在盛京将军的下面还有副都统二员，刚开始两人分为左右二员，到了雍正二年，分左副都统驻防锦州，右副都统驻守盛京。后来又增设副都统为四员，另两员分别驻守在兴京和金州两处。将军府下属的办事机构不仅多而且杂，除了军事上的一些机构外，还有一些民事上的机构，包括折本处、印务处、户司、礼司、兵司、刑司、工司、步营司、督捕司、恩赏银库、围场处、牧群司、马政处、捐输局（咸丰六年设立）、官参局（乾隆十年设立）。
盛京五部
清入关后，原来的六部全部迁往北京，只留了少数的官员留守在这里。顺治十五年，顺治帝效仿明代的“两京”制度，正式在盛京设立了户、礼、工三部衙门，康熙元年，康熙帝又增设了刑部，康熙三十年又增设了兵部，这样盛京五部就正式建立了。这五个衙门都各设一个侍郎主管日常事务，但在雍正八年的时候，雍正帝曾经派了一位尚书总管这五部，但没多久就撤掉了这个职位。光绪初年的时候，又曾命盛京将军兼管兵、刑部，到光绪三十一年，盛京将军全部兼管五部。后来，又因为盛京将军一人分管事务太多弊端丛生，而将五部事务划归盛京地方官管理。
盛京五部的官员原来都是由盛京本地人担任，到了雍正朝，雍正帝因为启用本地人有通串之弊端，就把这些盛京本地人全部回调到北京，而又任命北京的官员到盛京任职。乾隆八年，乾隆帝第一次东巡盛京的时候，看到在这里的各级官员都比较努力，没有见到之前担心的那些问题，于是便决定盛京的各职位启用的人员一半本地人一半由北京调任。乾隆十八年，又决定将盛京的郎中、员外、主事这些职位的人员十分之七用北京调来的官员，十分之三用本地人。
盛京五部公署
清入关后，在陪都盛京设立了五部公署，这五部分别是户部、礼部、兵部、工部、刑部。
户部公署在德盛门内街东，是在天聪五年设立六部的时候修建的。顺治十五年，在盛京重设户部的时候，仍用原来的公署办公。户部公署内有大堂三间，大堂悬挂着乾隆御书的“宗邦会要”的匾额。盛京户部主要掌管盛京地区的粮、盐、棉赋税及其他杂税，下设有经会、粮储、农田三司，还有银库和内仓。在官职方面，户部侍郎还要兼任奉天府尹。
礼部公署在德盛门内街东，户部公署的南边，也是在天聪五年设立六部的时候建起来的。顺治十五年设立五部的时候仍用原来的公署办公。礼部公署内有大堂三间，大堂里也悬挂着乾隆御书的“典重明禋”匾额。盛京礼部主要管理的是盛京地区的礼仪祭祀、朝会燕飨以及园、池、养息牧牛等事务。下设还有左右两司，主要掌管盛京三陵，还要掌管盛京僧录司、道录司、朝鲜使馆。兵部公署在怀远门内街西，这个公署是在康熙三十年的时候新建的，不是天聪时候建的。公署内有大堂三间，大堂内也悬挂着乾隆御书的“陪京枢要”匾额。盛京兵部主要掌管盛京的驻防、驿递之类的事务。
刑部公署在怀远门内街西，兵部公署的南边。这个公署也是在天聪五年设立六部的时候建立的。刑部公署内有大堂五间，大堂内悬挂乾隆御书的“弼教留都”匾额。盛京刑部主要管理的是盛京地区的满洲、蒙古八旗的刑狱之事。
工部公署在怀远门内街西，刑部公署的南侧，也是在天聪五年设立六部的时候建立的。顺治元年的时候，这里的工部公署迁到了德盛门内街东，礼部公署的南侧。工部公署内有大堂三间，大堂内也悬挂着乾隆御书的“饬材山海”匾额。盛京工部主要掌管盛京地区的祠庙、陵寝、宫殿、城垣、公廨等之类的工程项目。
奉天府尹及其公署
清入关后，随着大量的国家机构都迁入北京，盛京作为陪都也失去了作用，顺治十年，为了表示对祖先的尊崇，顺治帝在盛京设立了辽阳府，四年后，撤掉了辽阳府，改在沈阳设立奉天府，设府尹一名，主要管理盛京地区人民的户籍、田赋、诉讼等事宜，八旗的事务仍归昂邦章京处理，但因为这种八旗和普通汉民分而治之的管理容易造成两方互相推诿，所以在乾隆二十七年，这些事务的管理改由盛京将军来接手。到了乾隆三十年，为了体现军民分治，又改派盛京五部侍郎一人来管理。到光绪元年的时候，为了改革奉天吏治，又改由盛京将军兼管，但将军和奉天府尹并无隶属关系，将军只是以事务大臣的身份督理地方民政事务。到光绪三十一年，又裁掉了府尹改设知府。
因为盛京是清代的陪都，所以盛京府尹就相当于顺天府尹，都是正三品衙门，比一般的府高三级，这个地位相当于各省的督抚，其官员可以直接向皇帝奏事。
奉天府到光绪年间管辖的地方有五府、四厅、六州、二十六县，奉天府的职官在兼管大臣和府尹之下，有府丞一人，驿巡道（光绪二年增设）一人，军粮通判（光绪二年改为同知）一人，经历、司狱各一人，书吏十九人。这些官员中，除了府尹是满人外，自府丞以下都是汉人。
奉天府尹公署在德盛门内街西，是顺治十四年的时候修建的，内有大堂三间、川堂三间、书吏房六间、内宅门一座、大门三间、班房二间。大堂内：悬挂着大京兆盛泰书楹联一幅：“以民心为己心，休戚相关，何分尔我；视国事如家事，夙夜匪懈，遑问公私。”
清初神秘的堂子
堂子是清代爱新觉罗氏独特的一种祭祀，可以说算是国祭了。在努尔哈赤起兵前，女真各部都有祭祀的堂子，努尔哈赤统一女真各部后，把其他各部的堂子都取消了，只留下爱新觉罗氏的堂子，到了皇太极时期更是规定：不论官员庶民，一律不准设立堂子祭祀，这一规定就更加确立了堂子国祭的地位了。
盛京的堂子早在努尔哈赤时期就已经修建了，位于大东门外，俗称堂子庙。堂子的建筑不像是汉族的寺庙或其他祭祀类的建筑那样，而是比较独特，它的街门朝北，内门朝西。进了内门正中的是祭神殿，又叫飨殿，这个殿是朝南的三间悬山式建筑。它的南边有甬道，能够直接通到拜天圆。拜天圆又叫亭式殿，是一座八角亭式的建筑。亭式殿的南面正中是皇帝祭天的神杆石座，随后的两翼是皇子、王公们随祭的神杆石座，每翼各六行，每行各六座。在堂子院内的东南角是上神殿，又叫尚锡神亭，也是一个八角式的建筑，它自成一个小院，周围有两层围墙。堂子外层的院落是方形的，东北角有一个门，向北有甬道通到拜天圆殿上，神殿位于外层院落的西侧、内层院落的北侧。
盛京堂子内主要建筑物都是琉璃瓦顶，与院内的苍松古柏、红色围墙相互辉映，显得堂子内异常的肃穆庄严。
盛京的天坛
天坛，是古代帝王专门用来祭祀天地之神的地方。我们都知道壮阔辉煌的北京天坛，就是明清两代帝王为了祭祀天地之神而修建的。入关前的后金和大清，都笃信自己是谨奉了天地的暗示与期待，尤其是天聪九年皇太极获元传国玉玺后，就更坚定了这种信念。天聪九年，皇太极采纳大臣范文程的意见，开始在大南门外南2．5公里处建圜丘祭天，这就是沈阳的天坛。
盛京天坛无论从位置的选择还是形制的构造都模仿了明代嘉靖九年建的北京天坛，只不过是规模比北京天坛要小，所用的建筑材料也因为时间的仓促而比较简陋。有记载说：盛京天坛是“制三成”，各高三尺，上成9重，圆面的周长是1丈8尺，二成是7重，周长3丈6尺，而三成是5重，圆周5丈4尺，这些周长都是9的倍数，符合古代皇帝九五之尊的信念，也符合为坛，当用阳数的传统。
皇太极虽然采纳汉族大臣的意见修建了圜丘祭天，但对于满族传统的祭堂子依然没有禁止，而是更加提倡。从崇德元年改元到皇太极去世的八年时间里，皇太极一共举行了六次祭天大典，但他亲自参加的只有一次。而祭堂子一共七次，他亲自参加有六次，从这里也可以看出来，在皇太极的心目中，传统的祭堂子还是比祭天重要得多。
顺治元年清入关后，盛京天坛就已经人去坛空了，但在顺治十三年的时候，顺治帝曾下过谕旨：凡盛京的坛庙，有需要维修的就要维修。乾隆四十三年和四十八年，乾隆两次东巡的时候，都对盛京天坛进行了维修。
盛京的地坛及后建的其他坛
地坛与天坛一样，是古代帝王祭祀天地的场所，盛京地坛是与天坛同时期修建的，在内治门外东三里。盛京地坛的建造格局也大抵仿照北京的地坛，坛是方形的，两层，尺寸都是偶数，是为了表示地祗属阴。据记载，地坛围墙周长也是130丈，也是东西南北各一扇门，四周还用方坎蓄水。