鸦片战争后，由于不平等条约的签订，清政府迫于侵略者的压力，准开教禁，允许归还先前查封的天主教的教产。侵略者的阴谋一步步得逞，气焰也一点点高涨。教会和教士与中国人民的矛盾也一步步加深。因而，全国上上下下都发出了反洋教的呼声。
当时，在社会上流传着一句俗语说：“未入教，尚如鼠；既入教，便如虎。”传教士及其教徒完全变成了社会上的特权阶层了。教士的蛮横和盛气凌人的态度，把不少地方官员、士绅得罪了。封建官绅把洋教称之为邪教，并揭露了其罪恶活动，发出了反洋教呼声，敲起了反洋教运动的锣鼓。
封建官绅认为传教士就是用不平等条约来保证他们掠夺中国财富，用传教来笼络人心。百姓一旦受骗入教，就心中只有教主而没有了国法。这样就会影响和动摇他们的统治。而传教士力量强过官府，百姓与教民发生纠纷告到官府时，传教士往往不问是非，庇护教民，并与官府作对。从而使一些善良的百姓有屈不能伸，也以入教祈求躲避其他伤害。统治阶级认为允许传教，时间长了就不仅仅会诱使平民百姓入教，而且朝中的人也会受其影响而入教的。还有，洋教盛行必然会极大影响和消弱孔孟之道，危机几千年来的中华民族的正统的儒家思想。随着传教士的势力越来越大，百姓及其一些官吏都不敢惹他们，他们担心如此下去，以后如果和外国稍有不和时，谁还敢解决。所以，封建统治阶级为了维护自身利益，也发出了反洋教的呼声，以“保卫圣道”、“排斥异端”。
驱逐洋教的运动从偏僻的贵州兴起。在我国贵州，传教士的活动也渗入到这里。由于他们胡作非为，倚恶仗势，从而与当地百姓不时产生磨擦，发生纠纷，相互矛盾逐渐加深，教会势力在一定程度上也受到打击。不久，神父胡缚理又多次在六冲关和青岩镇地区强买土地，建造修院和印刷厂，遭到当地人民的强烈抵制并在人民的心中埋下仇恨的种子。
随着不平等条约的签订，传教士享有的权力也越来越大，从而更加狂妄无礼，不可一世。1861年4月4日，神父胡缚理竟手持法国驻华公使馆寄来的“传教士护照”，乘坐一台紫色大轿，肩披紫带，在100多名教徒的簇拥下，大摇大摆地在两旁行人的注视下，来到巡抚衙门。向巡抚提出承认教士在内地传教自由和保护天主教在贵州的“合法”权力。巡抚何冠英见他傲慢无礼，心里很不痛快，说：“现在省里情况不是很好，外出传教肯定会不方便的。并且贵州的教门已经很多了，没有再增加的必要了。如果今后在教徒中发生了违法乱纪的事情，你们不能不承担责任。”胡缚理没想到碰了一个大钉子。但他还不甘心，又转身乘轿去见提督田兴恕。但是，田兴恕根本就没见他。田兴恕早就对传教士的行为气愤不已，他想借群众对传教士的仇恨心理来把洋教赶出去。
田兴恕向贵州省各地发出“秘密公函”，令各地如果遇到来传教的人，随时把他们驱逐出去，不能容留他们。如果能借故“处之以法”那就更好了。同时，他还多次派人搜查教堂，抄走各种宗教用品。当人们知道了秘函的消息后，就更加积极地投入到反洋教的斗争中去了。
端午时节，青岩镇各族人民按传统习惯到郊区野游，路过姚家关天主教堂时，与修士、教民发生争执。团首赵畏三一怒之下火烧了天主堂大修院，逮捕了几名教徒。并在田兴恕的指令下，把张文澜等三名修士和一名厨师秘密处死。胡缚理幸免逃走后，急向法国驻京公使报告，并提出赔款、护教、惩凶三项要求。法国政府向总署提出“抗议”。
正当双方紧张谈判的时候，开州（今贵州开阳县）又发生了民教的争执。开州因民教争执而发生的教案，是天主教徒对青岩教案久议不决而进行的报复行动。1862年正月15日，开州夹沙地方欢度元宵节，按习惯每户应出捐搭龙灯、祭龙神。法国传教士文乃尔怂恿教徒们抗交，于是发生了冲突，几至动武。团首周国璋、开州知州戴鹿芝早就对教会不满，他们在田兴恕的批示“缉案就地正法”的指令一下，于正月里就把文乃尔和4名抗捐闹事的教民逮捕处死。
一案连着一案，法国公使大为恼怒，联合英、美、俄等国公使，一齐向清政府提出了“强硬抗议”，并以武力相威胁，要求赔偿一切损失和处死田、戴、赵三人，并严惩一切对洋教保护不力或查处不严的有关官吏。
在长达3年的外交谈判中，清政府终于屈服在列强的压力之下，将田兴恕发配到新疆充军；提督衙门拨给天主堂使用；两处教案共赔偿白银1. 2万两。除戴鹿之、赵畏三、何冠英已死不予追究外，其余有关人员或交部议处，或革职，或充军发配。
列强各国和传教士获得满意的结果后，“胡缚理深为悦服。”但是，把闹教的指挥部、全省军事首脑机关——提督罚给天主堂使用，却极大挫伤了中国人民的自尊心。一场惊心动魄的贵州教案就这样在列强的压力下，在传教士满意的笑容下结案了。
在安徽也发生了民教纠纷酿成安庆教案。1869年初，法国天主教教士韩石贞，英国内地会教士宓道生、卫养生等进入安徽安庆后，以低价半买半租民房15间，改为教堂，引起了安庆人民的极大不满。
当湖南反洋教揭帖流传到安庆时，引起了人们很大反响，深受鼓舞。揭帖内容揭露了教会的罪行。内容大致如下：（1）教会不敬祖宗神佛，惟知上帝。入教的一定要毁掉祖宗牌位，遇到庙宇就拆除掉。（2）教堂以甜言蜜语勾引男女，卖给洋人，甚至远送到南海一带，充作渔人钓饵，引诱人们。（3）洋人和一些民族败类在条约的庇护之下，经营商业，进行各种贸易活动。他们不受关卡的检查，通行无阻。教士分布在各个角落，搜集情报。揭帖认为，如果邪教盛行，孔孟之道削弱了，那世界就不知会成为什么样了。因此号召“凡我士农工商，务必敌忾同仇，群起报复。”
揭帖流传到安庆时，正是府院考试的时间，文武考生都集中在安庆府。这些考生因平时所学习的全是诗书义理，与教会反对崇拜的教义是截然不同、水火不容的，因而有着浓厚的反教思想。这期间，在安庆考场附近出现了一张匿名揭帖：“匪教猖獗，与考童为难，于初二日拆仁爱堂。”这样一来，使反洋教的空气更紧张了。安庆地方官见形势紧张，就嘱咐教士别在学生考试期间外出了，以免发生纠葛。然而，狂傲之极的教士根本没把地方官的嘱咐当回事，仍我行我素。11月3日，英国传教士宓道生、卫养生不听劝告，乘轿来到府署，要求道台查办散发反教揭帖之人。当时府署里正在举行考试，教士一进府署，就被考生拦住，并把宓道生和卫养生两人的乘轿掀翻，高喊“杀洋鬼子、打洋鬼子”。教士见情形不对，就赶快跑到府署呼救。考生的怒火再也按捺不住了，他们和一些群众冲进西右坊英国教士的住处，砸毁了家具，捣毁门窗器具。同时，东右坊法国教士韩石贞的住宅也被大批愤怒的群众捣毁，并搬迁一空。教士韩石贞刚刚启程赴上海，此时听到住所被砸就赶快回来，直奔府署，要求道台赶走那些愤怒的人们，并赔偿损失，保护教士身家性命。安庆地方官因为传教士来到安庆时，就仗势强占民宅，霸占土地，并将教堂盖在衙门附近，而心怀不满。继而教士不听他们的劝告，闯进衙门，导致事件的发生，地方官就更为不满了。所以，地方官对英法传教士的要求，故意拖延办理。当晚，群众又拥入教士住所，捣毁了其它物品，并撬开房内地板，拆除砖壁，将宓道生的妻子打伤，并声称要烧了屋子。韩石贞见状不妙，急忙从后门逃了出去，连夜乘船跑到上海。
安庆事态扩大后，道台、知县也不敢再借故不管了，但也不愿镇压闹教的群众。所以，当韩石贞逃跑后，就接受了宓道生、卫养生要求护送离境的请求，在次日晚上派两只小船将他们二人及家眷送到九江。
宓道生、卫养生到达九江后，立刻向英驻华公使阿礼国作了报告。对安庆群众反教的事实经过添油加醋地说了一遍。阿礼国听后，急忙赶到南京，要求两江总督马新贻惩办肇事者，并赔偿教堂、教士的损失。马新贻因为考生考试还没结束，而且群情激愤，如果立刻严办，就可能会激起更大的事端，所以请求阿礼国等些日子再进行处理。阿礼国执意不从，准备以武力相威胁，在安徽巡抚英翰的劝解下，方同意待事态平静后，再行办理。
由于法国借口四川酉阳、贵州遵义教案，向总理衙门进行勒索，并以武力威胁。总理大臣奕？怕英法再次联合进犯北京，便下令马新贻速与英法公使谈判。结果清政府赔偿损失4000元，并任教士在安庆城内指定一地，由官方买给教堂和出示申明条约，保护教士及严惩由宓道生、卫养生指定的“祸首”。