尔后，朝廷以皇后的哥哥何进为大将军，率左右羽林、五营将士屯于洛阳都亭，增修兵械，又在洛阳周围幽谷（今河南灵宝东北）、太谷（今河南洛阳东南大谷口）、广成（今河南汝州西）、伊阙（今河南洛阳南伊阙山）、铴辕（今河南偃师东南辕山上）、旋门（今河南荥阳西汜水镇西南）、孟津（今河南孟津东北）、小平津（今河南孟津东北，为古代黄河重要渡口）等八关设置都尉各一人，率兵扞卫京师洛阳。
这时，黄巾军主要活动于冀州（今河北临漳西南）、南阳（今河南南阳）、颍川（今河南禹州）等三个地区。朝廷派遣北中郎将卢植率军攻打冀州地区张角所部黄巾军；命左中郎将皇甫嵩、右中郎将朱俊、骑都尉曹操率兵4万剿颍川郡（今河南禹县）黄巾军。
卢植率军连破张角，斩首万余级。张角退至广宗（今河北威县东）。
卢植准备围攻广宗，汉灵帝派宦官左丰至冀州视察。由于卢植不肯贿赂左丰，左丰回京师后诬告卢植作战不力。汉灵帝将卢植征还京师治罪，改命中郎将董卓进攻广宗。
农历五月，皇甫嵩、朱俊、曹操合兵大破颍川黄巾军，斩首数万级，皇甫嵩以功封都乡侯，曹操迁济南相。朝廷继续向汝南郡（今河南平舆北）、陈国（今河南淮阳）进军，大败黄巾军。朱俊以功迁镇贼中郎将。
农历八月，皇甫嵩在苍亭（今山东阳谷北）大破东郡黄巾军，斩首7000余级；农历十一月，皇甫嵩乘胜进击，与巨鹿太守郭典大破张角弟张宝军于下曲阳（今河北曲阳西），张宝战死；同月，朱俊攻破宛城，杀黄巾军万余人，南阳平定。至此，黄巾起义在坚持了9个月的斗争后，主力被全部消灭，起义失败。但是，黄巾军余部在各地仍然活跃，各地并不平静。
听说黄巾军主力被剿灭，汉灵帝大为振奋，以为危机解除，于是继续大肆搜刮、暴敛天下。
中平二年（185年）农历二月，京师洛阳发生火灾，南宫被毁。宦官中常侍张让、赵忠等劝汉灵帝税田亩以修宫室、铸铜人。于是，汉灵帝诏令天下，除正常租赋之外，征收天下田亩税十钱，作为“修宫钱”。又诏令州郡，将材木文石运送京师。宦官、刺史、太守都从中谋私利，复增私调。此外，又规定百官升迁要纳“助军钱”；郡国贡献赋税，要交纳“导行钱”等。繁多的搜刮名目，最终都落到百姓头上，百姓因此怨声四起。
一时间，农民起义再度蜂起，黄巾军余部在益州（今四川、贵州和云南北部）众至十余万人；中原地区有山、黄龙等义军数十股；复起的青州黄巾军众逾百万；冀州黑山军众至百万；黄巾余党郭太等复起于西河白波军，有众十余万。义军攻打郡县，诛杀官吏，声势浩大，此起彼伏，形成燎原之势。
中平四年（187年）农历八月，多年修好的南匈奴也开始反汉。
为了镇压各地农民起义，中平五年（l88年）农历三月，汉灵帝在太常刘焉的建议下，改刺史为州牧，位居郡守之上，并选派列卿、尚书出任州牧，掌握一州的军政大权。刺史本为监察官，经此一改，职位甚重。从此以后，州牧各据一方，形同割据政权，为最终进入东汉末期诸侯割据的军阀时代埋下了伏笔。
名家回眸
朝廷的腐败黑暗、地主豪强的盘剥压迫使当时的人民苦不堪言，再加上灾害频繁发生，以张角为首的黄巾起义终于爆发了。起义军烧毁府衙，杀掉贪官，铲除强权势力，沉重打击了地主阶级的统治秩序。虽然他们最终被镇压了下去，但是在他们的打击下，东汉政权受到了巨大的冲击，谁也无力挽回它灭亡的命运了。
董卓乱权，汉朝名存实亡
汉灵帝刘宏去世前，想让皇子刘协即位，临死将刘协托付给宦官蹇硕。刘协是刘宏与王美人所生。光和四年（181年），王美人生下刘协后，就被何皇后毒杀。汉灵帝为此大怒，要废掉何皇后，何皇后重金买通宦官为她说情，才没有废黜她。汉灵帝怕何皇后加害刘协，就将刘协交给母亲董太后抚养。
14岁的刘辩即位后，其生母何皇后被尊为皇太后，临朝听政。何太后以其兄大将军何进与太傅袁隗共参录尚书事，执掌朝政。刘协被封为渤海王，后改封为陈留王。新皇帝即位后，宦官蹇硕仍想立刘协为帝，打算诛杀何进。中常侍赵胜素亲何氏，将此事告知何进。于是，何进诛杀蹇硕，将其所统禁兵悉归于己，由此取得西园八校尉的指挥权。接着，何太后令何进将董太后之弟骠骑将军董重下狱。董重自杀，董太后忧惧而死。
这时，袁隗的侄子中军校尉袁绍，嫉恨宦官专权，写信给何进，建议诛除所有宦官。何进打算接受袁绍的建议，诛除宦官，但是何太后反对，认为宦官统领禁省是汉朝制度。何进又没了主意。袁绍又建议何进，召州郡兵马入京，胁迫太后，逼她答应诛除宦官。
中平六年（189年）农历七月，何进密召邰乡侯董卓带兵入京。因为当时地方诸将中，只有董卓曾经上书朝廷明确表示要诛杀宦官。何进的决定遭到主簿陈琳、侍御史郑泰、尚书卢植等人的反对。群臣认为，何进身居要职，手握重兵，要诛杀宦官，只要当机立断即可，不需要召外兵进京，董卓进京必为祸乱。但是，何进不听。
农历八月，董卓还未进京，何进欲诛诸宦官之事已经被中常侍张让、段珪等人知道。宦官们决定先发制人，矫何太后诏召何进入宫，将其一剑刺死。何进的部下吴匡、张璋在宫门外闻听何进被杀，遂与虎贲中郎将袁术一起攻打宫门，又纵火烧南宫宫门。袁绍也引兵入宫，杀宦官赵忠等。
张让、段珪等劫持汉少帝刘辩、何太后及陈留王刘协仓皇出逃。
袁绍随即下令关闭宫门，大杀宦官，不论年纪大小，被杀的宦官有2000多人。东汉以来猖獗近百年的宦官集团遂告覆灭。张让、段珪劫持汉少帝等逃至小平津。尚书卢植等连夜追赶，张让见情况不妙，在河南中部掾闵贡逼迫下，投河自尽。
与此同时，董卓在进京的路上，远见洛阳火起，便催兵疾进。得知汉少帝在北芒山（今河南洛阳北）之后，便带兵前去迎接，汉少帝随之回宫，一场皇宫内乱暂告平息。
董卓是陇西临洮（今甘肃省临洮县）人，父亲董君雅是颍川轮氏县尉。延熹四年（161年）董卓从军，因有军事才干，被中郎将张奂调至军中任行军司马，随张奂征讨羌族叛乱。战后，董卓“拜郎中，赐缣九千匹”。此后，历任广武令、蜀郡北部都尉、西域戊己校尉等职，又因数次参与平定少数民族叛乱，升为并州刺史、河东太守。镇压黄巾起义时，董卓因无功被免官。中平二年（185年）董卓复出，任中郎将，征讨金城人边章、韩遂，全师回还，被封为邰乡侯，食邑千户，驻兵西凉。
这次董卓只带了3000多士兵进京。为了镇服朝廷百官、掌控全局，董卓经常在晚上把军队秘密派出城，第二天再大张旗鼓地回来，给人造成他有新兵不断进城的假象。同时，董卓将何进及其弟车骑将军何苗所统部众皆据为己有，又诱使执金吾丁原的部将吕布杀死丁原归附于己。这样，董卓就在军事上控制了局势。
随后，董卓逼迫朝廷罢免司空刘弘，自为司空。189年农历九月，董卓会集群臣，废汉少帝，改立8岁的陈留王刘协为帝，是为汉献帝。袁绍不同意，被赶出京师。百官摄于董卓的淫威，悲切惶恐，无人敢言。汉少帝刘辩被废为弘农王。董卓开始专制朝政。次年，刘辩饮药自杀，董卓鸩杀何太后。
农历十一月，董卓自称相国，跃居三公之首，并享有“赞拜不名，入朝不趋，剑履上殿”的特权。汉献帝刘协只是个傀儡皇帝。
董卓在京师纵兵剽掠财物、妇女，残害百姓，无恶不作，京师人人自危。董卓还无所顾忌地大肆加封董氏家族成员：封自己的母亲为池阳君，地位与皇家公主相当；升弟弟董曼为左将军，封雩侯；封年幼的孙女为渭阳君。
为了巩固自己的权位，董卓征辟名士，拉拢士人为己所用。董卓试图拉拢典军校尉曹操，升其为骁骑将尉。曹操企图谋刺董卓，事未成便隐姓埋名，连夜逃出京师，回奔家乡。董卓大怒，下令各州郡缉拿曹操。
中平六年（189年）年底，曹操逃至陈留（今河南开封东南），利用家财和同乡豪强卫兹的资助，组织起一支5000人的军队，起兵讨伐董卓。
初平元年（190年）正月，关东（古函谷关以东地区，古函谷关在今河南灵宝东北）诸州郡牧守纷纷起兵，讨伐董卓，共推勃海郡（今河北南皮东北）太守袁绍为盟主。
农历二月，董卓见关东军气势甚盛，对洛阳形成威胁，便不顾朝臣们的反对，放火烧毁洛阳的宫殿、官府和民房，裹挟数百万百姓，强行迁都至长安。在迁都之前，董卓大杀袁绍家族。同时，董卓在自己的封地修筑了深沟高垒的坞堡，明目张胆地称之为“万岁坞”，还规定官员经过其封地时，都必须下马行大礼。
不久，关东军内部发生火并，各引兵散去。东汉进入军阀混战、诸侯割据的时代。
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人们常说，乱世出英雄，同样也出奸雄。不管怎样，在乱世之中，各种各样的人都会粉墨登场，追名逐利。在混乱不堪的东汉末年，就出现了这样的一个人——董卓，他狡诈凶残，霸道蛮横，残害百姓，滥杀无辜，无视皇权，对皇帝随意废除。他的行为受到了天下人的一致谴责，最终落得一个悲惨的下场。
献帝让位，东汉彻底灭亡
初平三年（192年）农历四月，司徒王允与吕布等人密谋，将军阀董卓杀死。董卓死后，王允录尚书事，吕布升为奋威将军，共同主持朝政，但两人无力维持关中的政局。王允被董卓的旧部李傕、郭汜等人杀死，吕布逃走，朝政落入小军阀李傕、郭汜之手。
兴平二年（195年）年初，李傕、郭汜反目，相互攻打。他们又纵兵抄掠宫中，劫取御府金帛、乘舆、车服等器物，随后放火焚烧宫殿、官府、民房。
农历七月，郭汜、杨奉等掠得汉献帝，东归洛阳。农历十二月，李傕又将汉献帝迎至其营。此时，双方攻打数月，死了1万多人。随后，杨奉、董承等出兵击败李傕，护驾回返洛阳。到大阳（今山西平陆西南）时，河内太守张杨派数千人背负粮米前来进献。至安邑（今山西夏县西北）时，河东太守王邑奉献绵帛。汉献帝拜张杨为安国将军，胡才为征东将军，封王邑为列侯。
建安元年（196年）农历七月，汉献帝在杨奉、韩暹等人护送下，终于回到洛阳。此时的洛阳，经过董卓之乱后，已成废墟，汉献帝居于新修的南宫杨安殿，百官皆无住所，“披荆棘，依墙壁间”。这时，各州郡都陷入军阀混战之中，没人贡奉朝廷，洛阳粮荒，群臣饥乏，处境十分狼狈。
这时，袁绍的谋士沮授力劝其迎献帝于邺（冀州州治，今河北临漳西南），以便“挟天子以令诸侯”，取得政治上的优势地位。但是，另一位谋士郭图和大将淳于琼则不同意，认为皇帝在身边，行动会受牵制。袁绍最终接受了郭图的看法，未迎纳献帝。建安元年（196年），曹操攻下许县（今河南许昌），派遣大将曹洪至洛阳迎接献帝，被董承阻拦未能如愿。此时，献帝身边的大臣杨奉、韩暹、董承等人不和。议郎董昭心向曹操，认为曹操是天下英雄，于是假作曹操写信给杨奉，说曹操愿为杨奉外援，并说杨奉有兵，曹操有粮，正好互通有无。此时，杨奉、韩暹、董承三人中，杨奉兵马最强，只是缺少外援。在看了曹操的信之后，杨奉大喜，遂劝诸将共同上表封曹操为镇东将军，袭父爵费亭侯。不久，董承因韩暹、张杨等居功自傲胡作非为，也暗中召曹操入朝，以制韩暹等人。
于是，农历八月，曹操带兵进入洛阳，朝见汉献帝。汉献帝遂以曹操领司隶校尉、录尚书事、假节钺，初执朝政。
曹操入朝是为了控制全局，将汉献帝控制在手。因此，入朝执政不久，曹操就将首都迁至自己的地盘许县。曹操以亲信充任皇宫宿卫士，又以亲信谋士荀彧为侍中、守尚书令。曹操出征时，便由荀彧管理朝政。从此，曹操开始专断朝政，权归曹氏，汉献帝只是个傀儡，东汉王朝名存实亡。
但是，献帝并不甘心受制于人，一些大臣也不满曹操独擅朝政。建安四年（199年），献帝下密诏，策划杀掉曹操。车骑将军董承受诏，与左将军刘备、偏将军王服、长水校尉种辑、将军吴子兰等人密谋。200年（建安五年）正月，密谋败露，曹操将董承等人三族诛杀。董承的女儿董贵人时有身孕，献帝请求曹操免其一死，曹操不答应。只有刘备在此之前被曹操派出拦击袁术，并乘机占据徐州（时治下邳，今江苏睢宁西北）不回，得免于难。
事后，曹操加强了对献帝的控制，献帝的日子过得越发难堪了。
建安二十年（215年），曹操将自己的女儿立为汉献帝刘协的皇后。
第二年，曹操晋爵为魏王，后设天子旌旗，为魏国代汉奠定了基础。220年（延康元年）正月，曹操病死，其子曹丕继任魏王。农历十月，曹丕逼汉献帝刘协禅让帝位，成为天子，建立了魏政权。走过195年，历经12帝的东汉王朝就此退出了历史舞台。
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董卓被杀后，汉献帝带领大臣回到洛阳，但洛阳在董卓的浩劫后几乎成了一片废墟。此时汉献帝非常狼狈，堂堂的大汉天子竟然连皇宫都没有，甚至连吃饭都是个问题。而各地方军阀都忙于争夺中原霸主的地位，无暇顾及他这个皇帝。这时，曹操出现了，他恭恭敬敬地把献帝迎到许昌，人们以为他要帮献帝重振汉室，但他却以振兴汉室的名义开始创建自己的霸业，最终为其子曹丕创下了大魏江山。