了解到幼主洪天贵福在湘军大肆抢掠，秩序混乱之际逃出金陵，亦不像曾国荃所说，已在城破时“举火自焚”。李秀成还供认：天京城内有“圣库”、有金银珠宝的窖藏等，这些情况与自己的奏报大不相符。这些情况，如果被清廷审问知道了，将成为他“欺君罔上”的罪证。于是他宁可违背将李秀成押送京师的旨意，在七月六日(8月7日)将李秀成杀害，并大量涂改了《李秀成自述》，以掩盖湘军抢掠财物的罪证，掩盖他们屡屡谎报军情的欺君行为。
曾国藩亲眼看到金陵各城被自己的军队焚烧、破坏的惨状，感慨地说：“自五季以来生灵涂炭殆无逾于今日。”他还亲眼见到湘军官兵尚在继续搜寻财物的卑劣行径；见到湘军将领们抢掠私藏的大量财物；见到湘军营内私藏的大批妇女。尤其亲眼见到李臣典奸淫妇女过度而致病的情景，亲至其营内看望他，并眼看着这个无耻之徒死去。
曾国藩看了浩劫之后金陵的惨景，看了湘军官兵势同强盗的情景，心情更加沉重了。他深刻地了解自己的“九弟”，了解他率带的军官和士兵，他们不理解月亏水溢的道理，他们只知争功抢掠。思之再四，他决心先为自己的九弟找一条通向安全岛的路子。
在满目凄凉的天京城里，在熊熊大火尚在燃烧之时，曾国藩和他的湘军将领们拜接了清廷新颁的上谕。上谕对曾国藩封赏没有变化，还是在安庆临行前看到的上谕内容，只是增加了一段军兴以来的“勋绩”表彰。而后是对曾国荃的“功绩”的表彰，封其为太子少保、一等伯爵。接着是李臣典、萧孚泗分别封子爵和男爵；朱洪章、刘连捷、张诗日、彭毓橘等加封骑都尉或轻车都尉。不知何故，同是封赏却分两道上谕。在另一道上谕里，对僧格林沁、官文、李鸿章、杨岳斌、彭玉麟、骆秉章、鲍超、都兴阿、左宗棠、沈葆桢及江宁将军富明阿分别给予表彰和封赏，赏赐不比曾国荃等低。如僧格林沁加封贝勒一名，由其子受封(前已封亲王)；官文加封伯爵，本支抬旗；李鸿章加封伯爵等。
曾国荃对自己的封赏并不满意，牢骚话刚一出口，又一道上谕发到，直接点了他的名，指责他“指挥失宜，遂使伪忠酋夹带伪幼主一千余人，从太平门缺口突出”；并指责曾国藩奏报幼天王“积薪自焚”情况失真，责令他惩罚防守缺口不力人员；还说“金陵城陷于贼中十余年，外间传闻金银如海，百货充盈”，勒令曾国藩查清报部，以备拨用。上谕中杀机毕露之处是：“曾国藩以儒臣从戎，历年最久，战功最多，自能慎终如始，永保勋名，惟所部诸将，自曾国荃以下，均应由该大臣随时申儆，勿使骤胜而骄，庶可长承恩眷。”
曾国藩担心的事情在这篇上谕中全部出现了：朝廷追要幼天王等逃失人犯、谎报军情、追要天京“如海”的金银、惩处防守不严之人、指责曾国荃“骤胜而骄”。做不到这一切就难以“永保勋名”，也就不能“长承恩眷”。
曾国藩被这一纸上谕惊得热汗直流。看来，再不“自惕自概”，就将被太后“概之”、皇帝“概之”了。
听完上谕，连粗野骄横的曾国荃也连惊带气，病倒在军营里。
曾国藩看望弟弟，老九一把拉住哥哥，委屈、愤恨得欲哭无泪。曾国藩见他并无多大病，乘机狠劝了弟弟一通。曾国荃不知深浅，只怪清政府奖赏不公，以为自己率领湘军围攻金陵几年，遭受了说不尽的苦处，同“长毛”拼过无数次血仗，死了千百兄弟，最后不仅封赐不厚，反而弄了一身不是。最让他不理解的是，金陵城破，只逃走千余名太平军就要严加惩办，杭州城破时，陈炳文率数万太平军逃出城去，左宗棠为何未受指责？
曾国荃一提左宗棠，顿时触动了曾国藩的痛处。他根据曾国荃的报告，上奏说幼天王“积薪自焚”，而皇帝的“上谕”中说根据浙江方面奏报，幼天王由天京逃出。浙江方面的奏报，一定是左宗棠了，自己对左氏不薄，何以在此时告自己的黑状！
曾国藩的猜测是对的，没过几天左宗棠也就写信告诉他，说是从难民中得知洪天贵福由李秀成等保护逃出城去。然而，左宗棠为何要上报皇帝呢？这位与自己相交30年的老朋友，在这么大的事情上不仅对自己毫不留情面，反在背后捅了他一刀。
最让曾氏兄弟难办的是，皇帝勒令他们查清金陵城里的金银，逼着他们“报部拨用”。曾国荃实告哥哥：金银确是不少，但城破以来，早被湘军数万官兵抢走，分散在各自的腰包，多数已运回老家了，如何还能“查清”，又如何“报部”？
“况且，还要我们把李秀成、洪仁达押送京师。这两个人已被杀死了，如何送得去！”曾国荃越说越气，下得床来，摩拳擦掌。据传闻，就在这次谈话中，曾国荃要让哥哥学赵匡胤，搞陈桥兵变，黄袍加身。他说：“皇帝逼得这么紧，湘军上下怨声载道。我的吉字营5万，彭玉麟、杨载福水师2万，鲍超、张运兰、萧启江共5万。这10余万人马，八旗、绿营都不是我们的敌手！”
曾国藩没等弟弟说完就坚决地制止了曾国荃再讲下去。他知道，曾国荃的话若被人听去告发，就会立即遭来灭族之祸。曾国藩以他对清朝两百多年历史的了解，以他个人数十年的经历，深知清政府虽对洋人的欺凌、对吏治的败坏、对民生的凋敝，都软弱无能，束手无策，但对汉宫的防范制裁，却是老谋深算，有的是办法。眼下，虽然湘军兵力在江南数省占着优势，但官文据长江上游，富明阿、冯子才分守扬州、镇江，僧格林沁屯兵鄂皖之间，分明是清政府对湘军早有防范。浙江的左宗棠、江西的沈葆桢，早被清政府拉了过去，成为湘军背后的两支利芒。湘军号称30万，他能调动的只有十余万人。这十余万人中，曾国荃、彭玉麟、鲍超等部是忠于他的。李鸿章与他的关系不错，但真正到了生死关头，李鸿章不一定会像彭玉麟那样对他死心追随，很可能会站到清政府那边去。
即使黄袍加身了，恐怕就真的会重演赵匡胤与赵光义的故事，曾老九心高气傲、倔强狠毒，要胜过当年的赵光义多少倍。他能把黄袍加在自己身上，也就会随时被夺走。“烛光斧影，千古之谜”，也许老九就是当今的赵光义。
他转念再想，金陵被湘军攻下来了，“长毛”闹得清政府束手无策，也是被湘军打败的。金陵刚破，清政府就要给曾氏颜色看，其实这并不为怪，清廷建制两百多年，有几个像曾氏这般手握重兵的汉人？这样炙手可热，功高盖主怎能令皇帝放心！曾老九的要学赵匡胤，正说明清政府防范有因，假若自己同意了老九的计划，就说明太后与皇上料事之准了。可是，曾国藩不会违背“忠君敬上”的儒家信条，如今虽受了点窝囊气，但那毕竟是清廷的警告，若以朝廷的旨意而行，自己则不会失“功臣”之名，侯爵之位。
曾国藩思之再三，认为眼下最要紧的是让朝廷对自己放心，而朝廷对自己最放心不下的是自己手中这十几万军队。当时就有人言：“3000里长江上下，无一船不挂曾字旗！”是啊，这是清朝开国从来没有的事。怎能令太后、皇上心安意舒？湘军原来就不是国家的经制之军，不过是“长毛”起事临时招募的应急之师，现在“长毛”已平，理应裁撤了。他回忆这些天见到的湘军从营官到士兵的表现，知道这支军队也真该解散了。“嗯，裁去他一大半，一是让朝廷对自己放心；二是自己也甩去一个沉重的负担！”
这是曾国藩与他的九弟谈话后做出的第一个决定。
决定后立即向清廷奏请裁军一事，清政府很快批准，但提出不可裁撤太骤，恐遣散之勇聚众闹事，要曾国藩将精壮之兵留下补充绿营。但曾国藩未予理睬，于七月二十日(8月21日)下令裁撤江宁吉字营湘军25万人。裁军问题进展并不顺利，其将领皆依军队自重，所以，曾国藩未采纳清廷“留精壮补绿营”的意见，而采纳了不可“骤裁”的意见，陆续将湘军裁撤。
当时曾国藩的湘军嫡系7万余人，鲍超、周宽世2万余已赴援江西，由沈葆桢指挥了，手中仅余曾国荃统领的5万余人，正是清政府不放心的军队。七月二十日(8月21日)先裁25万人，留1万人守江宁，15万人为城外游击之师。到同治四年二月(1865年3月)，守城部队仅余2000人，城外的游击之师也所余无几。再到清政府命曾国藩北上镇压捻军时，曾国藩手中除了刘松山统领的“老湘营”少量湘军，基本再无军队了。
湘军裁撤，军饷也就不需再留，曾国藩在清政府逼令他交出金陵金银之时，他一面上奏金陵城确无金银可以“报部拨用”；一面上奏停解湘军军饷，用以作为交换条件。
当年七月二十日(8月19日)，奏请裁军，七月二十九日(8月30日)即奏请停解湘军军饷，第一笔是停解广东厘金。这是一笔可观的、也是湘军军饷中最可靠的开支来源，自同治元年(1862年)以来，即供金陵围城军120万两。曾氏请求停解，正说明他的诚意。清政府接到他的奏折后，立即批准，谕旨还要曾国藩可留其三成作饷，也被他拒绝留用。
接着，他又奏请停解江西的军饷，即前不久同沈葆桢争夺的那部分厘金。清廷也予以批准，因鲍超、周宽世两军赴援江西，停解南京的江西厘金大部改供鲍超等军了。
随后，曾国藩又奏请停收湖南的“东征厘金”。所谓“东征厘金”，是咸丰十年(1860年)湘军围攻安庆时向湖南加派的军饷。当曾国藩奏请停收、停解时，升为陕甘总督的杨载福奏请将“东征厘”改为“西征厘”。当时爆发西北回民起义，清政府急于镇压，就同意了杨载福的奏请。但曾国藩坚决不同意再收湖南厘金，要求撤销当年由他申请成立的“东征局”。后经反复争吵、榷商，将湖南厘金改为“厘票”，撤销“东征局”，由湖南省主持把部分“厘票”接济杨载福。
由于曾国藩主动申请停解军饷供应，多少平息了舆论对湘军和曾氏的攻击，清政府也不再追问南京的金银了。
在奏撤湘军、停解军饷的同时，曾国藩又于同治三年八月二十七日(1864年9月27日)上奏其弟曾国荃开缺回籍。这份奏疏是曾国藩在金陵月余后再回安庆时上奏的。原来此时朝野上下舆论沸腾，皆言曾国荃为“老饕”。御史朱镇、廖世民、蔡寿棋三人上奏折弹劾曾国荃、曾国藩及湘军将领们占军政高位，乘时而起，实非国家之福，而将为国家之患。罗列曾国荃及湘军将领抢掠金陵，湘军士兵虐害地方的种种罪行。要求朝廷对曾氏兄弟及湘军将领进行调查、惩处。
曾国藩阅罢三御史的弹劾奏章，立即派人给曾国荃送信，要他做好准备，辞官开缺回籍。同时上奏朝廷，代曾国荃申请开缺。
曾国藩上奏的第8天，即九月五日(10月5日)，清廷便批复了准曾国荃开缺的上谕，可见当时清政府对曾国荃的恶感和不放心。一般地说，曾国荃攻克金陵，战功赫赫，身为巡抚之职，又是曾国藩的亲弟弟，即使有意开缺，总要客气一番的。
同治三年九月八日(1864年10月8日)，曾国藩由安庆回金陵，正式将两江总督衙门设于原英王府。满堂宾客，共庆典礼。盛会之上，曾国荃以大功不赏，反被逼令开缺回籍，三杯酒下肚后又哭又闹，搅得盛典难成，曾国藩也狼狈万状，“直无地置面目”。为了安慰弟弟，在他41岁生日那天，曾国藩派赵烈文登门劝慰，并写了十几首诗为之庆寿。诗篇记述了曾氏兄弟创办湘军，为清廷征战十余载，讨平了太平天国农民起义，创立了丰功伟绩，但却遭到嫉谤，所谓“十载艰难下百城，漫天箕口复纵横”。他劝曾国荃暂且回籍修养，不必把开缺一事看得过重。但写诗的曾国藩毕竟也是心有不平，万般委屈虽能安慰弟弟，但诗篇里却饱含了无限怨愤和伤感。当曾国荃读到“河山策命冠时髦，鲁卫同封异数叨。刮骨箭瘢天鉴否？可怜叔子独贤劳”几句时，他想到自己征战多年，身上满带刀箭之伤，兄长知道，自己知道，然而苍天是否知道？而嫉恨者不知自己和湘军兄弟征战之苦，却诋毁咒骂，使自己得到了如此结果，满腹的委屈和痛苦，使他忍不住放声大哭。
十月四日(11月2日)，曾国荃愤愤不平而又无可奈何地返回湖南老家。回籍后“杜门谢客，以书帖自娱”。当时太平军虽大致被镇压，但捻军复起，西北回民起义复起，天下并未太平，清政府在曾国荃回籍数月后，又下旨令其“入京陛见”，第二年又简授为山西巡抚，他都托病坚辞，不肯从命。后来虽勉强接受了湖北巡抚，不久又借故辞归，再不像围攻金陵时那般替清政府卖命了。