上面提到的叶祖圭、达佑文，都是荣禄北洋总督衙门的幕府人员，由于事关重大，袁只能单独与荣禄谈，故初五晚间没能深谈。荣禄第二天亲自到袁世凯的居处，也是为了避开督署的人员和公事，所以，袁世凯告密的确切时间是在初六的早上。而同一时间的紫禁城内，慈禧也在逼审光绪，并迫使光绪发布训政谕旨。所以袁世凯的告密在后，政变和训政在前，所谓袁世凯告密引发戊戌政变的说法也就成了无稽之谈。
康有为
与袁世凯返津同一天，康有为也到了天津，住了一晚，第二天上午11时乘坐英国太古公司的轮船离京赴上海。直至三天之后，在吴淞口从前来救他的英国官员口中，康有为才知道北京已发生了政变。
9月21日(旧历八月六日)上午，就在袁世凯和盘托出维新派的反政变密谋，康有为登上重庆号客轮之际，北京的紫禁城内，也正在上演“新政大审判”的活剧，根据苏继祖《戊戌朝变记》的记载，审判的经过如下：
那天，太后驾临偏殿(即临时软禁光绪的地方)，召庆亲王、端亲王、军机大臣、御前大臣，跪于御座的右边，皇上则跪于御座的左边，御座前面设有(实行家法用的)竹杖。(太后)疾声厉色，讯问皇上说：“天下者，祖宗的天下呀，你怎么敢任意妄为！诸位大臣，全是我多年来历经挑选，留下来辅佐你的，你怎么敢任意不用！还竟敢听信叛逆蛊惑，变乱成法典制。康有为什么东西，能胜过我选用的人？你怎么这么昏聩，不肖成这个样子！”又看着众臣说：“皇帝无知，你们为什么不尽力谏阻，以为我真的不管，听任他亡国败家吗！我早知道他不足以承当大业，不过时事多艰，不宜轻举妄动，只好留心稽查管束。我人虽在颐和园，而心却时时在朝廷之中呢，我惟恐有奸人蛊惑(他)，所以常常嘱咐你等不可因为他不成器，就不肯尽心于国事。现在我好在还(身体)康健，必不辜负你们的(请求)。今年春天奕匡再三地说，皇上既然肯于励精图治，说我也可以省心了，我想的是外边的臣子不知内情，并有不学无术的人，反而以为我是把持(朝政)，不许他放手办事，今天可算是知道他不行了吧。他是我拥立的，他若亡了国，罪过在我这儿，我能不过问吗？你们不尽力谏诤，就是你们的罪过了”。刚毅先回答说：“(我)屡次的苦谏，每次都被谴责训斥，其余六位大臣，有劝谏过的，也有不说话的”。(太后)又向皇上说：“变乱祖宗法制，臣下若犯了这条，你知道是什么罪吗？试问，你祖宗重要呢？还是康有为重要？背弃祖宗而推行康有为之法，怎么能昏聩到这个样子？”皇上战栗看回答说：“自己固然是糊涂，但洋人逼迫太急，想要保存国脉，通融试用西法，并不敢听信康有为之法”。太后厉声发怒说：“难道祖宗不如西法，鬼子反到重于祖宗吗？康有为叛逆图谋于我，你不知道吗？还敢回护吗！”皇上本来已经魂飞齿震，竟不知道如何回答，(太后)再次厉声问道：“你是知道呢？还是同谋呢？”皇上战栗着回答说：“知道”。太后说：”既然知道还不正法，反倒要放走？”皇上就回答说：“捉起来杀了”。这就是密拿康有为，查抄南海会馆之旨(的由来)。太后并且对诸位大臣说：“我常教你们小心，怕的就是近些年来这些佞臣贼子的煽惑啊”。于是幽禁皇上，带同太监搜查皇上书房，追究查问御前的太监。这是第一次询问皇上的大略情形，言语极多，传出来的人不胜记忆。
从这次审讯的情形和上下文的语意来看，慈禧和守旧派并不知道维新派的反政变密谋，所谓“叛逆”，指的是违背祖制，“改正朔，易服色”之类的建议，因为通过检查维新派的奏折，慈禧已经知道了这些事情，这在守旧的慈禧看来，当然是叛逆的言行。
本日训政的诏书公布之前，在京的维新派也并不知道政变的发生。御史宋伯鲁还上折建议“皇上速简派通达外务、名震地球的重臣，如大学士李鸿章这样的人，前往会见教士李提摩太及日本(前)首相伊藤博文，与之商量(救亡)办法，以工部主事康有为为参赞，必能转祸为福”，不想撞到了慈禧的枪口上。当日即以“滥保匪人，平素声名恶劣”的罪名，被革职永不叙用。
廷审结束后，守旧派把持的清延，根据皇帝那句“捉起来杀了”的话，以光绪的名义下达了第一道谕旨：“工部主事康有为结党营私，莠言乱政，屡经被人参奏，着革职。并其弟康广仁，均着步军统领衙门拿交刑部，按律治罪”。毕永年得知康有为出走后，也于本日早7时离开北京。本日缇骑先围总署大臣张荫桓住所(即在今北京东城八面槽附近的锡拉胡同)，因为传言康氏经常夜宿张家，搜查康有为不得，遂于二日后将张荫桓下狱。上午10时，步军统领崇礼即带兵包围了南海会馆，将留在那里的康广仁和康氏的弟子程式谷、钱维骥及几个仆人抓捕送交刑部监狱。午后，梁启超等先到李提摩太处报告政变发生，朝廷正在四处缉拿康有为的消息，托李氏相救，李氏等发电报给英国驻上海领事，请以政治犯的名义加以保护，经电报请示外交大臣同意后，于吴淞口外截住重庆号，康有为换乘英国轮船直达香港，逃脱了追捕。梁启超当晚则避入日本公使馆。
9月22日(旧历八月七日)，谕令荣禄在天津查捕康有为。刑部则提讯康广仁，让他写信叫康有为回来，否则不会释放他，谭嗣同尚为他料理狱中的饮食铺盖。钱维骥等人则于次日被释放。梁启超得伊藤和日公使林权助之助，藏匿于日本使馆，谭嗣同前去相见，劝梁出走日本。其时，谭已有一死殉国之志，故以所着文稿和书信相托，并与梁诀别说：“不有行者，无以图将来；不有死者，尤以酬圣主。今日(康)南海生死未卜，程婴、杵臼、月照、西乡，吾与足下分任之”。相互拥抱而别。当晚，梁启超“剪掉辫子，换上西服，”由使馆派人送到天津日本领事馆，三天后由塘沽乘坐兵舰流亡日本。本日抓捕的重点仍然只在康有为师徒身上，四小军机仍是自由之身。所以，在得到荣禄的密报之前，清廷对维新派反政变的密谋仍是一无所知。但随着本日荣禄密报的送达，密谋的帷幕就被揭开。据说慈禧本日曾“单独讯问皇上一次”，想必与密诏有关，而新一轮的查抄随即开始。这些才是袁世凯告密的直接后果。
9月23日(旧历八月八日)，在得知荣禄通报的维新派密谋后，慈禧于本日采取了两项行动，一是凌晨(五更)下密旨抓捕四小军机，一是会同诸大臣再审光绪，据说这次审讯好像原被告一样，显然所为都是密诏事件。这次审讯的过程如下：
皇上率百官恭贺训政。皇太后有旨，命皇上拜于阶下。典礼完成后，再次在偏殿召集群臣质讯皇上，将所抄皇上书房中及康有为寓所中的奏幸、说帖等文件，逐条审讯，以众大臣对证。内有杨锐、林旭转述皇上之意催康迅速出京的函件，太后大怒，问皇上，皇上不敢承认，推说是杨锐之意。此时太后已知道北洋袁世凯出首告密之事，追问皇上是什么意思，皇上只得推给康、谭，否则立刻就会受到廷杖。当即下令步军统领捕拿张荫桓、徐致靖及新进诸人(四小军机等)，禁闭皇上于瀛台，将皇帝身边的各太监看押，另派太监二十名随侍皇上，实际上是监禁起来了，二十名太监全都是太后的心腹啊。
本日，御史杨深秀不顾京城恐怖紧张的气氛，竟然上折给太后，追问皇上被废的理由，“请太后迅速撤帘归政，援引史事，言辞甚为激烈”。甚至还想亲自去南苑游说董福祥部进京救护皇帝，还未出门，即遭逮捕。杨深秀并未参与密谋，最多不过是像宋伯鲁一样被革职永不叙用，但他太书生气了，或者说见义勇为的憨劲儿把他送上了死路。谭、杨、林、康等维新志士的行事方式或许不足取，但他们的确是铮铮男儿，为事业献身的精神足以彪炳千秋，激励后人。本日王照、谭嗣同也分别谋划营救被幽禁了的皇上，王照找的是日本人，谭嗣同找的是大刀王五，但只能是自我安慰的愿望而已。王经日本人帮助，东走日本；谭嗣同则于次日被捕。
本日晚间，李鸿章宴请伊藤博文，此时政变消息已遍传中外，所以也成为席间议论的主题，从中可看出李鸿章对此事的态度。伊藤的随员大冈育造坐在李鸿章旁边，问李康有为所犯何罪？李回答说：“无非煽惑人心，以至于动了众怒”。大冈说：“据我的愚见，与其将康有为搜拿惩办，不如加以培植以为振兴中国留些余地。近日中国创行的新法，大都出自贵爵相之手，却历久未见成效，为什么？在于左右没有协助料理的人罢了”。李表示同意。大冈又说：“近日康有为所行之事，无非是扩充贵爵相未竟的功业，所以我想不如令其完成他的事业为好啊”。李回答说：“你说的全对，康有为日后可以大有所为，只是从眼下的情况看，是没有任何办法的”。
9月24日(旧历八月九日)，清廷发布上谕，将张荫桓、徐致靖、杨深秀、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第革职，交刑部治罪。杨锐被捕于家中，林旭在进宫当值时被捕。次日，刘光第、徐致靖闻讯自投监狱，谭嗣同被逮。张荫桓已先一日被逮，张其实是改良派大臣，并未参与维新派的密谋，但作为光绪倚重的大臣，一直受到慈禧的厌恶，这次借机一并除去。