汉武帝时立为官学的只有《诗》、《书》、《礼》、《易》、《春秋》五经博士，后来逐渐增加，到西汉后期已有五经十四博士。这些经书，因为都是用当时通行的文字隶书写成的，后来称之为今文经。今文经学在传授过程中，特别在武帝以后，取得了越来越崇高的地位。为了迎合两汉统治者的需要，今文经学越来越多地与谶纬迷信相结合，使儒家宗教化，经学神学化，孔子教主化。它以“微言大义”随心所欲地解释经典、神化统治者，使自己变成了政治的说教。同时，由于今文经学在传授中必须遵守严格的师法和家法，经学博士为了形成对所习经典的垄断，说经越来越烦琐，“一经说至百余万言”。有个叫秦延君的《书经》大师，解释“尧典”两字用了10多万字，解释“日若稽古”四字用了3万多字。一个人从幼年开始学经，往往要到满头白发才学会说经。尽管如此，众多的博士弟子依然孜孜不倦地追随自己的老师“皓首穷经”，其秘密就在于它是当时一条重要的“利禄之路”。
正当今文经学垄断教育和学术，在西汉后期达到鼎盛局面的时候，新崛起的古文经学对其地位提出了挑战。西汉中期以后，一些用古籀文（秦以前的文字）书写的经书如《古文尚书》、《礼》、《周官》、《毛诗》
和《春秋左氏传》等逐渐被发现并在民间传授。由于这些经书是用秦以前的文字写成，所以称为古文经。成帝河平年间，刘歆受诏与其父刘向校领秘书，据说看见了许多古文经传。到哀帝建平时，刘歆受到重用，便上书要求把《春秋左氏传》、《毛诗》、《礼》和《古文尚书》立为官学，同时攻击今文经“因陋就寡，分文析字，烦言碎辞，学者罢老且不能究其一艺，信古说而背传记，是末师而非往古……保残守缺，挟恐见破之私意，而无从善服义之公心。或怀妒嫉，不考实情，雷同相从，随声是非”。刘歆上书在朝野引起了一场轩然大波。今文经大师、光禄大夫龚胜以“乞骸骨”相要挟，大司空师丹在奏章中则给刘歆加上“改乱旧章，非毁先帝所立”的罪名，大张挞伐。其他今文经师也群起鼓噪，形势对刘歆十分不利。为了摆脱在京师的不利局面，刘歆只得请求到外地出任郡守。不久，王莽秉政，刘歆受到特别重用，成为协助他篡汉的理论策士。王莽为了寻找篡汉的理论根据和取得广大知识分子的支持，于是接受刘歆建议，下令将古文经立为官学。王莽对古文经的《周礼》特别重视，其新政中的不少措施都是从那里寻找理论根据的，对古文经的其他经典也很垂青。例如，他引证《古文尚书·嘉禾》篇记载的“周公居摄”，作为自己“居摄践祚”的依据；引证《春秋左氏传》的“刘氏为尧后”，以证明他这个“虞帝之苗裔”有代汉的充分权力。不过，王莽并不用排斥今文经学的办法来抬高古文经学，他篡汉以后，不仅没有取消今文经学的官学地位，而且还大力利用今文经学中一切对他有用的东西。例如，他“放《大诰》作策”
而讨翟义，引《康诰》作为自己称“假皇帝”的依据，依《王制》加以损益制定公、侯、伯、子、男五等爵制和封地四等制。王莽新朝中，王莽对今、古文采取了兼收并蓄的态度，治今文与治古文的经师们一样出将入相。即使如此，今文经师们也对将古文经立为官学愤愤不平。在新莽末年的农民战争中，“天下散乱，礼乐分崩，典文残落”，不少经学大师“怀协图书，遁逃林薮”，经学一度呈现寥落的局面。东汉建立以后，太学生出身的光武帝刘秀十分重视经学的复兴，今文经的十四经很快都被立为官学，同时为反王莽之需要，取消了古文经官学的资格。但是，这时候的古文经学在朝野已有相当的势力，治古文经的学者迫切要求将古文经立为官学，取得与今文经同等的地位。建武初年（25年），尚书令韩歆上书要求将古文的《费氏易》和《春秋左氏传》立为官学，结果引起今文经师范升等的激烈反对，双方互相辩诘，形成了颇为热闹的一场论战。经过这场辩论以后，朝野相信古文经的人数逐渐增多，享有至尊地位的皇帝也对古文经显示出浓厚的兴趣。此后，今古文经之间的辩难时断时续。章帝时古文经师贾逵与今文经师李育以《左氏传》为对象反复辩难。建初四年（79年）的白虎观会议主要就是论证五经的异同。会后，章帝诏“高才生受《古文尚书》、《毛诗》、《谷梁》、《左氏春秋》，虽不立学官，然皆擢高第为讲郎，给事近署”。古文经的地位进一步提高。东汉桓帝、灵帝时期，今文经学家何休作《春秋公羊解诂》，“与其师博士羊弼追述李育意，以难二《传》，作《公羊墨守》、《左氏膏肓》、《谷梁废疾》”。
古文经大师郑玄针锋相对，作《发墨守》、《针膏肓》、《起废疾》，把何休驳得体无完肤。面对郑玄的凌厉攻势，何休不得不哀叹：“康成入吾室，操吾矛，以伐我乎！”到东汉后期，今文经学的黄金时代一去不复返，而古文经学的势力已经蔚为大观了。尽管今文经学一直被立为官学，始终处于官方学术的位置，但由于它越来越与谶纬迷信相结合，假造符命，神化孔子，为现实封建王朝的黑暗政治辩护，学术气味愈来愈淡，在正直的知识分子中渐渐失掉了吸引力。同时，也由于今文经大师解说经文，支离蔓延，愈加烦琐，不仅引起一般经生的厌恶，连某些最高统治者也感到繁难不便，光武帝就曾命博士删削章句。正因为存在以上两大缺陷，因而纵使今文经学地位显赫，弟子如林，但终东汉之世始终没有产生出几个像样的大师，也没有出现有影响的着作。与今文经学相反，古文经学反对谶纬迷信，反对神化孔子。古文经大师桓谭、尹敏、王充、张衡、荀爽、荀悦等人，都坚决批驳谶纬神学，这就在今文经学布下的神道迷信的恶浊氛围中吹进了一股清新的空气，使一些知识分子精神为之一振。另外，古文经学“通训诂”、“举大义”、“不为章句”，其经师博通群经，在学问上远胜今文经学家。古文经在传播的过程中，也涌现出一批着名的大师。贾逵着《左氏传解诂》、《国语解诂》、《今古文尚书异同》、《齐、鲁、韩诗与毛诗异同》，许慎着《五经异义》、《说文解字》，显示了古文经师坚实的基础和渊博的学识。马融遍注《孝经》、《论语》、《毛诗》、《周易》、《三礼》、《尚书》，使古文经学达到完全成熟的境地。马融的学生郑玄，对今古文经兼收并蓄，遍注《周易》、《尚书》、《毛诗》、《仪礼》、《礼记》、《论语》、《孝经》、《尚书大传》、《中候》、《乾象历》，又着《天文七政论》、《鲁礼禘祫义》、《六艺论》、《毛诗谱》、《驳许慎〈五经异义〉》、《答临孝存周礼难》等百余万言，成为古文经师中成就最大的学者。
名家回眸
“经”最早泛指一切着作，战国以后，它成为儒家编着书籍的通称。汉武帝接受董仲舒的建议“罢黜百家，独尊儒术”之后，它进而变成由封建专制皇帝钦定的儒家书籍的总称。“经学”就是对“经”
的阐发和议论，在两汉时期它是占统治地位的思想形式。
董仲舒的新儒学
董仲舒是汉代新儒学的创始人，他建立的新儒学是由天人感应的神学目的论、君权神授说和专制主义大一统的政论以及性三品说和三纲五常的道德观所组成的。
董仲舒（约前179～前104年），广川（今河北景县）人，他从青少年时代起就博览先秦诸子着作，对《公羊春秋》和阴阳五行学说的研究特别专注，曾“三年不窥园”，“乘马不觉牝牡”，达到如醉如痴的程度，因而很快声名大震，下帏讲学，被汉景帝任为博士。汉武帝即位后，“举贤良文学之士”，他三次参加对策，详细阐述了天人感应、君权神授理论，并提出“罢黜百家，独尊儒术”的建议，得到汉武帝的赏识，被派到江都王那里当了六年国相。公元前135年，他借高陵长园失火和辽东高庙失火推演灾异，下狱当死，后赦免罢官家居，教了10年《公羊春秋》。公元前125年，经公孙弘推荐，担任胶西王的国相，于公元前121年以老病为由辞职回家，从此结束仕禄生活，“以修学着书为事”。但仍然受到汉武帝的尊宠，“朝廷如有大议，使使者及廷尉张汤，就其家而问之”。后来张汤把询问他的部分材料，整理为《春秋决狱》一书。据《汉书·董仲舒传》
记载，他有着作123篇，但流传下来的只有《春秋繁露》一书。
董仲舒把墨家的天鬼观念和思孟学派的天人合一论点，用邹衍的阴阳五行说加以改造，进一步神化天人关系，创造了一套天人感应的神学目的论，认为天是“万物之祖”、“百神之大君”，是明察秋毫、赏善罚恶的自然界和人类社会的最高主宰。自然界的四时运行、人类社会中的尊卑贵贱，都是天神“阳贵而阴贱”意志的体现。他又用五行相生、相胜附会君臣、父子之道，神化封建制度。他进而认为，天既安排地上的正常秩序，同时又监督这种秩序的运行。如果君主治理有方，国泰民安，天就出示祥瑞（凤凰、麒麟等），表示赞赏。如果君主有了“过失”，天便降下灾异（各种自然灾害）加以谴告；如不省悟，天就变易君主，另择贤能。这就叫天人感应。为了论证皇权的永恒性，他又鼓吹“道之大原出于天，天不变道亦不变”的形而上学思想。这里的“道”，实际指的是封建的社会制度，而这些东西是“万世无弊”的。既然如此，改朝换代又怎样解释呢？
董仲舒提出“三统”、“三正”的理论，认为每一王朝代表一统，共有黑、白、赤三统，夏为黑统，殷为白统，周为赤统，与之相适应，应有不同的岁首，夏以阴历正月为岁首，殷以十二月为岁首，周以十一月为岁首，这就是“三正”。“三统”、“三正”周而复始，王朝的更替也就只是表现为“改正朔，易服色”，而“道”却是永世不变的。这种循环命定论的历史观所论证的，恰恰是封建制度的不变论。
董仲舒的认识论是典型的唯心主义先验论。他认为认识的目的是“发天意”，其途径有两条。因为自然界和人类社会的变化都是由天主宰，所以仔细观察自然和人事的运行即可体察天意。又因为“人副天数”，宇宙的真理也就蕴涵在自己身上，通过内心反省，可以体会到天意，这就是“道莫明省身之天”，这两种途径运用结合起来，就是“内动于心志，外见于事情，修身审己，明善心以反道者也”。
董仲舒提出了性三品说，认为极少数人从上天那里承受的“圣人之性”，是理所当然的性善者。大部分人生来性恶，是天生的卑贱者。一部分人具有可善可恶的“中民之性”，即通过圣人的教化可以去恶从善。在董仲舒看来，所谓善就是符合三纲五常的道德标准，“循三纲五纪，通八端之理，忠信而博爱，敦厚而好礼，乃可谓善”。反之，反抗封建制度，破坏封建礼教，违背封建道德，就是十恶不赦了。
董仲舒是一个对现实社会十分敏感的清醒政治家，他在汉武帝统治的极盛时期，已经锐敏地观察到走向激化的社会与阶级矛盾。为了稳定封建统治，他鼓吹“君权神授”：“受命之君，天意之所予也，故号为天子。”天子“立于生杀之位，与天共持变化之势”，为了使人君保持绝对的权力和威严，必须在政治上加强专制主义的集中统一，“《春秋》大一统者，天地之常经，古今之通谊也”。同时把全国臣民的思想纳入儒学的轨道，实行“罢黜百家，独尊儒术”的政策：“今师异道，人异论，百家殊方，指意不同，是以上亡以持一统，法制数变，下不知所守。臣愚以为诸不在六艺之科、孔子之术者，皆绝其道，勿使并进。邪辟之说灭息，然后统纪可一，而法度可明，民知所从矣。”（《汉书·董仲舒传》）董仲舒一方面看到专制主义中央集权需要在思想上和政治上树立君主的绝对权威，同时也隐隐觉察到不受限制的君主权力一旦为所欲为，也会给国家和社会带来意想不到的灾难。于是又在君主之上精心设计了一个天神，希望利用它来对君主加以约束：“且天之生民，非为王也，而天立王以为民也。故其德足以安乐民者，天予之；其恶足以贼害民者，天夺之。”天的护佑毕竟靠不住，于是他更多地把注意力集中在“贤才”的选取、培植和任用上。他深知贤者对国家兴亡有着至关重要的作用，“任非其人，而国家不倾者，自古至今未尝闻也。……任贤臣者，国家之兴也”。他对当时官场出现的“廉耻贸乱”、“主德不宜，恩泽不流”、“暴虐百姓，与奸为市”等现象痛心疾首，要求选任官吏“毋以日月为功，实试贤能为上，量材而授官，禄德而定位”，反对“累日以取贵，积久以致官”的论资排辈恶习和任子制度，提出“兴太学”、“举贤良”等办法，在社会上广泛选取有德才者为官吏，以扩大统治基础。这些观点是值得肯定的。董仲舒反对对劳动人民一味施以严刑峻法，主张以德教为主，以刑罚为辅。他说：“王者承天意以从事，故任德教而不任刑。刑者不可任以治世，犹阴之不可任以成岁也。为政而任刑，不顺于天，故先王莫之肯为也。”他敢于面对现实，以比同时代人更锐敏的眼光揭露“富者田连阡陌，贫者无立锥之地”的社会现实，指出劳动人民“或耕豪民之田，见税什伍”，“常衣牛马之衣，而食犬彘之食”的悲惨境遇，与贵族官僚豪富们“戴高位”、“食厚禄”、“食利而不肯学义”，横暴骄逸形成鲜明的对比，提出了一系列缓和社会矛盾的主张：“限民名田，以赡不足，塞兼并之路。
去奴婢，除专杀之威。”这是两汉历史上第一个关于土地、奴婢的改良方案。又提出“不与民争利”以及“薄赋敛、省徭役”、“盐铁皆归于民”
等经济政策，反映了他对汉代社会矛盾的清醒认识和对解决矛盾的积极态度。
董仲舒创立了今文经学，开启了儒学神学化、儒家宗教化、孔子教主化的进程，为封建统治找到了较为理想的意识形态。他的学说，为稳定和巩固大一统的专制主义中央集权的统治起了重要作用，对形成以汉族为主体的中华民族的心理特征，产生了不可估量的积极影响。他与汉武帝一起，作为西汉鼎盛时代杰出人物的代表是当之无愧的。
名家回眸
“罢黜百家，独尊儒术”使得先秦时百花齐放的局面结束了，文化开始变得单一。中国台湾柏杨先生曾说：“董仲舒先生的这项‘罢黜百家，独尊儒术’，经皇帝采纳后，就成了神圣的‘国策’。一个巨大转变，在不声不响中发生，光芒万丈的思想学术自由的黄金时代，开始夕阳西下。”国民党爱国元老于右任老先生读完《史记》后甚至写出这样的诗来：“绝大经纶绝大才，罪功不在悔轮台。百家罢后无奇士，永为神州种祸胎。”
谶纬迷信的泛滥和《白虎通义》的宗教神学