在原著中，eva三号机在旧版里是由铃原东治驾驶，新剧场版里是由第二位女主明日香驾驶，但无论是哪个版本最后的结局都是三号机被第十三使徒霰天使侵蚀失控暴走，在初号机阻拦三号机时碇真嗣因为下不去手被碇源堂强行夺去了操控权，最后击毁三号机，并将驾驶员重伤。
不过这次三号机移交过来的时间比之前早了很多，按照使徒出现的顺序，恐怕这次霞天使还来不及侵蚀三号机。
在第四使徒昼天使被击败后，众人又迎来了短暂的一段和平时间，这期间碇源堂像原著一样演了一场戏……。
当天，零号机失控，驾驶舱被弹出到高空最后坠落，碇源堂奋不顾身的强忍着高温用手开启了驾驶舱的舱门带出了凌波丽，将手烫伤，最后被碇真嗣知道，让碇真嗣对自己父亲与凌波丽的关系产生了好奇。
碇源堂这么做不难看出是故意为之，要知道，碇源堂的心中只有自己的妻子碇唯，原著里的凌波丽第一个复制体可是被碇源堂当做工具来对付赤木直子，碇源堂故意让凌波丽激怒赤木直子，而后赤木直子发怒失手杀死“第一个”凌波丽，最后被迫自杀了，而现在的凌波丽第二个复制体，所以以碇源堂的性格是根本不会在乎凌波丽的死活，而且最初时凌波丽已经重伤，行动都困难，碇源堂还是毫不犹豫的派她去初战，还说出“又不是死了”这样的话。这样看来碇源堂救凌波丽并突然表现出对她的关心就有原因了。
并且就在当晚，赤木律子刚好提起进入总部的身份卡更换，让碇真嗣代为转交凌波丽，就是为了让两人多多接触。
“苏羽，明天你能陪我一起去凌波丽家吗？”碇真嗣问道。
苏羽果断的摇了摇头“抱歉，这次我就不陪你了，好事还是你一个人享受吧，不然的话我心里也过意不去。”
苏羽的话弄的本就单纯的真嗣摸不着头脑，碇真嗣疑惑的看着苏羽，苏羽摇了摇头却不再多说“明天你就知道了。”苏羽说完这句话就开始和饮料，不再理真嗣，弄得真嗣有些无奈。
第二天，碇真嗣一个人按照地址找到了凌波丽的住所，一进屋，真嗣就被凌波丽的家震惊了，这是怎样的一个屋子啊，只有最简单的床和桌椅，屋子非常凌乱，房子也老旧，不少染血的绷带挂在衣挂上。
碇真嗣进屋时凌波丽还在洗澡，真嗣喊了两声没有回音，就自己进入了屋子，在看到桌上凌波丽保留的碇源堂为了救自己而坏掉的眼镜时真嗣好奇的拿来呆在眼睛上。
也就在这个时候，凌波丽已经洗完澡出来，在自己裸体而房间里又突然出现一个男性的情况下，凌波丽仍然没有丝毫的情绪波动，只是默默地走向真嗣去拿碇源堂的眼睛，不愧是三无女神、三无的始祖……。
带着本就破损的眼镜，碇真嗣看到突然出现的几乎是****的凌波丽突然变得不知所措，接着又看到凌波丽竟然毫不避讳的走向自己，碇真嗣顿时紧张的向后退去，不慎被绊倒，而这时正好凌波丽已经走到了碇真嗣的面前，二人直接躺在了一起，碇真嗣趴到了凌波丽的身上。
这一刻，碇真嗣终于明白苏羽说的让他一个人享受的“好事”是什么了……。
“他怎么可能提前知道？”这是碇真嗣此刻心中所想……。
………………
过了一段时间，雷天使来袭，雷天使是个巨大的菱形的立方体，成蓝色半透明，就像一块巨大的钻石一样，可以根据情况变换多种形态，是攻守兼备的空中要塞。可以以AT立场来防御一切物理攻击，之后立即使用加速粒子炮进行反击使得EVA根本无法近身作战。
由于给苏羽准备的三号机还没有运来，所以这次依旧是由碇真嗣驾驶初号机出战。
“初号机，发射！”
葛城美里一声令下，初号机由弹射轨道开始了弹射，就在初号机即将接近地面的时候……。
“报告，发现目标体内出现高热能反应！”一位工作人员报告到。
“不好，将初号机撤回来！”葛城美里连忙下令。不过这时候已经来不及了，在初号机刚刚升到地面的一瞬间，雷天使钻石一般的身体突然变形，一道加速粒子炮射出，瞬间击中初号机。
“啊……！”
碇真嗣痛苦的叫了起来，葛城美里连忙下令回收eva……。
初号机被击溃后，身体下方变形出一根电钻一样的东西，然后一直向下钻来。
指挥室里的苏羽看到这个雷天使是可以变形的雷天使，顿时确定了这时eva新剧场版中的剧情。
“看来计划要改一改了……。”苏羽自语道。
很快，为了对抗雷天使，葛城美里制造屋岛作战计划。
屋岛作战计划就是集合全日本的电力供给eva专用的武器--阳电子炮上，以阳电子炮来击溃雷天使。
为让EVA专用而改造自战自研究室原型的武器。于回旋加速部份产生正电子，利用磁力会聚并发射。利用与目标构成物质中的电子产生反应时电子之间的湮灭来破坏目标，号称拥有远距离攻击最大威力的武器。
这个计划虽然有很大的可行性，但风险也是极大，首先集合全日本的电力供给阳电子炮，这需要很长的时间，几乎刚刚可以赶在雷天使突破指挥部最后装甲前准备好。
而且集合全日本的电力也只能让阳电子炮打出两发，如果两法无法击溃雷天使，那就没有时间再做准备了，可以说是破釜沉舟的计划。
不过虽然赤木律子等人都认为这个计划有很大风险，但就当前情况来说也没有更好的办法了，所以众人即使无奈也只能去做。
众人都全力做着准备，碇真嗣和凌波丽也在紧张的作者战前的准备，碇真嗣面对着将自己秒杀的雷天使还是有些紧张。
“凌波丽，你不害怕战斗吗？”碇真嗣问道。
凌波丽面无表情的摇了摇头“驾驶eva就是我的一切了。”凌波丽说完又看了看碇真嗣“放心，我会挡在你前面的。”
门后，苏羽听着两人的对话并没有去打扰，摇了摇头离开了，他也要去做准备……。
到了晚上，天已经完全黑了下来，阳电子炮的能量输送才做好，全日本都停电了一天，只为了供给阳电子炮的两发炮弹。
初号机和零号机已经找好了狙击位置待命，初号机操控着巨大的阳电子炮趴在一个特制的巨大掩体中，而零号机则举着一面巨型的盾牌，随时准备保护初号机。