永历十年（1656年）六月，海澄守将黄梧因受郑成功捆责心怀不平，又以军法苛严为惧，心生异志，裹胁副将苏明、知县王士元降清，损失“粮粟二十五万石，军器、衣甲、铳器无数”。海澄是金门、厦门两岛的外围据点，黄梧之叛，不仅损失粮草军械无数，更重要的是，金、厦两处基地失去了一道有利的保护屏障。此后，黄梧又向清廷献平海五策，直接导致郑家祖坟被掘，郑芝龙等11人被杀，郑氏家属流放宁古塔。
永历十五年（1661年）七月，曾投降郑军的原清朝漳州知府房星烨复叛入京。房星烨在郑军中担任要职七八年之久，对金门、厦门两岛情形了如指掌，叛郑投清后向清廷进言，将沿海居民迁居内地，不许寸板下海，给郑军给养及海上活动带来极大困难。
永历十六年（1662年）三月，驻守南澳的郑军老将陈豹因清军施以反间计，郑成功轻信谗言，误生猜疑。陈豹遭受郑军夹击，投清前不禁悲愤地哀叹道：“此乃藩主相逼，自坏长城半面，非本爵背恩而去。”
郑成功是一名超越了平凡与普通的伟人，但他并非神灵，那与生俱来的性格缺陷、难以避免的内在弱点并不影响他的崇高伟岸，反而将他的英雄形象衬托得更加真实而丰满。
郑成功收复台湾的历史影响，不仅早已超越了当年反清复明的目的，更有着深刻的现实意义。
自1640年开始，郑芝龙就控制了东南沿海一带。郑成功在接管父亲的军事大权，树立了自己的绝对权威后，实际影响更为扩大。他以国际航路上最重要的中转口岸——厦门作为大本营，向北反清复明，影响深入内陆，威震中国中部和南部；面向海洋则辐射到东海、南海的大部分辽阔水域，受到远东诸国的敬畏，主宰着一个没有边界的“海上王国”，成为欧洲殖民扩张主义的真正障碍。
就当时实际情形来看，国内几大军事势力正忙于相互间你死我活的争权夺利，根本无暇顾及海洋权属；日本迫于无奈撤出海洋，采取闭关锁国政策；于是，以荷兰人为首的欧洲殖民者基本窃据了东南海商的传统航路，唯一能够与之对抗的，只有郑成功领导的武装势力。如果1662年郑成功没有将台湾从荷兰人手中收回，那么今日之台湾，早已离中国而去，成为欧洲人的一块永久殖民地了。台湾于中国而言，不仅仅是一个岛屿，它是中国走向太平洋、走向世界的一处落脚点、一个中转站与一块重要的基地。失去台湾，也就意味着中国大陆被封闭在由日本列岛、冲绳群岛、菲律宾群岛、马来群岛等一长串东亚岛链组成的狭窄水域内，将永远与全球性大国无缘，永远局限于东亚地区的影响与宿命。
郑成功死后，郑氏武装集团依然存在，仍强有力地控制着东南亚海上贸易。台湾，成为满清完全征服中国的最后一个障碍。直到1683年施琅率领清军攻入，郑克塽投降，郑氏武装集团才告彻底覆亡。
郑成功逝世，郑氏武装集团瓦解，清廷虽然征服了金门、厦门、台湾，占据了郑成功的地盘，但他们并未将影响扩展到郑氏武装集团控制的辽阔海域，而是着眼于脚下与陆地，采取向内转的封闭政策。于是，西方殖民者再次乘虚而入，东亚诸国的厄运就此来到，成为欧洲列强的囊中之物与蹂躏对象。
当年，郑氏集团在降与不降的问题上，内部存在极大分歧。反对意见倾向于弃守台湾，移师菲律宾等南洋岛国，最后结果是投降意见占了上风。设若郑克塽当年不降，而是远逃他方，今日菲律宾等南洋诸国，经过华人300多年大规模开发，会是一番怎样的情形？
由此可见，我们只有将郑氏集团，将郑成功的活动放在更为复杂、更为广阔的国际背景中进行考察，才有可能洞见那深藏背后的意义与影响。郑成功之死，郑氏集团灭亡，也就意味着远东诸国确保政治、经济、地理完整的最后一道屏障消失，意味着东南亚人民保卫家园、免遭外敌入侵与剥削的最后一线希望彻底破灭。
郑成功在台湾的一年零两个月时间内，除收复主权外，还积极从事政治与经济建设，大力开发台湾，尽量消除殖民痕迹：以大陆模式建立政权，设置县、府、镇等政权机构；团结高山族长老，正确处理民族关系；注重农业生产，寓兵于农，实行屯垦，大力传授、推广先进的生产技术；发展贸易，通洋裕国……
一百万年前，台湾与大陆东南并未横亘宽阔的台湾海峡，而是一片紧密相连的陆地板块。台湾与大陆不仅动植物相同，就是迄今发现最早的三万年前的台南县“左镇人”化石，也与北京周口店“山顶洞人”化石为堂兄弟关系，属北京猿人后裔。台湾先住民高山族的祖先，便是汉代生活在东南沿海一带的闽越人。据有关文献记载，汉代前后，大陆与台湾之间就有通航，隋代正式经略台湾，宋代起大批汉人迁徙入台。但真正大规模开发台湾，还是郑成功率军进入以后。台湾现住民约80%为闽南人，他们便是当年以闽南人为主的三万多郑军后裔。郑成功收复台湾，不仅延续了明朝正朔，更带去了大陆先进的制度与文化，成为引导台湾社会发展的精神动力，使得台湾与大陆习俗相近、语言相通、信仰相似，构成真正意义上的同种同源，不可分割，为两岸统一奠定了坚实的基础。
而郑成功对厦门的开发，也是功不可没。
郑成功驻军厦门前，四面环海的厦门岛还只是一个相当落后的渔村。但当郑成功将厦门作为一处反清复明的大本营后，便设置吏、户、礼、兵、刑、工六官，建立系统的政治军事机构，从内贸、外贸、铸币、军火、造船等五个方面开始大力着手对厦门的开发与建设。
郑成功在厦门、金门两地常驻军队20万。为维持庞大兵员的正常运转，他在京师、苏州、杭州、山东等地开设五大商贸组织，将外地的丝绸、匹缎、杉桅、桐油、铁器、硝黄以及粮油等物运回厦门，满足军需民用；他充分发挥厦门良港的有利优势进行海外贸易，准许西班牙、荷兰、英国商人在厦门设行经商，输出丝绸、瓷器、药材、茶叶，特别是茶叶贸易，经荷兰等商人运送到欧美各国，使得厦门成为海上茶叶之路的“第一输出口岸”；郑成功从海外输入的商品主要有胡椒、苏木、象牙、鱼皮、海味、药材、铜、锡等。早在鸦片战争惨败，清廷迫不得已将厦门辟为五处通商口岸之一的200年前，厦门就已是一处相当开放的对外通商港口，基督教、天主教、洋楼、钢琴等西方宗教、建筑、音乐、文化自那时起就纷纷涌入厦门。
为适应“通洋”与战争需要，郑成功采用西法在厦门自铸银币，大力发展军火业，“督造军器、藤牌、战被、火箭、火筒、火罐等项”，成为创建厦门工业、手工业的鼻祖。
正是这些“以商养战”、“通洋裕国”的开放措施，不仅打破了厦门的封闭状态，改变了单一的生产结构，建立了一个将中国与海外连成一体的庞大贸易网络，促进了商品经济的发展，推动了厦门由封闭渔村向开放城市的过渡，而且创建了一种被后人所称道的“延平文化”。
延平公、延平郡王，是桂王永历帝赐予郑成功的封号。延平文化，便是特殊时代背景下华夏文化与闽南中原古文化、西方海洋文化的结合与转型，是华夏文化在特定区域的延续与发展。
延平文化，是一种以海洋为特征的开放文化，所依赖的是海运、海商、船队与水师，这也是我们几千年传统内陆文化所缺少的一种内在基质。在改革开放不断深入、各国联系日益加强、世界正逐渐过渡为“地球村”的今天，延平文化具有特殊的借鉴与现实意义。
郑成功与厦门，二者相互依赖，相得益彰。厦门是郑成功抗清复明的根据地，是他一生事业不可缺少的重要依托，厦门成就了郑成功的基业。没有厦门，就不会有郑成功北伐南京、东取台湾的伟大壮举。而厦门也离不开郑成功的锻造，郑成功的重要活动有力地改写了厦门的历史，使得一个海岛渔村迅速崛起，成为中国最重要的对外通商口岸。没有郑成功，厦门的城市建设、历史蕴涵、文化品位、包容大度都将大打折扣，最为重要的是，缺少郑成功的厦门，将缺少一种内在的精神贯注与正确的价值导向。