从圣祖初年始，经世宗，在长达半个多世纪中，西北地区准噶尔部不断发生动乱，祸及西藏和北部蒙古。各部族、各派政治势力拥兵自立，相互争夺、兼并，进而引发同清朝的大规模战争，构成了当时最严重的“边患”。前述噶尔丹、罗卜藏丹津、噶尔丹策零、策妄阿拉布坦等人，皆是西北边区风云一时的人物。他们发动叛乱，制造动乱，无不遭到清朝的强有力的反击，他们都以失败告终。但是，清并没有从根本上彻底解决问题。特别是世宗时，与准部的斗争以罢兵和解结束，其分裂势力得以保存下来。至高宗初年，尚维持和平来往的局面，不久，就被准部内乱、叛乱所打破。在准部上层王公贵族中，当力量重新聚集起来时，又死灰复燃，重蹈覆辙。因此，战争再次不可避免。
长期以来，准噶尔内部纷争不已，强凌弱，骨肉相残，为争夺政治与财产的继承权，攻杀无休止，造成西北地区分合不定，难以安定下来。高宗时，因西北动乱，清朝被迫出兵干预，是为解决准部问题做出的又一次努力。
前叙雍正十二年（1734）秋，清朝与准噶尔部噶尔丹策零议和；乾隆三年（1738）冬，双方达成了协议，划分了准噶尔、喀尔喀蒙古各自牧地界限。但这一和平局面维持未久，至乾隆十年，噶尔丹策零病死，准部陷入内乱，各王公贵族为争夺珲台吉（总汗）的最高权力，展开了残酷的厮杀，愈演愈烈，国家的安宁再次受到破坏。
原来，噶尔丹策零有三子，他一去世，首先就在三子中爆发了争夺继承权的斗争。一部分贵族主张拥立其长子喇嘛达尔扎，但他是庶出，不得立，而次子那木扎尔（勒）以母贵嗣汗位。因为年幼，由其同母姐姐乌兰巴雅尔辅政。这位新统治者虽然才12岁，却很残暴，随着年龄的增长，更加狂肆，不听姐姐一再劝阻，反而下令将她囚禁起来，进而任意杀戮诸宰桑（办事大臣），引起诸台吉不满。于是，便合谋起兵，将那木扎尔（勒）废掉，立其庶兄喇嘛达尔扎为汗。达尔扎一登上汗位，就把其弟那木扎尔（勒）处死了。同族台吉、已故名将大、小敦多卜策零两部后裔则谋立那木扎尔（勒）之弟策妄达什。事发，达尔扎又把策妄达什与达什达瓦（小敦多卜策零之子）杀害。达什达瓦的部分属从被迫投向清朝。大敦多卜策零之孙达瓦齐因反对达尔扎而受到追捕。兵败后，达瓦齐与同党阿睦尔撒纳逃入哈萨克。达尔扎遣兵三万前往搜捕，以除后患。达瓦齐等潜回故地塔尔巴哈台，组织精锐1500人，突袭伊犁，将达尔扎杀死，达瓦齐遂夺取了汗位。这时，又有小敦多卜策零之孙济噶尔争汗位，达瓦齐逃出伊犁，“两酋争立，各征兵于诸部，诸部落莫知适从，国中大乱。”阿睦尔撒纳继续帮助达瓦齐除掉了济噶尔，拥他回伊犁，重登汗位。
不久，阿睦尔撒纳与达瓦齐因争权而不相容，遂以兵戎相见。阿氏不敌，即于乾隆十九年（1754）秋，率部众2万余人、兵5000投入清朝。高宗准其内附，做了妥善安置。
准部内乱，已近十年。开始，高宗密切关注西北形势的发展，迟未出兵干预。当阿睦尔撒纳率辉特、和硕特、杜尔伯特三部之众请求庇护时，高宗断定时机成熟，利用准部内乱，进取西北。自圣祖首战噶尔丹、再战策妄阿拉布坦，世宗三战噶尔丹策零，到乾隆十九年出兵前，已长达半个多世纪。清朝虽然在军事上取得了一系列胜利，但在政治上仍然处于准噶尔王公贵族的统治之下，实际上，清朝并未真正取得对西北的统治权。准部作为一股强大的独立的军事政治势力，是动乱不已的重要根源。高宗看到了问题的严重性，坚决主张：“宜乘机大举，雪两朝（指圣祖、世宗）之愤。”他强调：“此从前数十年未了之局，朕再四思维，有不得不办之势。”
乾隆二十年二月，高宗命北、西两路出师，兵力共5万余，备马近17万匹、骆驼2万余头。阿睦尔撒纳被封为亲王，作为“向导”随大军出征，命为“定边左副将军”。
处于四分五裂的准部，难以集中整体力量对抗清军，特别是受到达瓦齐逼迫的诸台吉纷纷率众归服，还有原属达瓦齐的部众也在清进军途中先后脱离达瓦齐而向清军投降。达瓦齐已呈分崩离析状态。清军西与北两路推进至伊犁西南180里的格登山（新疆昭苏境内）下，与达瓦齐所率万余兵马相遇。未及会战，清仅出动不足30骑，乘夜突入，达瓦齐部迅即大乱，不战自溃，达瓦齐仓皇逃跑，其部万余人投降。
达瓦齐率残部逃到南疆。但清军统帅之一定北将军班第早已遣使南疆各城，通令他们捉拿达瓦齐。他逃到距乌什40里处，就被乌什城主维吾尔族人霍集斯擒获，于六月十四日献给了清军。班第命押往北京。清军仅以四个月，以最小的代价，迅速平定准噶尔全境。
十月，达瓦齐至京，高宗采取最为宽大的政策，予以特赦：封达为亲王，赐住宅一处，将圣祖第三子允祉的孙女嫁他为妻。高宗命他为御前侍卫，“终优容之。”清朝对内地发动叛乱或参与叛乱的首要及骨干分子，必处以极刑。但对边疆少数民族中有叛逆行为的人，一般都采取宽大为怀的政策，即不杀不辱，甚至结为姻亲。这就是化敌为友，化干戈为玉帛，收到了巨大的政治效果，影响深远。清代边疆保持长久安定，与清优惠的民族政策有直接关系。这不仅是清帝个人文化素养之高的体现，而且也是他们对历代所行民族政策经验的深刻总结。
擒获达瓦齐，准噶尔部刚刚安定，岂料追随清军平叛达瓦齐的阿睦尔撒纳又图谋叛乱，准部再次陷入战乱之中。阿是原西藏和硕特拉藏汗的孙子，实为拉藏汗长子丹衷之子，其母为策妄阿拉布坦之女博托洛克。当她怀阿时，其夫丹衷已死于伊犁，其便改嫁给辉特部台吉韦征和硕齐，遂生下阿，阿便成为韦征名义上的儿子。及长，阿娶噶尔丹策零之女敦多布巴勒桑为妻。阿出身高贵，非一般台吉可比。他之所以投清朝，积极参与平定准部之乱，实另有图谋。他为达瓦齐所败，无立足之地，不得不投清，而藉清军之力消灭达瓦齐，以谋取汗位。他的政治目标是取得对厄鲁特四部的统治权即辉台吉（总汗），实质还是独立于清朝之外，保持以往的藩属关系。他的这一图谋却与高宗的政治主张背道而驰。高宗总结了圣祖、世宗两朝的政治经验教训，已准备在解决达瓦齐的问题之后，“仍众建而分其力”。这就是：“各部各有汗，非有君臣之分也。”阿睦尔撒纳根本不理会清廷的政治方针，一意孤行，力图重现先辈们根本无法实现的政治梦想，“必欲为四部总台吉专制西域”。他不待中央指令，俨然以“总汗”自居，“擅诛杀掳掠，擅调兵，不服赐衣翎顶，不用副将军印，自用浑（辉）台吉菊形篆印”。他暗中指使哈萨克、布鲁特散布流言：非他“总四部，边不得安。”阿与其党羽，日夜谋划，已被发现。高宗密令班第捉拿，就地正法。此前，高宗已命阿于九月至热河避暑山庄朝觐。班第密奏，请示在阿入内地时擒拿更易。班第遂催促阿速起程，并令喀尔喀亲王额林沁多尔济陪伴同行。阿不得已起程，中途迁延。他曾私下托付额驸色布腾巴尔珠尔，代他上奏，请封以总统四部之意。约定七月下旬可得确信，现已到八月中旬，尚无任何信息，“疑事已变，入境且得祸”，遂阴招其部众，叛逃而去。在他的煽动下，其同党呼应，已降清的部众又叛清，重镇伊犁失陷。班第处叛军包围之中，众寡不敌，拔剑自刎而死；参赞大臣即原两江总督鄂容安以力弱不能自毙，命仆从用刀刺其腹死。巴里坤以西地区，得而复失；统领将士的重要统帅和参赞大臣或自杀，或被害，或被俘，损失十分惨重。
本来，阿的叛逆活动已被发觉，可以防患于未然，失误就在于前线将帅防范不力，临事怯懦所致。高宗对此十分恼怒，将西路统帅定西将军永常革职，解京治罪；额驸色布腾巴尔珠尔“匿情不奏”，本欲处死，改为革爵；陪同阿赴热河的额林沁多尔济亲王纵敌逃跑不追击，被赐死。高宗改命策楞为定西将军任西路统帅，以达尔党阿为定边左副将军，迅速组织反攻。乾隆二十年十一月，阿叛乱一度猖獗，曾一度攻陷伊犁；次年正月初，清军反击，夺回伊犁。但策楞指挥不法，致使阿逃入哈萨克。高宗命策楞等戴罪自效，改任达尔党阿为定西将军、哈达哈为定边左副将军，分统两路军进剿，另命兆惠为定边右副将军驻伊犁。
战事经过，自不必细述。至乾隆二十二年六月，阿睦尔撒纳被彻底击败，逃人哈萨克，再逃出境投沙俄。不久，因患天花，病死在托波尔斯克，年仅35岁。高宗命理藩院行文沙俄索要，沙俄将其尸体归还。阿睦尔撒纳之乱，至此告终。
但是，清军并未停止军事行动。鉴于准部为乱太甚，延续数十年，为乱不止，总是死灰复燃，迄无结局，已使清朝付出了沉重的牺牲。所以，高宗决心彻底解决准部问题，收一劳永逸之效。他命清军择地过冬，待明年再尽剿厄鲁特之漏网者。
乾隆二十三年春，清军分两路，一由博罗布尔，一由赛里木，“如弥场中分两翼合围”，约定于伊犁会合。“凡山陬水涯，可渔猕资生之地，悉搜剔无遗。”此时，厄鲁特屡经内乱，元气耗尽，而此次对达瓦齐、阿睦尔撒纳之乱征剿，该部再无余力对抗清军。凡清军所到各部落处，“呼其壮丁出，以次斩戮，寂无一声，骈首就死。”准部民众已失去任何抗御能力，只能是引颈就戮。对妇女、幼儿“悉驱于内地”，赏给军士，但多死于途中。“于是厄鲁特之种类尽矣”。据估计：当时，凡病死者十之三，逃入俄罗斯、哈萨克的有十之三，被清军杀死者占十之五，“数千里内，遂无一人”！
有的书又做出如下估计：准部有数十万户，因闹瘟疫，死于痘病者十之四，逃入俄罗斯、哈萨克者十之二，“卒歼于大兵（清军）者十之三”，还有妇孺充赏，给了将士；再有部分降清得以保全，“此外，数千里间，无瓦刺一毡帐”。说法略有出入，如清军屠杀有“十之五”与“十之三”之别，但基本情况还是一致的。由此可以断言，清军于定乱后，再次“犁庭扫穴”，颇类“三光”政策，其惨烈之状，不难想见！
应当指出，清军对准部尚未赶尽杀绝。计厄鲁特四部中，唯杜尔伯特的策楞（又写作“车棱”）汗对清始终无二，而且平叛有功，得以保全。其次是小策零敦多卜子达什达瓦妻率部投诚，徙热河，编旗籍。这就难怪数千里内无人烟了。
清扫荡准部，实为空前浩劫，清人对此作出种种解释。有的说：王师初入（准部），兵不血刃，矢不再发，而天不许也。王师再人，师则屡次，垒则再因，而天又不许也。几大幸，又几大不幸，一激再激，以致我朝之赫怒，帝怒于上，将帅怒于下，合围掩群，顿天网而大狝之，穷奇混沌祷杌饕餮之群，天无所诉，地无所容，自作自受，必使无遗育逸种于故地而后已。“又说：毒蓄屡世，发于一旦，夫宁一阿逆（指阿睦尔撒纳）之故哉？即使阿逆不叛，四汗分建，亦必不数年一反，十数年一反，王师旋罢旋兴，仍同康熙、雍正中已事，安能耆定百年，一劳永逸？故日：天也。”早在圣祖、世宗时，屡集廷议，讨论对准部的政策，曾发出“此贼不灭，天下不安”之慨。“数穷理极，天钟一阿睦尔撒纳以倾覆之。”此为“天意”说，换言之，就是势所必然，不得不行此极端之策。
还有相类似的说法：“苍天欲尽除之，空其地为我朝耕牧之所，故生一阿逆以为祸首，辗转以至澌灭也。自此偃息兵戈，垦辟屯田，中原民争趋之，村落连属，烟火相望，陌巷间牛羊成群，皮角毡褐之所出，商贾辐辏，自有天地以来，漠南北之地，未有如今日景象也。”此论也说灭绝准部为“天意”，即上天有意降生此一“阿逆”，使准部遭此大劫难，才永获安宁。空其地，使汉人居之，致有繁荣景象之再现。这是说，坏事变好事，是值得的。