伯颜这时为太师、中书右丞相，掌了大权。燕铁木儿去世了，但势力还在，太皇太后就是燕铁木儿一派的人。她让燕铁木儿的女儿答纳失里做了顺帝的皇后。小皇后人小醋坛子不小，徽政院使秃满迭儿进献了高丽女子奇氏入宫，她不仅长得美丽，还善于烹茗。顺帝喜欢她并召幸了她，小皇后答纳失里得知后，当即召来奇氏，用鞭子打得遍体鳞伤。答纳失里从小蛮横跋扈，她还私自传懿旨，将十万两盐银占为己有。此时的顺帝，只是一个傀儡皇帝，心里气愤却没办法。
左丞相去世后，右丞相伯颜独揽大权。燕铁木儿的儿子、御史大夫唐其势不服气，策划诛杀伯颜，废顺帝。伯颜事先知道了他们的计划，设下埋伏，在唐其势进宫时擒杀了他。唐其势的弟弟塔剌海躲到了皇后答纳失里的座椅下，被伯颜找到，一剑刺死，血溅皇后衣裙。伯颜还要杀皇后（因为她也是燕铁木儿的女儿），皇后求顺帝救她。想到她平时的蛮横，顺帝一横心，让伯颜拖走皇后，鸩死了她。
但由此，顺帝也看到了伯颜的凶残，不久还感到了伯颜的无知。《蒙古族通史》载，“伯颜有相当狭隘且强烈的惟蒙古贵族独尊的意识，尤其对人口众多的汉人、南人充满鄙视和猜忌。在他专权的当年年底，就下令停止科举考试。伯颜对儒学学校也十分反感，废科举的同时，下令将各处原供应儒学学校的庄田田租改为禁卫军的军费。”这时的伯颜十分专权，他“势焰薰灼，天下之人惟知有伯颜而己（《元史》卷138《伯颜传》）” 。他还让侄子脱脱出任御史大夫，出入内廷，监视顺帝起居言行。
不过脱脱是一个贤良的人，他一是怕伯颜有一天也会步了燕铁木儿的后尘，二是也看不惯伯颜的专制。他不久便向顺帝表示，愿意帮助顺帝除掉伯颜。君臣俩先是不动声色，后于顺帝二十岁的那年抓住了一个机会。那年伯颜邀请顺帝一同外出打猎，脱脱让顺帝派太子代为前去。然后，脱脱乘伯颜不在城中发动兵变，控制了朝局。顺帝下诏只处罚伯颜一人，使伯颜军队全部倒向顺帝。政变成功，伯颜被顺帝迁往南恩州阳春县（今属广东省）安置。伯颜死于途中。
大权在握后，顺帝做了第二件事——让脱脱当了丞相。他和脱脱有心想中兴元朝。《蒙古族通史》称，“元顺帝妥欢帖睦尔起用脱脱当政。次年改元至正，宣布‘更化’，恢复科举取士，开马禁、减盐额，修辽、金、宋三史，政治一度转为清明。”
但脱脱生不逢时，当时京畿发洪水，黄河泛滥，朝廷财政又十分困难。为此脱脱采取了“变钞”和“开河”两项措施，试图挽回朝廷颓势。
脱脱再度变钞，规定一张新钞值一贯（千文铜钱）抵桑哥的“至元宝钞”二贯。但没有银子作本的纸钞不值钱，而且新钞纸质很差，大量印制后迅速贬值，物价暴涨，百姓只好以货易货，南北都出现“米价贵似珠”的状况。
脱脱还发十七万民夫恢复黄河故道，以摆脱水患。治水患本是件好事，但修河就得有钱，没有钱给民夫，还要民夫自己出修河的材料，民众负担加重，怨声载道。于是有一天，白莲教一方教主刘福通命他的教徒，刻一个一只眼的石人，背上写着：“石人一只眼，挑动黄河天下反。”埋在黄河故道黄陵岗（河南兰考东北）附近。民工在施工中把这个石人掘出来的时候，人心大为震动。白莲教是以反抗元朝暴政为宗旨的民间教会（应算是佛教的一支），刘福通以“白莲花开，弥勒佛降世”为号召吸纳信徒。在六个月的工期中，他努力工作，大多数民工就团结在了刘福通周围。这时间，由于元朝蒙人不懂汉语，因此不能有效了解下情，白莲教这个地下组织开始成了民众的领导核心。
刘福通生于颍州（今安徽界首）巨富之家，他自幼聪明，素有大志。年轻时任过朱皋镇巡检，为人正直，对元王朝的残暴十分痛恨。元王朝这次修黄河时，有关官员假公济私，借机勒索刘家珍贵的白鹿。刘家不给，元朝官员便改变河道走向，借挖河道毁了刘宅。国仇家恨聚在一起，刘福通遂决心造反灭元。至正十一年（公元1351年）五月，他与栾城（今河北栾城西）人韩山童策划起义，事情败露，韩山童被元军捕杀。刘福通果断起义，率余众攻占颍州。刘福通军以红巾为号，故称红巾军。公元1355年，刘福通迎立白莲教故教主韩山童的儿子韩林儿称帝，称小明王，以亳州（今安徽亳州）为都，建立韩宋帝国，他自称宰相。他所领导的红巾军占领了淮河流域和黄河以南地区，进而掌控了整个中原。
关于刘福通的起义，民间还有一个动人的传说——刘福通最初在颖州（安徽阜阳）发动民众暴动时，因二十人为甲共用一把菜刀，且在蒙古甲主监视下汉人无法聚会，一时起义无法组织。但大家抗元决心已定。这时刘福通想了一个办法，请甲主准许他在中秋时节向各家送月饼，以便让汉人一起为大汗祈福。甲主同意了，刘福通在每块月饼中都夹了一个条子：“八月十五杀鞑子（汉人对元兵的蔑称）。”是年八月十五日夜半，汉人同时举事，所有甲主都死在汉人的棍棒之下。
在元朝进入风雨飘摇的危机时刻，元顺帝却开始了荒淫无道的生活。史书载他做的第三件事就是迷上了房中术。
顺帝早早就厌烦了国事，他将一切事务均交给脱脱打点。脱脱领兵去平息红巾军起义时，宫中宿卫史哈麻乘机接近了顺帝。他顺应顺帝图享受的心理，推荐西天蕃僧给顺帝，让他给顺帝教授房中术——“演揲儿”法。之后，哈麻的妹婿也争相献媚，送另一懂得房中术的西蕃僧伽玺真给顺帝，教顺帝“双修法”。由此顺帝成天就忙于淫事。顺帝任西天僧为司徒，任伽玺真为大元国师，还下诏选取良家女子入宫修习秘法。于是顺帝整天与后宫女子以淫戏作乐，忘了国忧。
皇帝如此，王公大臣无不效法，一时上流社会迅速腐朽，最直接的表现是将士战斗力的丧失。当红巾军打来，号称元朝最精悍的阿速卫军一触即溃。脱脱再命弟弟、御史大夫也先帖木儿为知枢密院事，率十余万大军征讨颖州红巾军，驻兵汝宁沙河。一天晚上军中夜惊，也先帖木儿把军资器械全都丢掉，逃回汴梁。
刘福通军开始进攻顺利，一直打到元朝大都城下。元顺帝十分惊慌，想弃都而逃。后刘福通不知出于什么想法，没有攻打大都，却转军攻打东北，一直打到高丽。不过这时刘福通军纪开始败坏。高丽朝廷有预谋地派出大批美女与刘福通的将士缠绵，高丽的男人们则偷去了他们的战马和兵器。然后一举反攻，杀败了刘福通军。败回中国的刘福通军又被元军乘机一网打尽。
接着，脱脱乘势又剿灭了不少起义军。本来元朝大局又可以稳定一段时间了，可哈麻却又出来肇事。他进谗言让顺帝下诏罢了脱脱的右丞相之职，安置于淮安路。后脱脱又被流放云南大理。至正十五年（公元1350年）十二月，哈麻矫诏，派人鸩杀了脱脱。后哈麻失势死后，顺帝为脱脱昭雪。不过这已是后话。
朱元璋封他为顺帝
脱脱一死，元朝百万大军群龙无首，刘福通点起的烈火乘势燎原。还是在至正十二年（公元1352年），定远富豪郭子兴在濠州（今安徽凤阳东北）起义，朱元璋为郭子兴的亲兵。朱元璋以战功升为总兵。郭子兴死后，他为左副元帅。接着他消灭了其他农民军后，势力大增。至正二十八年（明洪武元年，公元1368年）明军兵逼元朝大都。七月，元顺帝逃出大都，逃往上都开平（今内蒙古多伦县北），之后再逃到了应昌府（今内蒙克什腾旗）。
元顺帝北逃回蒙古高原老家后，中原各地的元军一片混乱，中原战局发生了根本性的变化。不久，朱元璋在应天（南京）即位，是为明太祖，国号大明。八月，明军徐达部进入大都。由此，蒙古统治者彻底退出中原。元朝自成吉思汗至此，共十五帝，163年。自元世祖忽必烈定国号起算，共11帝98年。
元顺帝北走到应昌心情十分不好。回到北方草原两年后，洪武三年（1370年）四月，元顺帝妥欢贴睦尔因痢疾在应昌病逝，享年51年。是年大明兵袭应昌府，皇孙买的里八剌及后妃并宝玉皆被获，皇太子爱猷识礼达腊从十数骑遁。大明朱元璋皇帝很宽厚地说，妥欢贴睦尔没有背水一战，而“知顺天命，退避而去”，便特加其号曰顺帝，而封买的里八剌为崇礼侯。
元朝从中原退去了。一个民族，如果不能平等对等其他民族，便不能长久立于各民族之林。刀把子，笔杆子，钱袋子，夺取政权靠这“三子”，守住政权也靠这“三子”。如果不重文化，不会理财，还实行政治歧视，衰败是不奇怪的。更让人一思的是，腐败的本质是，上流社会的淫荡像癌细胞一样迅速社会的各角落，让强悍的军队，高效的政府和阳光般的王朝瞬间成为一盘散沙。