第二，经理层的问题。目前部分国家直属大型国有独资公司实行的是总经理负责制及国家直接任命经营班子的体制。这种体制的优点是有利于提高决策效率。其主要问题是，公司总经理将同时承担公司战略监督者、制定者、执行者的责任，有角色和利益冲突；直接任命整个管理者班子的做法，会影响总经理的工作效率，却很难约束总经理的独断决策；监事会只进行事后监督；当总经理进行涉及所有者权益及战略等重大事项的决策时，由于仍需股东或对股东负有受托责任的机构批准或认可，由于国有资本所有权权能分散不易找到责任清楚的报告对象，矛盾只能上交给国务院有关领导，或不能及时决策，或放权给总经理，导致出现内部人控制。
公司治理的两个关键性安排，一是公司控制权安排，二是激励制度设计。建立有效的激励制度是与建立现代企业制度有关的基本问题。其中薪酬制度是激励制度的重要组成部分。中国大型国有企业经营者薪酬制度的主要问题是“行政色彩”
浓厚，收入总水平低，货币化程度低，缺乏长期激励，而大幅提高薪金又面临财务承受力问题。
可见，国有资产在政府行政序列下来进行管理，并且在管理目标上对于经营性国有资产的管理并没有一个明确的收益要求以及把这个收益要求同资产管理者的个人福利联系起来。这样做的后果是：
（１）导致没有管理绩效，没有资产增值。作为一个资产管理者，当他并不清楚他所管理的资产在特定行业中必须要达到什么样的收益率才能算是好，并且也不清楚他实现相应目标与个人福利有什么必然联系的时候，他就不可能进行卓有成效的管理，也不可能按照资产运动的规律把资产动态地管起来。在资产的收益和资产的流动都没有得到考虑的情况下，资产管理就成为没有内容的工作，成为只具有象征意义的东西。
（２）导致过分强化行政控制，不利于队伍建设。在管理目标并不明确的情况下，我们往往就要通过强调行政控制力，用行政管理代替资产管理。这就使我们的国有资产管理过程也不利于培育出一支善于进行资产管理的专业队伍。
（３）导致对管理人员的激励不足。由于从事国有资产管理工作的人员不是职业人士，他们并不一定要在经营国有资产的过程中锻炼自己的职能能力，他们也不一定要通过国有资产的经营业绩来提高自己作为高水平资产管理和经营者的职业声誉，也没有这样的市场来记录和传播他们的声誉。他们也许会认真对待其所管理的资产的收益，但却不必要这样做，因为他们今后的事业发展并不唯一地由这些业绩决定。
第三，中间层公司的问题。中间层指的是三级管理运营模式的中间一层——运营机构。在新的国有资产管理体制条件下，事实上存在双重授权，即国务院授权国资委代表国家行使出资人职责；国资委对授权代理的资产也可采取授权方式，选择有条件的资产经营公司代理经营。在授权的范围内，每一个层级可以独立运作，并拥有不受干预的权力。由于中间层功能的特殊性，既不同于一般企业，也不同于政府机构，而是代表政府对企业行使国有资产的所有权，以股东身份对企业进行控制并对控股企业行使股东权利，因此，中间层离企业距离更近，控制更直接，利益关系更明显，如果没有相应的规范，其对企业的管理控制往往会与公司治理规则发生冲突，甚至演化为“准政府”。
目前，中间层公司表现出的主要问题有：一些中间层公司不满足于仅做股权和资产管理，还积极开发实业，有些业务与其控股的公司有潜在甚至明显的利益冲突；一些企业认为中间层公司对投资、担保等的审批不利于企业自主经营，限制了企业的发展；中间层公司的一些资产重组安排有“抽肥补瘦”的问题；一些需要政府审批的事，由于有了中间层，增加了审批层；中间层公司按政府要求安排活动，被认为是增加企业负担的政府“二传手”。
中间层公司的问题，按产生的原因看可分为三类：
一是由于政府要求和管理体制产生的问题。政府为了社会稳定、举办重大节日庆祝及地方重大活动，经常要求企业“做贡献”，并往往通过中间层公司组织下属企业参加活动。企业的某些需要得到政府批准才能进行活动或项目，如涉及环保、投资等的项目及规制性产业的业务，政府要求中间层公司必须先审批把关，尽管中间层公司对这些项目和活动往往并无不同意见，或并无条件把关。
二是由于中间层公司“政府行为习惯”和监管办法不合理产生的问题。企业对中间层公司加强监管的意见，部分是因为过去无人监管，甚至“内部人控制”，现在监管了，感到不舒服、不习惯所致，部分源于对监管方法及效果的不同看法。有些地方的资产管理公司对企业的投资、担保活动有审批权，由于审批需要时间、资产管理公司审批能力有限，所附审批通过条件也未必合理，矛盾时有发生。一些中间层公司源于行政性公司或行政机构，其“政府行为习惯”也是导致矛盾产生的主要原因。
三是由于定位不清楚、利益关系未理顺产生的问题。中间层公司的独立利益是引起各种矛盾的重要原因。政府往往要求中间层公司承担股权资本管理、监督和企业资产重组及职工分流的部分职责，但中间层公司相应的资金来源却未必能有保障：向企业收管理费，法律依据不足；向企业收取红利，企业抵触很大；变卖企业资产获得收入，也会受到具体条件的制约。更严重的问题是一些中间层公司目前仅能通过“管人”控制部分资源，且中间层公司前景一度并不明确。在这种情况下中间层公司更倾向于自己直接做业务获得现金收入，结果公司活动偏离监管目标，甚至可能引起利益冲突。
另外，控股公司与子公司往往会有矛盾。问题是母子公司间的矛盾，母公司是纯股权管理型的，子公司是战略控制型的。出现这种状况的主要原因是，战略控制型控股公司的子公司多是控股公司投资或由控股公司内部部门分离独立形成的，母子公司间的业务、产权关系及历史关系总体上看比较清楚，母子公司根本利益比较协调。而一些纯股权管理公司与子公司的关系由于多种原因往往存在结构性的矛盾。这些矛盾或问题，一是由于忽视国有企业产权利益事实上已被分享带来的问题。改革开放以来，国有企业的产权利益至少事实上已经部分被企业经营者和职工分享，这种分享有负面作用，客观上亦有激励企业提升绩效的作用，资产划拨和“翻牌”组建资产管理公司的办法可以从法律形式上明确控股公司和企业的产权关系，但一纸授权令不能马上改变十几年形成的经济和法律关系。二是一些中间层公司负责人缺乏管理技能带来的问题。如由于不把握国有企业产权利益“被分享”的状态及相应问题的复杂性，过多考虑母公司的利益，简单化地行使产权管理权力。三是中间层公司定位及前景不明确，资源及利益的合理保障及相应政策不到位，容易诱使资产管理公司行为短期化、操作不规范。
２．公司监控体系不健全
公司的监控是公司治理结构的重要部分。至今中国大型国有公司还未真正建立有效的公司监控体系。现行监控体系的主要问题是：没有建立起以董事会为中心的监控体系，外部监事的作用虽然重要，但其事后监督职能代替不了董事的事前监督职能；没有建立内外结合覆盖各个环节的监控体系；存在一些不利于有效监控的法律障碍（如法人代表制度）。
公司监控体系不健全，致使各种有效的激励手段失去了应用的基础，造成公司决策及其执行容易失误，甚至会出现重大损失的局面。
１．２．３弊端在社会保障制度方面的体现
１．未能建立企业的市场化退出机制
企业的市场化退出，是结构调整和结构优化必不可少的手段。国有企业“有生无死”的现状使得矛盾不断积累，现在通过破产重组来解决的问题，有的在１０年甚至１５年前就已形成。企业破产机制迟迟不能建立，造成了三方面后果：一是低效无效资源难以重新配置，错过了企业重组机会，浪费了经济增长的潜力；二是竞争失败的企业不能及时被重组或退出市场，成为社会稳定的一大隐患；三是没有对业绩不佳的企业进行惩处及对债权人保护，使得滥用有效资产的行为蔓延，诚信和信用体系缺乏制度基础，加大了社会风险。
２．健全社会保障机制，是国有企业平等竞争的基础
现在的问题是，一方面，外资和民营资本充分利用中国人力资源的优势，迅速提高了竞争力；另一方面，国有企业不仅没能分享到中国人力资源的优势，而且被人的问题所拖累，陷入了困境。比如，中国石化大量精减员工后，全员劳动生产率仍只相当于壳牌公司的１／４０、美孚公司的１／３０。劳动力结构无法调整，就没有效益可言。当企业遇到困难与风险时，不能以劳动力结构重组为前提，调整企业经营结构、组织结构及资本结构，从而获得新的发展动力，就会使企业的矛盾不断积累。
倘若这种状况不能尽快改变，即使效益良好的企业，其前景也令人堪忧。在国有企业走向市场的时候，政府没有必要再给国有企业“开小灶”，而是需要创造一个公平竞争的环境。建立健全社会保障机制，其中的难点是解决历史欠账，现在已可以采用国有资产存量变现的方式来补充部分社保基金。有了社会保障机制建立的基础及劳动力市场的不断发育成熟，就形成了人员流动的机制，国有企业在这方面的历史遗留问题才有望得到解决。
１．２．４体制创新至关重要
在新世纪新阶段的经济体制改革中，体制创新至关重要。经过２５年的改革开放，我国初步建立了社会主义市场经济体制，确立了公有制为主体、多种所有制经济共同发展的基本经济制度，基本形成了全方位、宽领域、多层次的对外开放格局。
２５年改革积累了弥足珍贵的经验：坚持人民创造财富的观点，把实现共同富裕作为改革的最终目标；坚持效率优先、兼顾公平，各种要素按贡献参与分配；坚持改革的渐进推进与重点突破相结合；坚持产权多元化，大力发展混合经济；坚持微观基础重塑与宏观调控体系建设相结合；坚持政府职能转变，创造良好的发展环境。
需要承认的是，我国各个领域改革进展并不平衡，这种不平衡主要表现在四个方面：改革滞后于开放；宏观改革滞后于微观改革；政府改革滞后于企业改革和政治体制改革滞后于经济体制改革。从现实情况来看，亟待完善几个方面的改革：完善公有制为主体、多种所有制经济共同发展的基本经济制度，推行公有制的多种有效实现形式，大力发展和引导非公有制经济；深化农村改革，改变城乡二元经济结构，逐步形成城乡协调发展体制；进一步推进国有经济战略性调整，使其符合现代市场经济条件下国有经济的功能定位；加快政府职能转变，完善宏观调控体系；加快推进就业和分配体制改革，完善社会保障体系，形成合理的社会公正调节机制；推进政治体制改革和社会领域改革，完善经济法律制度，加快形成经济、政治和社会协调发展的机制。
近年来经济发展中面临的几乎所有重大问题，诸如国内市场的扩张、城乡结构的调整、产业结构的升级、收入分配差距的缩小、就业领域的开拓……都需要相应的体制改革来配合。加快制度创新、为经济发展清除体制性障碍，既是现实生产力和经济发展的客观要求，也是当前改革和体制创新的主要方向和切入点。清除经济发展的体制性障碍，关键是要根据体制环境的变化，从根本上改变计划经济时期形成的政府主导型经济发展思路，让市场成为经济发展的主体力量。这就要求继续深化市场取向改革，大力削减行政权力对市场运行的过度干预，不断扩大市场化资源配置的范围和领域；深化产权制度改革，保护市场主体的合法权益和公平竞争；积极推进政府改革和职能转变，为非政府投资、公民创业和自主就业创造良好的制度环境，激发社会成员创造财富的积极性，增强经济发展的内在动力。
在社会主义市场经济体制初步建立之后，能否正确理解和处理政府与市场的关系直接决定着宏观经济体制改革的成败。现代市场经济体制是不排斥政府干预的，但这很容易成为复归或强化旧体制的借口。市场经济条件下政府干预的前提是政府与市场功能的科学、合理界定，政府干预不仅不能违背而且必须服从市场规律，配置资源的主体是市场而不是政府。目前，一些地方政府和政府部门强调自己的“宏观调控职能”，很大程度上是计划经济时期行政性控制的翻版，应通过立法和法律监督限制和隔离政府直接干预经济活动的权力。
行政性垄断损害了消费者的利益，损害了社会公平，阻碍了技术进步和产业升级，增加了开放市场与引进竞争的成本和难度。近年来，垄断行业的改革取得了一定的进展，但是长期存在的体制性障碍逐渐暴露，特别是垄断行业的垄断利益合法化。从目前情况看，垄断行业存在不少突出问题：改革的范围和层次比较窄；有效竞争的市场环境尚未形成；垄断行业中特大型国有企业改革明显滞后，已成为国企改革的重点和难点；监管制度改革刚刚起步，政府职能亟待转变；立法滞后，不能依法有效约束各类市场主体行为；配套制度安排不到位。进一步深化垄断行业改革，必须实行政企分开、政资分开、政事分开，加快构造垄断行业的有效竞争格局，加快垄断行业建立现代企业制度的步伐，加快推动相关行业的法规建设，逐步建立和完善公开透明、监管有力的垄断行业监管体系。有条件的垄断行业要积极推进多元化持股。在经济转轨时期，加快垄断行业股份制改造，不仅有利于两权分离、政企分开、解决投资不足、提高运营效率，更为重要的是，它是非国有经济进入垄断行业的基本形式，要充分估计到股份制改造在促进非国有经济进入垄断行业中的重要作用，并采取切实可行的改革措施和步骤。
１．３国外国有资产管理的主要模式
国有资产的管理、经营是一个世界性的问题，世界各国基本上都有一定数量的国有资产。二战后，西方主要国家，除美国外，均掀起过大规模的国有化运动。国有资产在各国的行业分布、规模、比重以及管理方式等，因各国国情的差异而呈现出不同的特点，但也存在着许多共同之处。比较和借鉴国外成功的国有资产管理经验，对于构建中国特色的国有资产管理模式具有重要的意义。